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Strain
CHINA_BAT_2013_NC_028814 (Region: China;  Strain: BtRf-AlphaCoV/HuB2013, complete genome.;  Date: 2013)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1ab polyprotein
Location
NC_028814(+):42-20224
GenBank Accession
YP_009199789.1
 

Sequence

CDS
ATGATTCAGAGATTTCAGCTCTTGGCTTTGGTTCCGTCGAGAGCCGTCTCATTCTATAGTGAGGCCGCTGTCGGTGGTTTTGCCAATTGCCGATTTGTCTCTACGGGTCTTCAAGACATAATTGAAGGCGTCCTTGATGATGACTACGTGTTAGTTATTACAGGGGTGCATCAACTAGTCGCCCGTATAGGCCAATTCGGTGACCAACCTTCAAATCTTAGGGGTTGGTTGCTGTTCTCTAATTCAAACTACTTTTTGGGAGAATTAGATCTTGTCTTTGGTGGACGTGGTGGAAACACAGTCTACGTAGACAATTACATGTGTGGTTCTAATGGTGTTCCCGTACTTCCTGAAGATCAATGGGAGTTTGTGGACTATTTTGGTGAACTCACTGAAGTGTCAATTGGTGACACTACCTACATTAAGGCCTGGAACGTTGACAGAGTCGAGGGGCCTTACAAAAGTCAAACTTTGTTGTCCATCAATGCCATTTCTTACTGCGGTGAAGTAATTCATGCATTGGCTGATGGTTCAACCATGTCTTATGCAACAGCTGTGAAAAAGAACAGCAAAACTGTTGTTAATAAGACCTTTCAAAAACTTTACGATAACATCGGTGTGCCCTTTGTTACCAATGGTAAAGTTTTAACTGAAATTATACCCAAACCTGTGTTCAATCATGGACTGGTGAAATGCCATTGTGGAAAAGTTTCCTGGACTGTTGGAGATTGGAGTTGTTATAAGTCCACTTGTTGTGGAATAGTTTGCAAACCAATCGCTATTGTCAATGGAGACGTTAATCCAGGAGATGTTGTGATCACTAGTAAACAGGTGGCGACGAATGGCGTTAAGTACTATAATGGTATGGTACTTAAGTATGTAGATACCATCGAGGATGTGCACCTGTGGAGAGTTGTAAAACTGCAGAGCGTGAAAGGCTTTGTAGCTTCTCCAAACTATGATCCAGCTGAATATGTCTTCCTTGCTGATGACGCTTGCTCACCAACCAGTCGGTTGGTTATTTCTGCAAGTTACAAACTTGGGTTATTAAATGGAAATTTCACGGACGATGTTCGTGTTGCAGCCAGAGATGGTACAATTGTCGTTGGCAATAATGTGCTTAGTCTGATTGACGTTGTTCTAACTAAACCGTGGTTCGTTCGAAAACTCGAGGAACTTCTCGGAGAAGCGTGGGACACGTTTGTGGCTAGTCTGAAAAATCTTGTGTTTACAAGTACTCAGTTGGTCGAACTTACGAAAGCACTCTCAAAAGCCGTGTTAAATGTTACTAAAGAAGGTATTGAGTTCGCGGCTGAAGTACCATCATGTTTTGAAAGTTGTTTTTCAGTTTTTAAAGAATTTGTTACTGGAATCTTTGATTTTACAGTAAACAGTGTAAAAATTGCAGGCCGTAGCTTTAAAAGTGTTGGTTCTTACGTTCTGTTTGATAATGCTATAATTAAATTTGTAGCAGTTAAGGTCAAAGGCCTTCATCAAGCAGGAATCAAACAGACTGAATACGCTACGTCTATAATTGGCAAAACTACTAAAGTTAACTCCAAAAGAACAGAAAGTGCAGATGTTAACCTTGTGTTAGTCAATGACAAACAACCACTATTGAAGGACGGTGTCACTAAGATAATTGGTGGTAAGTCGTTCTTTTATAGCGGAGGTGTCTACAGACTTATGAGTGATAACAATTTTGTACTTGATGAACCTGTGTTTCAAGAAAAAATGAGTGTACAATTTGAGTGTGAAAAACCGAAAGGTTTTGTTGAACCAAATTGTGACAATCTCCCAAGTGCCATCAAAACTACTGTAGAACAACTTGTTAAATTTAACACACCTTATCGTAATTACGATGTTAGTGTGGTGAATAATAAGTGTGTTGTCAAGTGTACTTACACTTTCCGTGCACCAGCTTACATTGCAGACACAGAGAATTTTGTGAAAGCATGTGAGGTGTGTGTTGACAAAGAAGGTTTTGATGAATTCTATGTTCAAACACATGCAGTTGACTCTCTTGTAGCTTTCAAACCAGCTTTTGCTGAATTTGAACAGTTTTTAGAGCCTGTCAGTTGCCCTGAACTATTTCTTGAAATAGATGGTGGTAACATTTGGAATAAGTTTATTAAAACTGTCACAGATGCTGTTGAATTTGTAAAATCAATTAAAGTTTCTTTTGACCTCAATGGTGTTGTTGTTAAAGCCACAAAACGTTTCAAGAGATTCGCAGCTACTCTAGTTAATCTTTACAGAGAGTTTGTTGCTACTGTTACTAAGACTATCAAAATTGGAAGCCAGGCTTTTACATATTATGCATTTGAAGTACCAAAAGTTTTACTTTCTGGTGCTTTGCATAGTGTGAGAACAGTCAAAGCTAAAGAGCTTAACTTGTCTGTACAAGACGTTGTTGTTGAGTTCAATGTTTTTGATGGTGCAACAGTAGAAGTCACACCTAAACGTGTTGAAAAAGAAGAAGTCTCTCTTGAGGAAGTAGAGTTTATCCCACCTGTAAGCAATGGCTCTATTGCAGTAGTTGATGGTTATTCATTTTACTCTTGTGGTGATTTGTATTACCCGTCAAATGAAAATGCAGTTGTCCCACTTTGCTTTAAACGTAGTGGTGGTGGTAAATTGCAATTCTCTGATGTTGTTGAAGTCAAAGAAATTGATCCAGTTTACAAAGTAAAATTAGATTATGAATTTGAAGATGAAAATATTGCTGCAGTCTGTAAGAAAGCCATAGGTTCTAAAATTAAGTACAATGGTTCAGACTGGGAAGGTTTCTGTGAACAAATTCACTCTGTTATGACTGTCGTTGGTGAACACATGGAACTGCCTAAATACTACATCTATGATGAAGAAGGTGGTAACGATCTGAATAAGGTCGTCATGATTTCACAATGGTCATGTGACGGAGAGTCTAATGAACAAAAAGAAGAAGAACAACAGATTCAAAACGGTTCTACAGATGTTTCTGAAGTTGAAAGTGAGCCCGCACCACCTGAAGTGGAGGTGCCACAGAAACCTCAGTATCAACAAGAACAAAAACCTGCTGTAGATCAACAGGCTGAAGTTGAAGCTGCTTTGTCATATATGACTCCTACAGCCCCTAAACCTACAGAAAACCCGTTTGCATTTGAGTATTATGACCTTAATGGTATTAAGGTACTAAGACAATGTGATAACAATTGTTGGGTTGCATCAGCTTTAGTCCAATTGCAGCTTTTGAATGTTAATGAGGATTATACGTACTTCTTTAAAAGTGGTCGTTTGTCTCCATTGGTTAAACGCTGTTATGAACGTACAGGTAACATTAGAGGATCTGCTGGTGACACGTCTCATTGCTTAGAAGTAATGTTACGTGATTTACACACTATGCAACTTAGATTCTCTGTTAAGTGTAAATGTGGTACTTTTACTGAAGAAATGAGTGGTTGTGTTTTTAGATTTATGCCAACAGCAAAAGCATTCCCATATGGTGGTTGTGCTTCTTGTGGTAAAACCAAGATGTACACTATTACTACCATGAAAGGAACTGGTGTGTTTTGTCAAGAACCTAACCCACTTAACATCAGTGATCTTCTGGTTGAACCACTCTGTGCATCTGTGTTTAAAAGTGGCCATTATAAAACCAACATTTACAAATATAATGTTTGTGTTGATGGTAATGGCCGTGGTCAAATTAAATGGAATACAGTTAACACAGTGTGTTTTAAGGATGTTGAGTACAATAAAGTAGAGGAAGTCCAGTCTTTTGCTACTTACCGAAACATTTCCTTTTATCAAGGTGACATTAAAGAGGTAAAATCTGTAAATCATGATTTTATAGTTAATGCAGCTAATGAGGATTTGAATCATGGTGGTGGTATTGCTGGTGCTTTAAATAAATATACAAAGGGTGTGCTACAGAAAGTATCGAATGCACACATCACTGCAAATGGTAAGCTTAAAGTGGGAAGTGGTGTTATGCTTGAATGCGATGGAACTAATATCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAAGGTAAGCATGCACCTGAATTGCTCATAAAAGCTTACGATGCAATTTTTAGTAATCCTGGTGTCCCACTAACACCTCTCATTAGTGTCGGTATTTTTAAAGTGCCAATTGAAGATTCGCTGTCTGCTCTTTTTGCATCTGCGGGCGAACGAGTAGTAAAGTGTTTTTGCTACACTTCAGCCGAAAAAAGCGCGATCATTAAATACATAGATAGTGTTACTAATGTAGTGGTAGATGTTAAAGAACCAGGGCCTGCACCTCCAGAGGTTAAACAAATCCTACCTTTTAGAAAGGAGGGTAAATTTGACTTCTACGAAATAGAGGCAGCAGACTTGGCACTTTTAAATCCAGATAGGTTAGTTATTTTCACTGATACAGACTTTAAATTATGCGATTTTGCTATCGCCTTCAATAGTGTTGTTGAGGGAGGTTTGACTTCGTGTATTGAGGCTTATCGTAAAGAAAATAATGTTGTGCCTGCTGGTAACATTGTTACCTTTAAATGTGAGGGAATGGTGGCAGTCAGTTTTGCTGTACTTCCAATTGCTGGTGCTGCTTCTTATGATAAGAACGTCACACGCACAATTAATAAAATTACTAAGTTGAAGGGTAATGTCTTCTCAACTGTACCACCTACAAGTGTCTTGAAAAATATGCTTAAATGTTGTAATTGTTCCTTTGTTGTTTCGCAAGATACAAAAGCGTCAGTGACAGAGTGTTTTGACGTTCAAGAAGTGCGAATCAAGGTTTCTTACAATGATAGAGATGTTCAAGACGTAGTGGTTAAAGGAGACAAAGTTATTGATCAACAAATTGGTCCTTGTAGTACAAATAACTTTGACCTGACAGGTGTAAAACCAGACGATGCAATTAATAGTGTCGTCAATGTTGCACCTGAAGTTGATTGGATTTCTCATTATGGTTTTCCACGAGCAGATGTGTGGCATACTCTTGATCATTCTGCTTATGATTATGAAAG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Protein
MIQRFQLLALVPSRAVSFYSEAAVGGFANCRFVSTGLQDIIEGVLDDDYVLVITGVHQLVARIGQFGDQPSNLRGWLLFSNSNYFLGELDLVFGGRGGNTVYVDNYMCGSNGVPVLPEDQWEFVDYFGELTEVSIGDTTYIKAWNVDRVEGPYKSQTLLSINAISYCGEVIHALADGSTMSYATAVKKNSKTVVNKTFQKLYDNIGVPFVTNGKVLTEIIPKPVFNHGLVKCHCGKVSWTVGDWSCYKSTCCGIVCKPIAIVNGDVNPGDVVITSKQVATNGVKYYNGMVLKYVDTIEDVHLWRVVKLQSVKGFVASPNYDPAEYVFLADDACSPTSRLVISASYKLGLLNGNFTDDVRVAARDGTIVVGNNVLSLIDVVLTKPWFVRKLEELLGEAWDTFVASLKNLVFTSTQLVELTKALSKAVLNVTKEGIEFAAEVPSCFESCFSVFKEFVTGIFDFTVNSVKIAGRSFKSVGSYVLFDNAIIKFVAVKVKGLHQAGIKQTEYATSIIGKTTKVNSKRTESADVNLVLVNDKQPLLKDGVTKIIGGKSFFYSGGVYRLMSDNNFVLDEPVFQEKMSVQFECEKPKGFVEPNCDNLPSAIKTTVEQLVKFNTPYRNYDVSVVNNKCVVKCTYTFRAPAYIADTENFVKACEVCVDKEGFDEFYVQTHAVDSLVAFKPAFAEFEQFLEPVSCPELFLEIDGGNIWNKFIKTVTDAVEFVKSIKVSFDLNGVVVKATKRFKRFAATLVNLYREFVATVTKTIKIGSQAFTYYAFEVPKVLLSGALHSVRTVKAKELNLSVQDVVVEFNVFDGATVEVTPKRVEKEEVSLEEVEFIPPVSNGSIAVVDGYSFYSCGDLYYPSNENAVVPLCFKRSGGGKLQFSDVVEVKEIDPVYKVKLDYEFEDENIAAVCKKAIGSKIKYNGSDWEGFCEQIHSVMTVVGEHMELPKYYIYDEEGGNDLNKVVMISQWSCDGESNEQKEEEQQIQNGSTDVSEVESEPAPPEVEVPQKPQYQQEQKPAVDQQAEVEAALSYMTPTAPKPTENPFAFEYYDLNGIKVLRQCDNNCWVASALVQLQLLNVNEDYTYFFKSGRLSPLVKRCYERTGNIRGSAGDTSHCLEVMLRDLHTMQLRFSVKCKCGTFTEEMSGCVFRFMPTAKAFPYGGCASCGKTKMYTITTMKGTGVFCQEPNPLNISDLLVEPLCASVFKSGHYKTNIYKYNVCVDGNGRGQIKWNTVNTVCFKDVEYNKVEEVQSFATYRNISFYQGDIKEVKSVNHDFIVNAANEDLNHGGGIAGALNKYTKGVLQKVSNAHITANGKLKVGSGVMLECDGTNIFNVVGPRKGKHAPELLIKAYDAIFSNPGVPLTPLISVGIFKVPIEDSLSALFASAGERVVKCFCYTSAEKSAIIKYIDSVTNVVVDVKEPGPAPPEVKQILPFRKEGKFDFYEIEAADLALLNPDRLVIFTDTDFKLCDFAIAFNSVVEGGLTSCIEAYRKENNVVPAGNIVTFKCEGMVAVSFAVLPIAGAASYDKNVTRTINKITKLKGNVFSTVPPTSVLKNMLKCCNCSFVVSQDTKASVTECFDVQEVRIKVSYNDRDVQDVVVKGDKVIDQQIGPCSTNNFDLTGVKPDDAINSVVNVAPEVDWISHYGFPRADVWHTLDHSAYDYESKEQDGVRVLKFSDNNCWVNATCIQLQIAKITFRTEGIQAMWDEFLVGKVAKFVHWLYWYQNSSKGDPGDVEYTLNAISRYMANKSTVVISRVATTECCNDTKTIHTPVVNVSLLRSGVEDGVCQHGNKYYSRLVSVKGTVIVTSTGKPNVYPRNALITGDSYTLYSGDVKDGHYTVFSVKGDKIFDGENVSSNNDLSLYPVTSVVVSNKVIEFEKPAKPKIAEVMNKLDNASEKFFSFGDVVSRNFAAVFVWLFSMIGLVFKAFKTKDVKVFALAPERTGIILGRSIKYNFKATKQLLVSKIKWVKLFGKILLAMFAIYATSFMLVRFGPLNESLCTDYVKNYSESNFNKAAYCDGITCKTCLYGYQELSDFPHTSTVWEHVKDPLFKKVMPMFYMAFLLIFGGTITRSCMLYFLAQYVNNIGVFLGVQDNVWALQFVPFDVFGDEIVVIFLVVKILLFAKHIVFGCDKPSCVACTKSARLTRVPMQTIVNGSNKSFYVAANGGKKFCKKHNFFCVNCDSYGPGNTFINDVVAAEISNVVKTSVAPTAPATIDVTKVEFQNGFYYLYGPDNVFWRYNFDITESKYGCKDVLKSCNILSDFIVYNNAGSNVAQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSTLLSTLNVDFNGALHSAFVDVLNESFSKDLSSCTTMSDCKTALDIEADDEDFVNCVSNAHKFNVLLTDLSFNNFVTSYAKPEEKLSTHDIAACMRGGSKVVNHNVLVKENVPIVWLAKDFNMLSEEGRKYVVKTAKIKGINFMLTFNENRMQTTIPTVSIAGKKGSGLKQCYNFIWWSCAFILFMFFAIGLLDFSTTVTSASEYDFKYIIGGKLQSFEKPLDCVHNVFDNFNTWFQAKFGFVPRNSRSCPIVVGVNDEARVIPGVASGVSLVDKTLVFATKSVFANSATCYDITGPAPAERCVFNSACTTLNGLGGLATYCYKNGLVEGAKLYTDLQPNSHYSMADGGYVKLPDVLASGFGFRTVKTQETTYCRVGQCVNSKAGVCFGANRFLVYNEDSGTDFVCGTGLMSLMYNLLSVFSSSFSVMAMSGQIVLNCAVALFAIFACMLVTKFKRMFGDLSLGVCSVICVAIVNNLSYIVTQNAVTMVAYAVLYFLCTRTFRYSWIYHTGYCIAYFTLAPWWLIFMYACSALIGVIPNLLKLKVTTQLFDGDKFVGNFENAAFGTFVMDMHSYQRLVNSIAPEKLKQYAASYNKYKYYSGSASEADYRLACYAHLAKAMLDYSSNHNDILYTPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVERCVVRVCYGNMVLNGLWLGDTVICPRHIIASSTSSIIDYEHQYSVMRLHNFSVSVGNVFLGVVGVTMKGTNLHIKVNQTNVHTPEHTFKTLKQGDSFNILACYDGVPSGVYGVTLRTNNTIRGSFINGACGSPGYNINNGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSNLDGVMYGGFEDQPTLQVEGANNLVTINVIAFLYGALLNGITWFLSNDRVTVESFNEWASVNGYTDCGSIDCFAMLAAKTNVDVQRILAAVQRLHKGFGGKNILGFTTLTDEFTVTEVIKQMYGVSLQSGKVSSMFYNVCVIGAFLTMFWSELLHYTAFFWISPGFITPMFFMLLMVSVFFMCALKHKIMFLYTFLIPAVIVTSCYNFAWDWYITSVLATTFDYHVSLLSLDIQGVINVSACVFVTLLHTFRFCKSSVNYSSVITYCCSLLFVAYGFYMGSDALSLVMMVLFNFTSNWYVGAIVYKIAFYTRDMTVLPLLVGNVKAVMLCYIVLGYFCCVYYGILYWINRFFKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLHAPRGVFDAVALSVKLIGIGGEKTIKVSTVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIASHTKEWSYCVELHNKINLCDDPEKAQEMLLALLAFFLSKQKDFGVDDLLESYFSSGSILQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEDAINSGAAQQLVKQLKRAMNIAKSEFDHEASVQKKISRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSIIPAASATKLNVVSADLESYLKICKEGCVHYAGVIWNVIDIRDNDGKLVHMKEVTQENVENLAWPLFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRAVKAEGDGFSADGKALYNNESGKTFMYAFVADKPDLKYVKWEFDGGCNTIELEPPCKFAVESTNGTVIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELATNSPLLTMCAFSVDPAKTYLDAVKRGVKPVGNCIKMLSNGAGTGQAITVGVESNTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGRCRLKGKYVQVPLGTIDPIRFCLENDTCKVCMCWLNNGCTCDRVSSVQAFDAGYLNRARGSSAAQLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKEVACMGKFLKVNCVRFKNPEYNDAFFVIKKCPKSVMEHEQSIYDILKDSGAVASHDFFTWKDGRAIYGNISRQNLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVLTGACEESYFESKVWFDPVENEDIHRVYAILGKIVANSMIKCVRLCDAMVENGIVGVITLDNQDLNGNFYDFGDFARTLPGMGVPLCTSYYSYMMPVMGMTNCLAGECFMKSDIFGDDFKTYDLLHYDFSEHKQALFEKYFKHWGQDYHPNCVDCHDEMCLIHCANFNTLFSTTIPATAFGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSSRLSINELLQFVTDPSLLVASSPALVDQRTICFSVAALSTGMTKQTVEPGHFNKEFYDFLRGQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNRPTVLDICQARVTYKLVSRYFEIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYDSLSYEEQDALYAVTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLKTLIEGVEHPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCNTEERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLSIDSNVCNNVGVKALQRELYDNCYRSSTVDDSFVDKYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVENDISKGPHEFCSQHTMQIVDEAGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLTKHSNPEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDASSKFWDESFYASMYEKSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVISTDHKFILAITPYVCSASGCNVNDVTKLYLGGLSYYCIDHKPSLSFPLCAAGNVFGLYKNSATGSPDVEVFNTLATSDWTDVRDYKLANEAKDSLRLFAAETVKAKEESVKSSYACATLKEVIGPKELLLSWEVGKVKPPLNRNSVFTCFQITKDSKFQIGEFVFEKLDYGSDAVCYKSTATNKLVPGMIFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSSIYKLYPSFNINEAYSSLVPYYQMIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIMFAACSHAAVDSLCVKAAIAYSLERCTRIIPARARVECFNGFKPNNTSAQYLFSTINALPECNVDIVVIDEVSMCTNYDLSVVNQRVSYKHIVYVGDPQQLPAPRTMITRGVLEPKDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYDNKFLPVHPDSKQCFKLMCKGNVQVDNGSSINRKQLDVVKLFLAKNPSWSKAVFISPYNSQNYVASRALGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGILCVMCGKELFDALKFFEIKLTDLQVGEGCGLFKDCSRKPDLLPPSHATTFMSLADNFKTSGDLAVQIGSNGVCKYEHVISFMGFRFDSSIPGYHSLFCTRDFAMRHVRGWIGMDVEGAHVVGDNVGTNVPLQVGFSNGVDFVVQPEGCISNENGNIIAPVRARAPPGEQFAHLIPLMRKGQPWSVVRKRIVQMCCDYLSGLSDVLVFVLWAGGLELTTMRYFVKVGPVKHCHCGKEATCYNSSVHAFCCFKHALGSDYLYNPYVIDIQQWGYTGSLGHNHHEVCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFISNERAINSGGRMVQRHLMHAVLKLYKPEAIHDIGNPKGIRCAVSDAKWFCYDKQPLNSNVKLFEYDYITHGQLNGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRCRSNLNLEGCNGGSLYVNKHAFHTPAFDKRAFAKLKPAPFFYYDDGPCERVQDEVNYVPLRASNCITRCNIGGAVCSAHAAKYHDYVGAYNSFVQAGFTLWVPNSFDLFNLWQTFAETNLQGLENIAYNVVKKGSFVGEAGELPVAVVNDRVLVRDGTVDNLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPLCVLKNLGVVSTDRFVLWDYEAERPFTSFTKNVCSYTDFNEEVNTCYDNAIPGSFERFTVAKNGVLISNVAIKKLVGMKLSYGFLNGVPVSTCENKPVVWYIYVRKDGQFVDQFDGYYTQGRNVSEFLPRSDMEKDFLEMDMSVFISKYGLEDYAFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLQKLGVLKIEDFTSSDDGTLKCCTVTFANDPSSKMVCTYMDLLLDDFVLILKSLDLSVVSKVQEVIVDCKMWRWMLWCKDHKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPSLYKIQRMCLEPCNLYNYGTGLKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTSMCVPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLKRWLPSDAIVVDNDVNDYVSDADYSVTGDCSTVYLEDKFDLVISDMYDGRVKQNDGENVSKEGFFTYINGVINEKIALGATVAIKITEYSWNKRLYELIQRFEFWTLFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGNFANNPILDGNTMHANYIFWRNSTIMSMSYNSVLDLAKFNCRHKATVIVSLKDKDINDVVLGLIRNGKLLIRNNGIYMGFSNHLVSTK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
A0A0U1UZ30  
EMBL
KJ473807    AIA62251.1   
Proteomes
UP000106394   
Pfam
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10
PF06460   NSP16
PF06478   Corona_RPol_N
PF08717   nsp8
PF05409   Peptidase_C30
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
Interpro
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR014827   Viral_protease
IPR002589   Macro_dom
IPR036333   NSP10_sf
IPR009466   NSP11
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR008740   Peptidase_C30
IPR027352   CV_ZBD
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR014828   NSP7
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204   NSP7_sf
IPR037227   EndoU-like
SUPFAM
SSF140367   SSF140367
SSF52540   SSF52540
SSF101816   SSF101816
SSF50494   SSF50494
SSF143076   SSF143076
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF51126   SSF51126
SSF144246   SSF144246
Gene 3D
1.10.150.420     1.10.8.370     2.20.25.360     2.40.10.250     2.40.10.290    
ProteinModelPortal
A0A0U1UZ30  
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3057

Ontologies

KEGG
vg:26626971    
GO
GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0003723  F:RNA binding
 GO:0005524  F:ATP binding
 GO:0003724  F:RNA helicase activity
 GO:0008242  F:omega peptidase activity
 GO:0033644  C:host cell membrane
 GO:0019082  P:viral protein processing
 GO:0032259  P:methylation
 GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
 GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
 GO:0006351  P:transcription, DNA-templated
 GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
 GO:0008270  F:zinc ion binding
 GO:0008168  F:methyltransferase activity
 GO:0044165  C:host cell endoplasmic reticulum
 GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
 GO:0039694  P:viral RNA genome replication

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6727
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
385.072339999994
Exp number, first 60 AAs:
0.05974
Total prob of N-in:
0.00290
outside
1  -  1911
TMhelix
1912  -  1931
inside
1932  -  1970
TMhelix
1971  -  1993
outside
1994  -  2060
TMhelix
2061  -  2083
inside
2084  -  2473
TMhelix
2474  -  2496
outside
2497  -  2727
TMhelix
2728  -  2750
inside
2751  -  2756
TMhelix
2757  -  2779
outside
2780  -  2783
TMhelix
2784  -  2806
inside
2807  -  2812
TMhelix
2813  -  2835
outside
2836  -  3140
TMhelix
3141  -  3163
inside
3164  -  3248
TMhelix
3249  -  3267
outside
3268  -  3276
TMhelix
3277  -  3299
inside
3300  -  3305
TMhelix
3306  -  3328
outside
3329  -  3342
TMhelix
3343  -  3365
inside
3366  -  3373
TMhelix
3374  -  3396
outside
3397  -  3399
TMhelix
3400  -  3422
inside
3423  -  3442
TMhelix
3443  -  3465
outside
3466  -  6727
 
 

Population Genetic Test Statistics

Pi
0.1803296
Theta
0.3407455
Tajima's D
-1.6795107
CLR
4.268629
Interpretation
No evidence of Selection

Genomic alignment in the CDS region

 
 

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806    
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657    
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936    
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436    
ROMANIA_PIG_2015_LT898435    
ROMANIA_PIG_2015_LT898436    
GERMANY_PIG_2015_LT898444    
GERMANY_PIG_2015_LT898414    
GERMANY_PIG_2015_LT898439    
GERMANY_PIG_2015_LT898413    
GERMANY_PIG_2015_LT898412    
GERMANY_PIG_2015_LT898411    
GERMANY_PIG_2015_LT898416    
GERMANY_PIG_2015_LT898443    
GERMANY_PIG_2015_LT898420    
GERMANY_PIG_2015_LT898408    
GERMANY_PIG_2015_LT898423    
GERMANY_PIG_2015_LT898432    
GERMANY_PIG_2015_LT898409    
GERMANY_PIG_2015_LT898425    
GERMANY_PIG_2015_LT898446    
GERMANY_PIG_2014_LT898438    
GERMANY_PIG_2014_LT898440    
GERMANY_PIG_2014_LT900501    
GERMANY_PIG_2014_LT898427    
GERMANY_PIG_2014_LT898415    
GERMANY_PIG_2014_LT898421    
GERMANY_PIG_2014_LT898431    
GERMANY_PIG_2014_LT898410    
GERMANY_PIG_2014_LT900498    
GERMANY_PIG_2014_LT898430    
GERMANY_PIG_1978_LT897799    
GERMANY_PIG_2014_LT898447    
GERMANY_PIG_2014_LT898426    
GERMANY_PIG_2014_LT898417    
GERMANY_PIG_2014_LT900500    
GERMANY_PIG_2014_LT898445    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433    
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502    
GERMANY_PIG_2015_LT900499    
BELGIUM_PIG_1980_LT906620    
BELGIUM_PIG_1977_LT905450    
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451    
BELGIUM_PIG_1978_LT906581    
UK_PIG_1987_LT906582    
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
USA_MURINE_1997_NC_001846    
USA_MURINE_1998_NC_023760    
MID_EAST_HS_2012_NC_019843    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016993    
CHINA_MURINE_2013_NC_032730    
USA_HS_2004_AY585228    
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831    
CHINA_HS_2004_NC_006577    
EUROPE_HS_2000_NC_002645    
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292    
JAPAN_FERRET_2013_LC119077    
USA_FELINE_2005_NC_002306    
CHINA_MURINE_2011_NC_034972    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016996    
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011547    
CHINA_BAT_2012_NC_028824    
CHINA_BAT_2013_NC_028814 Protein
 YP_009199789.1
CHINA_BAT_2013_NC_028833    
CHINA_BAT_2011_NC_028811    
USA_BOVIN_2001_NC_003045    
CHINA_MURINE_2012_NC_026011    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_022643    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207    
UK_HS_2012_NC_038294    
AMERICA_WHALE_2007_NC_010646    
CHINA_BAT_2013_NC_025217    
UGANDA_BAT_2013_NC_034440    
CHINA_BAT_2006_NC_009021    
CHINA_BAT_2008_NC_010438    
CHINA_BAT_2006_NC_009020    
CHINA_BAT_2006_NC_009019    
CHINA_BAT_2006_NC_009988    
USA_BAT_2006_NC_022103    
BULGARIA_BAT_2008_NC_014470    
CHINA_BAT_2008_NC_010437    
USA_AVIAN_2004_NC_001451    
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