Strain

ITALY_PIG_2009_NC_028806 (Region: Italy;  Strain: Swine enteric coronavirus strain Italy/213306/2009, complete genome.;  Date: 2009)

Gene

non-structural protein 3b

Description

Annotated in NCBI,  non-structural protein 3b

Location

NC_028806(+):24666-25400

GenBank Accession

YP_009199244.1

Full name

Non-structural protein 3b       + More
Putative non-structural protein 3b      

Alternative Name

Accessory protein 3b
Non-structural protein 3-1
X2b protein
Protein X2

CDS

ATGATTGGTGGACTTTTTCTTAATACTCTGAGTTTCTTAATTGTTAGTAACCACTCTATTGTTAATAATACAGCAAATGTGCATCACACACAGCACGAACGTATTATAGTACAACAGCATCATGTTGTTAGTGCTAGAACACAAAATTATTACCCAGAGTTCAGCATCGCTGTACTTTTTGTATCTTTTCTAGCTTTGTACCGTAGTACAAACTTTAAGACCTGTGTCGGTATCTTAATGTTTAAGATTTTATCAATGACGCTTTTAGGACCTATGCTTATAGCATATGGTTACTATATTGATGGCGTTGTTACAACAACTGTCTTATCTTTAAGATTTGCCTACTTAGCATACTTTTGGTATGTTAATAGTAGGTTTGAATTTATTTTATACAATACAACGACACTCATGTTTGTACATGGCAGAGCTGCACCGTTTAAGAGAAGTTCTCACAACTCTATTTATGTCACATTGTATGGTGGCATAAATTACATGTTTGTGAATGACCTCACGTTGCATTTTGTAGACCCTATGCTTGTAAGCATAGCAATACGTGGCTTAGCTCATGCTGATCTAACTGTAGTTAGAGCAGTTGAACTTCTCAATGGTGATTTTATTTACGTATTTTCACAGGAGCCCGTAGTCGGTGTTTACAATGCAGCCTTTTCTCAGGTCGTTCTAAACGAAATTGACTTAAAAGAAGAAGAGGGTGACCACACCTATGACGTTTCCTAG

Protein

MIGGLFLNTLSFLIVSNHSIVNNTANVHHTQHERIIVQQHHVVSARTQNYYPEFSIAVLFVSFLALYRSTNFKTCVGILMFKILSMTLLGPMLIAYGYYIDGVVTTTVLSLRFAYLAYFWYVNSRFEFILYNTTTLMFVHGRAAPFKRSSHNSIYVTLYGGINYMFVNDLTLHFVDPMLVSIAIRGLAHADLTVVRAVELLNGDFIYVFSQEPVVGVYNAAFSQVVLNEIDLKEEEGDHTYDVS

Similarity

Belongs to the coronaviruses NS3b protein family.

Keywords

Host membrane   Membrane   Transmembrane   Transmembrane helix   Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 3b

Uniprot

A0A0U2U3A1   A0A1D8ELQ9   Q76WT3   P24414   P22656   Q0PL28   + More
C0LLN8   G3CI06   Q0PKZ3   A0A1X9Y2H9   A0A0Y0RUF8   A0A384V9K5   A0A1Y0AXT9   A7UIZ8   Q88512   A0A1Y0AXV1   Q0PL02   Q1W2P0   A0A1S6KDU9   P09047   Q85084   A0A384V9I8   C0LLN5   A0A2U8Z834   A0A1Y0AXT2   C0LLN1   A0A1Y0AXV4   C0LLP5   A0A384V9G6   A0A384V9N4   C0LLQ3   A0A2U8Z975   A0A1Y0AXW5   Q2LJ81   A0A384V9M9   A0A384VNQ2   A0A2U8Z9A1   A0A3S6J4L3   Q9YRA6   A0A384V9S5   Q9QEV8   Q84958   A0A384VIA7   G8J7G7   F6M1R2   A0A0K1RLL8   D2WXM0   E7E029   E7E038   A0A2U8Z9A5   B7T4B1   B7T064   A0A2U8Z878   H9TEW4   A0A2U8Z8A9   H9TEX3   A0A2U8Z8C9   Q0ZVX3   B7T4C0   S6BUL5   A0A2U8Z8B7   A0A2U8Z9I0   Q9QEV6   Q7T6T1   A0A2U8Z859   B7T074   I0B0R3   A0A2U8Z824   Q5VJT9   A0A0K2BMQ8   Q5VJU5   A0A088NCD5   V9IMK5   A0A088NDC7   A0A088NCG8   A0A088NFE7   D1LT68   V9IMT0   A0A088NCH8   D1LT59   C6GHA9   E0AH00   D1LT52   V9IMT7   A0A077ERB7   D1LT54   D3KDL7   D3KDK6   A0A2Z6FAB6   T1STP8   C5IJ74   E0AGV8   A0A2H5BX15   A0A088NG42   D1LT70   E3W5I2   D1LT64   D1LT67   E0AGY9  

Pubmed

27619563    1848593    2174956    2546515    17023013    20229183    + More
23043168    25890036    8546012    2825819    2548340    2549745    10805807    7707547    10365166    10948987    22609354    22002680    26250391    21481551    19036814    25953186    16704791    17275120    25180686    15177889    22438554    26221765    19889934    25150756    29769478   

EMBL

KR061459    ALR84921.1    KX689261    AOT21921.1    D00658    BAA00549.1    + More
Z24675    X14551    DQ811785    ABG89294.1    FJ755618    FJ718990    JX013850    ACN71198.1    ACN79552.1    AFN88474.1    HM776941    KC962433    KU729220    AEM55568.1    AGM75128.1    AML22778.1    DQ811789    ABG89332.1    KX527917    ARS22396.1    KT696544    AMB66490.1    KX900403    ASV64369.1    KX532155    ART29872.1    EU074218    KX532151    KX532154    KX532156    ABU49661.1    ART29866.1    ART29871.1    ART29874.1    Z35758    CAA84808.1    KX532152    ART29867.1    DQ811788    ABG89326.1    DQ443743    ABD97837.1    HQ462571    KP202848    KX499468    KX900393    KX900394    KX900402    ADY39742.1    AKA60056.1    AQT01351.1    ASV64279.1    ASV64288.1    ASV64360.1    X06371    X12800    AJ271965    U26210    AAA67951.1    KX900395    KX900399    KX900400    KX900401    ASV64297.1    ASV64333.1    ASV64342.1    ASV64351.1    FJ718989    FJ718991    FJ718993    FJ718995    ACN79549.1    ACN79556.1    ACN79563.1    ACN79571.1    MF457620    AWN93304.1    KX532153    ART29869.1    FJ718988    ACN79545.1    KX532158    ART29877.1    FJ718992    ACN79559.1    KX900398    ASV64324.1    KX900404    KX900405    KX900406    KX900407    ASV64377.1    ASV64386.1    ASV64395.1    ASV64404.1    FJ718994    ACN79567.1    MF457603    MF457604    MF457605    MF457606    AWN93273.1    AWN93275.1    AWN93277.1    AWN93279.1    KX532157    ART29876.1    DQ201447    ABC72416.1    KX900396    KX900397    ASV64306.1    ASV64315.1    KX900411    ASV64440.1    MF457618    MF457619    AWN93302.1    AWN93303.1    KY406735    ASV45150.1    AF104420    AAC96005.1    KX900408    KX900410    ASV64413.1    ASV64431.1    AF179886    AAF02712.1    U26212    AAA67942.1    KX900409    ASV64422.1    JN856008    AEQ61970.1    JF682842    AEE69325.1    KR270796    MF457598    AKV62757.1    AWN93264.1    GQ477367    ADB28910.1    HQ450376    ADU17728.1    HQ450377    ADU17737.1    MF457601    AWN93270.1    EU924790    ACJ64178.1    EU856361    KP981644    ACJ63234.1    AKA65832.1    MF457608    MF457609    MF457610    MF457611    MF457612    MF457613    MF457614    MF457615    MF457631    MF457632    MF457633    AWN93283.1    AWN93285.1    AWN93287.1    AWN93289.1    AWN93291.1    AWN93293.1    AWN93295.1    AWN93297.1    AWN93322.1    AWN93324.1    AWN93326.1    JQ404409    AFG19732.1    MF457602    AWN93271.1    JQ404410    KY063616    AFG19741.1    ASB15741.1    MF457599    MF457617    MF457622    MF457629    AWN93267.1    AWN93301.1    AWN93308.1    AWN93318.1    DQ112226    AAZ91439.1    EU924791    ACJ64187.1    AB781789    BAN67912.1    MF457595    MF457607    MF457623    MF457624    MF457630    AWN93261.1    AWN93281.1    AWN93310.1    AWN93312.1    AWN93320.1    MF457596    MF457597    MF457625    MF457626    MF457627    MF457628    AWN93262.1    AWN93263.1    AWN93313.1    AWN93314.1    AWN93315.1    AWN93316.1    AF179888    AAF02716.1    AY342160    MF457621    AWN93306.1    EU856362    ACJ63245.1    JQ408980    AFH55114.1    MF457600    MF457616    AWN93269.1    AWN93299.1    AY426984    AAR88621.1    KP849472    AKZ66474.1    AY426983    AAR88615.1    KJ879336    AIN55760.1    JQ304287    AEY69252.1    KJ879419    AIN55961.1    KJ879423    AIN55973.1    KJ879334    AIN55752.1    GU053627    ACY69056.1    JQ304279    AEY69246.1    KJ879428    KJ879430    AIN55988.1    AIN55993.1    GU053618    ACY69047.1    FJ938053    ACT10879.1    HQ012372    ADL71500.1    GU053611    GU053634    JQ304274    JQ304275    ACY69040.1    ACY69063.1    AEY69241.1    AEY69242.1    JQ304293    AEY69256.1    KJ665853    KJ665855    KJ665861    AIL54223.1    AIL54227.1    AIL54243.1    GU053613    ACY69042.1    GU553362    ADC35475.1    GU553361    ADC35464.1    LC316044    BBE15185.1    KF530123    AGT52083.1    FJ943771    ACR46150.1    HQ012368    ADL71458.1    KY566209    KY566210    KY566211    AUG98122.1    AUG98133.1    AUG98144.1    KJ879422    KJ879426    AIN55970.1    AIN55982.1    GU053629    GU053631    ACY69058.1    ACY69060.1    HQ392471    ADO39842.1    GU053623    GU053624    ACY69052.1    ACY69053.1    GU053626    ACY69055.1    HQ012371    ADL71489.1   

Proteomes

UP000125818    UP000145148    UP000111647    UP000123026    UP000131894    UP000166047    + More
UP000158285    UP000166023    UP000121388    UP000137024    UP000158504    UP000098772    UP000113525    UP000001440    UP000156732    UP000153699    UP000129150    UP000129066    UP000115330    UP000119169    UP000106470    UP000096172    UP000174600    UP000123646    UP000110620    UP000138585    UP000137357    UP000113324    UP000141579    UP000145457    UP000169984   

PRIDE

P09047   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

A0A0U2U3A1   A0A1D8ELQ9   Q76WT3   P24414   P22656   Q0PL28   + More
C0LLN8   G3CI06   Q0PKZ3   A0A1X9Y2H9   A0A0Y0RUF8   A0A384V9K5   A0A1Y0AXT9   A7UIZ8   Q88512   A0A1Y0AXV1   Q0PL02   Q1W2P0   A0A1S6KDU9   P09047   Q85084   A0A384V9I8   C0LLN5   A0A2U8Z834   A0A1Y0AXT2   C0LLN1   A0A1Y0AXV4   C0LLP5   A0A384V9G6   A0A384V9N4   C0LLQ3   A0A2U8Z975   A0A1Y0AXW5   Q2LJ81   A0A384V9M9   A0A384VNQ2   A0A2U8Z9A1   A0A3S6J4L3   Q9YRA6   A0A384V9S5   Q9QEV8   Q84958   A0A384VIA7   G8J7G7   F6M1R2   A0A0K1RLL8   D2WXM0   E7E029   E7E038   A0A2U8Z9A5   B7T4B1   B7T064   A0A2U8Z878   H9TEW4   A0A2U8Z8A9   H9TEX3   A0A2U8Z8C9   Q0ZVX3   B7T4C0   S6BUL5   A0A2U8Z8B7   A0A2U8Z9I0   Q9QEV6   Q7T6T1   A0A2U8Z859   B7T074   I0B0R3   A0A2U8Z824   Q5VJT9   A0A0K2BMQ8   Q5VJU5   A0A088NCD5   V9IMK5   A0A088NDC7   A0A088NCG8   A0A088NFE7   D1LT68   V9IMT0   A0A088NCH8   D1LT59   C6GHA9   E0AH00   D1LT52   V9IMT7   A0A077ERB7   D1LT54   D3KDL7   D3KDK6   A0A2Z6FAB6   T1STP8   C5IJ74   E0AGV8   A0A2H5BX15   A0A088NG42   D1LT70   E3W5I2   D1LT64   D1LT67   E0AGY9  

KEGG

vg:26626390    

GO

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0033644  C:host cell membrane

From MSLVP

Multi-Pass Membrane

From Uniprot

Host membrane  

Length:

244

Number of predicted TMHs:

3

Exp number of AAs in TMHs:

79.39297

Exp number, first 60 AAs:

13.64408

Total prob of N-in:

0.19661

POSSIBLE N-term signal

sequence

outside

1  -  49

TMhelix

50  -  67

inside

68  -  73

TMhelix

74  -  96

outside

97  -  99

TMhelix

100  -  122

inside

123  -  244