Strain
KENYA_BAT_2010_KY073745
(Region: Kenya; Strain: NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b, complete genome.; Date: 2010)
Gene
ORF1ab protein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTACAACCAGTTGACGCTTGCTGTTGCAAGCGACTCGGAAATTTCAGGTCATGGCTGTTCTTCCCTGTCTGAAGCCGTGCACTCATATAGTGTTGCCGCTTCCAGTGGATTTGGGAACTGCCGTTTTGTGTCTTTTGGTTTGCAGGACCTTGTTAACGGTGTAAAGGATGATGATTTCGTTCTTTGCCTTACTGGTGACAACGTTCTGCGTGCTACCATTGGACCTTTTGGTGACCGACCGTGTAACCTACGTGGTTGGCTCATCTTTTCTAACAGCAACTACACTCTGCAGGACTTTGACGTTAGCTTTGGTGGTTTTGGTGGTAACAAAATACCTGTCGACCAGTACATGTGTGGTTATGATGGCAAGCCTGTCATACCCGCCGGTAGCTGGGAGTTTAAGAACTACTTCGAGGATGGCAACGAGATCACCTTGAATGGTGTCGTTTACTACCTCGCTTGGCAGGTTGAACGTAAACCACTACCGCACGCTAACCAAAATTTGCTGTCTATTACTGAGATCTTGTATCTGTCCAAGGAACAGCACACACTTCTTCCAGGTTCCATTCTTACAACTGCTGCACCTCCTAAGCGTTCTGCTAAGGTTGTGCTCAGTGATGATTGGAAATCTCTGTATGAAGAGTGCGGTTCACCCTTTGTCAACAATGGCACCACACTTCTCGAAGTCGTTCCAAAACCTGTGTTTTTGAATGCATTCGTTAATTGTAAGTGTGGTAACAGTTGTTGGTCTGTAGGTGATTGGACTGGTTATAAGTCAGCGTGTTGTGGTGAGAATGCCCAAAGGGTCTGCGTCGTTCCTGGTGAAGTCGTTGCTGGTGACATTGTCGTCACTTCTAAAGCAGCGGGCGTTGGGGTGAAGTACTACACTGGTATGACACTCAAGTTCGTCAAGGAATGCGGCAATGTCCATTTGTGGCGTGTCATTGCAGTTCAGAGTTCTGATGGTTTTGTCGCATCCTCAACATACGATGAGGATGCTCACTACCGGAAGCTTGACCCGTTCTGCTTTGACGTCAATACCCAGATGGCTAAGGACCTCCGATTGGCCTTTTTGGGCAACCAGCCCTCTGATGCAGTCAAGAATGCCGTTTGCTCTGGTGTCATTGATATCAGTGCTGGTTACTTTGGCCTTTATGATGATATCATAAATAGCCATAAACCATGGTTCGTCCGCAAACTTTCGGGTCTTGTGGATGTTGCCTGGAACAAATTTGTGACTGCACTCAAAAACTTGCCTGTCACTAGTGCACAACTTGTCAAATTCTTGAAGGCCGTTGGTTCTGCAGCTATTGCTGTTACTAACGGTGTTATCAGGATTGTTGCTGATGTGCCTTCTATGTTTGCCGATGCCTTTGAGCTGCTTAAATCTGCTGTTAGTACCATTTTCGACGCAGCGTCGGAAGTGGTTACTATTGGTGGACAACAGTTCAGAGCCATTGGCAGTTACATACTGCTTAACAACGCCATTGTTAAGATTGTCACAGAAAAAGTGAAGGGTGTGCGTGAGCACAGTCTTCGAACTGCCAAGTATGCCAATGCTGTCATTGGTTGTACTGTAGATGTGACACCAACACACATTGAGCCTGCTGTTGTTAGTTTGAAGCTTGTTGACCAAGCTCCTCCAATTGACAAGAAAGGCAGAATCAAGGTGATTGGCGGACAGGCATTTTATTTCTGTAACGGTGTATACCGCTTGATGGCGACTCCAACTGCCGTCTTACAGGAGCCAGTCTTTGCTGGTGAAGCTTCCTATAACATTAAGTTTAAGGAATCTCCGCCTAGTGGCTTCACACAGCGTGTTGTCACCGCTTCCACTTCTGCAGATGCTGTTTTGGAAGTTGAGAGCCTTGTTTCTCACTATCGTACTCCCTTTCTGAGCTTTGTTGTTTCTGTGGAGAAGGGTGAAATTGCTGTAAAGCGTGAGTACATGCTTTGCACGCCCTTTTACATGAAACCTGTAGCTGACAAATGGGAGGCTTTTTGTGTGAGACACTGTTTAGAGCCTTGGTTTGCTGACGACTATGGTGTTATGTGTAACGCCGTTGGAGTTGACACTTGCAAGCCTTCTCATGCAAAGTCACAGGAGTTTTTGGGTAACTTGCGTCCTAAGTGTCCCACCGTTCTTTTTCAGATAGATGGTGGAAAAATTTGGGATACAGTTGTTAACTCGTGTAAGGCTCTATTTGACTTTGTTAAATCTGCCCAGTTTACTCTTACCCCCGACGGTTTGCTGGGTAGTTGTGCTAAGAGGTTCCGTCAGTTTATGGATTTACTTCTTAAGCTTTATAATGAATTTCTGGGTTTAACCTGCAAAGCTGTTAAAACTGCTGGTGTGACTTTTAAGTTTTATGCAGTTGAACAGCCTTATGTGGTTTTCAACGGTGTTCTTAGTCGCCTTGCGCGTAAGAAACCTGCTGATGTTGATTGCTCATTTGACAGCCGTGTTGGCGAGTTTTGGGCATTCATTGATGCCACTTATGCTATTGACAACCCAAAGGTTGCTGATGTTGAACCCCTGGAACTTTCAGAGGTTGACTTTGTGCCTCCTACTAATGGTGGCAGGTTTGTCATCTCTGATGATTTCCTGTGGTACAACAAAGATGACCTTTATTATCCTGCTGGTCTGAGTGGTGTCTTGCCAAAAGCTTTTACTAAAAATGCTGGTGGAAAGATAACATTCTCAGATGAGGTCGTGGTACATGACATTGAACCAACACACAAGGTCAAGCTCATCTATGAGTTTGAGGACGATAAAATTGCCGACATCTGTAAAAAGACTATCGGCAAGCGTATCGTTCACACTGGTGATTGGGACGCATTGTGTAACACGCTTCGCACAGCTTTGGATGTTTTGTCTAAGCATGTTAAGTTACCAGAGTGTTTCATTTATGATGAAGAAGGGGGTAATGATTACACCAAACCTGTCATGATTTCTCAGTGGCCTGCTGCTGCTTCTAGTGATGATGAGAGTGTCGAAGACGTGTGTGAGGACCCCGTCGACGATTCGGCAGATGTTGATGAATCGATGAAAGGTGAGCCACAGATTCAAGACCCTGAACCTGAGATCATCATTGACGAAGTTCAAGAAGTCAATGATGCACTCAATTTCATCGTCCCTACTGAAAGCAGTTATAAACCTGACCCTTTTGCCTACCCGTACAATGACTTTAATGGTTTAAAAGTTTTGAAGCAAAGTCATAACAATTGTTGGGTCAACGCTACTTGCATACAGCTGCAACTTACTGGTTTGTTGTCTGATGAACCAGCAGTGCAGTTGTTTAAGGCAGGTCGTGTTGCACCACTTGTTAAACAATGCTACGAAGCTCTGAGTACCATTAAAGGGGCTTTAGGCGATGTCGCAGAATGCATGGATAAGCTATTGAAAGATAGTTTCACCATGTTTATAACATGTGACACTGTTTGTGGGTGCAAAGTTAGTAGGGCAGAATTCGCTGGGAGTTTCTTCAGGTTTATGCCTGTTGCTACACCATTTCCGTATGGTGGCTGTTCTAATTGTAGAAAAGCCATTATGCATACAATACGGTCTATAAAGGGCACTGGTGTTTTCTCTCAAGCTAAGCCTGCACCATTTGATGTTAAGGACAGTATAGTCCCTGTTAAGTGTGCAGCTGTGTACTTGGGTTCCACAGAGGCCGGCCATTACAAGGTTAACATCTTTGACAAGAAGGTGTCCGTTGATGGTATGGGCGTTACACCTATTAACAACAACAATGTCAACACACTTTGTGTTGTTGATGTTGACTACACTAGCACTGCTGAGACTCCGGTTTTGGAAGTCGACATGAAACCTTTTGCAATCTCTGGTGATGTGCAATTCTTCCAGGGTGAGGTTGGCAAGGTTTTAACCAGTGTTAAGCATGATTTTGTTGTTAATGCTGCCAATGAGAAGTTGGCACATGGTGGGGGTATCGCCAAGGCCTTGAATGATTTTACAGGTGGTGAACTTCAGGTTCTGTCTGACAGGTACATTAAGAAAAATGGTCCTGTCAAGGTTGGTGCTGGTGCTATGATTGACTGTAAGGCTGCGCGTGTGTTGAATGTCGTCGGTCCTAGAGCTGGTAAGCATGAGGTTTCTCTGCTTACAAAAGCCTACAAGACGATTTTACGCACACCTGGTTTTGGTCTTACACCAATACTTAGCTGTGGCATCTTTGGTGTTAAACTCGAAACCTCTCTCAATGTACTCTTGGATGTTATCACAGGTAAGCCACTCAGTGTTGTGGTTTACAGTGATAGTGAGGTTGATGCAGTTAAAACTGTTTTGGCTTCACGAAAGAGTGCTGTGTCTGAAGAGGTTGTGCCGCCTGCTGATAAACCTGCGGCAGAAGAGATTGCACCTGTTAGTGAACCTGCTGATGTTGTTGACGACGTTGTTGTCCAAAAGTCAGGTGTTGACATTCAGCCATTTAGGGTTGAAGGCAACTTTGAGTTTTACAACTGTAACATCACCGATCTTACCGGACCTGAACCATTTGTCTTGTTTACGAGTCCAACACTCAAACTTGATAAGCATGGTGAAGATCTTGATAAGCAGTTGAATGGTGTTCTGTCGTCTGCCATTTCAGATTATCTTAGTAAGAACAAGGCTGTACCCGCTGGCAACATGATTAAACTTGTCGTAGAGAATACGACTGTTTATATGAGTGTTGTCCCTAATGAGCTTGACCCTGCGTTCAGCAAGAATGTTGAACGTTGTGCACATAAGCTCAATAGGCTAAAGCTCAGCTTTGTCACTAACTTACCACCTTCTTATGCGCTTAGAGGCCTGTTGTCAAGCCTCACTGTGCGCATTAAATTTGTCACTCACACAATTGAAGTTGTTGATGAGTGTTTTAAACCCTCTGTTGTCACTGTTAAAGTGACTGAGGATGGTGTCAACGTCAAGGATGTTGTCGTTGACACTTCACAATCTTACCAGTCTCAGATTGGTGTTGTTTCGGACGGCAAAGATGT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Protein
MAYNQLTLAVASDSEISGHGCSSLSEAVHSYSVAASSGFGNCRFVSFGLQDLVNGVKDDDFVLCLTGDNVLRATIGPFGDRPCNLRGWLIFSNSNYTLQDFDVSFGGFGGNKIPVDQYMCGYDGKPVIPAGSWEFKNYFEDGNEITLNGVVYYLAWQVERKPLPHANQNLLSITEILYLSKEQHTLLPGSILTTAAPPKRSAKVVLSDDWKSLYEECGSPFVNNGTTLLEVVPKPVFLNAFVNCKCGNSCWSVGDWTGYKSACCGENAQRVCVVPGEVVAGDIVVTSKAAGVGVKYYTGMTLKFVKECGNVHLWRVIAVQSSDGFVASSTYDEDAHYRKLDPFCFDVNTQMAKDLRLAFLGNQPSDAVKNAVCSGVIDISAGYFGLYDDIINSHKPWFVRKLSGLVDVAWNKFVTALKNLPVTSAQLVKFLKAVGSAAIAVTNGVIRIVADVPSMFADAFELLKSAVSTIFDAASEVVTIGGQQFRAIGSYILLNNAIVKIVTEKVKGVREHSLRTAKYANAVIGCTVDVTPTHIEPAVVSLKLVDQAPPIDKKGRIKVIGGQAFYFCNGVYRLMATPTAVLQEPVFAGEASYNIKFKESPPSGFTQRVVTASTSADAVLEVESLVSHYRTPFLSFVVSVEKGEIAVKREYMLCTPFYMKPVADKWEAFCVRHCLEPWFADDYGVMCNAVGVDTCKPSHAKSQEFLGNLRPKCPTVLFQIDGGKIWDTVVNSCKALFDFVKSAQFTLTPDGLLGSCAKRFRQFMDLLLKLYNEFLGLTCKAVKTAGVTFKFYAVEQPYVVFNGVLSRLARKKPADVDCSFDSRVGEFWAFIDATYAIDNPKVADVEPLELSEVDFVPPTNGGRFVISDDFLWYNKDDLYYPAGLSGVLPKAFTKNAGGKITFSDEVVVHDIEPTHKVKLIYEFEDDKIADICKKTIGKRIVHTGDWDALCNTLRTALDVLSKHVKLPECFIYDEEGGNDYTKPVMISQWPAAASSDDESVEDVCEDPVDDSADVDESMKGEPQIQDPEPEIIIDEVQEVNDALNFIVPTESSYKPDPFAYPYNDFNGLKVLKQSHNNCWVNATCIQLQLTGLLSDEPAVQLFKAGRVAPLVKQCYEALSTIKGALGDVAECMDKLLKDSFTMFITCDTVCGCKVSRAEFAGSFFRFMPVATPFPYGGCSNCRKAIMHTIRSIKGTGVFSQAKPAPFDVKDSIVPVKCAAVYLGSTEAGHYKVNIFDKKVSVDGMGVTPINNNNVNTLCVVDVDYTSTAETPVLEVDMKPFAISGDVQFFQGEVGKVLTSVKHDFVVNAANEKLAHGGGIAKALNDFTGGELQVLSDRYIKKNGPVKVGAGAMIDCKAARVLNVVGPRAGKHEVSLLTKAYKTILRTPGFGLTPILSCGIFGVKLETSLNVLLDVITGKPLSVVVYSDSEVDAVKTVLASRKSAVSEEVVPPADKPAAEEIAPVSEPADVVDDVVVQKSGVDIQPFRVEGNFEFYNCNITDLTGPEPFVLFTSPTLKLDKHGEDLDKQLNGVLSSAISDYLSKNKAVPAGNMIKLVVENTTVYMSVVPNELDPAFSKNVERCAHKLNRLKLSFVTNLPPSYALRGLLSSLTVRIKFVTHTIEVVDECFKPSVVTVKVTEDGVNVKDVVVDTSQSYQSQIGVVSDGKDVLSGTLPSVQDEGQVLVVAPNVDWQTYYGFPEAEAFSTFDCKPYEFENDVVNGMRVMKTSDNNCWVNATCIALQYLKPSFKSEGLRALWNKFVLGDVGQFVRFVYHIAGANKGDKGDAEDTLFKLSKFIESDAVTVLEQYSACVECADTTVTVSGAVVCASVLRDGCDAGHCPHRCKVRARVKSVKGRAVVTNVEVPTVLPANRLLKGVAYVAFSGPVDSGHYTVFDARGKSMYDGDRYLAHDLSTLAVSSVVMTGGYTAHNVTQSVVVKPEPTVMERIDKGAGTFFKWGDFLMHNFVLFFTWLFTMCSLVVTTLRKKDIKIMAMAPERTGVVLRKSLKYNVRASITVVKQKWWLLSMFFKLLLLLYTVYAAVFMSVRFGPFNSHLCDGVVSGYEESSFDKDLYCGNSPMCKMCLFGYQELNDFEHTSVIWRHLTDPLFSSFKPVIVLGLMLIFGNMYLRFSLLYFVAQYFNKLGVFFGFQQTQWYLNVLPFDLVCDELIVSVIVYKALMFLRHVLLGCTDPNCVACSKSARLRRVPLQTIVNGTMRSFYVSANGGAKLCKKHNFFCVNCDEFGPGNTFINGEIARELGNVTKTSVQPTAPAYVIIDKVDFADGFYRLYAGETFWRYDFDITEPKYGCKEVLKNCNTLVDFIVFNNSGTNVTQVKNLCVYLSQLLCKPIKLVDSELLATLSVDFNGVLHKAYVEVLCNSFAKELNANMSMAECKAALGVTVSDEDFVNAVANAHRHDILLSEASFNNFVTSYAKPEEKLSAYDVACCMRAGAKVVNHNVLIKESLSIVWSARDFNTLSQEGRKYIVKTTKAKGLTFLLTFNDNAAITQVPATSIVSKQGAGFKKTYSFIWYTCLFIVALFSLISLWDFTTYVDSFPGYDFKYIENGQLKVFDKPLGCVRNVFNDFNQWHQAKFGSVPTNSDKCPIVVGVSERTNVVPGIPTNVYLVGKTLVFTVQAAFSDTGVCYDLYGPTTPERCIFNSACTKLEGLGGVGVYCHEANLVDGAKLYSDLQPNTYYRYDKDNYVRLPEILMRGFGFKTIRTLATTYCRVGECIDSMRGVCFGLDKWFVYDGSTDGHVCGDGLLDLLLNVLSIFSASFSVAAMSGQIVFNFCIAALVVFMCFLVTKFKRVFGDMSLGVCTVVCATVVNNLSYVVTQNVLFMIVYALLYFAVTRTFRYAWIWYIAYVIAYIFFAPWWLYLWFVIVAIMDLLPNLFKLKVSTHLFDGDKFVGTFENAAAGTFVLDMHSYEKLVNSIAPEKLKSYAASYNKYKYYSGGANEADYRCACYAHLAKAMMDYAQNHNDMLYSPPTISYNSTLQAGLRKMAQPSGRIESCVVRVCYGNTVLNGIWLGDTVYCPRHIIAPCTTSLIDYDHAYSIMRLHNFSISVGNVFLGVISAVMQGSVLRIKVSQNNINTPPHSFRTLKPGESFNILACYDGVASGVFGVNLRTNYTIRGSFINGACGSPGYNVKSDGTVEFVYLHQIELGSGCHVGSSFEGAVYGGFEDQPTLQVESASTLVTDNLLAFLYAALLNGCNWWLKGDVCTVDSYNEWAHANGFTAVNSVDCYSILAAKTGVSVERLLSAIQRLANGFGGKNILGYTSLCDEFTLSEVIKQMYGVSLQSGKTTSVFKTIALFALFFIMFWSELFLYTTSFWFNPVVITPVLGLLVLFSLILTGFVKHKMLFLQAFLLPVVMAMAIYNCAWDMHVNTLLATSFDYHVSFLQMDIQGLLNVVICLLVTFLHTWRFAKANFTSWATYVCSLLAVLYTYFYSGEVLSLLIMFLCAVTNEWYIGAMAYRLARLLITLLPVSLFDYLGETKVLLSVYLILGYLCCVYWGILYWVNRFFKCTMGIYDFKVSPAEFKYMVANGLSAPQGPFDAVVLSFKLLGIGGPRTIKISTVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSNMNIAANSSEWAYCVNLHNKINLCNDPEQAQEMLLALLAFFLSKHSDFGVDELVDSYFENSSTLQSVASSFVNMPSYIAYENARQAYEDAVNNGSNPQLVKQLKRAMNIAKSEFDHELSVQKKIGRMAEQAAAQMYKEARAVNRKAKVISAMHAMLFGMLRRLDMSSVENVLSLARDGVVPLSIIPAASASRLTIVSPDFDSYVKIVFEGCVHYAGVVWNIVDVKDNDGKPVHIKEITKDNVEAIVWPIILNCERVVKLQNNEIMPGKLKQKVARAEGDNGLSAEGKALYNTESGKTFMYAFISSKADLKCVKWEHEGGCATVELDAPCRFMVETPNGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAANSGLLTVCAFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGAGNGQAVTATVDANSNQDSYGGASVCLYCRAHVPHNTMDGYCKYKGKYVQIPMGCMDPIRFCLENEVCKVCGCWLNNGCVCDRTTMQSFDHSYLNRARGSSAARLEPCNGTDVDVCVRAFDIYNKGVSFLGKCLKVNCARFKNADLKDGFFVIKRCPKSVMDHEQSMYELLKGCGSLASHDFFTWREGRSVYGNVSRQNLTKYTMMDLVFALRNFDEKDCEVLKEILVLTGCCDESYFDNKDWYDPVENEDIHRVYATLGKIVSNAMLKCVALCDEMVLRGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFIVSLPGMGVPCCTSYYSYMMPIMGLTNCLASECFIKSDIFGQDFKTFDLLEYDFTEHKERLFQKYFKYWGQDYHPNCSDCYDDMCVVHCANFNTLFATTIPNTAFGPLCRKVFIDGVPLVATAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSTRLSINELLQFVTDPALIIASSPALVDQRTVCFSVAALSTGMTNQTVKPGHFNQEFYDFLRSQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAVRDFDYYRYNRPTMLDICQARVTYKVVQRYFDVYEGGCITARDVVVTNLNKSAGWPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIEGVENPRLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHVTCCSSEDKFYRLSNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLGVPSDSCNNIGVKELQRRLYDNCYRSTNVDESFVDDFYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYAELGYIADIGAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEDDLTKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHSNPEYRKVFYVLLDWVRHLNKTLNAGILESFSVTLLD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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR018995
RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR014822 NSP9
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR027352 CV_ZBD
IPR009466 NSP11
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR008740 Peptidase_C30
IPR002589 Macro_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204 NSP7_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014828 NSP7
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR042515 Nsp15_N
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
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IPR042515 Nsp15_N
IPR013016 Peptidase_C30/C16
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=3071
Ontologies
GO
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0032259 P:methylation
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
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GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6782
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
352.348979999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00111
Total prob of N-in:
0.00048
outside
1 - 1958
TMhelix
1959 - 1981
inside
1982 - 2018
TMhelix
2019 - 2041
outside
2042 - 2110
TMhelix
2111 - 2133
inside
2134 - 2521
TMhelix
2522 - 2544
outside
2545 - 2776
TMhelix
2777 - 2799
inside
2800 - 2824
TMhelix
2825 - 2847
outside
2848 - 2851
TMhelix
2852 - 2874
inside
2875 - 3305
TMhelix
3306 - 3328
outside
3329 - 3331
TMhelix
3332 - 3351
inside
3352 - 3357
TMhelix
3358 - 3380
outside
3381 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3423
TMhelix
3424 - 3446
outside
3447 - 3450
TMhelix
3451 - 3473
inside
3474 - 3492
TMhelix
3493 - 3515
outside
3516 - 6782
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.224252
Theta
0.465593
Tajima's D
-1.85033
CLR
3.083361
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 | |||
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 | |||
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
| CHINA_BAT_2014_NC_030886 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_018871 | |||
| USA_MURINE_2009_NC_012936 | |||
| CHINA_RABBIT_2006_NC_017083 | |||
| UK_PIG_2000_NC_003436 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898435 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898436 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898444 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898414 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898439 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898413 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898412 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898411 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898416 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898443 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898420 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898408 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898423 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898432 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898409 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898425 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898446 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898438 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898440 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900501 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898427 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898415 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898421 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898431 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898410 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900498 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898430 | |||
| GERMANY_PIG_1978_LT897799 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898447 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898426 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898417 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900500 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898445 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898418 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898441 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898433 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT900502 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT900499 | |||
| BELGIUM_PIG_1980_LT906620 | |||
| BELGIUM_PIG_1977_LT905450 | |||
| SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451 | |||
| BELGIUM_PIG_1978_LT906581 | |||
| UK_PIG_1987_LT906582 | |||
| CHINA_PIG_2009_NC_016990 | |||
| CHINA_PIG_2010_NC_039208 | |||
| KENYA_BAT_2010_KY073745 |
Protein Protein |
APD51481.1 APD51482.1 |
|
| KENYA_BAT_2010_NC_032107 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016994 | |||
| EUROPE_MURINE_2004_AY700211 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011550 | |||
| USA_MURINE_1997_NC_001846 | |||
| USA_MURINE_1998_NC_023760 | |||
| MID_EAST_HS_2012_NC_019843 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016993 | |||
| CHINA_MURINE_2013_NC_032730 | |||
| USA_HS_2004_AY585228 | |||
| NETHERLAND_HS_2004_NC_005831 | |||
| CHINA_HS_2004_NC_006577 | |||
| EUROPE_HS_2000_NC_002645 | |||
| NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292 | |||
| JAPAN_FERRET_2013_LC119077 | |||
| USA_FELINE_2005_NC_002306 | |||
| CHINA_MURINE_2011_NC_034972 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016996 | |||
| ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011547 | |||
| CHINA_BAT_2012_NC_028824 | |||
| CHINA_BAT_2013_NC_028814 | |||
| CHINA_BAT_2013_NC_028833 | |||
| CHINA_BAT_2011_NC_028811 | |||
| USA_BOVIN_2001_NC_003045 | |||
| CHINA_MURINE_2012_NC_026011 | |||
| GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_022643 | |||
| GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207 | |||
| UK_HS_2012_NC_038294 | |||
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