Strain

CHINA_BAT_2008_NC_010437 (Region: Hong Kong;  Strain: Bat coronavirus 1A, complete genome.;  Date: 2008)

Gene

ORF3 protein

Description

Annotated in NCBI,  ORF3 protein

Location

NC_010437(+):25198-25857

GenBank Accession

YP_001718606.1

CDS

ATGTGGGGCGGTCTCTTCCAGTTGCAGTTTGAAAAAGCACTTAGCAGTATCAACTCTGATCTTAATTTGCCTAAAGAGCATTTGAAAGTGGTTGAGTCTCATCTCGCACCCATTCATTATGCAACGTCTTCATTGGGCTACCTTTTTACTAGTTTCTTTGTGGTGTATTTTGCATTATTTAAAGCAAACACCTATAGAAGCAATATTGTGTGTCTTGCTTTTAGGCTTGCACTTATACTTTTGTATAGTCCTTTGCTGTTATACTATGGATCATTTATTGATGGTACATTTATTGCAGCTGTCCTTATTGGTAGAATGTGTCAGACACTTTATTATTCATACCGTTATAAGAATCCTTCCTTTGTTATTCTTAATACCTGCACTTTGGCTATAATTGATGGCAAGTCATGGTATTACTACGGACAAATTTGGTTCGTTTTACATGGTGGTAGAAACCATGTGAAGTTCGGACCTCATAATATTACTTTTCTATCTAACAATCAACTTCATGTTGATGTTAGAGGCTATACTAATCTAAATTTAGAGTTGATTCGCGTTGCAGAATTACCTCATGAATCATTGTTTTACATCTTTGGTACTGAACCTGTTAATGATGTGAAAGTTGTTGACATGTTGAGTTCAACTACACGAAGATGTTAA

Protein

MWGGLFQLQFEKALSSINSDLNLPKEHLKVVESHLAPIHYATSSLGYLFTSFFVVYFALFKANTYRSNIVCLAFRLALILLYSPLLLYYGSFIDGTFIAAVLIGRMCQTLYYSYRYKNPSFVILNTCTLAIIDGKSWYYYGQIWFVLHGGRNHVKFGPHNITFLSNNQLHVDVRGYTNLNLELIRVAELPHESLFYIFGTEPVNDVKVVDMLSSTTRRC

Uniprot

B1PHJ6   A0A0U1UZ17   A0A0U1UYV0   B1PHI9   F1DB08   F1DB15   + More
F1DB21   A0A0U1WHD4   A0A0U1WHC3   A0A0U1UZ22   A0A0U1UZB9   B1PHK3   F1DAX7   A0A220T0U2   L0CM93   L0BDB6   L0CLX1   A0A068JCX5   A0A1Y0DDF9   A0A075ECG0   A0A238TQD5   A0A411NPG3   A0A411NPJ8   A0A411NPH8   A0A411NPF9   A0A411NPF1   A0A411NPJ9   A0A411NPE4   A0A068FRK5   A0A1I9S191   A0A190LBD9   A0A4D6P0A2   A0A190LBQ0   A0A060ILA4   K4P5B0   A0A411NPH4   A0A411NPJ0   A0A411NPC1   A0A411NPK3   A0A411NPC8   A0A411NPJ1   A0A411NPK4   A0A411NPG1   A0A411NPI9   A0A411NPL8   A0A411NPB7   A0A411NPJ4   A0A411NPF5   A0A411NPH6   A0A411NPK5   A0A411NPM8   A0A411NPA8   A0A172PC16   A0A0E3TJS2   A0A167NFF4   A0A160EDB4   A0A097I514   A0A411NPH2   A0A411NPE6   A0A411NPG9   A0A411NPH5   A0A411NPE5   A0A411NPD8   A0A411NPF3   A0A411NPK9   A0A411NPF2   A0A411NPF0   A0A411NPD9   A0A411NPJ5   A0A160ED84   A0A1P7ZRN0   A0A097I545   A0A0U1YFI5   I3QHZ0   A0A0C5KQV4   I3QJZ9   A0A411NPG0   A0A097I537   A0A1S6XZP4   M4YSL0   A0A2Z4N5X1   A0A5J6VD88   A0A0U2C488   A0A482F7H2   A0A411NPH3   A0A411NPN5   A0A411NPI7   A0A190LBJ8   A0A2Z4N643   A0A161HLN3   A0A411NPE7   A0A411NPA9   A0A220T0W7   A0A411NPD3   A0A160EDC3   U6A623   M4YCF0   A0A0U1YGT9   A0A220T0T5   A0A565DAK3  

Pubmed

18420807    27125516    19239771    22561208    25272273    28534849    + More
25279722    24960370    27178127    28095455    25694517    28589511    31350613   

EMBL

EU420138    ACA52165.1    KJ473795    AIA62201.1    KJ473796    AIA62207.1    + More
EU420137    ACA52158.1    HQ728484    ADX59483.1    HQ728485    ADX59489.1    HQ728486    ADX59496.1    KJ473799    AIA62228.1    KJ473797    AIA62213.1    KJ473798    AIA62221.1    KJ473800    AIA62235.1    EU420139    ACA52172.1    HQ728480    ADX59452.1    KX852323    ASK39729.1    JX880079    AGA16503.1    KC294280    AFZ85200.1    JX880081    AGA16505.1    KF840558    AIE16041.1    KY929406    ART85707.1    KJ645659    AID56812.1    LT898423    SNQ27933.1    MH744213    QBF53882.1    MH744217    QBF53886.1    MH744222    QBF53891.1    MH744202    QBF53871.1    MH744203    QBF53872.1    MH744191    QBF53860.1    MH744190    QBF53859.1    KJ662670    KM403155    AID66721.1    AIR95866.1    KU977489    AOZ60331.1    KP281620    AKA64527.1    MH909815    MH909816    MH909817    MH909818    QCE31493.1    QCE31494.1    QCE31495.1    QCE31496.1    KP281650    KP281651    AKA64557.1    AKA64558.1    KJ616744    KJ646566    AIC32939.1    AIC82373.1    JX501329    AFV59251.1    MH744218    QBF53887.1    MH744244    QBF53913.1    MH744162    QBF53831.1    MH744248    QBF53917.1    MH744184    QBF53853.1    MH744245    QBF53914.1    MH744246    QBF53915.1    MH744214    QBF53883.1    MH744181    QBF53850.1    MH744237    QBF53906.1    MH744163    QBF53832.1    MH744236    QBF53905.1    MH744205    QBF53874.1    MH744220    QBF53889.1    MH744219    QBF53888.1    MH744247    QBF53916.1    MH744158    QBF53827.1    KX010469    AND65686.1    KP222529    AKC35356.1    KU641638    ANB44373.1    KU641641    ANB44376.1    KM048306    AIT56239.1    MH744223    QBF53892.1    MH744188    QBF53857.1    MH744212    QBF53881.1    MH744189    QBF53858.1    MH744195    QBF53864.1    MH744194    QBF53863.1    MH744200    QBF53869.1    MH744201    QBF53870.1    MH744192    QBF53861.1    MH744196    QBF53865.1    MH744193    QBF53862.1    MH744209    QBF53878.1    KU641644    ANB44379.1    KU363125    KU363126    KU363127    KU363128    KU363129    KU363130    KU363132    AMK69972.1    AMK69973.1    AMK69974.1    AMK69975.1    AMK69976.1    AMK69977.1    AMK69979.1    KM048308    AIT56241.1    KJ857451    AJD09574.1    JN676145    JQ678037    KJ813804    KT968516    AEV89929.1    AFK08620.1    AII25432.1    ALR86992.1    KM609203    KP281621    KP281622    KY963963    AJP67397.1    AKA64528.1    AKA64529.1    ASA69725.1    JQ664302    KX852322    KX852331    KX852332    KX852333    KX852334    KX852335    AFK09785.1    ASK39728.1    ASK39737.1    ASK39738.1    ASK39739.1    ASK39740.1    ASK39741.1    MH744206    QBF53875.1    KM048298    AIT56231.1    KX791060    AQX36343.1    KC342825    KC140102    KJ646570    KX010462    KX010465    KX812524    MH726383    AGI42881.1    AGK89915.1    AIC82377.1    AND65679.1    AND65682.1    AQW35014.1    QCQ19925.1    MF611916    AWX65687.1    MK656484    MK656485    MK656486    QFG71747.1    QFG71748.1    QFG71749.1    KR265809    KU645769    AKJ22002.1    ANI28203.1    MK032689    MK482396    MK482397    QBO24652.1    QDZ36663.1    QDZ36669.1    MH744216    QBF53885.1    MH744231    QBF53900.1    MH744232    QBF53901.1    KP281615    KP281636    KP281637    KU977496    AKA64522.1    AKA64543.1    AKA64544.1    AOZ60338.1    MF611911    AWX65682.1    KU641650    ANB44385.1    MH744159    QBF53828.1    MH744160    QBF53829.1    KX852325    ASK39731.1    MH744180    QBF53849.1    KU641649    ANB44384.1    KF495659    KF495663    AHA15401.1    AHA15405.1    KC342812    AGI42870.1    KJ857442    AJD09565.1    KX852327    ASK39733.1    MH593900    QAY31032.1   

Proteomes

UP000100808    UP000137012    UP000157060    UP000147155    UP000135768    UP000106776    + More
UP000110898    UP000126502    UP000143524    UP000151206    UP000277354    UP000109281    UP000162314    UP000122204    UP000096014    UP000163267   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

B1PHJ6   A0A0U1UZ17   A0A0U1UYV0   B1PHI9   F1DB08   F1DB15   + More
F1DB21   A0A0U1WHD4   A0A0U1WHC3   A0A0U1UZ22   A0A0U1UZB9   B1PHK3   F1DAX7   A0A220T0U2   L0CM93   L0BDB6   L0CLX1   A0A068JCX5   A0A1Y0DDF9   A0A075ECG0   A0A238TQD5   A0A411NPG3   A0A411NPJ8   A0A411NPH8   A0A411NPF9   A0A411NPF1   A0A411NPJ9   A0A411NPE4   A0A068FRK5   A0A1I9S191   A0A190LBD9   A0A4D6P0A2   A0A190LBQ0   A0A060ILA4   K4P5B0   A0A411NPH4   A0A411NPJ0   A0A411NPC1   A0A411NPK3   A0A411NPC8   A0A411NPJ1   A0A411NPK4   A0A411NPG1   A0A411NPI9   A0A411NPL8   A0A411NPB7   A0A411NPJ4   A0A411NPF5   A0A411NPH6   A0A411NPK5   A0A411NPM8   A0A411NPA8   A0A172PC16   A0A0E3TJS2   A0A167NFF4   A0A160EDB4   A0A097I514   A0A411NPH2   A0A411NPE6   A0A411NPG9   A0A411NPH5   A0A411NPE5   A0A411NPD8   A0A411NPF3   A0A411NPK9   A0A411NPF2   A0A411NPF0   A0A411NPD9   A0A411NPJ5   A0A160ED84   A0A1P7ZRN0   A0A097I545   A0A0U1YFI5   I3QHZ0   A0A0C5KQV4   I3QJZ9   A0A411NPG0   A0A097I537   A0A1S6XZP4   M4YSL0   A0A2Z4N5X1   A0A5J6VD88   A0A0U2C488   A0A482F7H2   A0A411NPH3   A0A411NPN5   A0A411NPI7   A0A190LBJ8   A0A2Z4N643   A0A161HLN3   A0A411NPE7   A0A411NPA9   A0A220T0W7   A0A411NPD3   A0A160EDC3   U6A623   M4YCF0   A0A0U1YGT9   A0A220T0T5   A0A565DAK3  

KEGG

vg:6020274     vg:6020261    

GO

GO:0016021  C:integral component of membrane

From MSLVP

Multi-Pass Membrane

Length:

219

Number of predicted TMHs:

2

Exp number of AAs in TMHs:

64.4229500000001

Exp number, first 60 AAs:

22.55312

Total prob of N-in:

0.00263

POSSIBLE N-term signal

sequence

outside

1  -  36

TMhelix

37  -  59

inside

60  -  70

TMhelix

71  -  93

outside

94  -  219