Strain
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083
(Region: China; Strain: Rabbit coronavirus HKU14, complete genome.; Date: 2006)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAGCTGCAATGGGCTCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGACTACCCTAGCAGTTCAGAAGTGGGTATGGTTTGCCCCACTACCGCGCAAAAGCTGGGATCAAGTGGAATTTTTCTTAAGAATCACGTGATGGTTGATTGTCGCCGCCTCGTAAAGTATGAGTGTTGTGTGCAGTCTAATCTGATACGTGAAATAAATATGAATACAGGTCCTGATGCTATGGACGCTGTTATTCAAGAAGCACTTCAGTCCCGTAGTGCTGTTTTAGTTACACCACCTCAGCGCATGTCTTTGGACATGTACTATAAATTGGGGTGTTGTCCTAAAGGTTGGACCATGGGTTTGTTTCGTCGTCATTGCCAGTGTAGAACTGGCAATTGTAATGTTGAAACCCATGTTGCCAATCAGCTCTATATGATAGACCCTGAAGGTGTCTGTCTAGGAGCAGGTACGTTTATAGGATGGTTTGTTCCACTCTTTGCGCTACCTGAGTGTGTGCGGGATAAAACCTTTCCCTGGGTTTTGTACCTGCGAAAGCATGGTGAGAAAGGTGCGCATTCTAAGGGTCATGGTGACACTTTTTATGTGGATTATGACTTTGATGTTGAAGATGCTTACGAAGAGGTTCATGATAACCCTAAAGGTAAGTATTCTAAGAAAGCTTATGCTTTGTTGAGGGGATATCGTGGTGTTAAACCACTTCTTTATGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGTAATCTTGCAGAGGGATTGGAAGCTTATGCTGAGTTCTCTCTTCAAGAGATGAAAGAACTTTTTCCCATATGGAGTCTTAGTCTCCCATATGATGTTGTTGTGGCATGGCATGTAGTTCGTGATCCTCAGTTTGTGATGAAGTTGCAATCTCTTGCTACTATTCGTAGCATTGAGTATGTTGCAGAACCTACTGAGGATTTAGTTGATGGCACGGTTGTTATTAAAGAACCCGTGCACACACTTGCCCCAGATGCCATAGTTTTAAAGCTGCCTAAGCTTATTGATCTTATGCAGCATACAGATTCTACTGTAGTGGAGTCTATTTATAAAACCAAGCTGAAACATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTATGTTGAATGTTCTCAGGATGATTGCACCTTTACAGGTTGGGTTCCAGGGAATATGATAGATGGATTTGCCTGCACATCATGTGCTTTTGTTTATGGCACTGTTGATTTGCTTGCACAATCTTCTGGCGTTATGCCCCAAAATCCTGTTCTTTTTACCAAAGGCCAGGCTATTACAAACGGGGATTCATTTAAGCTTTATGGAAATTCTGTTATTCCATTTGGTGGTTGTTTGTATTGGAGCCCAACACCTGGTGTTTGGCTTCCTTTGATTAAGTCATCTGTTAAAGCATACGATGGTATGGTTTATACAGGTGTTGTAGGTTGTAAAACCATTGTCAAAGAAACAGAAGCTGTTTGTAAAGCACTGTATTTGGATTATGTCCAGTACAAGTGTAGTGACCTAAAGCAGAGAGAAGGTTTGGGTCTCGCTGATGTTTGGCATAAACAGCTTTTGATTAATAGAGGTGATTATCAACCTCTTTTGGATAATGTTGATTATTTTAGTATGCGCAGAGCACGTTTTAGTATGGAGACAGCTACTGTCTGTTCAGAGGGATTTATGCCCTTTTTGTTGGATGGTTTGGTGCCGCGCACTTATTATTTGGTTAAGAGTGGCCAAGCTTTTTGTGATATGCTTTGTGAGTTTGGCCAAGAAGTTGCAGATTTGAGCAAAGAGTTGCTTGTTGTGACTTTAGATTCAGTTACTTCTGCATTACAATTTTTGACGCTTAATGTTGGTAGGCTTACCGAATGTCTTAAGGGCTTTGGTATTAAGTTTGTCAACAAGCTGATACAGTACTTTAAAACTGCTACTAGATGTACCGCTCTCGCCTTTGCATGGGTTTTGCTTCATGTTTTGCGAGGCGCATATATAGTGGTTGAAAGTGATATATATTTTATTATGAGCATTCCAGATTATGCGCGCGTTGTTGTGCGTACTTTTCAGAATGTTTTTAAGATGGCATTAGATTGTGTAAAAGTGTCATTTTTAAAAGGCCTTTCTGCTTTTAAGATAGGGCGTGAAAAAATTTGTTTTGTAGGAAGCAAGTTTTATAAAGTGGAACGAGGAAATCTTAATGATTTGGTTCGTAGAGATTTGGTTGTTCCTAGTGTAACACAGAGAGCTAAAAATCAGCAACCTGTCTATTTGACCGGTAATTGTGCTCCTGTTAATGTAGATGATGATGTGGTTGAGGTTGTTACTAACCCAGTTACATCTTGTGGTTATCAAAAACCACCTCAAAAATGTGATAAGATTTGTATTGTGGATAATGTTTATATGGCTAAATGTGGTGAGAAGTTCTTTCCAGTTGTGGTGAACGAAGATTACATTGGCCTTTTAGATCAAGCTTGGAGATTTCCTTGTGCTGGAAAGAAAATTTCCTTTGTAGAGGAACCTTCAGTGAAGGAGATCGTCACAAAGAAGACTGTTAAAGTCTGTTTTGAGCTTGATGCTAATTTTAATACTATTTTGGACACTGCTTGTAGCGTGTTTGAGGTAGATAATACTGTAGATATGGAGGAGTTTGCTGCTGTTGTCGCTGATGCGATAGAGGAGAAACTTACTCCATGTAAGGAGCTTGATGGTGTTGGCATTAAAGTTAGTGCCTTTTTGCAGAAGCTGGAAGATAATAATCTTCACTTCTTTGATGAAGCTGGTGATTGTGTTTTGGCTTCTAAGTTATATTGTACATTTTCGGCTCCTATTGATGAAGATTTTGGAGAGTCAGAATATGAAGAAGGTGATGTTGATGTTGATGAAACTGATTCCATTGTTACTAGCACCTCGCAGGAGGTTTGTGCAGGTTCGGGCATCCCTTGTGGTACGGACTGCAATAGTATTGCCAATGGACAGGAGGAGGCATCAGAAGTCTTTGAAATAGCTGAAGTTGAGGATTCTATTTTGGAAGAACTTCAAGTCAGCATACAAGCGCATGATGAAGTGGACGTTGTGTCTGCGGATTCTGATTCCGTGCTTGTGCATGATTACATAGATGGTGTTAATTATGACACTTTCTATTGTGATACTGTTTTTGATTTTTATGTTGCACACAAGGAACCTGATTTCGTAAAAGTTCTTGGTGTGTATGTTCCTAAAGCAACGCGCAATAATTGTTGGTTGCGTTCTGTCTTGGCTGTTTTTCAGAAGTTGCCATGTACTTTTAAGGATAAAAATTTGCAGAGTTTGTGGTTGTCTTATAAGCAGCAATTTGATCAGTTGTTTGTAGACACTATTATGCAGAAAATACCTGCAAATATAGTTGTTCCACAGGGTGGTTATGTAGCTGATTTTGCTTATTGGCTACTTACTTTGTGCGATTGGAATGCGGCATCTCATTGGAGATGTCTTAAATGTGATTTGGCACTAAACCTTCAAGGTTTGGATGCTATATTCTTTTATGGAGACATAGTGTCACATGTTTGTAAGTGTGGCGAGTCTATGGTTCTTCTTAAAGTTGATGTGCCGTTTACTGCACATTTTGCTGTGAAGGATAAGCAGTTTTGTTCTTTTACGACACAACGTCGTATTTTTAAAGCTGCTTGCGTTATTGATAAAAATGACCGTCATTCTATGGCTGTCATTGATGGTAAACAAATTGATGACAAGCTTGTTACTGATATTAACAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGAGATGGCATTTAGTATGTCATCCTTTGAAATTGCTCAATTGTATGGTTGCTGTATAACACCTAATGTTTGTTTTGTTAAAGGTGATGTTATAAGAATTGCCCAGCTTGTGTATGCTGATGTAGTTGTTAATCCCGCTAATGGCCATATGGCTCATGGTGGTGGTGTGGCAAAAGCTATAGCTAATGCAGCTGGTCAAAGTTTTATTAAGGAGACTGCTAATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACCGGTGATTGTTATGTGTCATCAGGAGGCAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGTCCTGACGCACGAGCTCAGGGTAAGCAATGTTATGCATTGTTAGAAAAGACATATAAACACCTTAACAAGTATGATTGTAGTCTTACTACACTTATTTCTGCTGGCATATTTAGTGTGCCATCTGATGTGTCTTTGACATACTTACTTGGTGTTGTAGAAAAACAAGTTATTCTTGTTAGTAACAACAAAGAAGATTTTGATTTGATTTCTAAGTGTCAACTAACGGCTGTAGAGGGCACTAGAAAGTTTGCAGAGCGTCTATCTTTTAATGTAGGACGCACTATTAAATATGAAACAGATGCTAATAAGTTGCTTATTAGCAATGATGTAGTATTTGTTTCTACTTTTAATGTGTTGCAAGATGTTAACACATTGCGGCACGATATTAAACTTGATGATGATGCGCGTGTTTTTGTGCAGTCAAATATGGAGAATTTGCCTACAGATTGGCGCATAGTTAATAAGTTTGATCAGATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAATATTTTGAATGTCCTGGTGGCATAGACATTTGTAGCCAGGGTAAAGATTTTGGTTATATACAGCAGGGTTCTTTTTACAAGGCCACTGTAAGCCAAATTAAGGCTTTGTTTGTTGATAAAATAGATGTTTTGCTTACTGTTGATGGTGTTAATTTTACCACTAGGTATGTACCTCTTGGTGAAGTTTTTGGCAAAACACTAGGCAATGTATTTTGTGATGCTATTAATGTCACAAAATGCAAGGCTGAACAGAAATATAAAGGAAAGGTGTTCTTTCAGTTTGATAATCTGTCTAATGCAGATTTAAAAGCTGTTAAGAGTTCTTTCAATTTTGATCAAAAAGAATTGTTGGCTTATTACAATGTCCTTGTGAGTTGTGG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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR032592 NAR_dom
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR042515 Nsp15_N
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036499 NSP9_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042570 NAR_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR038083 R1a/1ab
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR009466 NSP11
IPR037230 NSP8_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014827 Viral_protease
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR014822 NSP9
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR037227 EndoU-like
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=3368
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7151
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
393.412069999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00123
Total prob of N-in:
0.05495
outside
1 - 2257
TMhelix
2258 - 2280
inside
2281 - 2286
TMhelix
2287 - 2309
outside
2310 - 2368
TMhelix
2369 - 2391
inside
2392 - 2410
TMhelix
2411 - 2433
outside
2434 - 2811
TMhelix
2812 - 2834
inside
2835 - 3088
TMhelix
3089 - 3111
outside
3112 - 3120
TMhelix
3121 - 3143
inside
3144 - 3149
TMhelix
3150 - 3172
outside
3173 - 3181
TMhelix
3182 - 3204
inside
3205 - 3619
TMhelix
3620 - 3642
outside
3643 - 3645
TMhelix
3646 - 3668
inside
3669 - 3672
TMhelix
3673 - 3695
outside
3696 - 3714
TMhelix
3715 - 3737
inside
3738 - 3743
TMhelix
3744 - 3763
outside
3764 - 3772
TMhelix
3773 - 3792
inside
3793 - 3811
TMhelix
3812 - 3834
outside
3835 - 7151
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.3840296
Theta
0.4939827
Tajima's D
-0.8617475
CLR
7.859113
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 | |||
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 | |||
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
| CHINA_BAT_2014_NC_030886 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_018871 | |||
| USA_MURINE_2009_NC_012936 | |||
| CHINA_RABBIT_2006_NC_017083 |
Protein |
YP_005454239.1 |
|
| UK_PIG_2000_NC_003436 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898435 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898436 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898444 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898414 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898439 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898413 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898412 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898411 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898416 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898443 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898420 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898408 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898423 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898432 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898409 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898425 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898446 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898438 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898440 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900501 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898427 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898415 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898421 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898431 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898410 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900498 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898430 | |||
| GERMANY_PIG_1978_LT897799 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898447 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898426 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898417 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900500 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898445 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898418 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898441 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898433 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT900502 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT900499 | |||
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