Strain

EUROPE_MURINE_2004_AY700211 (Region: Europe;  Strain: Murine hepatitis virus strain A59, complete genome.;  Date: 2004)

Gene

ORF5a protein

Description

Annotated in NCBI,  ORF5a protein

Location

AY700211(+):28376-28714

GenBank Accession

AAU06358.1

Full name

Non-structural protein of 12.7 kDa       + More
Non-structural protein 4      
Non-structural protein of 12.9 kDa      

Alternative Name

12.7 kDa accessory protein
Accessory protein 4
Non-structural protein of 12.5 kDa
Orf4 protein
12.9 kDa accessory protein
NS2

CDS

ATGAGACCAACAGCCACATGGATTTGGCATGTGAGTGATGCATGGTTACGCCGCACGCGGGACTTTGGTGTCATTCGCCTAGAAGATTTTTGTTTTCAATTTAATTATAGCCAACCCCGAGTTGGTTATTGTAGAGTTCCTTTAAAGGCTTGGTGTAGCAACCAGGGTAAATTTGCAGCGCAGTTTACCCTAAAAAGTTGCGAAAAACCAGGTCACGAAAAATTTATTACTAGCTTCACGGCCTACGGCAGAACTGTCCAACAGGCCGTTAGCAAGTTAGTAGAAGAAGCTGTTGATTTTATTCTTTTTAGGGCCACGCAGCTCGAAAGAAATGTTTAA

Protein

MRPTATWIWHVSDAWLRRTRDFGVIRLEDFCFQFNYSQPRVGYCRVPLKAWCSNQGKFAAQFTLKSCEKPGHEKFITSFTAYGRTVQQAVSKLVEEAVDFILFRATQLERNV

Miscellaneous

Isolate N5 belongs to genotype C. Genotype C probably arose from recombination between genotypes A and B.
Isolate N2 belongs to genotype B.
Isolate N1 belongs to genotype A.

Similarity

Belongs to the coronaviruses 12.7 kDa protein family.
Belongs to the coronaviruses ns12.7 protein family.

Keywords

Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein of 12.7 kDa

Uniprot

C0KYT2   C0KYR2   C0KYY0   C0KZ01   C3VPF0   Q9J3E4   + More
S5Y3N0   P0C5A7   Q66192   A0A2D1CM06   Q5ICX0   Q6QX40   C0KYX1   A7U546   C0KYW3   C0KYZ1   C0KYS3   C0KYU2   C0KYV3   I7B5G7   P06590   A0A2S0SZ91   Q77NN0   Q77NL7   Q9PY98   D4QFK3   Q9IKC9   A0A3G3NHQ6   Q0ZJ92   Q0ZME6   Q14EA9   R4WB36   Q6W353   A8R4D3   E0YJ45   Q0ZJ84   Q5MQC9   H9AA45   Q06BD6   A0A191URY5   A0A1S6KXQ7   A0A191URC4   A3E2F4   A0A1V0JAZ4   H9AA66   U3M761   A8HB19   A0A2P1IQB0   A0A2R4STX9   X2JHP9   A0A0U2GR06   Q9QAQ5   Q6W361   A0A411D547   C6GHM8   A4ZU22   B7U2R8   C6GHP0   A4ZU11   B7U2N6   B7U2M5   C6GHQ1   C6GHL6   B7U2P6   A4ZTY9   A4ZU33   B7U2L4   Q0PL36   A4ZU00   B7U2Q7   Q8V6W3   Q99H66   P0C2P8   P0C2P7   Q8V434   D0EY76   A7BKC5   P69609   Q77WY2   P69608   D0EY96   A0A5J6NRI3   A0A3S7GYD0   C6GHR3   A4ZU44   A4ZU77   A4ZU66   A4ZU55   D0EY86   A4ZTX8   A0A0B4Q820   Q8JSP6   B8RIR0   Q2QKN1   U3M6E7   Q04853   A0A385H6S5   Q84732   A0A1V0IG93  

Pubmed

10438865    15709029    17079303    8392595    11582515    16341254    + More
9426441    3029985    15507445    20631137    17041219    12970410    12663803    3838338    11502093    10882653    16809319    24394697    23648375    26271151    17706262    21273011    20719951    15613317    22398294    17459444    27274850    17092595    17916374    29508550    24655427    26678874    9778786    17434558    18842722    11376845    11774548    11714968    17374765    2142556    2320429    31534035    17344285    23405345    25530469    12237422    19162098    16809333    8517026    15280490    15650185    8757985   

EMBL

FJ647220    ACN89711.1    FJ647218    ACN89690.1    FJ647225    ACN89758.1    + More
FJ647227    ACN89778.1    FJ884686    FJ884687    ACO72885.1    AF208067    AY700211    AAF69346.1    AAU06358.1    KF268336    KF268337    KF268338    KF268339    AGT17718.1    AGT17729.1    AGT17740.1    AGT17751.1    AF029248    M16602    AAA66619.1    MF618252    ATN37889.1    AY771998    AAW47242.1    AY522570    AAS17639.1    FJ647224    ACN89751.1    EF682498    ABS87266.1    FJ647223    ACN89739.1    FJ647226    ACN89767.1    FJ647219    ACN89702.1    FJ647221    ACN89714.1    FJ647222    ACN89730.1    JX169866    JX169867    AFO11509.1    AFO11519.1    X04997    MF416379    AWB14614.1    AF207902    AAF68925.1    AF208066    AAF69335.1    AF201929    AAF19390.1    AB551247    BAJ04698.1    AF207551    MH687970    AYR18618.1    DQ415897    DQ415898    DQ415899    DQ415902    DQ415911    DQ415912    DQ415913    KF430197    KY674921    MH940245    MK167038    ABD75506.1    ABD75514.1    ABD75522.1    ABD75546.1    ABD75618.1    ABD75626.1    ABD75634.1    AGT17759.1    ARB07439.1    AYN64562.1    AZS52619.1    DQ339101    AY884001    AB775894    LC061273    LC061274    LC149489    LC149490    BAN18704.1    BAS18857.1    BAS18867.1    BBD43537.1    BBD43539.1    AY316300    AAQ67207.1    EF446615    AB555560    LC061272    ABP87992.1    BAJ52886.1    BAS18847.1    HM034837    ADN03340.1    DQ415896    DQ415900    DQ415901    DQ415903    DQ415904    DQ415905    DQ415906    DQ415907    DQ415908    DQ415909    DQ415910    DQ415914    KF430198    KF430201    KF430203    KF686340    KF686341    KF686342    KF686343    KF686344    KF686346    KT779555    KT779556    KY674941    KY674942    KY674943    KY983584    ABD75498.1    ABD75530.1    ABD75538.1    ABD75554.1    ABD75562.1    ABD75570.1    ABD75578.1    ABD75586.1    ABD75594.1    ABD75602.1    ABD75610.1    ABD75642.1    AGT17764.1    AGT17770.1    AGT17778.1    AGW27837.1    AGW27846.1    AGW27855.1    AGW27864.1    AGW27873.1    AGW27882.1    AMN88687.1    AMN88695.1    ARB07600.1    ARB07609.1    ARB07618.1    ARU07578.1    AY597011    JN874559    JN874560    JN874561    AFE48796.1    AFE48806.1    AFE48818.1    DQ915164    ABI94005.1    KU886219    MH043954    MH043955    ANJ04977.1    AVZ61122.1    AVZ61132.1    KX432213    AQT26501.1    KU558923    ANJ04729.1    DQ682406    ABG78750.1    KX982264    MG757139    MG757140    MG757141    MG757142    ARD06002.1    AVI15014.1    AVI15025.1    AVI15036.1    AVI15047.1    JN874562    AFE48828.1    KF530085    AGT51661.1    EU019216    ABV74057.1    MG518518    AVN88329.1    MH043952    AVZ61102.1    KF906249    KF906250    KF906251    AHN64775.1    AHN64784.1    AHN64793.1    KT368891    MF593476    ALA50081.1    ATI09450.1    AF058944    AY316299    FJ415324    AAQ67199.1    ACJ35492.1    MH249786    QAY30023.1    FJ938064    ACT10998.1    EF424619    ABP38284.1    FJ425189    ACJ67003.1    FJ938065    ACT11010.1    EF424618    ABP38266.1    FJ425186    ACJ66967.1    FJ425185    ACJ66962.1    FJ938066    ACT11021.1    FJ938063    ACT10986.1    FJ425187    ACJ66976.1    EF424616    ABP38241.1    EF424620    ABP38291.1    FJ425184    ACJ66945.1    DQ811784    ABG89290.1    EF424617    ABP38252.1    FJ425188    FJ425190    ACJ66987.1    AF239312    AF239313    AF239314    AF239315    AF239316    AF220295    AF239310    AF239311    AF058943    AF391541    AF391542    GQ918141    ACX46843.1    AB354579    BAF75634.1    U00735    AF058942    X51347    GQ918143    ACX46863.1    MN514962    QEY10626.1    MG757138    AVI15003.1    FJ938067    ACT11033.1    EF424621    ABP38297.1    EF424624    ABP38339.1    EF424623    ABP38319.1    EF424622    ABP38311.1    GQ918142    JX860640    ACX46853.1    AFW97363.1    EF424615    ABP38237.1    KF923896    KF923906    AIV41839.1    AIV41899.1    AF481863    EU999954    ACL12999.1    DQ011855    AAY68299.1    KF530060    KF530067    KF530071    KF530076    KF530077    KF530079    KF530082    KF530083    KF530086    KF530087    KF530088    KF530089    KF530091    KF530093    KF530094    KF530095    KF530096    KF530099    AGT51413.1    AGT51482.1    AGT51522.1    AGT51571.1    AGT51581.1    AGT51601.1    AGT51631.1    AGT51641.1    AGT51671.1    AGT51681.1    AGT51691.1    AGT51701.1    AGT51721.1    AGT51741.1    AGT51751.1    AGT51761.1    AGT51771.1    AGT51801.1    M99576    AY585228    AY585229    AY391777    MG197710    MG197712    MG197713    MG197715    MG197716    MG197717    MG197722    AXX83304.1    AXX83316.1    AXX83322.1    AXX83334.1    AXX83340.1    AXX83346.1    AXX83376.1    X89862    CAA61959.1    KY419103    ARC95204.1   

Proteomes

UP000098534    UP000151686    UP000119015    UP000138757    UP000180349    UP000180350    + More
UP000113498    UP000155907    UP000112338    UP000164259    UP000171340    UP000171975    UP000007192    UP000167944    UP000159025    UP000148943    UP000158592    UP000133456    UP000142874    UP000114687    UP000149957    UP000007193    UP000163097    UP000143567    UP000139707    UP000154289    UP000107997    UP000124867    UP000134743    UP000143869    UP000156925    UP000162514    UP000168964    UP000001985    UP000006551    UP000130220    UP000155347    UP000103372    UP000166748    UP000108760    UP000098016    UP000098607    UP000102058    UP000103177    UP000107950    UP000118444    UP000120443    UP000122230    UP000123677    UP000127413    UP000134208    UP000139452    UP000143896    UP000147573    UP000148743    UP000161305    UP000164754    UP000168247    UP000173725    UP000173897    UP000174991    UP000008170    UP000107676    UP000124585    UP000125269    UP000154814    UP000145001    UP000165173    UP000121258    UP000145507    UP000149260    UP000158231    UP000158296    UP000136745    UP000134650    UP000133443    UP000139966    UP000173415    UP000140344    UP000104294    UP000162935    UP000172225    UP000158327    UP000127099    UP000170940    UP000174569    UP000147981    UP000151273    UP000102696    UP000148210    UP000008572    UP000008570    UP000008571    UP000168103    UP000007554    UP000164707    UP000136116    UP000147178    UP000163913    UP000139235    UP000137675    UP000121953    UP000173306    UP000174077    UP000007543    UP000125924    UP000096360    UP000097333    UP000104124    UP000105266    UP000109321    UP000109543    UP000114034    UP000119922    UP000122365    UP000136788    UP000140040    UP000143194    UP000150595    UP000158566    UP000159503    UP000160021    UP000167348    UP000007552    UP000100580    UP000180344   

Pfam

PF04753   Corona_NS2

Interpro

IPR006841   Corona_NS2

ProteinModelPortal

C0KYT2   C0KYR2   C0KYY0   C0KZ01   C3VPF0   Q9J3E4   + More
S5Y3N0   P0C5A7   Q66192   A0A2D1CM06   Q5ICX0   Q6QX40   C0KYX1   A7U546   C0KYW3   C0KYZ1   C0KYS3   C0KYU2   C0KYV3   I7B5G7   P06590   A0A2S0SZ91   Q77NN0   Q77NL7   Q9PY98   D4QFK3   Q9IKC9   A0A3G3NHQ6   Q0ZJ92   Q0ZME6   Q14EA9   R4WB36   Q6W353   A8R4D3   E0YJ45   Q0ZJ84   Q5MQC9   H9AA45   Q06BD6   A0A191URY5   A0A1S6KXQ7   A0A191URC4   A3E2F4   A0A1V0JAZ4   H9AA66   U3M761   A8HB19   A0A2P1IQB0   A0A2R4STX9   X2JHP9   A0A0U2GR06   Q9QAQ5   Q6W361   A0A411D547   C6GHM8   A4ZU22   B7U2R8   C6GHP0   A4ZU11   B7U2N6   B7U2M5   C6GHQ1   C6GHL6   B7U2P6   A4ZTY9   A4ZU33   B7U2L4   Q0PL36   A4ZU00   B7U2Q7   Q8V6W3   Q99H66   P0C2P8   P0C2P7   Q8V434   D0EY76   A7BKC5   P69609   Q77WY2   P69608   D0EY96   A0A5J6NRI3   A0A3S7GYD0   C6GHR3   A4ZU44   A4ZU77   A4ZU66   A4ZU55   D0EY86   A4ZTX8   A0A0B4Q820   Q8JSP6   B8RIR0   Q2QKN1   U3M6E7   Q04853   A0A385H6S5   Q84732   A0A1V0IG93  

PDB

3HD8     E-value=2.54472,     Score=64