Strain

CHINA_HS_2004_NC_006577 (Region: China: Hong Kong;  Strain: Human coronavirus HKU1, complete genome.;  Date: 2004)

Gene

non-structural protein

Description

Annotated in NCBI,  non-structural protein

Location

NC_006577(+):27051-27380

GenBank Accession

YP_173239.1

Full name

Non-structural protein 4       + More
Non-structural protein of 12.7 kDa      
Non-structural protein of 12.9 kDa      

Alternative Name

Accessory protein 4
Non-structural protein of 12.5 kDa
Orf4 protein
12.7 kDa accessory protein
12.9 kDa accessory protein
NS2

CDS

ATGGACGTTTGGAGACCTAGCTACACACATTCTCTTGTTATTAGAGAATTTGGTGTTACAAACCTTGAAGATTTGTGTCTAAAGTATAATTACTGTCAACCTATTGTTGGTTACTGTATTGTACCTTTAAATGTTTGGTGTCGCAAGTTTGGCAAATTTGCTTCTCACTTTACATTACGTAGTCACGATATTTCCCATAGTAATAATTTTGGTGTTGTAACTAGTTTTACTACTTATGGTAATACTGTTTCTGAGGCTGTGTCTAGATTAGTTGAATCAGCTTCTGAATTTATTGTTTGGCGTGCAGAGGCACTTAATAAGTATGGTTGA

Protein

MDVWRPSYTHSLVIREFGVTNLEDLCLKYNYCQPIVGYCIVPLNVWCRKFGKFASHFTLRSHDISHSNNFGVVTSFTTYGNTVSEAVSRLVESASEFIVWRAEALNKYG

Miscellaneous

Isolate N1 belongs to genotype A.
Isolate N5 belongs to genotype C. Genotype C probably arose from recombination between genotypes A and B.
Isolate N2 belongs to genotype B.

Similarity

Belongs to the coronaviruses ns12.7 protein family.
Belongs to the coronaviruses 12.7 kDa protein family.

Keywords

Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 4

Uniprot

Q0ZJ84   Q5MQC9   E0YJ45   Q0ZJ92   Q0ZME6   Q14EA9   + More
A0A3G3NHQ6   C0KYZ1   C0KYS3   C0KYU2   C0KYV3   I7B5G7   P06590   Q77NN0   Q77NL7   Q9PY98   D4QFK3   Q9IKC9   A7U546   C0KYW3   Q6QX40   H9AA45   A0A5J6NRL1   H9AA66   C0KYX1   Q5ICX0   A0A5J6NRM0   A0A2S0SZ91   U3M6E7   Q04853   U3M6F4   A0A1S6KXQ7   A0A0K0L9S4   A0A385H6S5   A0A386BXP5   Q4VID4   A0A385H734   A0A0B4Q820   A0A482K9L1   A0A1S5VG87   Q06BD6   A0A191URY5   A0A5J6NX05   U3M761   R4WB36   A3E2F4   Q4VIE3   D0EY76   A7BKC5   P69609   Q77WY2   P69608   Q6W361   Q8JSP6   C6GHR3   A0A5J6NRI3   Q6W353   A8R4D3   A0A2P1IQB0   A0A2R4STX9   Q9QAQ5   A4ZU44   A0A1V0IG93   A4ZU77   A4ZU66   A4ZU55   D0EY96   A0A1V0IGB4   D0EY86   C6GHM8   A4ZU22   B7U2R8   C6GHP0   A4ZU11   B7U2N6   B7U2M5   C6GHQ1   C6GHL6   B7U2P6   A4ZTY9   A4ZU33   B7U2L4   Q0PL36   A4ZU00   B7U2Q7   Q8V6W3   Q99H66   P0C2P8   P0C2P7   A0A2R4STY6   A4ZTX8   C0KYT2   C0KYR2   C0KYY0   C0KZ01   C3VPF0   Q9J3E4   S5Y3N0   P0C5A7   Q66192  

Pubmed

16809319    24394697    15613317    20719951    12970410    17079303    + More
12663803    3838338    11582515    11502093    10882653    20631137    17041219    22398294    31534035    15507445    8517026    15280490    15650185    25530469    15914223    21849456    28050020    29950583    17459444    23648375    26271151    17092595    17374765    2142556    9778786    2320429    12237422    17706262    21273011    29508550    17344285    23405345    17434558    18842722    11376845    11774548    11714968    10438865    15709029    8392595    16341254    9426441    3029985   

EMBL

DQ415896    DQ415900    DQ415901    DQ415903    DQ415904    DQ415905    + More
DQ415906    DQ415907    DQ415908    DQ415909    DQ415910    DQ415914    KF430198    KF430201    KF430203    KF686340    KF686341    KF686342    KF686343    KF686344    KF686346    KT779555    KT779556    KY674941    KY674942    KY674943    KY983584    ABD75498.1    ABD75530.1    ABD75538.1    ABD75554.1    ABD75562.1    ABD75570.1    ABD75578.1    ABD75586.1    ABD75594.1    ABD75602.1    ABD75610.1    ABD75642.1    AGT17764.1    AGT17770.1    AGT17778.1    AGW27837.1    AGW27846.1    AGW27855.1    AGW27864.1    AGW27873.1    AGW27882.1    AMN88687.1    AMN88695.1    ARB07600.1    ARB07609.1    ARB07618.1    ARU07578.1    AY597011    HM034837    ADN03340.1    DQ415897    DQ415898    DQ415899    DQ415902    DQ415911    DQ415912    DQ415913    KF430197    KY674921    MH940245    MK167038    ABD75506.1    ABD75514.1    ABD75522.1    ABD75546.1    ABD75618.1    ABD75626.1    ABD75634.1    AGT17759.1    ARB07439.1    AYN64562.1    AZS52619.1    DQ339101    AY884001    MH687970    AYR18618.1    FJ647226    ACN89767.1    FJ647219    ACN89702.1    FJ647221    ACN89714.1    FJ647222    ACN89730.1    JX169866    JX169867    AFO11509.1    AFO11519.1    X04997    AF207902    AAF68925.1    AF208066    AAF69335.1    AF201929    AAF19390.1    AB551247    BAJ04698.1    AF207551    EF682498    ABS87266.1    FJ647223    ACN89739.1    AY522570    AAS17639.1    JN874559    JN874560    JN874561    AFE48796.1    AFE48806.1    AFE48818.1    MN514963    QEY10634.1    JN874562    AFE48828.1    FJ647224    ACN89751.1    AY771998    AAW47242.1    MN514964    MN514965    MN514967    QEY10642.1    QEY10650.1    QEY10666.1    MF416379    AWB14614.1    KF530060    KF530067    KF530071    KF530076    KF530077    KF530079    KF530082    KF530083    KF530086    KF530087    KF530088    KF530089    KF530091    KF530093    KF530094    KF530095    KF530096    KF530099    AGT51413.1    AGT51482.1    AGT51522.1    AGT51571.1    AGT51581.1    AGT51601.1    AGT51631.1    AGT51641.1    AGT51671.1    AGT51681.1    AGT51691.1    AGT51701.1    AGT51721.1    AGT51741.1    AGT51751.1    AGT51761.1    AGT51771.1    AGT51801.1    M99576    AY585228    AY585229    AY391777    KF530059    KF530061    KF530062    KF530064    KF530065    KF530066    KF530072    KF530073    KF530074    KF530075    KF530078    KF530080    KF530090    KF530092    KF530097    KP198610    KP198611    KU131570    KY967360    KY014281    KY014282    MF314143    MK327281    MN026165    AGT51403.1    AGT51423.1    AGT51432.1    AGT51452.1    AGT51462.1    AGT51472.1    AGT51532.1    AGT51542.1    AGT51552.1    AGT51562.1    AGT51591.1    AGT51611.1    AGT51711.1    AGT51731.1    AGT51781.1    AJC98128.1    AJC98136.1    AMK59678.1    ARK08671.1    ATP16758.1    ATP16768.1    AVQ05265.1    QBP84760.1    QDH43727.1    KX432213    AQT26501.1    KF923921    AIV41989.1    MG197710    MG197712    MG197713    MG197715    MG197716    MG197717    MG197722    AXX83304.1    AXX83316.1    AXX83322.1    AXX83334.1    AXX83340.1    AXX83346.1    AXX83376.1    MH685718    AYC76639.1    AY903460    JN129834    JN129835    KF530063    KF530069    KF530084    KF530098    KF923890    KF923891    KF923892    KF923893    KF923894    KF923895    KF923899    KF923900    KF923901    KF923902    KF923903    KF923904    KF923905    KF923907    KF923908    KF923909    KF923910    KF923911    KF923912    KF923913    KF923914    KF923915    KF923916    KF923917    KF923918    KF923919    KF923920    KF923922    KF923923    KF923924    KF923925    KJ958218    KJ958219    KX344031    KY369905    KY369906    KY369907    KX538964    KX538966    KX538967    KX538968    KX538969    KX538970    KX538971    KX538972    KX538973    KX538974    KX538975    KX538976    KX538977    KX538978    KX538979    KY684759    KY674917    KY674918    KY674920    KY554972    KY554973    KY554974    KY554975    KY967356    KY967358    KY967359    KY967361    KY983583    KY983585    KY983588    MF374983    MF374984    MF374985    MG977444    MG977445    MG977446    MG977447    MG977448    MG977449    MG977450    MG977451    MG977452    MG197723    MH121121    MK303619    MK303621    MK303622    MK303623    MK303624    MN026164    MN306036    MN306041    MN306042    MN306053    MN310478    AAX85679.1    AEN19359.1    AEN19367.1    AGT51442.1    AGT51502.1    AGT51651.1    AGT51791.1    AIV41803.1    AIV41809.1    AIV41815.1    AIV41821.1    AIV41827.1    AIV41833.1    AIV41857.1    AIV41863.1    AIV41869.1    AIV41875.1    AIV41881.1    AIV41887.1    AIV41893.1    AIV41905.1    AIV41911.1    AIV41917.1    AIV41923.1    AIV41929.1    AIV41935.1    AIV41941.1    AIV41947.1    AIV41953.1    AIV41959.1    AIV41965.1    AIV41971.1    AIV41977.1    AIV41983.1    AIV41995.1    AIV42001.1    AIV42007.1    AIV42013.1    AIX09800.1    AIX09808.1    AOL02454.1    APU51919.1    APU51929.1    APU51941.1    AQN78657.1    AQN78673.1    AQN78681.1    AQN78689.1    AQN78697.1    AQN78705.1    AQN78713.1    AQN78721.1    AQN78729.1    AQN78737.1    AQN78745.1    AQN78753.1    AQN78761.1    AQN78769.1    AQN78777.1    ARA15422.1    ARB07415.1    ARB07421.1    ARB07434.1    ARE29992.1    ARE30001.1    ARE30010.1    ARE30019.1    ARK08636.1    ARK08652.1    ARK08662.1    ARK08680.1    ARU07569.1    ARU07588.1    ARU07611.1    ATN39865.1    ATN39873.1    ATN39880.1    AWW13512.1    AWW13520.1    AWW13528.1    AWW13536.1    AWW13544.1    AWW13552.1    AWW13560.1    AWW13567.1    AWW13576.1    AXX83382.1    AZP73841.1    QBP84705.1    QBP84723.1    QBP84732.1    QBP84741.1    QBP84750.1    QDH43718.1    QEG03741.1    QEG03758.1    QEG03768.1    QEG03795.1    QEG03815.1    MG197709    MG197711    MG197714    MG197718    MG197719    MG197720    MG197721    MK303625    MN306043    MN310476    AXX83298.1    AXX83310.1    AXX83328.1    AXX83352.1    AXX83358.1    AXX83364.1    AXX83370.1    QBQ01840.1    QEG03777.1    QEG03804.1    KF923896    KF923906    AIV41839.1    AIV41899.1    MK303620    QBP84714.1    KX538965    AQN78665.1    DQ915164    ABI94005.1    KU886219    MH043954    MH043955    ANJ04977.1    AVZ61122.1    AVZ61132.1    MN514966    QEY10658.1    KF530085    AGT51661.1    AB775894    LC061273    LC061274    LC149489    LC149490    BAN18704.1    BAS18857.1    BAS18867.1    BBD43537.1    BBD43539.1    DQ682406    ABG78750.1    AY903459    KF530068    KF530070    KF530081    KF923886    KF923887    KF923888    KF923889    KF923897    KF923898    AAX85670.1    AGT51492.1    AGT51512.1    AGT51621.1    AIV41779.1    AIV41785.1    AIV41791.1    AIV41797.1    AIV41845.1    AIV41851.1    GQ918141    ACX46843.1    AB354579    BAF75634.1    U00735    AF058942    X51347    AY316299    FJ415324    AAQ67199.1    ACJ35492.1    AF481863    FJ938067    ACT11033.1    MN514962    QEY10626.1    AY316300    AAQ67207.1    EF446615    AB555560    LC061272    ABP87992.1    BAJ52886.1    BAS18847.1    MG518518    AVN88329.1    MH043952    AVZ61102.1    AF058944    EF424621    ABP38297.1    KY419103    ARC95204.1    EF424624    ABP38339.1    EF424623    ABP38319.1    EF424622    ABP38311.1    GQ918143    ACX46863.1    KY419106    KY419107    KY419109    KY419111    KY419113    ARC95228.1    ARC95236.1    ARC95244.1    ARC95260.1    ARC95275.1    GQ918142    JX860640    ACX46853.1    AFW97363.1    FJ938064    ACT10998.1    EF424619    ABP38284.1    FJ425189    ACJ67003.1    FJ938065    ACT11010.1    EF424618    ABP38266.1    FJ425186    ACJ66967.1    FJ425185    ACJ66962.1    FJ938066    ACT11021.1    FJ938063    ACT10986.1    FJ425187    ACJ66976.1    EF424616    ABP38241.1    EF424620    ABP38291.1    FJ425184    ACJ66945.1    DQ811784    ABG89290.1    EF424617    ABP38252.1    FJ425188    FJ425190    ACJ66987.1    AF239312    AF239313    AF239314    AF239315    AF239316    AF220295    AF239310    AF239311    AF058943    AF391541    MH043953    AVZ61112.1    EF424615    ABP38237.1    FJ647220    ACN89711.1    FJ647218    ACN89690.1    FJ647225    ACN89758.1    FJ647227    ACN89778.1    FJ884686    FJ884687    ACO72885.1    AF208067    AY700211    AAF69346.1    AAU06358.1    KF268336    KF268337    KF268338    KF268339    AGT17718.1    AGT17729.1    AGT17740.1    AGT17751.1    AF029248    M16602    AAA66619.1   

Proteomes

UP000098016    UP000098607    UP000102058    UP000103177    UP000107950    UP000118444    + More
UP000120443    UP000122230    UP000123677    UP000127413    UP000134208    UP000139452    UP000143896    UP000147573    UP000148743    UP000161305    UP000164754    UP000168247    UP000173725    UP000173897    UP000174991    UP000008170    UP000108760    UP000107997    UP000124867    UP000134743    UP000143869    UP000156925    UP000162514    UP000168964    UP000001985    UP000006551    UP000148943    UP000158592    UP000133456    UP000142874    UP000114687    UP000149957    UP000007193    UP000163097    UP000143567    UP000139707    UP000154289    UP000159025    UP000107676    UP000124585    UP000125269    UP000145001    UP000167944    UP000096360    UP000097333    UP000104124    UP000105266    UP000109321    UP000109543    UP000114034    UP000119922    UP000122365    UP000136788    UP000140040    UP000143194    UP000150595    UP000158566    UP000159503    UP000160021    UP000167348    UP000007552    UP000100580    UP000180344    UP000100971    UP000106834    UP000115705    UP000126877    UP000133796    UP000134871    UP000143333    UP000147052    UP000147585    UP000147591    UP000149594    UP000149702    UP000154668    UP000165185    UP000168172    UP000170317    UP000152870    UP000099221    UP000100004    UP000101116    UP000107048    UP000108500    UP000112072    UP000114169    UP000115343    UP000115819    UP000116223    UP000117554    UP000119058    UP000119882    UP000119993    UP000121854    UP000123825    UP000126267    UP000128148    UP000128782    UP000130040    UP000130067    UP000130586    UP000132146    UP000136483    UP000136628    UP000137532    UP000142623    UP000143152    UP000149793    UP000150164    UP000154332    UP000155676    UP000159995    UP000161839    UP000165756    UP000166197    UP000168290    UP000172586    UP000173555    UP000173822    UP000173306    UP000174077    UP000154814    UP000165173    UP000130220    UP000155347    UP000104994    UP000114688    UP000117387    UP000119762    UP000137844    UP000140401    UP000142982    UP000143341    UP000161137    UP000162080    UP000168103    UP000007554    UP000158296    UP000007543    UP000164707    UP000103372    UP000166748    UP000136116    UP000147178    UP000163913    UP000139235    UP000137675    UP000136745    UP000134650    UP000133443    UP000139966    UP000173415    UP000140344    UP000104294    UP000162935    UP000172225    UP000158327    UP000127099    UP000170940    UP000174569    UP000147981    UP000151273    UP000102696    UP000148210    UP000008572    UP000008570    UP000121953    UP000098534    UP000151686    UP000119015    UP000138757    UP000180349    UP000180350    UP000113498    UP000155907    UP000112338    UP000164259    UP000171340    UP000171975    UP000007192   

Pfam

PF04753   Corona_NS2

Interpro

IPR006841   Corona_NS2

ProteinModelPortal

Q0ZJ84   Q5MQC9   E0YJ45   Q0ZJ92   Q0ZME6   Q14EA9   + More
A0A3G3NHQ6   C0KYZ1   C0KYS3   C0KYU2   C0KYV3   I7B5G7   P06590   Q77NN0   Q77NL7   Q9PY98   D4QFK3   Q9IKC9   A7U546   C0KYW3   Q6QX40   H9AA45   A0A5J6NRL1   H9AA66   C0KYX1   Q5ICX0   A0A5J6NRM0   A0A2S0SZ91   U3M6E7   Q04853   U3M6F4   A0A1S6KXQ7   A0A0K0L9S4   A0A385H6S5   A0A386BXP5   Q4VID4   A0A385H734   A0A0B4Q820   A0A482K9L1   A0A1S5VG87   Q06BD6   A0A191URY5   A0A5J6NX05   U3M761   R4WB36   A3E2F4   Q4VIE3   D0EY76   A7BKC5   P69609   Q77WY2   P69608   Q6W361   Q8JSP6   C6GHR3   A0A5J6NRI3   Q6W353   A8R4D3   A0A2P1IQB0   A0A2R4STX9   Q9QAQ5   A4ZU44   A0A1V0IG93   A4ZU77   A4ZU66   A4ZU55   D0EY96   A0A1V0IGB4   D0EY86   C6GHM8   A4ZU22   B7U2R8   C6GHP0   A4ZU11   B7U2N6   B7U2M5   C6GHQ1   C6GHL6   B7U2P6   A4ZTY9   A4ZU33   B7U2L4   Q0PL36   A4ZU00   B7U2Q7   Q8V6W3   Q99H66   P0C2P8   P0C2P7   A0A2R4STY6   A4ZTX8   C0KYT2   C0KYR2   C0KYY0   C0KZ01   C3VPF0   Q9J3E4   S5Y3N0   P0C5A7   Q66192  

KEGG

vg:3200427     vg:11948235     vg:1724647    

From MSLVP

Single-Pass Membrane

Length:

109

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.56686

Exp number, first 60 AAs:

0.54472

Total prob of N-in:

0.37544

outside

1  -  109