Strain

NETHERLAND_HS_2004_NC_005831 (Region: Netherland: Amsterdam;  Strain: Human Coronavirus NL63, complete genome.;  Date: 2004)

Gene

protein 3

Description

Annotated in NCBI,  protein 3

Location

NC_005831(+):24542-25219

GenBank Accession

YP_003768.1

Full name

Non-structural protein 3      

Alternative Name

Accessory protein 3a

CDS

ATGCCTTTTGGTGGCCTATTTCAACTTACTCTTGAAAGTACTATTAATAAGAGTGTGGCTAATCTCAAATTACCACCTCATGATGTTACTGTCTTGCGTGACAATCTTAAACCTGTTACTACACTTAGTACTATTACTGCTTATTTGTTAGTTAGTTTGTTTGTCACTTACTTTGCTTTATTCAAACCTCTTACTGCTAGAGGTCGTGTTGCTTGTTTTGTTTTAAAACTATTGACACTATTTGTCTATGTGCCTTTATTGGTTCTTTTTGGTATGTATCTTGACAGTTTTATAATTTTTTCTACGCTGTTGTTTCGATTCATACATGTTGGCTATTATGCCTATCTCTATAAAAATTTTTCATTTGTTTTGTTCAATGTTACTAAACTATGCTTCGTTTCAGGCAAGTGTTGGTATCTTGAACAATCATTTTATGAAAATCGTTTTGCTGCTATTTATGGTGGTGACCACTATGTCGTTTTAGGTGGTGAAACTATTACTTTTGTTTCTTTTGATGACCTTTATGTTGCTATTAGAGGTTCTTGTGAAAAGAACCTACAACTTATGCGTAAGGTTGACTTGTATAATGGTGCTGTCATTTACATTTTTGCCGAAGAGCCTGTTGTTGGTATAGTCTACTCTTCTCAACTATACGAAGATGTTCCTTCGATTAATTGA

Protein

MPFGGLFQLTLESTINKSVANLKLPPHDVTVLRDNLKPVTTLSTITAYLLVSLFVTYFALFKPLTARGRVACFVLKLLTLFVYVPLLVLFGMYLDSFIIFSTLLFRFIHVGYYAYLYKNFSFVLFNVTKLCFVSGKCWYLEQSFYENRFAAIYGGDHYVVLGGETITFVSFDDLYVAIRGSCEKNLQLMRKVDLYNGAVIYIFAEEPVVGIVYSSQLYEDVPSIN

Miscellaneous

Bat coronavirus 512/2005 is highly similar to porcine epidemic diarrhea virus (PEDV).

Keywords

Host membrane   Membrane   Transmembrane   Transmembrane helix   Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 3

Uniprot

H9EJ24   Q6Q1S1   A0A1Y0EV10   H9EJ52   U3M6Q9   U3M7U3   + More
H9EJA1   U3M6V4   A0A1V0PL03   H9EJ59   H9EJ66   A0A2L0WQG0   U3M698   A0A5B9BGU4   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   Q6R1L6   A0A5B9MVB9   H9EJV6   H9EJV9   H9EJW8   H9EJW2   H9EJV3   H9EJW5   A0A5B9MRB5   A0A1L2KGB1   A0A1L2KGC6   A0A1L2KGC7   A0A0P0K0Z4   A0A1L2KJL1   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGF2   A0A1B3TNA6   F1DB15   A0A0P0K0Y6   F1DB21   B1PHK3   A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A0P0K6K8   A2ICZ2   A0A0U1UZ22   A0A0U1WHC3   A0A1C8YZ23   A0A0U1WHG6   A2ICY9   A0A5B9MRW9   A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A0U1WHD4   A0A1V0BZA0   A0A2P1G6K2   A0A5C2D2K3   A0A2P1G6J2   A0A1V0E0V5   J9VBQ5   A0A5B9Y721   A0A3G1II23   A0A2P1G6P6   A8JNZ3   A0A0U1WHE7   A0A0U1UZB9   A0A2P1G6I3   A0A2S1WCF7   A0A2D1BJ51   A0A2P1G6I9   A0A346LQ16   A0A482JX72   A0A0U1WHE2   A8JP01   F1DAX7   A0A482K3B3   A0A4Y5QL67   A0A220YLL7   A0A3G8EWH8   A0A482JZU4   A0A3G3NGF5   S5ZIX9   A0A3G3NGZ1   A0A3G3NH43   F1DB08   A0A3G3NGZ8   A0A3G3NGB2   A0A3G3NGT8   A0A3G3NHK5   A0A3G3NGJ8   A0A3G3NHP3   Q0Q465   A0A482JX61   A0A3G3NGG5   A0A3G3NHE7   A0A3G3NGE6   A0A3G3NHL5  

Pubmed

22837419    22879617    27799635    29741740    15034574    17054987    + More
15073334    26378164    27528677    19239771    22561208    18420807    26678874    17194306    27125516    28893443    22926811    29167251    29618817    31419711    28654418    30171801    31207129    17617433    29704627    30103259    31067830    28840816    30447246    16840328   

EMBL

JQ765563    JQ765564    JQ765565    JQ765566    JQ765567    JQ765571    + More
JQ765572    JQ765574    JX104161    JX524171    JX504050    KF530104    KF530106    KF530108    KF530109    KF530110    KF530112    KF530114    KT266906    KT381875    KU521535    KX179500    KY674915    KY674916    KY554967    KY554969    KY554971    KY829118    MG428699    MG428700    MG428701    MG428702    MG428703    MG428704    MG428705    MG428706    MG428707    MN026166    MK334044    MK334046    MK334047    AFD98751.1    AFD98758.1    AFD98765.1    AFD98772.1    AFD98779.1    AFD98807.1    AFD98814.1    AFD98828.1    AFO70498.1    AFQ55885.1    AFV53149.1    AGT51325.1    AGT51339.1    AGT51353.1    AGT51360.1    AGT51367.1    AGT51381.1    AGT51395.1    AKT07953.1    ALJ53432.1    ANU06085.1    APF29072.1    ARB07400.1    ARB07407.1    ARE29964.1    ARE29976.1    ARE29988.1    ARK08628.1    AWK59932.1    AWK59938.1    AWK59944.1    AWK59950.1    AWK59956.1    AWK59962.1    AWK59968.1    AWK59974.1    AWK59980.1    QDH43735.1    QED88020.1    QED88034.1    QED88041.1    AY567487    DQ445911    DQ445912    KY983586    ARU07595.1    JQ765568    JQ765573    AFD98786.1    AFD98821.1    KF530107    AGT51346.1    KF530111    AGT51374.1    JQ765575    AFD98835.1    KF530113    AGT51388.1    KY554968    KY554970    ARE29970.1    ARE29982.1    JQ765569    AFD98793.1    JQ765570    AFD98800.1    MG772808    AVA26874.1    KF530105    MK334043    AGT51332.1    QED88013.1    MK334045    QED88027.1    DQ462776    ABE73433.1    DQ462779    ABE73436.1    DQ462773    ABE73430.1    DQ462778    ABE73435.1    DQ462775    ABE73432.1    DQ462777    ABE73434.1    DQ462774    ABE73431.1    DQ462772    ABE73429.1    DQ462780    ABE73437.1    AY518894    AAS89768.1    MN306018    QEG03732.1    JQ771056    AFD64752.1    JQ771057    AFD64755.1    JQ771060    AFD64764.1    JQ771058    AFD64758.1    JQ771055    AFD64749.1    JQ771059    AFD64761.1    MN306040    QEG03749.1    KY073744    APD51476.1    KY073746    APD51492.1    KY073745    APD51484.1    KT253272    ALK28794.1    KY073747    APD51500.1    KT253271    ALK28788.1    KY073748    APD51508.1    KU291449    AOG74790.1    HQ728485    ADX59489.1    KT253270    ALK28782.1    HQ728486    ADX59496.1    EU420139    ACA52172.1    KT368892    KT368893    KT368894    KT368895    KT368896    KT368897    KT368898    KT368899    KT368900    KT368901    KT368902    KT368903    KT368904    KT368905    KT368906    KT368907    KT368908    KT368909    KT368910    KT368911    KT368912    KT368913    KT368914    KT368915    KT368916    MF593473    ALA50089.1    ALA50096.1    ALA50103.1    ALA50110.1    ALA50117.1    ALA50124.1    ALA50131.1    ALA50138.1    ALA50145.1    ALA50152.1    ALA50159.1    ALA50166.1    ALA50173.1    ALA50180.1    ALA50187.1    ALA50194.1    ALA50201.1    ALA50208.1    ALA50215.1    ALA50222.1    ALA50229.1    ALA50236.1    ALA50243.1    ALA50250.1    ALA50257.1    ATI09438.1    KT253324    KT253325    KT253327    AOI28264.1    AOI28268.1    AOI28284.1    KT253269    ALK28776.1    EF198675    ABM64808.1    KJ473798    AIA62221.1    KJ473797    AIA62213.1    KT253326    AOI28276.1    KJ473810    AIA62272.1    EF198672    ABM64805.1    MN306046    QEG03786.1    EF198673    EF198674    EF198676    EF198677    EF198678    KF514429    KF514431    KU291448    KY369908    KY369910    KY369911    KY369912    KY369913    KY369914    KY674919    KY967357    KY983587    KY996417    ABM64806.1    ABM64807.1    ABM64809.1    ABM64810.1    ABM64811.1    AGT21339.1    AGT21354.1    AOG74784.1    APT69854.1    APT69867.1    APT69874.1    APT69881.1    APT69888.1    APT69895.1    ARB07426.1    ARK08643.1    ARU07602.1    ARX11397.1    JX503061    KF514430    KF514432    KF514433    AFR79258.1    AGT21346.1    AGT21361.1    AGT21368.1    KJ473799    AIA62228.1    KY684760    MF542265    ARA15430.1    AST12965.1    MF094686    AVM80485.1    MN369046    QEO75986.1    MF094687    AVM80493.1    KY674914    KY621348    ARB07393.1    ARK08621.1    JX503060    AFR79251.1    MK977618    QEH62670.1    MF167434    ASK51718.1    MG557844    MF094681    MF094682    MF094683    MF094684    MF769416    MF769417    MF769418    MF769419    MF769420    MF769421    MF769422    MF769423    MF769424    MF769425    MF769426    MF769427    MF769428    MF769429    MF769430    MF769431    MF769432    MF769433    MF769434    MF769435    MF769436    MF769437    MF769438    MF769439    MF769440    MF769441    MF769442    MF769443    MF769444    MG605090    MG605091    MK651076    AVM41571.1    AVM80440.1    AVM80449.1    AVM80458.1    AVM80467.1    AVM80525.1    AVM80534.1    AVM80543.1    AVM80552.1    AVM80561.1    AVM80570.1    AVM80579.1    AVM80588.1    AVM80597.1    AVM80606.1    AVM80615.1    AVM80624.1    AVM80633.1    AVM80642.1    AVM80651.1    AVM80660.1    AVM80669.1    AVM80678.1    AVM80687.1    AVM80696.1    AVM80705.1    AVM80714.1    AVM80723.1    AVM80732.1    AVM80741.1    AVM80750.1    AVM80759.1    AVM80768.1    AVM80777.1    AXY04084.1    AXY04093.1    QDE12098.1    EF203064    ABQ57209.1    KJ473808    AIA62260.1    KJ473800    AIA62235.1    MF094685    AVM80476.1    MG742313    AWJ64264.1    MF370205    ATN23890.1    MF094688    AVM80501.1    MH615810    AXP98440.1    MH697599    QBP43301.1    KJ473807    AIA62253.1    EF203065    EF203066    EF203067    ABQ57217.1    ABQ57225.1    ABQ57233.1    HQ728480    ADX59452.1    MG916901    QBP43257.1    MK720945    MK720946    QCX35168.1    QCX35179.1    KY799179    ASL24652.1    MH938448    AZF86119.1    MG916902    MG916903    QBP43269.1    QBP43280.1    MH687937    MH687961    MH687966    AYR18419.1    AYR18556.1    AYR18586.1    KF430219    AGT21334.1    MH687938    MH687944    MH687955    MH687958    MH687960    MH687965    AYR18425.1    AYR18462.1    AYR18520.1    AYR18538.1    AYR18550.1    AYR18580.1    MH687943    MH687956    AYR18456.1    AYR18526.1    HQ728484    ADX59483.1    MH687967    AYR18592.1    MH687934    AYR18401.1    MH687957    AYR18532.1    MH687946    AYR18474.1    MH687940    AYR18437.1    MH687945    MH687948    MH687954    MH687963    MH687964    AYR18468.1    AYR18482.1    AYR18514.1    AYR18568.1    AYR18574.1    DQ648858    MG916904    QBP43291.1    MH687935    AYR18407.1    MH687941    AYR18443.1    MH687939    AYR18431.1    MH687950    AYR18494.1   

Proteomes

UP000098690    UP000103541    UP000105969    UP000108941    UP000125140    UP000129674    + More
UP000134798    UP000136929    UP000140530    UP000141321    UP000141634    UP000143818    UP000144638    UP000145724    UP000146557    UP000151840    UP000158277    UP000162862    UP000167796    UP000173136    UP000008573    UP000115484    UP000138462    UP000100468    UP000168590    UP000174240    UP000153644    UP000110792    UP000106901    UP000130385    UP000151180    UP000171901    UP000161757    UP000204102    UP000277178    UP000130985    UP000096398    UP000122373    UP000143524    UP000100137    UP000101679    UP000103248    UP000103783    UP000104585    UP000108758    UP000110675    UP000115199    UP000115399    UP000116691    UP000120649    UP000124352    UP000128900    UP000136940    UP000136947    UP000147133    UP000151210    UP000152663    UP000152773    UP000153580    UP000153625    UP000169049    UP000171347    UP000173458    UP000173795    UP000118770    UP000110898    UP000106776    UP000144177    UP000110267    UP000137891    UP000139984    UP000143565    UP000135768    UP000105041    UP000166619    UP000104963    UP000126502    UP000106394    UP000096660    UP000130662    UP000152921    UP000174423    UP000113079   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

H9EJ24   Q6Q1S1   A0A1Y0EV10   H9EJ52   U3M6Q9   U3M7U3   + More
H9EJA1   U3M6V4   A0A1V0PL03   H9EJ59   H9EJ66   A0A2L0WQG0   U3M698   A0A5B9BGU4   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   Q6R1L6   A0A5B9MVB9   H9EJV6   H9EJV9   H9EJW8   H9EJW2   H9EJV3   H9EJW5   A0A5B9MRB5   A0A1L2KGB1   A0A1L2KGC6   A0A1L2KGC7   A0A0P0K0Z4   A0A1L2KJL1   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGF2   A0A1B3TNA6   F1DB15   A0A0P0K0Y6   F1DB21   B1PHK3   A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A0P0K6K8   A2ICZ2   A0A0U1UZ22   A0A0U1WHC3   A0A1C8YZ23   A0A0U1WHG6   A2ICY9   A0A5B9MRW9   A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A0U1WHD4   A0A1V0BZA0   A0A2P1G6K2   A0A5C2D2K3   A0A2P1G6J2   A0A1V0E0V5   J9VBQ5   A0A5B9Y721   A0A3G1II23   A0A2P1G6P6   A8JNZ3   A0A0U1WHE7   A0A0U1UZB9   A0A2P1G6I3   A0A2S1WCF7   A0A2D1BJ51   A0A2P1G6I9   A0A346LQ16   A0A482JX72   A0A0U1WHE2   A8JP01   F1DAX7   A0A482K3B3   A0A4Y5QL67   A0A220YLL7   A0A3G8EWH8   A0A482JZU4   A0A3G3NGF5   S5ZIX9   A0A3G3NGZ1   A0A3G3NH43   F1DB08   A0A3G3NGZ8   A0A3G3NGB2   A0A3G3NGT8   A0A3G3NHK5   A0A3G3NGJ8   A0A3G3NHP3   Q0Q465   A0A482JX61   A0A3G3NGG5   A0A3G3NHE7   A0A3G3NGE6   A0A3G3NHL5  

KEGG

vg:2943500     vg:30522872     vg:6020261     vg:26613666     vg:5741385     vg:26628035     vg:26626966     vg:16607890     vg:11266519    

GO

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0033644  C:host cell membrane

From MSLVP

Multi-Pass Membrane

From Uniprot

Host membrane  

Length:

225

Number of predicted TMHs:

3

Exp number of AAs in TMHs:

79.32686

Exp number, first 60 AAs:

21.30879

Total prob of N-in:

0.00086

POSSIBLE N-term signal

sequence

outside

1  -  38

TMhelix

39  -  61

inside

62  -  69

TMhelix

70  -  92

outside

93  -  96

TMhelix

97  -  116

inside

117  -  225

 

 

Pi

0.3206889

Theta

0.5315135

Tajima's D

-1.4764771

CLR

6.147596

Interpretation

No evidence of Selection