Strain
Bat_NC_048212
(Region: Cameroon; Strain: Bat coronavirus; Date: Dec-13)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGAGAGTCCGGATAGGCCGCCGAAGTTAAAAAGTATGACTACTGTCCGCTTGAAGTGGATAGATCCCATAGCATACCCCAACTTCAGACGTTGGGAAACACCTATTGAGGAGGCAATGGATTTTGCAGCCAAAGAGTTGCTAAAGCCTGAACCTCAGTTGTGCTTTGTACCTGCGCAATTTGCGGATTCAAAGTATGTAGGAGCTGACAAGGTTATCATCACCCATAGCACTCACCGTTGTGAGACGCTGGGGTGGCAACCTATTCAGGAGTTGGCTTTTATTAAGGACAACATCCGTTTTGGACGTGGTGGTGTTCAAGGCGTGCTCCTACCTATGCAGGAGGAGCATGCTATTTTTGGCACAGTTGAAATTACCATACGTAAGCATGGTAAAGGTGCCCGTTCTTTTAGAGACCCTACTCCATTGTGGGATGGGTTTGTGGATCCAGAAATTCCTGATGATTTTCTGGACGCACCAGACACCATTTACCCTACTAAGCCAAAGGCTAAAAGGGGTGGTGGTGTGTTTTACACAGACCAATATGGATTTGATGCTGATGGTGTCCTCGTTAAGCCCATTATGGACTTACTTGGGCCTCTCAAGTCAGGTTATACCCTGGCTAATTTACTGGATGACCTCGCACCATATAAGTGCGATGATGGATATGAGTTGCCCACTGGCACTGTGTGTGTTGCTTTTGAAGTAGTACGCAAAAATGTGCCTGCGGCGAAGCAGAATATTTTTACCGTTCAGGGAGTTCTTAACCAATTGGTTCCGGGTATTTATTACCCGTATTCAAGTGGTAGTAAAGTTGTTACTACCAAACCTGCTCGTGACAGTCCCGCTGCAAAGACTGTGTCATCTATTATGCTCAGTCTTTACGGCACTGCTCAGTATGCCCCAGTCACTCCTGTGGCTCGCATTGCTTGTCCTACTTGTGGTTTCTTGGGCTGGTTGCCTTTGAAGGATGCTGGTACTGTTGTTTGTGGTTGTAATGCTACTTACAACATGACTAGCACTGCAGTTCAGGCTGAATCTTCTGGCTTTATACGCCAGGGTGCTGTTCTGTGTTTGGAGAAGGGTGAGGCTATGCGCCTCATACCGGGTGGTCGGACTTACCTTGCTTTTGGTGGTGCCATATGGTCCCCCATTGGTAAGGATAAGGACGTTACTGTCTGGGTACCACGCACCTATTCTGTGCTCTGTAATGAACACTCTGGTGTTGTTGGTACAGGTGATGTTAGGGCTTACAATGAAGAGCTTGTAAGTCTTTTGTCGGAAGGCTTTTTCATAGACGAGGAAGCACTTGCGAAGGAGAGTGTTAGCTGTATGATAGCTGATGCTCTTCCTGAAGATCACGATGCAGTTACTTTGAATGTGGACTTGGTCAAGCAGTATCTTTTTGATGCTAATGTGCCTTTGGGCCAGCGACCAGTTCCATCTGATCCTTACCACCCTGCTATACAGGGTGTGTCTTACCATGTGCGTAGAGCCTGTACTTTGGCTATGCGCGCTGGTGTTGCTTTTGATGCTGTCAAGACTTCTTTTTATAGGGAAGTTGGCCGTATTTTGGTCAAGGTCAATTTTGACTATTGGCAGCAGTTAGCCACTGTTAACATCCCATTAAGAGCTTTCTTTGTTCTTGATGCCATGGTGTCAGAAGGTGCTATTGCATGGGGTCATTGGACTTCCATTGCTAAGGATCTTCTTGCTGCTTTTAAGCCTTGGTTACTTAATGTATTCAAGGTTACTACACAAGCTATTGTGGACACAGCTCTTGCTTTGACACAATTCCTCCAGGTAAAGTTCACCTATATTAATGGTGAATTTTCTTTTCTGGTGGCTCGACTTAATCAGTCTTGTGAGTTTTTGCGTAATTTGTTCCAGAAGTTGTTGTCGGCTTTTAAGACGACTACTAAGTGGGCTGGCTGCGCTGTTGAAGGCATTTACACTAATGCCCATTGCTTCTTTTCGCGCACTGGTATGCTAGTGGAGAAGCAGTTTAAAGCTAGTAGTTTGGGTTTTATATTTACACCCAGGCAGGCTAAGGCTGAGATTGAAGTTCTTGAGGGTGATTTTGATGTCCCTGTTGAGCTTTGCAGTGAGGAAGTAGATGAGAATGCTGGCACTTTGGAAGAAGTGTTTGGCGCATCTGATTTACAGATTGTCCGTGGTCAGTTGAGTGTGCTAGCTTCTAAGCTTTTTGTGCGCACCGAGGAAGGCCTATTTTATAGGTATGTTTCCAGTGGTGGTGTTTTGCTTAAGGCATTTAGGCTACGTGGCGGTGGTGGTGTGAACAAAGTTACTTTTGGTGATGAAGATGTTCACGAAATTCCCCACAACGTCACTGTTAGCTTTACTTATGATGTTTGTGATGGTCTCAATGCAGTTTTGGACAGATTAATGCCACCTTTCGAGGTAGAAAGTGACACTGATCTTGAAGATTTAGCCATTCTTGTCCAGGAGGCAGTTACTGCCAAACTACAGGAGTTGTTTTCAGATTGTCCAAGGGATGTGCGTCCCATAGACATAGAGGAATTTTCCACTACTCCTTGTTATATTTATAACAAGGATTATGAGAAAGTTTTGTCTGCAGAAATGTATTTTTCATTGGAGGATGTCACACCTGATGATGATGATGAACAGGTTGCAAGTGCCAGCGAATCATCTGATGATGAAGGTCAAGGTAATGACTCGGATTCAGATGGGTGGCTTAGTGAAGATAATCTTGCAACTGAGGAAGAAGCTGTCGAGCCAGCTGTCATAGATGAGGAACCGTTAACGCCTGTTGCAGTTATTGTTCCTGGTGATGATTACACTAGAGTGAATGACTACATTTACATTAAGTGTGGTGACATTGTTGAAGAAGCTAAGGTTTTACAGCCTAATGTTTTAGTTAATGCAGCCAACTCCATGTTAAAGCATGGAGGTGGTGTTGCCGGCGCTATTAATAAGGCAACCGGTAATGCTATGCAGAAGGAGTCTGATGTTTTTGTTAAGCACAATGGACCCCTTAAGACTGGTGACGGTGTTATGCTTTCTCCACATGGGTTAGCAAAACAAGGCATTTTACATGTTGTAGGTCCTGATAAGCGTAAGAAGCAACCAGTTGACCATTTACATGCTGTTTATCGTTTGTATAATCAGCATGTGGGTGTTATGACACCTCTTGTTTCTGCAGGTATTTTTGGTTTCACACCAGAAGAGTCCTGGTCTATTCTGCTCCAGGAAGTCCAAGTGCCCACTTTTGTCGTTGTTAATGATGTTGCCATCTACGACAAGTTGCGCGGTGGTGTTAAACCATCTGCTGCTGATGATGAGTGGGCTGCTGCTGTAGACCAACAGGAAAATAATATTCCTGTTGATGTTCATGAAGATGTAGAGGCCATTGTAGCCGAATGTGTTACTGCTATGGTTAAGAAGGTGGCTCGTAAGGTGAAATTGGTTTTACCTACAGTTGTCCCACCAGCTCCAGAGGAAGTTGTTCAAGAACCCATCGAAGAAAAGCCAGGCGTTGCTTTGCAAGAGGTGGTTACTTTATCACTCATGCAAATGATAACGCAGGGTAAAGAGCGTGGTGCTGTTACGGCTTTAGTCATTGACTACCCGCCCTTTAACAAGGTGGTCCGTAGGTGTAACCCTCAGAAAGGGTTTTACACTGCTAATGGACAAGATTTTTTCGGTTATAGCAGAGATACACCGCTTGATGATGTAATCACTGCTATAAATAAAGAGGGTCGTTCCATTATTATGTTGCCTTTAGGTTACATAGTTAATGGTAAACCATTGGCAGTTTGTGCTGCAACCATGAGGAAGTTGACAGTGCCACATGTTGTGGTTGTTCCTTCAGATACTTGCGTTCCTCTATATAATACTTATTATATGGGGGGCGTTTCTGGAGAAGCTAACGCAGCTACTGAGTTCGTTGTTGATGCAGTGGCTAATGGCGTTGAAGGCTGGGACATTGTTCAGAAGACGTGCCAGCAAAATGGCAGATGTTATAAAACATTTGCACACCGTGATGGTATTTACATGTGTCATGATGACACTAATTTGTTTGCTTTGACTTCCACTGGTGTTCTTAAGTTTGCTACAACTACTAAGGCCAGGGATTATATGGCGAGTTGTACCAAAGTTGAGGAACCTTTAATTAAGGTTTACACTACAGTTAATGGTTTGGAGTATAACACTGTTTATGTAGATACGCAGCGCACTTTTGGTGTTCAAATAGGCACTGTGTATGTTTCAGGTAGTGATTACACTAATCGTGTTCCCACTGCTAATGATGATGGTGTCCAGTTATTCAAACAGGATAATTTTACACCTGAAGAGTCTGAGGCAATAAGAGCTTACTATGGGGTTTTTGAAACCGACATAGTGGCTCGTGTGGGTAGTATACAGCGTGCTGTCAAAGATTGGCAGTTTGCTGTTGTTGATGGTAGAGTGGCGTTGCAACAGATGGCTAATAATTGCTATCTTAATGCAGCTTTACTTTTGTTGCAGGATATCAATGTAGAGTTTACCACACCATGGGTTAAGCATGCATATGATAGTCTGCGCGGAGGTAATCCACTTCCTATGGTTACAGTGCTTGTTGCACTTGGTAAGACAACCATAGGTAATCCAGATGATGCCAATATGGTAATTACTGCCGTATTGACACATGCTACTGTTAATGCCAAGCGTGTTACTACTACGGTTTGTGACACTTGTGGTGCTAAGCATGAGGAAGTTACAGGCATTTTAGCTTGTACTTACTATGGTTCTGTTGTTTTGGATGATTTGTACAAGCCTGAGTCTGTGGTGTGTACTTGTGGACGTTCGGCTATACGTTTTGTTTCAGTTCAGCAATCACCATGGGTTTTAATGTCCCATGTCCCCACGACTACTCCGCTAGAGCCAAGTGGTCATTGGACTGCAGCTATAGTTTTCAGGGGTAGTATTTCAAATGGCCATTATATGTATGCCCGTAGAGGTATGTTGGTCGATGTCTATGA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Protein
MESPDRPPKLKSMTTVRLKWIDPIAYPNFRRWETPIEEAMDFAAKELLKPEPQLCFVPAQFADSKYVGADKVIITHSTHRCETLGWQPIQELAFIKDNIRFGRGGVQGVLLPMQEEHAIFGTVEITIRKHGKGARSFRDPTPLWDGFVDPEIPDDFLDAPDTIYPTKPKAKRGGGVFYTDQYGFDADGVLVKPIMDLLGPLKSGYTLANLLDDLAPYKCDDGYELPTGTVCVAFEVVRKNVPAAKQNIFTVQGVLNQLVPGIYYPYSSGSKVVTTKPARDSPAAKTVSSIMLSLYGTAQYAPVTPVARIACPTCGFLGWLPLKDAGTVVCGCNATYNMTSTAVQAESSGFIRQGAVLCLEKGEAMRLIPGGRTYLAFGGAIWSPIGKDKDVTVWVPRTYSVLCNEHSGVVGTGDVRAYNEELVSLLSEGFFIDEEALAKESVSCMIADALPEDHDAVTLNVDLVKQYLFDANVPLGQRPVPSDPYHPAIQGVSYHVRRACTLAMRAGVAFDAVKTSFYREVGRILVKVNFDYWQQLATVNIPLRAFFVLDAMVSEGAIAWGHWTSIAKDLLAAFKPWLLNVFKVTTQAIVDTALALTQFLQVKFTYINGEFSFLVARLNQSCEFLRNLFQKLLSAFKTTTKWAGCAVEGIYTNAHCFFSRTGMLVEKQFKASSLGFIFTPRQAKAEIEVLEGDFDVPVELCSEEVDENAGTLEEVFGASDLQIVRGQLSVLASKLFVRTEEGLFYRYVSSGGVLLKAFRLRGGGGVNKVTFGDEDVHEIPHNVTVSFTYDVCDGLNAVLDRLMPPFEVESDTDLEDLAILVQEAVTAKLQELFSDCPRDVRPIDIEEFSTTPCYIYNKDYEKVLSAEMYFSLEDVTPDDDDEQVASASESSDDEGQGNDSDSDGWLSEDNLATEEEAVEPAVIDEEPLTPVAVIVPGDDYTRVNDYIYIKCGDIVEEAKVLQPNVLVNAANSMLKHGGGVAGAINKATGNAMQKESDVFVKHNGPLKTGDGVMLSPHGLAKQGILHVVGPDKRKKQPVDHLHAVYRLYNQHVGVMTPLVSAGIFGFTPEESWSILLQEVQVPTFVVVNDVAIYDKLRGGVKPSAADDEWAAAVDQQENNIPVDVHEDVEAIVAECVTAMVKKVARKVKLVLPTVVPPAPEEVVQEPIEEKPGVALQEVVTLSLMQMITQGKERGAVTALVIDYPPFNKVVRRCNPQKGFYTANGQDFFGYSRDTPLDDVITAINKEGRSIIMLPLGYIVNGKPLAVCAATMRKLTVPHVVVVPSDTCVPLYNTYYMGGVSGEANAATEFVVDAVANGVEGWDIVQKTCQQNGRCYKTFAHRDGIYMCHDDTNLFALTSTGVLKFATTTKARDYMASCTKVEEPLIKVYTTVNGLEYNTVYVDTQRTFGVQIGTVYVSGSDYTNRVPTANDDGVQLFKQDNFTPEESEAIRAYYGVFETDIVARVGSIQRAVKDWQFAVVDGRVALQQMANNCYLNAALLLLQDINVEFTTPWVKHAYDSLRGGNPLPMVTVLVALGKTTIGNPDDANMVITAVLTHATVNAKRVTTTVCDTCGAKHEEVTGILACTYYGSVVLDDLYKPESVVCTCGRSAIRFVSVQQSPWVLMSHVPTTTPLEPSGHWTAAIVFRGSISNGHYMYARRGMLVDVYDATTRKRTSDLKVPATDVLYTNVNFTSASKVVTYTLDGQKHTAIDPDLSSYTRRGDYYFTTVPVESVAAPRLKTKFDNFYLTSSGELAEVESFNKVIGTDFSGPKKVVTRYPDCSGDVVAILDEIVTMHPHGTLIQGKPVLFLTKPNTWKKLVPLLSASVIEVGNKYEVLPVEPLPAVCTEEVVVTEAKATVPLYGLKGTIVLDGKTYVPGKKGDLLCLREFTYADFVTATIEGPQPFVLLRENHLSKLLGLKVSKETLLINKLNPCLLKSFSITKTVTTKFWGCFKTAVVAGCRASVRTVRRTQPGVRLTGMVCLFYRFMLALSTKLVKPPTFKVTSIVTYNTGCAVTKCVINYFKSRFSSFSLTRITRLLKFVITLWFAWTLLMVLSVWLSEPYAPTWLTGLRHKVGISMPCDYVLTDDNVTGWFHNLCMAGMDNLAYPALRVVQQRMGSPYDYTSFLFVLEIVLAYVLYTPLLPGVGIFAVMHTLLNWFPNMLGSSWLMVFIYHVVRLVPLISLLRLYIALSFLWVCYRGLCHVRFGCNNVSCLMCYKRNGATRVECSTIVAGVKRSFYVNANGGTYFCTKHNWNCVNCDSYSVDSTFISRPVALDLSAQFKRPINHTDEAYYEVTSVEVKHGYVYAYFDLEGKRSYEKFPMDKFANPSKYYFSELKGVAPSLNVIIFDASNTIEENAAKTSAVFFAQLACRPMLLIDKRMIGVVGDEAGISKAMFEAYAQNYLLRFSIPMDKVKALYTTALQQIASGSSVESVLKVFVGSTRNESKDIESDVETTDIVSCLRFCHQESWDWSVGPYNNLIPTYLKQDTLTTLEVGQLISCSARYVNANIAKSSAINIVWRFSDFIKLSESLRRQIRIAARKTGLNLQLTTSSLKADVTCVVTPIRVVGGHRRKVAWRSIVIYSLMLLFVLNPQWLLPRYSLTKENFNVMDFKVIDNAAIRDITANDMCFANKFSGFDDWYFTRYGQTYTNDVSCPMVVGVISQTLGTLYAGLPARFLRVGRSLLPLINFAFGMDGQVCYTPYTAVDYTTFADSACVLASACTLFKNAAGEPVPYCASNNLLTNATLYKELTPHMAYPLYESNGYIRFPDTITAGVHIVTLKAMEYCRLDRCDISDSGVCVSLTPRWVVNNFYYRQQPGVYCGSSTLDMLYQVVLPVFRPAGTIDITSSVLMGAALAFLVSIVLYYLLKFRRAFGDYTTVVAVNMIAFFLNLLVLCLESAYPLFPTVYAFVFLYATCYFTSDVSAIMHLSFMAMFTSVVPLWVTVLYIVVVVSRHTLWLASLCTRPTVTVGDLSFTSFQDASLQTFMLDKDVFLRLKREISAETFARYLALFPKYKYYSGPMDTNAYREAACAHLAMALEKFSSTGGDVVYQPPRCSVTAASLQGGLAKMAHPSGPVEKCVVKVTYGTMTLNGIWLDDYVLCPRHVLCSRDDLAAPDYPRLCMRAANYDFIVTQQGHPLRVTGHTMEGALLKLTLDARNPNTPAYSFIRVATGQAISLLACYDGNPMGVYTCTMRGNGTLKASFLCGSCGSPGYVMNGKEVQFCYLHQLELPNGTHTGTDMQGVFYGPFEDKQVPQMATPDQIITVNVLAWLYAAVLSGDNWFVVKTGITPAEFNTAAIKHMCQSVSTDTLSTLQPLAAKTGISVERMLASLKLLLATGFCGKTIMGACTLEDEHTPYDIGRQMLGVSLQSRFRRTSTWLLQWFITVFVLTGVFTIHLFNWTFIGALPFTMQIPIIGAIACVSAFLSLLVKHKYTYLSTYLLPVVTLSAYYNYQYQPFGVQGWILWLVNYVKPVTFIGLDIITIVVTCVIAFTLSLRLVRSDMYTRVWYVFTAICWVYSCLTGTSETLPFTYLTFMVSVFTNYTGVACVSLYAARFIVFILCIYNVYLADVGSVRLTLIVYLFIGFINTCYFGVFNLVNKLFRCTLGTYDYLVSSQELRYMNSNGLLAPTNSWQAFLLNIKLAGIGGIPMYKVSTVQSQLTDLKCTSVVLLSVLQQLRIESSSKLWALCVKMHNDILASNSASDAFESFVSLLSVLLSLPGAINLDELCNSIMDNNTVLQAVASEFSNLASYVDYENAQKAYDTAVSTGAPASTIKALKKAMNVAKSVLDKDVAVARRLERMSEIAMTTMYKQARAEDKRSKVTSAMQTMLFNMIRRLDSDALSNILNNARNGVVPLGVIPRTAANKLMLVVPDYSVFSSTITLPVLTYAGSAWDVVQIADADAKAVNTTDITRENSPNLAWPLVVTAQRQQATSPVKLQNNELMPQTVKRMNVTAGISQTTCTTEALAYYNSAKEGKHVMAILANVDGLKCARVEKSSGDGFVVIELEPPCKFMVETPKGPTLKYLYFTKGLNNLCRGTVLGTLACTVRLHAGSATEVTSNSSILSLCAFSVDPEATYKEYVDNGGAPIGNCVKMLTPHTGTGLAVTAKPDANMEQESFGGASCCLYCRCHIEHPGPNGVCKFKGKFVQLPLAGVQDPIGFCIRNVVCSVCNMWQGYGCPCASLREVNLQAKDANFLNESGVLVE
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032505
Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
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IPR037204 NSP7_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
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IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR038083 R1a/1ab
IPR009466 NSP11
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR042570 NAR_sf
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
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IPR027352 CV_ZBD
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IPR014822 NSP9
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IPR037230 NSP8_sf
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IPR036499 NSP9_sf
SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5R7Z
E-value=4e-106 Score= 342 Identity=52.79%
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3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4205
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
370.97792
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00012
outside
1 - 2001
TMhelix
2002 - 2024
inside
2025 - 2036
TMhelix
2037 - 2059
outside
2060 - 2089
TMhelix
2090 - 2112
inside
2113 - 2124
TMhelix
2125 - 2147
outside
2148 - 2166
TMhelix
2167 - 2189
inside
2190 - 2573
TMhelix
2574 - 2596
outside
2597 - 2844
TMhelix
2845 - 2867
inside
2868 - 2887
TMhelix
2888 - 2910
outside
2911 - 2929
TMhelix
2930 - 2952
inside
2953 - 3377
TMhelix
3378 - 3400
outside
3401 - 3409
TMhelix
3410 - 3429
inside
3430 - 3435
TMhelix
3436 - 3453
outside
3454 - 3472
TMhelix
3473 - 3495
inside
3496 - 3506
TMhelix
3507 - 3529
outside
3530 - 3543
TMhelix
3544 - 3566
inside
3567 - 3574
TMhelix
3575 - 3597
outside
3598 - 4205
