Strain
CHINA_BAT_2011_NC_028811
(Region: China; Strain: BtMr-AlphaCoV/SAX2011, complete genome.; Date: 2011)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTGCAGTCAGTACACACTTGCAGTGGCAAGTGATGTGGAAATAAATGGTTATGGCTACCAGTCTATTGGAGATGCCGTCACAGCTTATAGCGTGGCCGCAGCTGATGGGTTTTCTGGTTGTCGTTTTGTTCCATTTGGTCTTCAGGATTGTGTTGTTGGTGTGAACGATGACGATTATGTTATGGTTCTCACTGGTGATCACACTCTTTATGCCTTTTTGGACCTGTTTTCAGCTACTCCTAGTAACATCCGTGGTTGGCTGATTTTCTCTAACTGTAACTACGTGCTTGAGTCATTCGACGTTGTTCTCGGTCGTAGAGGTGGTGCTCCGCCAATCTACGTCGATAACTACCTTTGTGGCGCTGATGGCACACCAGTAGTACAGGAGAGTATGTGGTCTTACACTGATCACTTCGGTGAGGATTGTGATGAGATCACTCTTTGTGGCATTACTTATGTTCATGCTTGGAACGTTCAGCGTGCTGATGTTCCATATGAGCAGCAGAATGTCACTTCTATCTTTTCAATCGAGTATCTGCTCGATGTTGATCATGCACTTCAGAATGGCGCCGTTTTAAACGTCGCTTCTGGTGTTAAATACAAGAAGAGTGTAGTGCTTTCCGAGGGCTTTAAAAAGCTCTACGATGCATGTGGTGTTCCAGCAGTTCAGAATGGTAATACTCTTGTTGACATTCTGACTAAACCAGCATTTTTCCATGCCATTGTGTCTTGCAGCTGTGGTCTCAGCTCTTACACTGTCGGTGACTGGAAAATTGGTTTTCGCTCTCTGTGCTGTGGTAAGCGACTTGAACCCATAACTGTAGTTGTTGGAGATGTCAAGCCAGGTGACATCGTTGTCACTAGCGCTAATGCTGGTGATGGTGTGCGTTATTTTAATGGTCTGACTTTGCAATATGTTGGTGACTGGGAAGGTGTTAGCTGCTGGCGTGCTGTTGGTGTTCAAGCCTTTAATGGTTTTGTGGCATCACCTACGTTTGATGAACAGCTTCACACCTATAGTCTTGATGCATGTGCTTACACATCCAATACCCGGCTTTTTAAAGCTCTTAAACTGTCTGTCCTCAGTGGTTTTACCAATGACGATGTGACTAATGCTGTCATTGCTGGTGTTGTTGATGTCAACAGCTGTGTTTATAATTTTGTGGATGCTGTGCTTGAACAGAAGCCTTGGTTTGTTAGAAAACTGGGAAAACTCTGTGAGACTGCATGGTCTTTGCTGTGCGATGCTCTTAAGGAGAGTTCTCTTTTGTCATCAGACCTTGTGGCTTTTGTTAAGAGTTTGACAACAGCAGTTCTTACAGTTGTTGATGGTAAGCTTAAACTTATTGCAGACATTCCATCAGTTTTTGAGAGCGTTTTTGACGTTTTCAAGTCTGCTTTGGAAGGAATCTTTGATGCCTGTGCTAACACTGTCACTATTGCAGGTAAGGCTGTTAGGGCTGCTTTTGATTACTTGCTGTTTGACAATGCCATTGTTAAGCTGCAGAGTGTAAAGGTGAGTGGTCTTAAACAAGCTGGTGTTAAGAACGCATTATATGCAAGTGTAGTGATTGGTCCTACACAAAATGTCAAGACGACACGTGTTGAGGTTGTTAATGTAAAACTTACGCCTATTACTGACAAAGTGCCATTTAACCGTGAAGGTTATGTTGCACTTGTTGATGGTGTGGCGTTCTTCGTTAATGACGGTTACTATAGGCTTATGGCTGACAGTGATTGTGTCTTAGAAGAACCTGTTTTTAAAGCTGCCTCTGGTGAAACTCTTGCTGGTGCTGTTGAGTGTCCTTCATTGTTTGTGCAGGTTGATGGCGGTGCAATTTGGCGTAAAGTTGTGTCCGTCTTCGATGGTGTTACAGACTTTCTGAAGAACCTCAAGATTCAGTTTGGACTTAATGGTTTTGTTGGCACATGTGCAAAACGCTACAGGAAAATTTTAAACACTCTTCTGACAATGTACAATGACTTTGCTGCTAGTGTTAGGCAAGTTGTAGTGTTAGCTGGTGTTAAGCTGTCTTACTATGCCTTTGAAACACCGGCAGTTGCATTGAATGGTGTTTTGCATGCTGTTAAGCGTTGCAGTGCAAAATCTTTAGATGTTCCATGTGAAGAGGGTGCAGCTGAGTTTAATGTTTTTGAGGGTGGTGTCCATCTTCTAAAGCCCACAGCGGTTGAACTTGCTAGTGATATGGAACTTCTAGAAACAGACTATGTGGAACCTTGTGCTGGTGGTGTCTTGCGTATTTGCGATGACTATGCATGGTACATGGATGGTGACAGATTTTATCCGTATGGTGACAATGGTGTCATACCACTTTGTTATAAGCTTGGTGGTGGTGACAGAGTAACCTTTGGTGAGGATGAAATCAAAGAAATTCCAGCACGCAATAACGTCAAACTTATTTTTGAGTTTGAGAATGATGTTATTGCTGAGGCCTGCAAACAAGCTATTGGTAAGCGCATTAGCTTTGAGGGCGACTGGAGTGATCTGTGTGAAATGATAGACATTGCTATGAAAGCACTCTCTGATCATATTGAGGTACCAGAGTACTATATTTATGATGAAGAGGGTGGTAATGATTTGGACCTGCCAGTTATGATTTCACAATGGCCCTGCAACGCAGAAGATGCAGTCGCCAGTGTTTGTGAAGCTGTGGATGTCTGTTTTGGTGATGATTGTACTATGGATATGCAATTTTGTGAGACTACAGATATTAGTATTACAACATGTAATGCTGTTGATACTGGTGTTGCAGTTCACAAGGCGCTTTCTCGTACAGTTGTTGTTCAGACAGCTAGTGATCCACAGAAGGAAGTTGAAGAAGCACTGGCATATATGAAACCTGAGGTTGTTAAGCCAGTTGTTGAAAAGTCTATGTTTGACTACCCATCTACAGTCTTTAATGGAATTCGTGTGCTAAAACAGGTTGCTAATAACTGTTGGTTGACATGTGCTACATATCAATTACAACTTGCTGATTGCTATGAAGCAGACGACTACTCGCTTTTTAAAGTGGGTAGTGTTAAGCACTTTGTCAAACGTTGTTATGAATCTGTGGGAGCTGTTAAGGGCAGTTTGGGTGATACAACACAGCTTTTGGAACGTTTGTGTAAGGATGTCAAAACACTTAAGGTGACATGTAATGTTGCATGTGATTGTGGCACCTCTGTTAAAGTTCTTGAAGGTTGTGTGTTTCATTTTATGCCTGTGGCTGACGCATTTCCCTATGGTGTTTGTAGCAACTGTAAGCAAGTTGCTATGCACACTATAATGGGCATCAATGGTACTGGTTTCTTTTGTCAAGAACCAGCACATTTTGATGTTAAGAAGGCGTTGTGTTCTATTGCAGCCACTGCTACATATGTAGGCAAACAGAATGGCGGCCATTATAGAACCAATGACTTTGTTCATGGTAAGGCTGTTGATGGTTCTGGTATAACACCTTTGAATTATAAAGCACCTGTTACCAACTGTCTTGTAGTTAATGCTAATTATGTAGCCCCCACACCGCCAGTTAAAGTGGAACTCAACCCCTTTAGAGTGCATGGCAGTGTATCATTTTACAGAGCAGAGTTTTCTGAACTCGTTAATCTGGATTATGATTTTGTTGTCAATGCGGCAAATGAGAACTTGAGTCATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCAATTGATGATTACACAAAAGGACAGTTGCAACTTTTGTCTAAGGCATATGTCAAAAGTCATGGTCGTGTTCGTACAGGCAATGGTGCTATGATCAAGTGTGACTCTTTTGATGTGCTTAATGTGGTTGGTCCTAAAAAGGGTGGTAAGAGCTGGCAAAAGCTACTTCGCTTTGCTTATGAGACTATTTATAAGCAAGGTGGCACACCTTTGACACCATTATTGAGTTGTGGCATTTTCGGTGTTCCTTTAGAGGAGTCGCTAAAGATGTTGCTAGATACTTGTAATGATGTTAGGACTTGCTGTTTTGTTTACACTCCTGATGAAGAAGCCAAGGTTGTGGCTTATTTAGATAGTTTAAAGGTTCAAGATGAAGTGCCTGCTAAAATTGAAGTGCAGCCATATAGAGTTGAAGGTAAATTCAATTTTTATGACTGTTCTGTTGCAGACATTCTTGCCACTGATGTTAGTTCAGTTGTTGTATTTACCGATGGTAAGTTGTCTTTGACAGACGTCGGTGTTGAAATAGATGAACATCTGAGTGGTAAACTTTTAACATCTATTAAGGAGTGTTTGGCCGAAAATATAGCTATACCTTCTGGTAATGCTATGAAGTTTGATTGCAACCCGACCATATATATGGCTGTGGTTCCTGCAATTAACACACCTGGTTTTGAGAAGAACGTTACGAGGACCTTACGCAAAGTTTCGAAGTTGGAGGGTAGGGTCATTTGTACAACACCTATTAAACAGGTCTTGCAAATGGCATTAAAAACCTTTCCTTCAAATTACGCATTTTTGGTTCATGATAGTGCTAAAAGCACTGTTGATGATTGTTTTTCTCTAGCGCAGTATAAGGTTCAAACCACAGAGGATGGTGTTAATGTTAACACTGTCATTGTTTCAAATGCTAAGACTTATGGTGAGCAGTTGGGTTCAGTTACTGTAGCAGACAGTGACATCTCAGCTACGAAGCCCGCAGTCTTAGATGAAACTAAGATGTTGGTTGTTGCACCTGCTGTTGATTGGGTTTCACATTATGGTTTTTCTGATGCTGCTGCTTTTGCTACTTTTGACCATACACCTTTTGCTTTCGATAGCGATATGGTGATGGGCAAGAGAGCATTGGCACAGACAGATAACAATTGTTGGATCAATGCTGCTTGTCTAGCACTACAGCAATTGAAACCCAAGTTTAAATTTCCAGGTTTGGAGGCCGCATGGAATAAGTATGTTACAGGTGATTGTGGTGAGTTTGTTCACTTTCTTTACCATATTACGCGTTCGCGTAAGGGTGATTTAGGTGATACTGAAAACTT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Protein
MACSQYTLAVASDVEINGYGYQSIGDAVTAYSVAAADGFSGCRFVPFGLQDCVVGVNDDDYVMVLTGDHTLYAFLDLFSATPSNIRGWLIFSNCNYVLESFDVVLGRRGGAPPIYVDNYLCGADGTPVVQESMWSYTDHFGEDCDEITLCGITYVHAWNVQRADVPYEQQNVTSIFSIEYLLDVDHALQNGAVLNVASGVKYKKSVVLSEGFKKLYDACGVPAVQNGNTLVDILTKPAFFHAIVSCSCGLSSYTVGDWKIGFRSLCCGKRLEPITVVVGDVKPGDIVVTSANAGDGVRYFNGLTLQYVGDWEGVSCWRAVGVQAFNGFVASPTFDEQLHTYSLDACAYTSNTRLFKALKLSVLSGFTNDDVTNAVIAGVVDVNSCVYNFVDAVLEQKPWFVRKLGKLCETAWSLLCDALKESSLLSSDLVAFVKSLTTAVLTVVDGKLKLIADIPSVFESVFDVFKSALEGIFDACANTVTIAGKAVRAAFDYLLFDNAIVKLQSVKVSGLKQAGVKNALYASVVIGPTQNVKTTRVEVVNVKLTPITDKVPFNREGYVALVDGVAFFVNDGYYRLMADSDCVLEEPVFKAASGETLAGAVECPSLFVQVDGGAIWRKVVSVFDGVTDFLKNLKIQFGLNGFVGTCAKRYRKILNTLLTMYNDFAASVRQVVVLAGVKLSYYAFETPAVALNGVLHAVKRCSAKSLDVPCEEGAAEFNVFEGGVHLLKPTAVELASDMELLETDYVEPCAGGVLRICDDYAWYMDGDRFYPYGDNGVIPLCYKLGGGDRVTFGEDEIKEIPARNNVKLIFEFENDVIAEACKQAIGKRISFEGDWSDLCEMIDIAMKALSDHIEVPEYYIYDEEGGNDLDLPVMISQWPCNAEDAVASVCEAVDVCFGDDCTMDMQFCETTDISITTCNAVDTGVAVHKALSRTVVVQTASDPQKEVEEALAYMKPEVVKPVVEKSMFDYPSTVFNGIRVLKQVANNCWLTCATYQLQLADCYEADDYSLFKVGSVKHFVKRCYESVGAVKGSLGDTTQLLERLCKDVKTLKVTCNVACDCGTSVKVLEGCVFHFMPVADAFPYGVCSNCKQVAMHTIMGINGTGFFCQEPAHFDVKKALCSIAATATYVGKQNGGHYRTNDFVHGKAVDGSGITPLNYKAPVTNCLVVNANYVAPTPPVKVELNPFRVHGSVSFYRAEFSELVNLDYDFVVNAANENLSHGGGVAKAIDDYTKGQLQLLSKAYVKSHGRVRTGNGAMIKCDSFDVLNVVGPKKGGKSWQKLLRFAYETIYKQGGTPLTPLLSCGIFGVPLEESLKMLLDTCNDVRTCCFVYTPDEEAKVVAYLDSLKVQDEVPAKIEVQPYRVEGKFNFYDCSVADILATDVSSVVVFTDGKLSLTDVGVEIDEHLSGKLLTSIKECLAENIAIPSGNAMKFDCNPTIYMAVVPAINTPGFEKNVTRTLRKVSKLEGRVICTTPIKQVLQMALKTFPSNYAFLVHDSAKSTVDDCFSLAQYKVQTTEDGVNVNTVIVSNAKTYGEQLGSVTVADSDISATKPAVLDETKMLVVAPAVDWVSHYGFSDAAAFATFDHTPFAFDSDMVMGKRALAQTDNNCWINAACLALQQLKPKFKFPGLEAAWNKYVTGDCGEFVHFLYHITRSRKGDLGDTENLLNLLDKYIVASGTVVLERHVDCPTCNSTERTINASVVSASLSRDGSDDGVCCAHGVDYVLRVKHVKGDVIITTCEQPKCYKSSEILMGEAYVAFTGPISGGHYLVYDRATGQVFDGNKCLPYDFDTLTISAVVVKGGYVCSMPKKIKLDRVMTDLDNGAKKFFDFGDFILRNLASFFSIFFSLLFVGYKALKKRDVKVLAQAPQRTGIILTRSLKYNCKAAFKFWQTRSWCIIMLFKILLLLFALFAACFMLIRFSFLNKYFCDGYVAGYANSTFVKKDFCNGGLVCDACLHGFDQLSDFSHLNVKWDYITVPFALKVYPSVVAFLLFLFGGVYVKFMMLYVLAQYVNTFGVYFGFQDYFWVVHIIPFDVFCDEILAIFCAVKGLLFLKHVIMGCDSPSCIACSKSARLRRVPMTTVVNGANKSFYVTANGGTKFCTKHNFFCVDCGSYGNNSTFINDHVARELSNVVKTSVRPTGPAYIEIDRVDFSNGFYRLYSGDTFWRYNYDITESKFSCKEVLKNCNTVDDFIVYNNTGTNVTQVRNACVYLSQLMCRPIKLVDAQLLSSLNVDFNGALHKAFVEVLQNSFSVDLADCNTMSECKERIGLDVSDDEFLAAVTNAHRYDVLLSEVSFNNFITSYAKPEEKLSAFDCAQCVRAGAKIVNHNVIVKEKLSIVWLAKDFQALSAEGRKYIVKTSKVKGLNFILTLNDNAAQCSVPVVSMMSKKGAGPKKSLWFLWGLCAFILALYYATSYITFGTMVGSFPGYDFKYIEHGQLQEFSHGLTCVHNVFDNFMEWHFQKFGNTPSTGKACPVIVGVGDNGRTLPGVPADVHLVGQTLVFTVKSVFGNTNLCYDTSGVVSAASCIFISACTVLEGLGGISTYCYKDGIVEGAKLYSDLQPNAHYKFDNDNFVKLPEVLARGFGMRTVRTLDTTYCRVGECTESKAGICIGADRWLVYNAESGSDFVCGASLLQLLYNVFRVFNTDFSTAALSGQMMFNVIVAGLAIMACFIITKFKRVFGDMSFGVFTVIITALVCNLSYFVTQNYLGLYTFSLLYYLTTRSFRYEWIWHIGYVVSYYFLAPWWLMLMYVGALVLELVPNLLKLKVSTQLFEDGNFIGNFESAAAGTFVLDMRTYEKLVNSIPAERLRQYAASYMKYKYYSGSPGEVDYRLACYAHLAHAMMSFGKDQRDVLYTPPTVSFNSTLQSGLKKMAQPSGIVEPCVVRVSYNSTVLNGLWLGDTVYCPRHIIASNTNAVIDYDHAYTVMRLHNFSISAGNIYLGVVSATMHGANLHIKVNQSNVHTPVHSFRTVKPGEMFNILACYDGTPAGVYSVNLRTNHTIKGSFINGACGSPGYNIVNGTVEFVYMHQIELGSGCHVGSSFDGKIYGNYEDQPTLQIEGSANLVTDNVVAFLYGALLNGITWWLSPSRITVEAFNEWASVSGYTPLQSADGYSILAAKTGVEVERILSSIQKHANGFGGRNVLGYSALTDDFTLSEVVKQMFGVNLQSSKKVSCCKSLLLVGGFFAMFWGEFLMYSSVMWVHPAVVTPILLCLGLVSLMLSGLIKHKMMFLQTFLLPSIVVIAANNFFWDYFVTQLLVQYFDYTASLFSLDIQGLLNIAMCLFVMFLHTYRFVSTGNNAIAYLSSLVVSAYTYLLGGDPMYCAIMVLCSLSSEWYVGAVCYKLAIRIAPYTSPIIATVFGTPKVIVFVYLALGYFTCVYWGFLYWFNRFFKFTLGEYDFKVSPAEFKYMVANNLSAPRGPFDSLALSLRLVGVGGQRTIRISTVQSKLTDLKCANVVLLGCLSSMNIASNSKDWEYCVTLHNKINLCDDPEKAHEMLLALLAFFLSKQQAFGIDGLVDSYFDSNSMLQSVANTYVNLPSFVAYESARQNYEEAVNNGSSPQIIKQMRRAMHLAKAEYDREVSVQRKIERMAENAAAQMYKEARAENRKSKIISSMHALLFGMLRKLDMSSVDTILNLAKNGVVPLSIIPATSATRLCVVCPDHEAYAKIIFGQCLHYAGVVWNIVEVKDNDGKTVHQKEIVKANEETLSWPLSINCERVVKLQNNEIIPSGKLKQQAVKADGDGFSSEGIALYNNEGGKTFMYAFLADKPDLKVVRWEFDGGCNVIELEEPRRFAVETGSGTQIKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTEQAANSSLLTMCAFAVDPAKCYLDAVKGGVKPVGNCIKMLSNGSGNGQAITNGVESNTSQDTYGGASVCLYCRAHVDHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTLDPIRYCLENTVCKVCACWLNNGCQCERTSMQSFDNGYLNRVRGSSDARLEPLNGTDIDRCVRAFDVYNKDVACIGKFLKVNCVRFRNADKHDAFFVVKRCTKSVMEHEQSIYDELKHCNALAPHDFFTWKEGRAVYGNISRQNLTKYTMMDLCYALRNFDERNCDTLKEILVLTGCCSEAYFDNKCWYDPVENEHIHKVYAQLGVIVANAMLKCVRLCDAMVEKGIVGILTLDNQDLNGDFYDFGDFCKTAPGMGVPCCTSYYSYMMPVMGVTNCLASECFMKSSIFGEDFKTYDLLEYDFTEHKERLFKKYFKYWDQDYHPNCCDCYDDMCVVHCANFNTLFATTIPGTAFGPLCRKVYIDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDVNTHSSRLNINDLLMFVTDPSLIVASSPALVDQRTVCFSVAALSTGMTQQVVKPGHFNKDFYDFLLKQGFFSEGSELTLKHFFFAQKDDAAVKDFDFYRYNRPTMLDICQARVTYKIVSRYFDCYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGWPLNKFGKAGLYYDSLSYEEQDQLYAVTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNAAVVIGTTKFYGGWDNMLNNLISGVENPHLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYMKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQATSANINRLLSVDSNNCNNLGVKALQRRLYDCCYRSSHVDDDFVTEYYNYLRKHFSLMILSDDGVVCYNSEYAALGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDPVILMERYVSLAIDAYPLSKHENPEYRKVFYALLDWVKHLNKTLHAGILDAFSITMLEDSAAKFWDESFYAGLYEKSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCIRRPMLCTKCAYDHVVGTTHKFILSVTPYVCNNSGCTVNDVTKLWLGGLSYWCTEHRPQLAFPLCSGGNVFGLYKSAATGSP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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR036333 NSP10_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014822 NSP9
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR014827 Viral_protease
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014828 NSP7
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=3052
Ontologies
KEGG
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016021 C:integral component of membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6662
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
393.302479999996
Exp number, first 60 AAs:
0.02226
Total prob of N-in:
0.00365
outside
1 - 1834
TMhelix
1835 - 1854
inside
1855 - 1899
TMhelix
1900 - 1922
outside
1923 - 1988
TMhelix
1989 - 2011
inside
2012 - 2398
TMhelix
2399 - 2421
outside
2422 - 2654
TMhelix
2655 - 2677
inside
2678 - 2689
TMhelix
2690 - 2712
outside
2713 - 2737
TMhelix
2738 - 2760
inside
2761 - 3182
TMhelix
3183 - 3205
outside
3206 - 3208
TMhelix
3209 - 3228
inside
3229 - 3234
TMhelix
3235 - 3257
outside
3258 - 3276
TMhelix
3277 - 3299
inside
3300 - 3303
TMhelix
3304 - 3321
outside
3322 - 3325
TMhelix
3326 - 3348
inside
3349 - 3368
TMhelix
3369 - 3391
outside
3392 - 6662
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.1657229
Theta
0.3247102
Tajima's D
-1.742768
CLR
3.423586
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 | |||
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 | |||
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
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