Strain

USA_BOVIN_2001_NC_003045 (Region: USA;  Strain: Bovine coronavirus, complete genome.;  Date: 2001)

Gene

orf1a polyprotein

Description

Annotated in NCBI,  orf1a polyprotein

Location

NC_003045(+):211-13362

GenBank Accession

NP_150074.1

Full name

Replicase polyprotein 1a      

Alternative Name

ORF1a polyprotein

CDS

ATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCAGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAGGAGAAGTTGGACAACCCTAGTAGTTCAGAGGTGGATATAGTATGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGGCGGAATTTGTCCTGAAAATCATGTGATGGTGGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAATGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATACGTGAAATTGTTATGAATACACGTCCATATGATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGCGAAGCAGTTTTGGTTACACCCCCTCTAGGTATGTCTCTGGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAATGGATGGACCATGGGTTTGTTTCGGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGCTGCGCTGTTAACAAGCATGTGGCCTATCAGCTATATATGATTGACCCTGCGGGTGTCTGTTTTGGTGCAGGTCAATTTGTGGGTTGGGTTATACCCTTAGCCTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTATTGTTCCTTGGGTTATGTACTTGCGTAAGTGTGGCGAAAAGGGTGCCTACAACAAAGATCATAAACGTGGCGGTTTTGAACACGTTTATAATTTTAAAGTTGAGGATGCTTACGACTTGGTTCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTATGCTTTAATTAGAGGATACCGTGGTGTTAAACCGCTTCTTTATGTAGACCAGTATGGTTGTGATTATACTGGTGGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTATTTCCTATTTGGAGCCAGGAACTCCCTTTTGATGTAACTGTGGCATGGCACGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGACTGCAAAGTGCTTCTACTATACGTAGTGTTGCATATGTTGCTAACCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTATAAAGGAACCTGTGCATGTTTATGCGGATGACTCTATTATTTTACGTCAACATAATTTAGTTGACATTATGAGTTGTTTTTATATGGAGGCAGATGCAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGATTTGAAAGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTATATTGACTGCGAACAAGACTTGTGTGATTTTAAAGGTTGGGTTCCTGGTAATATGATAGATGGTTTTGCTTGCACTACTTGTGGTCATGTCTATGAGACAGGTGATTTGCTAGCACAATCTTCAGGTGTTCTGCCTGTTAATCCTGTATTGCATACTAAGAGTGCAGCAGGTTATGGTGGTTTTGGTTGTAAGGATTCTTTTACCCTGTATGGCCAAACTGTAGTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATATGGATTCCTATATTAAAATCTTCTGTTAAGTCTTATGACGGTTTGGTTTATACTGGAGTTGTAGGTTGCAAGGCTATTGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCGTTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACACCAGCGGGAGTTGCTAGGTGTGTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGTTATTAAATAGAGGTGTGTACAAACCTCTTTTAGAGAATATTGATTATTTTAATATGCGGCGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGTTTTATGCCTTTTCTTTTAGATGATTTGGTTCCGCGCGCATATTATTTGGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGACTACGCAGATAAAATCTGCCATGCTGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTGTCTCTGGATTCTTTAAGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAAATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGGAACAAGTTTTGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTAAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTATTTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTAGAGAGTGATATATATTTTGTTAAAAACATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCGGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTTTATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTCTCAGGCAGTAAAATTTATGAAGTTGAGCGTGGCTTGTTACATTCATCTCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAACCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCAGATAGTGTGGTTGAAGTTGTTACAACTTCACTTACACCATGTGGTTATTCTGAACCACCTAAAGTTGCAGATAAAATTTGCATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGACAAATATTACCCTGTTGTGGTTGATGGTCATGTAGGACTCTTGGATCAAGCATGGAGGGTTCCTTGTGCTGGAAGGCGTGTTACATTTAAGGAACAGCCTACAGTAAATGAGATTGCAAGCACACCTAAGACTATTAAAGTTTTTTATGAGCTTGACAAAGATTTTAATACTATTTTAAACACTGCATGTGGAGTGTTTGAAGTAGATGATACCGTGGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAGGTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATTCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAGGAAGTTCTTGCTTCTAAATTGTATTGTGCTTTTACAGCTCCTGAAGATGATGACTTTCTTGAAGAAAGTGGTGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGTGAGGAAACTGATTTAACTGTCACAAGTGCTGGAGAGCCTTGTGTTGCCAGTGAACAGGAGGAGTCTTCTGAAATCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCATGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTAGAAATGTCGGATTTTGCTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAGCCAGAATTTGTTAAAGTTTTGGATCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGATGCAGAAACTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATATAAGCAACAGTATAGTCAGTTGTTTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTAGTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCCGATTTTGCATATTGGTTCTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATACTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTTGGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTCTCACATGTGTGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATGTGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTAGTGTGTATAAAGCAGCTTGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGTAAACAAATTGATGATCATCGTGTCACTAGTATTACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTCGAAATTGCCCAATTGTATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTATGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTTTCTAAGCGTGTTAAAGCAGAAGTCGTTGTAAATCCTGCTAATGGCCATATGGCACATGGTGGTGGTGTTGCAAAGGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTTTGTTAAAGAGACTACCGATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGACTGTTATGTCTCTACAGGGGGTAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGCATTGTTAGAGCGTGTTTATAAACATCTTAACAAATATGATTGTGTTGTTACAACTTTGATATCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCGTCTGATGTGTCTTTAACATATCTACTTGGTACTGCCGAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGAGGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGTCAGATAACTGCCGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGAGCGTCTTTCTTTTAATGTAGGGCGTTCTATCGTTTACGAAACAGATGCTAATAAGTTGATTTTAAGCAATGACGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTCTTACAGGATGTTTTATCCTTAAGACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTTGTTCAGAGCAATGTTGATGTTGTACCTGAGGGTTGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTATTTTGAGTGTCCCGGTGGCATAGATATATGCAGCCAGGATAAAGTTTTTGGTTATGTACAGCAGGGTAGTTTTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTTGGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTGATGGTGTCAATTTCACTAACAGGTTTGTGCCTGTAGGTGAAAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTCTGTGATGGAGTTAATGTCACGAAACATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTCCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGATTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCTTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTACTACAACATGCTTGTTAATTGTTCTAAATGGCAGGTTGTTTTTAATGGTAAGTATTTCACTTTTAAGCAAGC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Protein

MSKINKYGLELHWAPEFPWMFEDAEEKLDNPSSSEVDIVCSTTAQKLETGGICPENHVMVDCRRLLKQECCVQSSLIREIVMNTRPYDLEVLLQDALQSREAVLVTPPLGMSLEACYVRGCNPNGWTMGLFRRRSVCNTGRCAVNKHVAYQLYMIDPAGVCFGAGQFVGWVIPLAFMPVQSRKFIVPWVMYLRKCGEKGAYNKDHKRGGFEHVYNFKVEDAYDLVHDEPKGKFSKKAYALIRGYRGVKPLLYVDQYGCDYTGGLADGLEAYADKTLQEMKALFPIWSQELPFDVTVAWHVVRDPRYVMRLQSASTIRSVAYVANPTEDLCDGSVVIKEPVHVYADDSIILRQHNLVDIMSCFYMEADAVVNAFYGVDLKDCGFVMQFGYIDCEQDLCDFKGWVPGNMIDGFACTTCGHVYETGDLLAQSSGVLPVNPVLHTKSAAGYGGFGCKDSFTLYGQTVVYFGGCVYWSPARNIWIPILKSSVKSYDGLVYTGVVGCKAIVKETNLICKALYLDYVQHKCGNLHQRELLGVSDVWHKQLLLNRGVYKPLLENIDYFNMRRAKFSLETFTVCADGFMPFLLDDLVPRAYYLAVSGQAFCDYADKICHAVVSKSKELLDVSLDSLSAAIHYLNSKIVDLAQHFSDFGTSFVSKIVHFFKTFTTSTALAFAWVLFHVLHGAYIVVESDIYFVKNIPRYASAVAQAFRSVAKVVLDSLRVTFIDGLSCFKIGRRRICLSGSKIYEVERGLLHSSQLPLDVYDLTMPSQVQKAKQKPIYLKGSGSDFSLADSVVEVVTTSLTPCGYSEPPKVADKICIVDNVYMAKAGDKYYPVVVDGHVGLLDQAWRVPCAGRRVTFKEQPTVNEIASTPKTIKVFYELDKDFNTILNTACGVFEVDDTVDMEEFYAVVIDAIEEKLSPCKELEGVGAKVSAFLQKLEDNSLFLFDEAGEEVLASKLYCAFTAPEDDDFLEESGVEEDDVEGEETDLTVTSAGEPCVASEQEESSEILEDTLDDGPCVETSDSQVEEDVEMSDFADLESVIQDYENVCFEFYTTEPEFVKVLDLYVPKATRNNCWLRSVLAVMQKLPCQFKDKNLQDLWVLYKQQYSQLFVDTLVNKIPANIVVPQGGYVADFAYWFLTLCDWQCVAYWKCIKCDLALKLKGLDAMFFYGDVVSHVCKCGESMVLIDVDVPFTAHFALKDKLFCAFITKRSVYKAACVVDVNDSHSMAVVDGKQIDDHRVTSITSDKFDFIIGHGMSFSMTTFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDIIKVSKRVKAEVVVNPANGHMAHGGGVAKAIAVAAGQQFVKETTDMVKSKGVCATGDCYVSTGGKLCKTVLNVVGPDARTQGKQSYALLERVYKHLNKYDCVVTTLISAGIFSVPSDVSLTYLLGTAEKQVVLVSNNQEDFDLISKCQITAVEGTKKLAERLSFNVGRSIVYETDANKLILSNDVAFVSTFNVLQDVLSLRHDIALDDDARTFVQSNVDVVPEGWRVVNKFYQINGVRTVKYFECPGGIDICSQDKVFGYVQQGSFNKATVAQIKALFLDKVDILLTVDGVNFTNRFVPVGESFGKSLGNVFCDGVNVTKHKCDINYKGKVFFQFDNLSSEDLKAVRSSFNFDQKELLAYYNMLVNCSKWQVVFNGKYFTFKQANNNCFVNVSCLMLQSLNLKFKIVQWQEAWLEFRSGRPARFVSLVLAKGGFKFGDPADSRDFLRVVFSQVDLTGAICDFEIACKCGVKQEQRTGVDAVMHFGTLSREDLEIGYTVDCSCGKKLIHCVRFDVPFLICSNTPASVKLPKGVGSANIFKGDKVGHYVHVKCEQSYQLYDASNVKKVTDVTGNLSDCLYLKNLKQTFKSVLTTYYLDDVKKIEYNPDLSQYYCDGGKYYTQRIIKAQFKTFEKVDGVYTNFKLIGHTICDILNAKLGFDSSKEFVEYKVTEWPTATGDVVLATDDLYVKRYERGCITFGKPVIWLSHEQASLNSLTYFNRPLLVDENKFDVLKVDDVDDGGDISESDAKESKEINIIKLSGVKKPFKVEDSVIVNDDTSEIKYVKSLSIVDVYDMWLTGCRYVVRTANALSMAVNVPTIRKFIKFGMTLVSIPIDLLNLREIKPVFNVVKAVRNKISACFNFIKWLFVLLFGWIKISADNKVIYTTEVASKLTCKLVALAFKNAFLTFKWSVVARGACIIATIFLLWFNFIYANVIFSDFYLPKIGFLPTFVGKIAQWIKSTFSLVTICDLYSIQDVGFKNQYCNGSIACQFCLAGFDMLDNYKAIDVVQYEADRRAFVDYTGVLKIVIELIVSYALYTAWFYPLFALISIQILTTWLPELFMLSTLHWSVRLLVSLANMLPAHVFMRFYIIIASFIKLFILFRHVAYGCSKPGCLFCYKRNRSLRVKCSTIVGGMIRYYDVMANGGTGFCSKHQWNCIDCDSYKPGNTFITVEAALDLSKELKRPIQPTDVAYHTVTDVKQVGCYMRLFYERDGQRTYDDVNASLFVDYSNLLHSKVKGVPNMHVVVVENDADKANFLNAAVFYAQSLFRPILMVDKNLITTANTGTSVTETMFDVYVDTFLSMFDVDKKSLNALIATAHSSIKQGTQICKVLDTFLSCARKSCSIDSDVDTKCLADSVMSAVSAGLELTDESCNNLVPTYLKGDNIVAADLGVLIQNSAKHVQGNVAKIAGVSCIWSVDAFNQLSSDFQHKLKKACCKTGLKLKLTYNKQMANVSVLTTPFSLKGGAVFSYFVYVCFLLSLVCFIGLWCLMPTYTVHKSDFQLPVYASYKVLDNGVIRDVSVEDVCFANKFEQFDQWYESTFGLSYYSNSMACPIVVAVVDQDLGSTVFNVPTKVLRYGYHVLHFITHALSADGVQCYTPHSQISYSNFYASGCVLSSACTMFAMADGSPQPYCYTEGLMQNASLYSSLVPHVRYNLANAKGFIRFPEVLREGLVRIVRTRSMSYCRVGLCEEADEGICFNFNGSWVLNNDYYRSLPGTFCGRDVFDLIYQLFKGLAQPVDFLALTASSIAGAILAVIVVLVFYYLIKLKRAFGDYTSIVFVNVIVWCVNFMMLFVFQVYPTLSCVYAICYFYATLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPLWFCLLYISVVVSNHAFWVFAYCRRLGTSVRSDGTFEEMALTTFMITKDSYCKLKNSLSDVAFNRYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKAMDTFTNNNGSDVLYQPPTASVSTSFLQSGIVKMVNPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSASDMTNPDYTNLLCRVTSSDFTVLFDRLSLTVMSYQMQGCMLVLTVTLQNSRTPKYTFGVVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSYTIKGSFLCGSCGSVGYVLMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGDFYGPYKDAQVVQLPVQDYIQSVNFVAWLYAAILNNCNWFVQSDKCSVEDFNVWALSNGFSQVKSDLVIDALASMTGVSLETLLAAIKRLKNGFQGRQIMGSCSFEDELTPSDVYQQLAGIKLQSKRTRLVKGIVCWIMASTFLFSCIITAFVKWTMFMYVTTNMLSITFCALCVISLAMLLVKHKHLYLTMYIIPVLFTLLYNNYLVVYKQTFRGYVYAWLSYYVPSVEYTYTDEVIYGMLLLIGMVFVTLRSINHDLFSFIMFVGRVISVVSLWYMGSNLEEEILLMLASLFGTYTWTTALSMAAAKVIAKWVAVNVLYFTDIPQIKIVLVCYLFIGYIISCYWGLFSLMNSLFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPKNSFEALMLNFKLLGIGGVPIIEVSQFQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLGVAFEKLAQLLIVLFANPAAVDSKCLTSIEEVCDDYAKDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEVAKKNLDEARSSGSANQQQLKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLAANTLTIIVPDKSVYDQVVDNVYVTYAGNVWQIQTIQDSDGTNKQLNEISDDCNWPLVIIANRHNEVSATVLQNNELMPAKLKTQVVNSGPDQTCNTPTQCYYNNSNNGKIVYAILSDVDGLKYTKILKDDGNFVVLELDPPCKFTVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGTATEYASNSSILSLCAFSVDPKKTYLDFIQQGGTPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTNQDSYGGASVCIYCRARVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPVGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVSTDTTVQSKDTNFLNGFGVRV

Function

The papain-like proteinase 1 (PL1-PRO) and papain-like proteinase 2 (PL2-PRO) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. Antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the phosphorylation, dimerization and subsequent nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
binds to the 40S ribosomal subunit and inhibits host translation. The nsp1-40S ribosome complex further induces an endonucleolytic cleavage near the 5'UTR of host mRNAs, targeting them for degradation. By suppressing host gene expression, nsp1 facilitates efficient viral gene expression in infected cells and evasion from host immune response (By similarity).

Catalytic Activity

TSAVLQ-|-SGFRK-NH(2) and SGVTFQ-|-GKFKK the two peptides corresponding to the two self-cleavage sites of the SARS 3C-like proteinase are the two most reactive peptide substrates. The enzyme exhibits a strong preference for substrates containing Gln at P1 position and Leu at P2 position.
Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).

Subunit

3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).

Miscellaneous

Produced by conventional translation.

Similarity

Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.

Keywords

Activation of host autophagy by virus   Decay of host mRNAs by virus   Eukaryotic host gene expression shutoff by virus   Eukaryotic host translation shutoff by virus   Host cytoplasm   Host gene expression shutoff by virus   Host membrane   Host mRNA suppression by virus   Host-virus interaction   Hydrolase   Inhibition of host innate immune response by virus   Inhibition of host interferon signaling pathway by virus   Inhibition of host IRF3 by virus   Inhibition of host ISG15 by virus   Inhibition of host RLR pathway by virus   Membrane   Metal-binding   Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase   Modulation of host ubiquitin pathway by virus   Protease   Repeat   Ribosomal frameshifting   RNA-binding   Thiol protease   Transmembrane   Transmembrane helix   Ubl conjugation pathway   Viral immunoevasion   Zinc   Zinc-finger  

Feature

chain  Replicase polyprotein 1a

Uniprot

P0C6T8  

Pubmed

11714968   

EMBL

AF391541   

Proteomes

UP000008570   

PRIDE

P0C6T8   

Pfam

PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10
PF01831   Peptidase_C16
PF08717   nsp8
PF11963   DUF3477
PF16251   NAR
PF08716   nsp7
PF01661   Macro
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Interpro

IPR014828   NSP7
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
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IPR037204   NSP7_sf
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IPR002589   Macro_dom
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
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IPR014827   Viral_protease
IPR014829   NSP8
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR014822   NSP9
IPR038083   R1a/1ab
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus

SUPFAM

SSF140367   SSF140367
SSF159936   SSF159936
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
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SSF144246   SSF144246

Gene 3D

1.10.150.420     1.10.8.370     2.40.10.250     2.40.10.290     3.10.20.350    

ProteinModelPortal

P0C6T8  

PDB

6JIJ     E-value=1.30527e-155,     Score=1420