Strain
CHINA_MURINE_2012_NC_026011
(Region: China; Strain: Betacoronavirus HKU24 strain HKU24-R05005I, complete genome.; Date: 2012)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAAGCGAGTCAACAAATACGGCCTCACGCTAAAATGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTAACCCTGATAGCGGAGATGGGGATGGGTTTTGCTCCCCAGTTAAGCAGGAAGAGGGATCGGTCAAAGATCATTTTGATAATCACGTTAAGATGGATTGTAGCATCCTATCTACTTATGATATGGTTGCGCAGTCTGTTTTGATACGTGATATAGTATCTAAGACAGGACCGGAAGATACCGAGTCTGTGTTAAAGCAAGCCTTGTTGTCCCGCGAGGCAGTTTTTGTGCGACCACCCCAGCACATGACTCTTGAGTCATGTTATGCAGGAGGGTGTGTTCCTAAGGGATGGGTCATGGGTCAGTTCCGCCGCTGTACAACCTGTAGTACAGGAAATTGCGGTGTGGACAAACATGTATCCTACGAGCTCTACCTAATCAGCCCTCAAGGTGTTGGTTATGGTGCAGGTCGATTTATGGGTTGGGTAGTACCAAAGAGTGTGCTGCCACCCAAAGCTCTTGCGCGCTTGGAACCTTATGTTCTTAAGGTGCGCAAGACAGGAGTTAAAGGTGCTTACAGTCGTGGGCACTATGAACAGCAGGGTGCTGGTTCGAGCTTTGTCCTGGATAACGCCTGTGATGAAGTCATGAGTGCGCCAAAGGGCAAATTCTCTGCCAAAGCCTATGCTCTTTTAAGACAGTATAGAGGCTTGAAACCTCTTGTCTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGCAGCCTCGCACAGGGCCTTTCCGCCTATGGGGAATGCAGTGTGAAGGAGATGAGAGCTGGTATGTGGAAGACCAGTGATCAATTTGAGTATGTGGTGGCATGGCATACAGTTCGTGATGAAAGGTTTGTGATGAGTTTGCAAACGTGTGCTACTATACGTAGTATTGCATACGTAGCGGACCCTATGGATGATTTGGAAGGTGACCAGGTTGTTGTGAAGGAGCCTGTTCATGTTCTAAGTGCCGATGCCACTGTAAAGAAGTTTGTTAAAATAGCAGACTTAATGCAGGTCACTGATGCTGTGTCTGTTATAGAAACTGTTTATAAAGTCCCTATAAAAGATTGTGGCTTTGTGATGCAGTTCGGCCATGTTCAGTGTGAACATGACGAGTGTGAGTTTGTTGGGTGGATACCAGGTAACATGATAGATGGTTTTAAGTGCCCCGCTGGCAAGCTGTATGCAGCTAGCGAGGTTCAAGCTCAATCTTCTGGAGTCATACCACCTAATGCTGTGTTGTTTACTGAAAGTACTGCCTTGACCTCGCAGGATTCTTTTAAGATGTATGGTATGTCAGTTGTTCCTTTTGGTGGCTGTGTTTACTGGTCACCAGGATCTGGCATCTGGTTGCCTATCATCATGTCAGCTGTGAAGGCATATGATGGTATGACCTTTACAGGTTCTATTGGTTTTAAAACCATTGTTCAAGAGACTGCTGCTATTTGTCATGCTTTGTATCTGGACTATGTTCAATATAAGTGTGCAGATATAAAACAACATGCCATCTTGGGTGTTGATGATCTTTGGCACAAGCAGCTGCTTTTTAACAGAGGTGATTATTCTCTCTTGTTAGAGAATGTGGATTATTTTATTATGCGCCGCGCTAAGTTTTCTGTGGATAACAGCTTGGTCTGTTCTGAGGGTTTTGCACCTTTCCTGTTGGATGGTGTGGCCGCGCGCGCATATTATATAAATTGTTGTTTGAGTGCACCTGGCTTGCCAGAGAGTTTGTGCAAGCTAGGTATTGAAGTGGGGAGCTGGTGTCAGAGCACATTGTGTTTGTGTATTGGCACAGTTCAGGGTGCCACTTCATTTGTGGTGAAGAATTTGAAAGTGTTTTTGTCCAAGTTTCAGATCTTTGGCAAAAAGTTCGTTAAAAATGTTAAAAAGCTCGTAGAAGAGTGGATTAAAAAGTCTGTTTGTGCTCTTGCTTGGGTTGTCCTTCATGTCATAAACGGTGCTTATCTAATTTTAGAAGATGGTTTCCATTTTGTTGGAAGTGTGCCTGATTATGCTCGCAATTTTGTGAGGATACTTAGGGAGATGGTTAATATGATGTTAGATTGTATGAAACATACCATAATTAAGGGTCTACCTTGTTTTAAGGTGGCTGCTGAGTACATTGTCTTCTCTGGAAGCTTTGTATATAAATTGGGCCTGGCTATGATAGATAATCTAGTCCTGCCTAGTGACATGATACAGAGTGAACTCCTTGCTTTGCATGGTGATGTTATTCCTGTGACATTAGAAAGTGAGGTTGTGGAAGTTGTAAAACAACCACTAAAACCACTAGGTTATCGAAAGCCTCCAATGAAAGCAGCTCGTCTGTGTGTTGTAGACAATTTGTATATGGCTCAAAACGGTGACTGTCTATATCCTGTGATATTTGATGGTCAGCGTATTGGGTTGTTGGATCAGGCTTGGCGCTTTCCTTGTGCAGGTAAGAGTGTGTCCTTTGCTGCAGCAGATGACGTTAAAATCATTGCTGCAAAGAAGAAGGTCACGGTCGAGTATGATCTTGATGTCGAATTTAACACCATCTTAAATACTGCTTGTAACAGTTTTGAGGTGGATGGTAGTGTTGATGCAGATGAGCTTGCTGCTGTGATTGTTGATACAATTCAGGACAAGTTAGAATCTTGCAAAACACTTGAAGGTGTGGGCGCTAAGGTTTGTGCATTTTTGAGTAGGTTGGATGAAGAACCTATTTATTTGTTTGATGAGTGTGGTGATGAGAAAGTTTCTTCTCATATGTTTTGCACATTCTGCCCACCGGAAGATGATGATGTTGTAATGTTTGAGTGTGAAGCTGAAGGTTGTGATCTCAGTGAAGTGGAAACACCTGAAGCAGTGGAAGCAGAACCAGCCAGCCAGTCAGACAGCCAATATGGTAATGTCGATGGTAATGGTGTAGGCGACGTGAAAGCTGTGGATGCTGTGGAAACTGAAGCTGTGGTTAACTCTGAATCTGAACAAAGTCAAGCATTAAGTGCAAATAAAGAGCTGCTTTGTGCAGTATTTGAGGAAGATGTAGAAGCCACAGAACCGGTCATTGTCACTGATTGCATTAGCAGCAGTGTTGCCAGTGAGGTTGAACAAGTGGAAGAAGTCTTTGATATAGCGACATGCGATGATCCTATTTTGCAGGAATTAGAGCAGGTCGTAAATGTTGAGTATCAGCTTCATGGTAATGTCTGCGACTATGTTGCAGCTTATGAGGAAGCTGTTAGTGATTTTTGGACAGTACAGCAAGACGAGTTTATTCACGTCTGTGGTGTATTTGTCCCTAAGACTACCAGGACTAATTGCTGGTTGCGTTCTGTCCTGGCAGTAATGCAGAAAATACCTTGTGTATTTAAGGATAAGAAATTACAGAATTTGTGGTGTGTGTACAAGAATCAGTATTCTTCTGATTTTGTAGATGCACTGTTGAAAAAGATTCCGGATAATATAATTGTACCGGAAGGAGGCTATGTTGCTGATTTTGCGTATTGGTTTTTAACACAGTGCAAATGGGATGCTAACTCTTATTGGCGCTGCTTGAAGTGTGGGATTGATAGTGAGTACAAAGGCCTTGATGCCATGTTCTTCTATGGGGATGTAATCTCACAACCATGTAAGAAGTGTGGTCAGAGCATGGTGGCACTTAAGTTAGATGCACCATGCACCCTACACTTTTCTTTGATCGACACCACATTTAGTGCATTCTTTTCATTGAAAAGAGTGTACTTAGCAGCGTGTGTTGTCGATGTGCATAATCGGCACTCATTGGCAGTGATTGATTATAATGGTTTAAAGCAAGTTGATGGAACGCTTGTTACAGATGTTAGTAGTAACAAGTTTGATTTTATAGTTGGGCATCCTATTAAGTTTGCTATGTCTACTTTTGAGATTGCCCAACTTTATGGAACTTGTATAACACCAGATGTTTGTTTTGTAAAAGGTGATATTATAGACGTTTCTAAGAAGGTTTTTGCTGATGTTGTTGTGAACCCCGCCAACAGCCATATGGCGCATGGTGGTGGTGTAGCAAAAGCAATAGCAAGGGCAGCTGGCGACGCCTTTAATAAAGAGACCTCCGACATGGTAAAGTTGCGAGGTCCTTGTCCTGTGGGTGAGTGTTACAAATCCACAGGCGGTAAGTTGTGTAAGTTGGTGCTTAATGTTGTGGGTCCTGATGCGCGAGCACAGGGTAAACAATCTTATGCGCTACTTGAACGCGTCTACAAAGCGTTTAATAAATATGAATGTTGCGTCACTACGTTAGTGTCTGCTGGTATATTTAGTGTGCCATCTGATGTTTCGTTGACGTATTTGTTGGGAGCCACCACTAAAAAGGTAGTGTTGGTCAGTAATAATAAAGAAGATTTTAAGCTCATCGAGGGTTGCCAAACAACAGCCGTCGATGGTACTAAACAGTTGGCTGCTAGACTAACTCAACAGTTGGGCCGCCAAATTAAGTATGAAATCGATACTATAGCTCTTCTTGATAAGGAGACAACTCTAGTATCGACTTATGATAAGCTGCAGGACATCTATTGTATGCAGCATGATATAAAGTTGGATGATGATGCTCGGGCTTATGTTCAGAGCATGTATCAATCCCTGCCAGAAGATTGGCGATCAGTCTTCAAATTTGATGTTTGTGCTGGTGTTAGAGTTGTTAAATATTTTGAGTGCCCCGGCGGTATATCTATATGCAGTCAGGGTTCGGATTTTGGATATGTACAAGAAGGTACCTTTGTAAAGGCGACTGTCAAAGAGGTGCAGCAGCTTTTTAAGAATGTAGTTGAAGTCCTGCTTACTGTTGATGGTTTCAACTTCAAGACCAAGTCAGTCGTCTGTGGTGAAGCCTTTAGTAAGCAGGTTGGCAATGTGTTTTGTGAAAATGTTGATGTTACCAAGCACATTGTTTCTAAAGAGTATGCAGGCAAAGT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Protein
MAKRVNKYGLTLKWAPEFPWMFEDTEEKLGNPDSGDGDGFCSPVKQEEGSVKDHFDNHVKMDCSILSTYDMVAQSVLIRDIVSKTGPEDTESVLKQALLSREAVFVRPPQHMTLESCYAGGCVPKGWVMGQFRRCTTCSTGNCGVDKHVSYELYLISPQGVGYGAGRFMGWVVPKSVLPPKALARLEPYVLKVRKTGVKGAYSRGHYEQQGAGSSFVLDNACDEVMSAPKGKFSAKAYALLRQYRGLKPLVFVDQYGCDYTGSLAQGLSAYGECSVKEMRAGMWKTSDQFEYVVAWHTVRDERFVMSLQTCATIRSIAYVADPMDDLEGDQVVVKEPVHVLSADATVKKFVKIADLMQVTDAVSVIETVYKVPIKDCGFVMQFGHVQCEHDECEFVGWIPGNMIDGFKCPAGKLYAASEVQAQSSGVIPPNAVLFTESTALTSQDSFKMYGMSVVPFGGCVYWSPGSGIWLPIIMSAVKAYDGMTFTGSIGFKTIVQETAAICHALYLDYVQYKCADIKQHAILGVDDLWHKQLLFNRGDYSLLLENVDYFIMRRAKFSVDNSLVCSEGFAPFLLDGVAARAYYINCCLSAPGLPESLCKLGIEVGSWCQSTLCLCIGTVQGATSFVVKNLKVFLSKFQIFGKKFVKNVKKLVEEWIKKSVCALAWVVLHVINGAYLILEDGFHFVGSVPDYARNFVRILREMVNMMLDCMKHTIIKGLPCFKVAAEYIVFSGSFVYKLGLAMIDNLVLPSDMIQSELLALHGDVIPVTLESEVVEVVKQPLKPLGYRKPPMKAARLCVVDNLYMAQNGDCLYPVIFDGQRIGLLDQAWRFPCAGKSVSFAAADDVKIIAAKKKVTVEYDLDVEFNTILNTACNSFEVDGSVDADELAAVIVDTIQDKLESCKTLEGVGAKVCAFLSRLDEEPIYLFDECGDEKVSSHMFCTFCPPEDDDVVMFECEAEGCDLSEVETPEAVEAEPASQSDSQYGNVDGNGVGDVKAVDAVETEAVVNSESEQSQALSANKELLCAVFEEDVEATEPVIVTDCISSSVASEVEQVEEVFDIATCDDPILQELEQVVNVEYQLHGNVCDYVAAYEEAVSDFWTVQQDEFIHVCGVFVPKTTRTNCWLRSVLAVMQKIPCVFKDKKLQNLWCVYKNQYSSDFVDALLKKIPDNIIVPEGGYVADFAYWFLTQCKWDANSYWRCLKCGIDSEYKGLDAMFFYGDVISQPCKKCGQSMVALKLDAPCTLHFSLIDTTFSAFFSLKRVYLAACVVDVHNRHSLAVIDYNGLKQVDGTLVTDVSSNKFDFIVGHPIKFAMSTFEIAQLYGTCITPDVCFVKGDIIDVSKKVFADVVVNPANSHMAHGGGVAKAIARAAGDAFNKETSDMVKLRGPCPVGECYKSTGGKLCKLVLNVVGPDARAQGKQSYALLERVYKAFNKYECCVTTLVSAGIFSVPSDVSLTYLLGATTKKVVLVSNNKEDFKLIEGCQTTAVDGTKQLAARLTQQLGRQIKYEIDTIALLDKETTLVSTYDKLQDIYCMQHDIKLDDDARAYVQSMYQSLPEDWRSVFKFDVCAGVRVVKYFECPGGISICSQGSDFGYVQEGTFVKATVKEVQQLFKNVVEVLLTVDGFNFKTKSVVCGEAFSKQVGNVFCENVDVTKHIVSKEYAGKVLYQFENLSEAELESVKQSFGFDQKQLLAYYSYRSCCRWEVVVHRKWFCFKQADNNCYCNAACLMLQNLNLTFKLQQWQEAWLEFRAGRPLRFVALVLAKGAFVYGQPADARDFMRVALSQADLSSASCEYEFICKCGVKVEKRDGIDAVMFYGTCDKQALEKGTTTDCSCGPKTVHVLSMNVPFFIGSQAPAVGALPNGCAAANLYKGGAVGHYTHVKNGKQLTCFDAHNVKKCTTLVDGVTDCLYTNVPKQTFESCLTTYYLDDVKHVEYKPDLSQYYCEGGRYYTQRIVKAQFKTFEAVDGVYTNFELVGHALCDTLNVKLGFDSTKDSVQYKVTVWPDATGDVVLADDDLYVKRYKKGCITFGKPVIWQSHMEASLASLTYFNRPSLIDKNKFDVLTVEESALEEKDDSQQVGPFIIKKLKNVKKPISVDGVIIENDDKAEATLVKSLTLDDVIAMWVTGGRYVVWVANWLSKLVCTPTVREYVKRGLQKVKIPVELFSRRDDKCDVVQKSIKRVVLAPMNALRLFYVLMCSWLKKPSDNKVVYTTEIVSKFSSKLFVKACGIALRNFKWGMLLRGFFIVATIFLLWFSVIFANVIFSDLYLPNIRFMPTLVGHVIARLKFIFGFWTLCDSIDVSSIGFTFDNCTSVACQFCLSGFDMIDTYKAIDFVQYHVAGFSGFDYKSFAVLVLELVISYVLYTVWFYPLFGLVCLQIFTTWFPDMFMITELHWFVRLFLYMANLLPFHVFLRLYIIVVFIFKMFKLFRHVVHGCNKPGCLFCYKRNKSVRVKCSTVVGGMLRYYDVMANGGINFCNKHQWNCIGCDSYKPGNTFITVEAAAELSKEFKRTINPTDVTHYVVECVQQVGCKMRLFYEKDGQRVYDDVNASMFVDFNGLLHSKVNGVPKTNVVIVDGDADKANFLNAVVFYAQSLFRPVLMIDKSLLTTASTGTNVSKTMFDVYVDTLLGMFEVERKSLNNFIQVAHKSLAEGVQLEKVLNTFIGCARKTCSIDSDVDTRCLADTVMSTVAAGLDMTDESCNNLVPTYIKSDNIVAADLGVLIQNNCKHVQGNVAKMAGVSCIWHVDVYNQLSSDFQHKLKKACVKTGLKLKLTYNKQAANVSILTMPFSLKGGALVSNVLFKCFIASLIVFCTLWLFMPSYSVHKSAYELPAYASFKVIDNGVVRDVDVKDVCFANKYAQFDQWYESTFGLSYYSNHHSCPVVVAVIDKDIGSTVFNVPTKVLRFGYHVLHFITYAFSADGVQCYTPHEQISYSDFYSSGCVLSSACTMFASDNGASQAYCYTEGLVQNASLYSSLRPHVRYSLANTHGYIRFPEVLREGLVRVIRTKAMTYCRVGLCESAEEGICFTFNGSWALNNEYYRKMPGTFCGRDFVDIFNQFVVGLAQPIDFFSLTMSSVVGAVLAIIIVLIFYYLIKLKRAFGDYTAVVVVNVIVWFINFVMLFVFQVYPTFAVIYALCYFYVTLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPIWFCILYVAAVVSNHAFWVFSYFRKLHTGIRSDGTFEEMSLTTFMINKDTYCKLKNSLSEVAFNKYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKALDTFNHNNGNDVLYQPPTASVSTSFLQSGIAKIVCPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDNKVYCPRHVICAANDMVDPDYEALLCRVTSTDFVVMFDRMSLTVMSYQMQGAMLILTVTLQNTKTPKYTFGNVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSFTIKGSFLCGSCGSVGYVLMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGNFYGPYRDAQVVQLPIQDYVQSVNFVAWLYAAILNNCNWFIQSDICSVEDYNVWAMANGFSQFTMDLVIDALASMTGVPVEKCLAAIKRLNNGFQGRQILGSCVFEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVFKGTLCWVLTSTFLFACILSAFVKWTMFMYVTLNVLSVTIGTLCFVACAMLFIKHKHLYLTMFILPVFLTLLYTNYLVVYKQSFRGYAYAWLSYVVPSVDYTYTYEVLYGCCAVLFMIFTTMRSINHDLFSIIIFITRVSSVVSMWYMGSNLEIEILLLVVSIFGTYTWTTIISLTVAKAMAWWLHANIFYLTDIPHVKILLMCYLLVGYIVCCYWGVFSLCNKLFRVPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALILNFKLIGIGGVPIIEVSQIQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLGVAFDKLAQLLIVLFANPAAVDTKCLTSIEDVCDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEIAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLSAIPSLTANSLTIIVPDKTVYDQVVDNVYIAYAGNVWHIQSIQDADGTVKQLNEINESVNWPIVVTATRYNEVSTTVMQNNELMPAKLKTQVVSSGPDMNCNVPTQCYYNNSNNGRIIYAILSDTDGLKYTKIVKEDQSVVVLELDPPCKFTVQDAKGLKVKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGHATEYAANSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGIPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTNQDSYGGASVCIYCRARIEHPDVDGLCKLRGKFVQVPIGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGSSATLQSKDTNFLNRVRGASVDARLVPCASGLSTDVQKRAFDICNANVAGIGLHYKVNCCRFQCAEEDGTLLDQYFVVKRTGLDIYDKEKACYERLKDCSVVAVHDFFTFDVEGSRVPHIVRKYLTKYTMLDLCYALRHFDRNDCSLLCDILCLYAECEQSYFTKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADAMVEAGLVGVLTLDNQDLNGIWYDFGDFVLAAPGCGVAIADSYYSYMMPMLTMCHALDSELYVNGAYRQFDLVQYDFTDYKLELFNKYFKYWTMPYHPNTCDCEDDRCIIHCANFNILFSMVLPNTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASANALYDLRTCCFSVAAIASGVKFQTVKPGNFNQDFYDFILSKGLLKEGSSVDLRHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFCLEVVFKYFEVYDGGCIPASQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDDIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVSVV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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014822 NSP9
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR032592 NAR_dom
IPR002589 Macro_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR027352 CV_ZBD
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014828 NSP7
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR036499 NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037227 EndoU-like
IPR042570 NAR_sf
IPR014829 NSP8
IPR027417 P-loop_NTPase
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=3395
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7141
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
365.751229999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.02632
outside
1 - 2245
TMhelix
2246 - 2268
inside
2269 - 2361
TMhelix
2362 - 2384
outside
2385 - 2403
TMhelix
2404 - 2426
inside
2427 - 2798
TMhelix
2799 - 2821
outside
2822 - 3075
TMhelix
3076 - 3098
inside
3099 - 3110
TMhelix
3111 - 3130
outside
3131 - 3133
TMhelix
3134 - 3156
inside
3157 - 3160
TMhelix
3161 - 3183
outside
3184 - 3601
TMhelix
3602 - 3624
inside
3625 - 3632
TMhelix
3633 - 3655
outside
3656 - 3659
TMhelix
3660 - 3682
inside
3683 - 3702
TMhelix
3703 - 3722
outside
3723 - 3757
TMhelix
3758 - 3780
inside
3781 - 3799
TMhelix
3800 - 3822
outside
3823 - 7141
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.3256298
Theta
0.45148
Tajima's D
-0.9945886
CLR
4.376158
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Gene Tree
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 | |||
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 | |||
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
| CHINA_BAT_2014_NC_030886 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_018871 | |||
| USA_MURINE_2009_NC_012936 | |||
| CHINA_RABBIT_2006_NC_017083 | |||
| UK_PIG_2000_NC_003436 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898435 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898436 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898444 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898414 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898439 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898413 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898412 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898411 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898416 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898443 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898420 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898408 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898423 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898432 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898409 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898425 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT898446 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898438 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898440 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900501 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898427 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898415 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898421 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898431 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898410 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900498 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898430 | |||
| GERMANY_PIG_1978_LT897799 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898447 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898426 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898417 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT900500 | |||
| GERMANY_PIG_2014_LT898445 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898418 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898441 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT898433 | |||
| AUSTRIA_PIG_2015_LT900502 | |||
| GERMANY_PIG_2015_LT900499 | |||
| BELGIUM_PIG_1980_LT906620 | |||
| BELGIUM_PIG_1977_LT905450 | |||
| SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451 | |||
| BELGIUM_PIG_1978_LT906581 | |||
| UK_PIG_1987_LT906582 | |||
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