Strain

CHINA_AVIAN_2007_NC_016996 (Region: China: Hong Kong;  Strain: Common-moorhen coronavirus HKU21, complete genome.;  Date: 2007)

Gene

NS6 protein

Description

Annotated in NCBI,  NS6 protein

Location

NC_016996(+):23779-24024

GenBank Accession

YP_005352884.1

CDS

ATGTGTCGCTGCCATACTGAGCTGCGTTTTATATTAACTGCCTGTACTAATGGCAATTACACAGATAGAACACTTTACCTTGACAACTTTGATGTACAGGTTAATTGTTTTATTAATACACTTATGGTATACATTAGTATTAATCCAGATTCTATTAATGTATTACCTAAGTCAATGCTTATTAATGGTTACTACATTGTTTATAAAAATGGTACTTATGTTAGAGAGGACTATTTTACAAATTAA

Protein

MCRCHTELRFILTACTNGNYTDRTLYLDNFDVQVNCFINTLMVYISINPDSINVLPKSMLINGYYIVYKNGTYVREDYFTN

Uniprot

H9BR38   A0A2U9I5V2   H9BR03   A0A2H4NFT9   A0A2Z4EVZ1   A0A2H5A4L7   + More
A0A2Z4EVX2   X2G848   A0A222YUX5   A0A346IMW5   A0A2Z5SIY1   A0A2Z4EVV9   A6N255   A0A075X0R1   X2EXQ4   A0A060CVT1   A0A075E2S3   A0A097EU46   W8QL26   A0A075E3P4   H9BQY8   A0A0E3Y5V9   A0A1P8VJU6   A0A075E3I7   A0A075E2R9   H9BQY1   A0A0E3Y5W1   H9BQZ5   H9BR20   A0A1Z4F688   A0A223DMX3   A0A2Z5XXS0   A0A2Z5XXU4   A0A2Z5XXV6   A0A1Z4F685   A0A0K0PVT4   A0A0K2D1N4  

Pubmed

22278237    29875375    29872066    24744332    30758768    29621617    + More
17459938    25759498    24723718    25153521    24723704    24964136    26584185    25817405    29695146    27424024    26982324    27231358    28634353    28758347    26337879    29569144    26514769    26250097   

EMBL

JQ065049    AFD29247.1    MH013339    AWR88318.1    JQ065045    AFD29212.1    + More
KY363867    ATV90798.1    MG812378    AWV67137.1    KY513724    AUG59159.1    MG812377    AWV67128.1    KJ569769    AHN16230.1    MF431742    ASR75142.1    MH532440    AXP20284.1    LC260041    BBA66329.1    MG812375    MG812376    AWV67110.1    AWV67119.1    EF584908    ABQ39961.1    KJ769231    AIH06860.1    KJ567050    AHM88403.1    KJ620016    AIA99521.1    KJ601779    AIB07803.1    KM820765    AIT11903.1    KJ481931    AHL45010.1    KJ601780    AIB07810.1    JQ065043    KJ462462    KJ584356    KJ584357    KJ584358    KJ584360    KM012168    KT381613    AFD29197.1    AHN16223.1    AIA60983.1    AIA60990.1    AIA60997.1    AIA61010.1    AIP90489.1    ALJ32188.1    KP981395    KP757890    KP757892    KT336560    KR150443    KR265847    KR265848    KR265849    KR265850    KR265851    KR265853    KR265854    KR265855    KR265856    KR265857    KR265858    KR265859    KR265862    KR265863    KR265864    KR265865    KU981059    KU981060    KU981061    KU981062    KX022602    KX022603    KX022604    KX022605    KX443143    KY364365    KY293677    KY293678    MF431743    KY363868    KY513725    MF041982    MG242062    MG837130    MG837131    MG837132    MG837133    LC260045    LC260038    LC260039    LC260040    LC260042    LC260043    LC260044    MK005882    MK330605    AKA97941.1    AKC54431.1    AKC54445.1    ALS54089.1    AML40607.1    AML40779.1    AML40786.1    AML40793.1    AML40800.1    AML40807.1    AML40821.1    AML40828.1    AML40835.1    AML40842.1    AML40849.1    AML40856.1    AML40863.1    AML40884.1    AML40891.1    AML40898.1    AML40905.1    ANA78446.1    ANI85828.1    ANI85835.1    ANI85842.1    ANI85849.1    AQS99156.1    ARJ31777.1    ASK86337.1    ASK86344.1    ASR75149.1    ATV90803.1    AUG59167.1    AUH28253.1    AVZ61085.1    AWG96868.1    AWG96875.1    AWG96881.1    AWG96887.1    BAZ95612.1    BBA66308.1    BBA66315.1    BBA66322.1    BBA66336.1    BBA66343.1    BBA66350.1    QCO76966.1    QDP14521.1    KX834351    KX834352    APZ76693.1    APZ76701.1    KJ601778    AIB07796.1    KJ601777    AIB07788.1    JQ065042    KJ584355    KJ584359    AFD29190.1    AIA60976.1    AIA61004.1    KP757891    KR265852    KR265860    KR265861    KU051641    KU051642    KU051643    KU051644    KU051645    KU051646    KU051647    KU051648    KU051649    KU051650    KU051651    KU051652    KU051653    KU051654    KU051655    KU051656    KU984334    KX118627    MF948005    AKC54438.1    AML40814.1    AML40870.1    AML40877.1    AMN91624.1    AMN91630.1    AMN91636.1    AMN91642.1    AMN91648.1    AMN91654.1    AMN91660.1    AMN91666.1    AMN91673.1    AMN91679.1    AMN91685.1    AMN91691.1    AMN91697.1    AMN91703.1    AMN91709.1    AMN91715.1    AMW88200.1    AOM53030.1    ATJ00132.1    JQ065044    AFD29204.1    JQ065047    AFD29229.1    LC216915    BAY00733.1    KY926512    ASS83089.1    LC364342    BBC54825.1    LC364345    BBC54855.1    LC364346    BBC54864.1    LC216914    BAY00726.1    KT266822    KY065120    MF280390    MH715491    AKQ63086.1    APG38201.1    AVR48522.1    AYU65236.1    KR131621    KT021234    KU665558    MF095123    KY398013    MH708123    MH708124    MH708125    MG832584    MK211169    MK355396    MK572803    MK330604    ALA13748.1    ALD83759.1    AML83919.1    ASY98691.1    ATU88977.1    AXP32219.1    AXP32226.1    AXP32233.1    AYP31082.1    QDF21515.1    QDH76191.1    QDH76198.1    QDP14514.1   

Proteomes

UP000144236    UP000142997    UP000174689    UP000139576    UP000126862    UP000156755    + More
UP000104403    UP000114014    UP000102644    UP000172095    UP000103330    UP000118543    UP000122701    UP000124223    UP000152486    UP000152859    UP000161942    UP000097413    UP000115701    UP000116882    UP000118503    UP000118624    UP000120336    UP000130144    UP000131750    UP000132517    UP000136494    UP000147360    UP000148151    UP000150502    UP000154045    UP000156468    UP000158884    UP000161041    UP000162784    UP000163421    UP000170248    UP000171091    UP000172024    UP000180351    UP000180352    UP000129252    UP000160089    UP000103266    UP000147537    UP000149778    UP000108307    UP000112854    UP000117737    UP000137853    UP000141273    UP000144892    UP000169372    UP000135406    UP000132721    UP000100106    UP000120804    UP000151351   

ProteinModelPortal

H9BR38   A0A2U9I5V2   H9BR03   A0A2H4NFT9   A0A2Z4EVZ1   A0A2H5A4L7   + More
A0A2Z4EVX2   X2G848   A0A222YUX5   A0A346IMW5   A0A2Z5SIY1   A0A2Z4EVV9   A6N255   A0A075X0R1   X2EXQ4   A0A060CVT1   A0A075E2S3   A0A097EU46   W8QL26   A0A075E3P4   H9BQY8   A0A0E3Y5V9   A0A1P8VJU6   A0A075E3I7   A0A075E2R9   H9BQY1   A0A0E3Y5W1   H9BQZ5   H9BR20   A0A1Z4F688   A0A223DMX3   A0A2Z5XXS0   A0A2Z5XXU4   A0A2Z5XXV6   A0A1Z4F685   A0A0K0PVT4   A0A0K2D1N4  

KEGG

vg:11945680     vg:11945635     vg:11945625     vg:11945657    

From MSLVP

Single-Pass Membrane

Length:

81

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.8514

Exp number, first 60 AAs:

0.74739

Total prob of N-in:

0.51301

inside

1  -  81