Strain
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549
(Region: Hong Kong; Strain: Thrush coronavirus HKU12-600, complete genome.; Date: 2007)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCATGAATATAGCAAAGCGCAGCCCAATTGTGCTGCCACAAATACAACCACCCCCTCTGCAGCTTTTTATATCTGTTGCTGCAGCTGAAGAGGGTCATCCTAAAGATTTGACACACTTGGGTGATTATAACCTGATAACCACGAAAGCAATTCCTGGTGTTCCGGTTTTAAACCCCAAGACATCACTTACTGAGTTTGAACAACTGTTTGGAGCTCAACCTGTGTTGCGTGCTCTGCGTAACTTGGTTAGTGAAAGTCGTTCGGCTGAATGGCATAATTCCAAACAAGCTTTTGTTGTGAAAGCTCAACAATTGGTCTTTTCTGATCATGTACTTAGAGCTATGATTCGTCATTGCCCCGCACGTGTATCTGCACTTGCATCTTTAGCACTATTTAACAGGATTGTTAAAATAGATGCTGAAGATCTTCGCAATATTGCACTTGATGTTGCCGCTGAAGTCACTTATGGTGGCTCAGCTGGTGTTGCTCTTGTTGATTGTAAGACCATTACTCTGACTCACAAGGATGCCTACATAACACTTACAAATGAGTGTTTTGGTGTTCCTTTTACTTCAACCTTGCTTGCACAGGCAAAAGTTACTAATGGTGCTATGGCTTATGCTGATTACCTGTTTTACCCTGGTGCAACTTTGCGCATGGTTAATGGTAAAGCACTGCCTATAGCTTCTAAACCACTTGTTGCCATCATTCAAAAAGTTCCACTTTTGAGTGAAGATGTCAATCTTTTACCTGATTACACCCAAGCTCCTAATATTCAAGTTGAAGGGGCTGAAGTGAGTGTTAACGGTATTAATTACTTAAAGACAACTGATACACCACCTTTATACTATCCACGTGTTAAGGGTGGTGTGTTGAATGTAGCCCTTAAACAGCAGGGCACCGCGGACAAAAAGTTGTCTGTGGTTTTTCATGCAAAACCAGATGATGTTTTGTTGGCTTTTATACAGTTACAAGACTTTTTAAATCGTTCGTCTGGTGGTTTTATTGATGTTAACACTGAAGTTTATGAAGTAGCACCAAATGTTAATGTCTCTATTGGTGTTTCAAAACCTGGAGATGTTGTTGTTGCTACTGCAGAAGACTACTTGAAATGCTTTGATGATCCTGATGTTTCAGGTTTATACAAAGTTTTCCAAACTGAGTCTTGGGCAAAAGTTCAGCAGACATTTCGCAAATTGCGGGTTAAGACTTCTGCTGTTGTTCAAGAATTCTTAAAACTTCTAAGCCTTATTGCTGAGAAGTTTAAATCACTTTCAACAATTGTTGATGCAATTGTTAGTCAATTACAAAATTTGACTTTGGATGTTGTGGCACGTGTGCAAACATTGCAAATTAGTTACAAGGCAGGTCGTCTTGTTGTTGATGCAGTTGGTGTCATATCCAAAATTGTACAACCTTTTTGTGACTTTGTCACACCATTCCTGCATAAAGTGGCAGGGTTTGCTACTTATGCTTTTGGAACTAATATGCTTTTGTGTACGTCACGAGGTGTGTTTGTTCTTCAGCAAAGCGCAGCTAAAATTGTTAATAAGCTGCGTTATGTTTTTACCGTTTCACCAGAATATGCTGTTGAAACTACTACAAATAAAGTCATTTATGAAGACAGTTTGCACCCTGTTGATGATAAACCTTCTAGGGCTCTAGAAGTTGTTGATGTTGTTGTGGGTGATACTGTTTTACAAATGGCTACTGATGGTAATGCATATTTTCCAACTGATGGGAACTATGCATCATTACCTGCATTTAAAGCTGGTTCAGATGAACTTAATATAAGTTTCATCTGTGACATCTTTGATGATGATACTAATGCAATGATTAATGAAACACTCGCTGGTTATGAGTTGAATCAGTTAGTGGCACCGCGTACATTGACACCGAGAGATATTGCAAATCTCGTTGTTAATACGTTGGTTGATGCTATTACTGATCATTATCCAGAGAAATGTATTGATTTACCAGAAGACTATCAAGTCTTTTCATCTTATGATGATTTGCCTCTTACAAACCATCATATACCTAAACATCTCTCACTCTATGTCCAGGCTATGGAGTCTGACGATGGTGATGAGGATGTTATTATTGAAGATGATGATTATCAATGTGATACAGGCGATGATGATGGTGGTGTTATACCACAGTGTTGGGATATTCCTAACATTGATACATTGCTTGTTAAATTGCAAAAGAATAAACCAGTTAGTGTTGAAGTTGTGCCTAATGACACTAGGGACACTACTGTTACAATGAATATTAGCACACCTGATGATGTTGCTATTGTTGAACAAATAACTGAGTCAGCTGCCATACAAGCGGAGAGTGTTCAGTCAGAACCAGGTGACCAGGTTGATCAACAACCTGTAGAAGAAATAAATGTAGAACAAATGGTCCAGGAGGAATCTGAAGTTTCTACAAGTAATGATGATGAGTCAACTCAACCTAGAGTTATTGACACTCTAGGTGAAGATGAACTCTTGTTTATTCCACAATGTGATTTTCCAGAACATCGTCCGCTTAAGGCATATATTTATGACCGTAAGCTGAAAAATGATGTTATAGAACAATCACCCATTACTTCAGATGCAGACTCAGAATTAAAGTCTGTAGATTCTGATGTAATTTATGAAGAAGCTGTATGTGATGATGACACCATCATTACAGATAGCACTGAGAATGGAGAGGAAGAACAGCTTCCTGCAACCATTGTCAATCAACCACTTACAATAGACAATAATATTCCCACAGTAGCTTTGAAGCAACCCAGTCCTACTAGAGTAGAATTGGTTGTGGGTGATTTGTCTACTATAAAGTTTGACAATTCTGTTTTAGTAAATCCAGCAAATCCACAATTAACAAATGGTGGAGGTGCTGCTAGAGCTATAGCAGAGTTGGCTGGTCCAGAATATCAAGCTCACTGTAACAAAATTGCACCAATTAATGGTGTTGTTACTACTGAAGCTTACAATGCTAAAACTTTAGGTGTTGCCTGCATTTTACATGTAGTACCACCTAAGGGTACTGACCATGATGTCCAGGAACAACTTTACAATGCTTACCGTAGCATTTTAACTGAACCCGCCCACTATGTAATACCATTACTAGGTGCAGGTATTTATGGTTGTAACCCTGTTCATTCTTTGGATGCTTTTAAAAAGGCATGTCCTCCTGATATAGGACGTGTTACTTTGGTTACAAAGGATGTTAACCATTTACAACTATGGGATGCGTTGAATCGCGTAGTTGTAAGAACAACAAAGGATTTTGACCAAATTACCACTCAGGCTCTGACACCTCAGGGTGTTTTAGATGCCAATCTTTTTGATGGTGATAAATTTGTTCAAGAACCACAACCAGATTGTGTTTATCTGGCTGTTGATGATGTAGTACAGACAAAAGCTAAAGACCTTGGTCTTTCTTTGAGTCAGTACTGTAGTTACCTTAAGATGTGCCACCATAAGTGGGCCACTGTGCGCACTAATGGTATATTACATCTTAAACAGAAGGATAATAACTGCTTTATTAGTGCAGCTATTAACCTATTTCAGGTTACACATTATAAATTACGTCCTGTTATAGATGAACTGTATCAGGAGTATGTTAATGGTAACCCTAACAGATTAGTTGCATGGATCTATGCATCTATTAATCAAAATATTGGAGAGATGGGTTGTCCTCAACAAGTGACTTCTCTTTTGGTCTCCAATGCTAATTCAAAATTTTTTGGCACTGTTCATTGTTGTAAGACTTATTTTACACACGATGGTGTTATTGCTAATGTGAAAGATTTTGATCTTTTGCAACCTAAAGTTTATTGCATGCGTTGTGAAAGTTGGACAACATTTACACCTGAACAAGTTGAGGGTGTTGTTGTTTTAGGGAATACTATTGGTCCAGCACCAACTCATGCTATTTGTTTTGGTAATGCCCACTGTTGGTATACAAATGGGCGTAAGGCTATAAATGGCTATGACATTAATGCAAATGTTGTCGTAGTTTATCACAAATTTCAGATGATGAAAACACAAGTTGTGGTTTCAGCACCATTGTCTACTAGTAATAATTTTGATGTTTTGAAGGTTCAAGACATCCCTGAAGATTCACCACTTAATAGTGACCCTCCAGCTGTTGAAGCAGCAGTTAAGAGTGTCACTAAATGTGAAGTCCATGATAATCCTACATATTTGGATTTGCTGGATGTTTGGGTTCGCAAACCAAAACACATCCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTATTGGTAAACCTTTATTTAAAACTGGTAAAGTCATTTTACTTAGTGGTAAATACTTGTTAAAGATCTATAACTACTTGTGTAGTATAGGTGTTATAGATACTACTGCAAAGTTGTCTATAGGTTTGGCTTGTAAGTGTGTAAAACGAGTTCTTCCTTCAACTTTGACTATAACACGCACTGTAAAAGGATTGTTCTATTCATTTAGGACAATTATATTTGCATGTGCGCCATTCTTATTATTACCAGCGGTTGCTAGTATTTTGTCATCTAGCTACCAGCTTGGTGTTTATTTATATGCTAAAACGGGTACACCCTGTGCTGCATATATGAATGAGGATCATACTGATTATCAATCATTTTGTGCAGGTGATTTGACCTGTCTTGTTTGTTTTAATGGTATGGATTCTCTGCATTTGTATAAGCATTTGCATGTTAGTCAAAAAGTTTATGAGACTTTTGACTATACACCTTATGCTTTGGCTTTAGTTTTACTTTTAGCGAACACCACACTTGTTATATGTACAATGCTGTGTGTGTTTTTATTTAACATTTATAAGTTTACAGTGCCTTATTATGGTGTTGTAACTCTTGATTATCAAAATACATTGACATTTGTCTTTGTAGTTTATTATATGTGGTGTGTGATAAGATTCTTTAGGCATTTGGCGCGTGGGTGTAAAACACCTACGTGTTCTATATGTTCTAAATTGAGAATTTCACCCACTATAATTGT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Protein
MAMNIAKRSPIVLPQIQPPPLQLFISVAAAEEGHPKDLTHLGDYNLITTKAIPGVPVLNPKTSLTEFEQLFGAQPVLRALRNLVSESRSAEWHNSKQAFVVKAQQLVFSDHVLRAMIRHCPARVSALASLALFNRIVKIDAEDLRNIALDVAAEVTYGGSAGVALVDCKTITLTHKDAYITLTNECFGVPFTSTLLAQAKVTNGAMAYADYLFYPGATLRMVNGKALPIASKPLVAIIQKVPLLSEDVNLLPDYTQAPNIQVEGAEVSVNGINYLKTTDTPPLYYPRVKGGVLNVALKQQGTADKKLSVVFHAKPDDVLLAFIQLQDFLNRSSGGFIDVNTEVYEVAPNVNVSIGVSKPGDVVVATAEDYLKCFDDPDVSGLYKVFQTESWAKVQQTFRKLRVKTSAVVQEFLKLLSLIAEKFKSLSTIVDAIVSQLQNLTLDVVARVQTLQISYKAGRLVVDAVGVISKIVQPFCDFVTPFLHKVAGFATYAFGTNMLLCTSRGVFVLQQSAAKIVNKLRYVFTVSPEYAVETTTNKVIYEDSLHPVDDKPSRALEVVDVVVGDTVLQMATDGNAYFPTDGNYASLPAFKAGSDELNISFICDIFDDDTNAMINETLAGYELNQLVAPRTLTPRDIANLVVNTLVDAITDHYPEKCIDLPEDYQVFSSYDDLPLTNHHIPKHLSLYVQAMESDDGDEDVIIEDDDYQCDTGDDDGGVIPQCWDIPNIDTLLVKLQKNKPVSVEVVPNDTRDTTVTMNISTPDDVAIVEQITESAAIQAESVQSEPGDQVDQQPVEEINVEQMVQEESEVSTSNDDESTQPRVIDTLGEDELLFIPQCDFPEHRPLKAYIYDRKLKNDVIEQSPITSDADSELKSVDSDVIYEEAVCDDDTIITDSTENGEEEQLPATIVNQPLTIDNNIPTVALKQPSPTRVELVVGDLSTIKFDNSVLVNPANPQLTNGGGAARAIAELAGPEYQAHCNKIAPINGVVTTEAYNAKTLGVACILHVVPPKGTDHDVQEQLYNAYRSILTEPAHYVIPLLGAGIYGCNPVHSLDAFKKACPPDIGRVTLVTKDVNHLQLWDALNRVVVRTTKDFDQITTQALTPQGVLDANLFDGDKFVQEPQPDCVYLAVDDVVQTKAKDLGLSLSQYCSYLKMCHHKWATVRTNGILHLKQKDNNCFISAAINLFQVTHYKLRPVIDELYQEYVNGNPNRLVAWIYASINQNIGEMGCPQQVTSLLVSNANSKFFGTVHCCKTYFTHDGVIANVKDFDLLQPKVYCMRCESWTTFTPEQVEGVVVLGNTIGPAPTHAICFGNAHCWYTNGRKAINGYDINANVVVVYHKFQMMKTQVVVSAPLSTSNNFDVLKVQDIPEDSPLNSDPPAVEAAVKSVTKCEVHDNPTYLDLLDVWVRKPKHILVKSWSVIGKPLFKTGKVILLSGKYLLKIYNYLCSIGVIDTTAKLSIGLACKCVKRVLPSTLTITRTVKGLFYSFRTIIFACAPFLLLPAVASILSSSYQLGVYLYAKTGTPCAAYMNEDHTDYQSFCAGDLTCLVCFNGMDSLHLYKHLHVSQKVYETFDYTPYALALVLLLANTTLVICTMLCVFLFNIYKFTVPYYGVVTLDYQNTLTFVFVVYYMWCVIRFFRHLARGCKTPTCSICSKLRISPTIIVDTIVQGRKYPSIVHTNAGFKICPEHNFYCKNCTGENPDTFIPTEAIESLSRVTKLSVKPTAPAYLLARDVECQTDAIVARATHGGQSMVCISKYSDVRTVDALLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNAGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIFIIDQSYSMPVDNYTEVVSRMEKYYTFQKITPTGDIFMDVKTATHGQATDSAINAAILAVQKGLDFTIDDPNHILPHYAFEFSNLAVEDQSILIETGCAKGKLKGTNVGVILAANLVERLSQSAIRVISNAASRNGVTCSVTPSTMVLRGNIATQPLQRIKAGSAAKHSITTFVVCLIALYALAYGMATLAVYVYQPIYPTVMSDIPTSGFYVIRDGVLDNIRSTDTCFSNKFVSFDAYLQADYVNSHNCPVVVGVADVATKSIPGIPAGVIHRDSGILHIYEQSLYDRLQRQSMVQEALGLKTRALFNIGYRTVVGYTRSDVVVGASYMHSPSLFNAKCTYLEYQDKRHLYCFDKVDREHKLYADVIPHVEYKAVDFNGELVPFKIPEQLLLYPHIVRYTSNYYCRMGHCFKTNPGVCVSFTDEFPYSENVQPGVYCADSGFQLLTNFIIGTVTGVHIFTSTAALLGSTCFILLCVFAILAFQRLFKEYTTFVLHTLIIAGVNIIGIALVYKFTALAIVYYAIYLYCILTFVPIKRNIALFYFAVVLVPHISNMQLLAIAVVFVCYLCYSYVRVVSKTAGKFSSFLGASKATFVIDNDKYVMLRDLAGSEYDSYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFRDGGGSQLYTPPQLAVVQSIKTKLQAGIKILLHPSGVVERCMVSVTYNGSALNGIWLNNVVYCPRHVFGKFKGEQWQHIASIADCRDFCVVCPTQGIQLTVQSVKMVGAILQLTVHTNNTATPDYEFVRLTPGSSMTIACAYDGVVRNVYHVVLQTNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLCLHYMHHLEFNNQTHGGTDLHGVFYGPYVDEEIAQQQTTFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDASPRWLAQAEVSETDFNAWASNNSFANFPCEPANMSYILGLAQTSRVSIGRVLNTIIQLTLNRNGSLIMGKPDFECDWTPEMVYNQAPITLQSGIVQRTSMWLLHFLFNTLLAVLAMLHVLPTELYPLGLPVVTVFSSIITVTVKHSVVFTTTFLLPAFLMFVAKAPTLWIPNTYLRSLYEWVFGLTMSERLTCYTVGVYIVVYCLIALNYTLRCVRYRATSYVSIFMQCVQYAYVVHIVYRLLTQAWTDKLLFTAFSLLTSHPLLAVCGWWLAGKFPVPFLLPDLAIQIVAYIVIGYILCVRFGLLWILNKFTTLPIGTYNYMVSIEQLKYMMAIKMGPPRNVFEVLVANLRLLGLGGNRNIAISTVQNKILDAKAAAVVVANLLDKAGVTNKHSVCKKIVKLHNDTLKATTYEEAELSLVKLLTHIIEFLPTDQVDAYLADTVKVQALNQYLDHLLENKLVLQAVVDANINLDSYRIYKEADAIYKKSVDMDEPLQIQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGVSNDNLKVIFNDKDSYIQYVDGNTLFYKGQRYTIVKKLSLDNAPIEGTPEEYPIVVETVREGIPQIQNNELCLRNVFTAQAPVFDSNGKESTAKSFYVSRAGRKILVAVTSTKDDLRTVTCHTDNGKTILNLDPPMRFAHVIGGKQHVVYLYFIQNMSSLNRGTIIGHISGTTILQANGTQIEYQENASLLTYLAFAVNPKEAYLKHLADGGNPIRGCIQMIASLGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGADGRCLYKGRFVQIDKDKEPISFALTHEPCNACQHWVNYDCTCGSALQSSPYLNRVTGSSGARLEPLQHGVTPDVVQRAFHVHNNVNSGIFLSTKTNCSRFKTIRDHLPLPTDKAVELYFVSKQCSQQSFEIEEKCYNLLADNIKSTPETFGVLARTEFFKFDKIPNVNRQNLTKYTLLDLAYALRHLSTSKDVIKEVLMTMCGTPEEWFDEQWYDPIENQTFYREFHKLGSILNRCVINANTFAKACADAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQQGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECYDSDGNDLVYDGFQYDFTEFKLSLFSKYFTYWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSQATVDGHKIIQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGITKQSVKPGHFNQHFYKHLLNSDILNQLGIDLRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLQPYEGGCLNAQSVVVNNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYVEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMDGINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCTQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTSNHNSREIASLHRNLYEDIYRGDSNNTSVIEDFYQHLRKYFGLMILSDDGVACIDSEAAASGVVSNLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMNVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPVKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDTFQSMTDMSYVNNFVQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVDNCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGTVFGIYRHTARGSDDIELFNELATSNFDTIEPYRKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLVWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILTKTDGNDSYTYRGTSTYRLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQSTYVRKSLIPDTVGASFYVQHFKSYNEIALQKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQGFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNYIVYVGDPYQLPSPRTMLTTGQLSPADYNVVTDIMVHTGADVMLDMCYRCPKEIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGTSDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRRYKRWENVTFISPYNAMNVKAAMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMSRLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDPSLVGQEGVLLMTDRRSTALAKSGSTPMKVQSSEDTTQEVLPEGSSSTRLLCPLFKRCSYEYSGLHPAHALTWHDCGAEYRCDEPLAKLVGVSDGTLVSYKTLVSALGFLPSLKIETYHNMFLTKEACRTYVQSWIGIDVEAAHAVKPNVGTNLPLQIGFSTGKNFSVTPEGIWVNEFGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKRDMRQARPWKVVRNEIATHLAEVAPYTDHICFVTWAHQLELATMRYFVKIGTEESCFCGRRACFTNETEFTCKAHRALSVPSCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDEVCTYHSNAHVASADATMTVCLAIHELFRSVDWDLEFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPTVRRAGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFMEGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYINKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLIYYSTTDCSSEQPIVVSYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLSFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGQLDVVINNNAVYAKVENNLVKLFDNRTNLPVSTAFEHYTNRHTKALPTTQLLAGLGVTATRNFTIWVDDDTVFQHTVNVSTYTDCDPNLHVVLCDDRYGTDWSQFNQMPNAVFLTKTKVKKTVPFICTALTLNGVAIDGDELYIYYRKDNQLINFTTILTQGRVVDKFIPKTPMEKDFLEMNSEDFINSYELQGLGVEHIIYGEDNTPVIGGTHALISLVRNKFSFELVNHIYNPVQNCVVTSQNASSKEVCTLLDITLDDYINIIKSAHANFETKSKVFSVNIDCQNVKFMLWHDEQVQTCYPIVQSLTNGYQMPSVYKTLVCDLEPCDIPNYHAYVPRVPGVVKNVLKYRQLFNYIIKKDRLAVPHNMTVLHLGAASIEGTAPGTDVIKHMLPEGTVIIDLDIREFTSDANQIIISDYRTYMPPHHIDAIFSDMYCGDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSLFVKITEHSYSPELYALAGHFDDYQLFCTAVNASSSESFLCCFNYLGSVKENVNGHMLHAAYIRWRNEIALTPTYSPLADNAAVVCKLKATPIISAKELEKKPILKYLVASGRLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036333 NSP10_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR014822 NSP9
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=2420
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0032259 P:methylation
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
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GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6286
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
350.795919999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00117
Total prob of N-in:
0.00260
outside
1 - 1443
TMhelix
1444 - 1466
inside
1467 - 1486
TMhelix
1487 - 1509
outside
1510 - 1583
TMhelix
1584 - 1606
inside
1607 - 1612
TMhelix
1613 - 1635
outside
1636 - 1985
TMhelix
1986 - 2008
inside
2009 - 2272
TMhelix
2273 - 2295
outside
2296 - 2304
TMhelix
2305 - 2324
inside
2325 - 2330
TMhelix
2331 - 2348
outside
2349 - 2367
TMhelix
2368 - 2390
inside
2391 - 2803
TMhelix
2804 - 2823
outside
2824 - 2826
TMhelix
2827 - 2844
inside
2845 - 2850
TMhelix
2851 - 2873
outside
2874 - 2892
TMhelix
2893 - 2915
inside
2916 - 2921
TMhelix
2922 - 2944
outside
2945 - 2953
TMhelix
2954 - 2976
inside
2977 - 2988
TMhelix
2989 - 3011
outside
3012 - 6286
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.3957322
Theta
0.5199288
Tajima's D
-0.9098578
CLR
5.709596
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Gene Tree
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 |
Protein |
YP_005352837.1 |
|
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 |
Protein |
YP_002308496.1 |
|
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
| CHINA_BAT_2014_NC_030886 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_018871 | |||
| USA_MURINE_2009_NC_012936 | |||
| CHINA_RABBIT_2006_NC_017083 | |||
| UK_PIG_2000_NC_003436 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898435 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898436 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898444 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898414 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898439 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898413 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898412 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898411 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898416 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898443 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898420 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898408 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898423 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898432 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898409 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898425 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898446 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898438 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898440 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900501 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898427 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898415 | |||
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