Strain
CHINA_BAT_2013_NC_028833
(Region: China; Strain: BtNv-AlphaCoV/SC2013, complete genome.; Date: 2013)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGCAACCCTATTACTGTGGCTAAAGCCGCTGTTTGTGAAATTTCTGCTATTGGTTTTGGTGACATCGGTGAGGCCGTGTTGCATTACAGCAATGCCGCTGCTGATGGTTTCATCAAATGCCGCTTTGTACCCCTTTCTATGGCTGACTGTGTTGAGGGTTTGCTTAGTGACGAATTTGTCGTTCTTGTAAACAACGACACAAGTTGCCTGACTGTGGGTACTTTTGGCGAGAGACCACCCGATCTTAAGGGTTGGCTCTTGTTTTCTAATTGTGACGTTGATGGCACTGCTATTGTATCATTTGATGGTCTGGCAGGTGCTGAGGTTTACGTCGACAATTATATGTGTGATCAGACTGGGAAACCCGTTTTGGCCGCCGACGTTTGGACTTTCAAAGATTATTTCGGTGAAAGTGATACCATTGTTATTGATGGTGTTGTTTACCGTAAGGCTTGGGAGGTTGTGCGTCTGGATGTTCCATATAAGGCTCAGTCTGTTTCTGCTATAAGCTCTATTGAATGGTTGTGTGGTGTTCAGCATGTGTTGCCTAGTGGCACTGTGTTGGATGTCGCAAAGTCTGTCTCCAAGAGCAAGGTTGTGCTTTTGTCTGATCCTTATGCTGACATTTATGACCAGGTTGGAAGCCCTTTTATGACTAATGGAAAGAACCTGTTGGAAATTGTCGTTAAACCATGCTTCTTGCACGGTTATGTCAAATGTAACTGTGGTAACACGCACTGGGCAGTTGGTGATTGGCGAGCTGGTTATAAATCAGTTTGTTGTGGTCTTAACTGTAATCCTATATGTGTTGCTGCTGGTTATGTTGAACCTGGTGATGTACTTTTCACTTCTAAAGGGGCTGGTACGGGTCTGAAGTACTATAAGGGTCTTACTCTTAAGTTTGTGGGTGAAGTTGAGAATGTTGCTGTTTGGCGCATTCAGAAAGTTCACCATGTGGATGGTTTTGTTGCTTGCAACCGTTTTAAGGATGATTTTTGCTCAACCATGGAGTCTTGTGGTGTAGAGAATGTTAGTGCCACCGCTAATGCTTTGAAATTTAGCCTTATTAGTGGGTGTTGCCAGGAAGTCACTCTGCGTTCGATTGTCAGTGGCCAGCTTAGTGTTGGGTTTGCTGTTTTTGATACGTTTGAAGACATTTTCTCTATGCCTAAATGGATGCAAAGGCTCGGTGCACTTGGTTCCACACTTTGGTCACAATTTAAGAGCTTTGCACGTGAAACTTTTAAAACTTCAACATCACTTGTTGAGTTTGTGAATTTTCTTCGTGATGTTAGTTGTGTGGTTATGAATGGCGCATTGGAACTTGTTGCTAATGTGCCAAATCACTTTGCATCACTCTTTGATCACTTGCGTGTCCTTGTGGCATCTGTTACGACTCTCTTTATTGAAGAGTTTAAGGTTGCAGGTGTTGCATTCAAGCGCTTGGGTGACTATGTTTTGTTTGATAATGCACTGTGCCAACTTGCGAGTGTGAAACTTAAGGGCTTCAAGCAAGATGGTTTGAAAACTGCTACTTATGTTAGCACAGTTTATGGACCTAGTAAGCGTGTTAAAGTTAAGCGCGTTGAGAAATGCGATGCTAACTTAGTTTTGTGTGATTCTGCACCTCTTGTGGATGAAGGTTATGCTTGTGTCATTCAAGGCCAAGCATTTTACACAAATGGCACGTATTACTGGTTTATGACAGATCATACATCTGTTTTGGAATCACCTGTGTTTAAGAAAGACACTATTGTGTGTCCTGATGTACTCTTGGCTGTGGATGGTGGTGACATTTTCCACAAGTTTTTGAGCACGGTTACAGATGTTGTTGAGTTCTGTGCTTCAATTAAAGTGCATTTTGGTTTGGAAGGCTTTGTTATTACAGCCGCCAAGAAGTTTAAAGCTTTTGCTCGCACTCTTACGGAGTTGTATAATGAGTTTGCCATTGCAGTTTCTGATGTTGTTAAAATTGCTTGTATGAATTTTACATACTATGCTTTTAACAAACCTATGGTTGCTGTCAATGGCACATTATGTCCTGTAGAGTTAGTGGAGCCACCTTCAGATGTTTCTAAAGAAGCACTTGTTACAGACTTTATGGTCTTTAAGTCACCTGACACACATGTTAAACCCATTAGGATTGAAACAGAGTCATGTGAGCTTCATGAAGTGGACTTTGTTACTCCCCGTGATGGTGGTGTGGTCAAGATAATAGATGGTTATGCTTTTTATGAGTCCAATGGCAACTATTACCCTTCTTCTGTTGATGGTGTTAAAAATGTCACATACCGTAAGAAGGGTGGTGGTGTTGTCACCTTCTCAGAGACTAACTCTGTGAAGGAGGTTGACCCTGTTCATAAGGTTTATCTGACCTACGAGTTTGAGGACGAAGTAGTTGTGGAGGTTCTTAAACAGACTGTGGGTTATAAGATGACCTTTGAAGGACAGGAGTGGGCAGATTTTGAAGCTACACTTCGTGGTGTCTTGTCTGTTGTCTCAACTAAACTCCCTATACCTGAGTACTTTGTGTACGATGAGGAGGGAGGTTTTGATTACACTAAGCCTGTTATGGTTTCACAGTGGCCCATACAGGTATCTGATAGTGTTGACCATGAGACTGTTGATGACACTGTTGACACTACACCGCGCAGTGACGAAGATGAAGTGCGTGAGGCATTGTCCTTTATTAAAGAGGTTGAGCCTCAACCACTTAATCCGTTTGCGTTTGAGTTTACGGACTATTGTGGTCTTAAAGTCCTTAAACAGGTTAATAATAACTGTTGGGTTGCTTCAGCGTGCTTGCATATGCAATTGTTGGACCTGTTGGATACACCTGCTATGGACTTGTACAAGTGTGGCCGTGTTGGCCCCCTGGTTCAATCATGTTACGAATCTGTCAAACAACTTGTAGGTTCTATGGGTGATGTCACTGAGTGCCTTGAACACATGCTTAAGGATGTTAAGTCATGTGTTGTTGTTTGTGACGCTGTTTGTGACTGTGGTACCAAAGACCTTACTATTGAAGGTTGTGTTTTCAGGTTCATGCCATGTTCTGAACCGTTGGAACGCTGGTGTGCAGTGTGTAATAGTATGGCTGCTTGCACTATTAAAGGTATAAAAGGTACGGCCATATTTTGCCAAAAACCAGGTCCTGCCAATGATCTATACGTTGAGCCATATTGTGCTGCATCGTTTATTGGCAGTGTTACTAGTGGGCATTATCGTACTAATGTCTATCACACTGGTAAGGCCGTAGATGGTTTTGGTGTTCATGATATTGACAACACTAACTTGCACACTTATGCAGTTAAGAATGTTGATTGGACTAGATCACACACCCCAGCCGATAATTCACCCGCTTTGGTTGAACCATTCTTGGTTTACAAGAACGTGCAATTCTTTCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGTTGGTGGTGTTCAGCACGATTTTGTTGTGAACGCCGCTAATGAGCGACTCCAGCATGGTGGTGGTGTTGCTAAGGCCATCAATGATTACACAAATAATGAGCTGCAGCATCTGTCTAGTGCTCATGTTAAGAAACATGGAAAGGTTTCAGTGGGCAGTGGTGTTATGTTGCAATGTTCTGGTGTGAAAGTTCTTAATGTTGTAGGTCCACGTCATGGTGCAGGTGAGGTTGCCTTGCTCGAAAATGCTTATAATTGTATTTTCGATCAGGACGGTGTCCCTCTAACCCCTCTTATTGGTGTGGGGATTTTTAAGGTTCCTATTACAACATCCTTGAAGGCTTTGCTTGATGTTGTAGGCGATAGGCAATGTAGGTGTTTTTGCTATTCAGATAGTGAAGTTGCTGCAATTGTTGCCTATGTCAACAACATGTCAGCTGTAGATGATGTTCAGCTGCCTGTGTGTCCACCTTTAACACCTTGTAGGGTTGAAGGTGACGTCTCATTTTACATGGGTAGTGTGGATGTTTTGCTACAACAGTCCTTTGATAGGTTTGTTTTCTTTGTTAGTGAGGATCTGCAACTTTGCGTCTTAGCTAGTGCATTAGACGTTTATTTGAATGGCTGTGTCACAGAGGCTTTAAATAAGTCTGGTCCATTGCCAGCTGGTAACATAGTCTCTTACAAACATCCTAAAGGTGATGGTTTTGTTGTCGTGACTTTTGCAGTTTTGCCTGCTGTTGGCTCAAAGGATTTTGACAAAAATGTTAAACGTGTTTTTAACAAGTTGTCTAAGCTTAAAGGCAATATTCTTTCTACTGTGTCTAGTGTTATGTTTGCGCGTCTAACACGTGTCTGGAAGTCTTTTTGGCTTTGTGATTCTAGTGTTAGTGTTGTTGACGAACACTTTTCAGAGACTAGTGTTTTTGTTGTCGTTACCGAGAATGGTAGAGACTTTGAAACTGTGGCTCTTGACACAGCCAAAACTTTTGTGGAGCAGGTTGGTGTTTGCACTATTGATAATGTAGATGTAACAAATGCTGTTGTTACGCCTACTGATGAACCTGTTAGTGTTGCTACACCGTCTGTTGATTGGGATGCGTTCTACGGCTTTGAGAATGCTAGTGTTTTTCACACTTTGGACCATAGTGGTTTTGAGTTTGAGAGTACAGTCGTAGAAGGTAAACGCACTCTTAAGAGTTCAGATAACAACTGCTGGGTTAATGCTGTTTGCTTGCAATTGCAGTACTTGGATGCAAAGTTTGTTAGTGAGGGTCTTAACGCTATGTGGGACTCTTACGTGACTGGTAATGTTTCTAAGTTTGTCCACTGGTTGTACTGGATTACAGATCACAGCAAGAATGACCGCAATGATGCAGAAAGTGTGTTGTTGCGTTTGTCTGTTTACCTATGTAAGTCTTGTGTCTTCACCATAGAACGTGAAACTTCATCATTGTGCTGTTCTGAATTGCGCACGTACAACGCTTGTGTTGTTAGTGCGAGTGTGTTAAGGAATGGTGTTAGTGATGGTGTTTGTAAACATGGTGATGCCTACAAGAGTAGGGTTTC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Protein
MARNPITVAKAAVCEISAIGFGDIGEAVLHYSNAAADGFIKCRFVPLSMADCVEGLLSDEFVVLVNNDTSCLTVGTFGERPPDLKGWLLFSNCDVDGTAIVSFDGLAGAEVYVDNYMCDQTGKPVLAADVWTFKDYFGESDTIVIDGVVYRKAWEVVRLDVPYKAQSVSAISSIEWLCGVQHVLPSGTVLDVAKSVSKSKVVLLSDPYADIYDQVGSPFMTNGKNLLEIVVKPCFLHGYVKCNCGNTHWAVGDWRAGYKSVCCGLNCNPICVAAGYVEPGDVLFTSKGAGTGLKYYKGLTLKFVGEVENVAVWRIQKVHHVDGFVACNRFKDDFCSTMESCGVENVSATANALKFSLISGCCQEVTLRSIVSGQLSVGFAVFDTFEDIFSMPKWMQRLGALGSTLWSQFKSFARETFKTSTSLVEFVNFLRDVSCVVMNGALELVANVPNHFASLFDHLRVLVASVTTLFIEEFKVAGVAFKRLGDYVLFDNALCQLASVKLKGFKQDGLKTATYVSTVYGPSKRVKVKRVEKCDANLVLCDSAPLVDEGYACVIQGQAFYTNGTYYWFMTDHTSVLESPVFKKDTIVCPDVLLAVDGGDIFHKFLSTVTDVVEFCASIKVHFGLEGFVITAAKKFKAFARTLTELYNEFAIAVSDVVKIACMNFTYYAFNKPMVAVNGTLCPVELVEPPSDVSKEALVTDFMVFKSPDTHVKPIRIETESCELHEVDFVTPRDGGVVKIIDGYAFYESNGNYYPSSVDGVKNVTYRKKGGGVVTFSETNSVKEVDPVHKVYLTYEFEDEVVVEVLKQTVGYKMTFEGQEWADFEATLRGVLSVVSTKLPIPEYFVYDEEGGFDYTKPVMVSQWPIQVSDSVDHETVDDTVDTTPRSDEDEVREALSFIKEVEPQPLNPFAFEFTDYCGLKVLKQVNNNCWVASACLHMQLLDLLDTPAMDLYKCGRVGPLVQSCYESVKQLVGSMGDVTECLEHMLKDVKSCVVVCDAVCDCGTKDLTIEGCVFRFMPCSEPLERWCAVCNSMAACTIKGIKGTAIFCQKPGPANDLYVEPYCAASFIGSVTSGHYRTNVYHTGKAVDGFGVHDIDNTNLHTYAVKNVDWTRSHTPADNSPALVEPFLVYKNVQFFQGDFKDLVGGVQHDFVVNAANERLQHGGGVAKAINDYTNNELQHLSSAHVKKHGKVSVGSGVMLQCSGVKVLNVVGPRHGAGEVALLENAYNCIFDQDGVPLTPLIGVGIFKVPITTSLKALLDVVGDRQCRCFCYSDSEVAAIVAYVNNMSAVDDVQLPVCPPLTPCRVEGDVSFYMGSVDVLLQQSFDRFVFFVSEDLQLCVLASALDVYLNGCVTEALNKSGPLPAGNIVSYKHPKGDGFVVVTFAVLPAVGSKDFDKNVKRVFNKLSKLKGNILSTVSSVMFARLTRVWKSFWLCDSSVSVVDEHFSETSVFVVVTENGRDFETVALDTAKTFVEQVGVCTIDNVDVTNAVVTPTDEPVSVATPSVDWDAFYGFENASVFHTLDHSGFEFESTVVEGKRTLKSSDNNCWVNAVCLQLQYLDAKFVSEGLNAMWDSYVTGNVSKFVHWLYWITDHSKNDRNDAESVLLRLSVYLCKSCVFTIERETSSLCCSELRTYNACVVSASVLRNGVSDGVCKHGDAYKSRVSAVDGIGIVVSVSIPDPVPKSALLDGVSYTTFTGDVGSGHYAVVDRKLYKSFDGFDVKPASLSSVSVTGVVVKTAKFTRKVKQVATPTVSSGDAPLDLSTTLNTAASKFFSVGDVVARNVGMFCVWLFSMLTLLFKTFKKRDFSVLALAPQRTGVIFRRSLKYNSKAAYKHLNSKWGTVKFVMKLLVMFYTLYMLLFLTVRFSPLNSVFCDDYVDGYYNSTFVKSDYCDGLVCKVCLYGYQELSDFPHLDLTWEFITHPLLVSFMPLLYMAFLLCFGNKWVRFLMCYFILQYVNAAGVVLGLQDSIWALHLVPFDIFCDEIVVCWLVYVILAFLKHVCFGCEKPSCVACSKSARLTRIPIQTVVNGSTKVVYVAANGGNRPFCKKHNFFCVNCDSYGVGCTFINEHVARELANVTKTNVQPTGDAYIVIDKVEFQNGFYYLYSGETFWRYNFDITSSKYSCKEVLKSCNILSDFIVFDNNGTNVSQVHNASVYLSQLLCKPIKLVDSALLSTLDVDFNGALHSAFLEVLNNSFNKDFSGCATMSECKSLLGFEVSDEDFYNAVSDAHRFNILLTDISFNNFITTYAKPEEKFATHDAAVCMRSGSKIVNHNVLIKENAAVVWYQRDFHALSEDCRKYIVKTSKQKGVNIMITFNDTRMNVAIPAVNFVCKKGGAIKPFGWLCIVFAFIFALYMSVGLFDFTESVPSYMGFDFKYIKEGRLHDFTERLDCVYSVFDNFDVWHESKFGTVPTKSIKCPIVVGVSDSVRTLPGVPAGVMLVGKTLVFAVKTVFGETGNCYDTQGVTSTSSCLFTSACTVLSGIGGTITYCYKDGIVEGARTYSELVPNTYYKMEDGRHVIFPEVLARGFGFRAVRTLATTYCRAGQCVDSKAGVCFGLDRFLVYSADSGSDFVCGNGLLSLLYNVLAIFSSSFSVAALSGQIIFNLVVAAIAVFVCFTVVKFKRMFGDMSRGVCTVGAAVLVNNLSYVVTQNTVGMIVYAVLYFLATRGVTYSWIWYVSYVVAYSTLAPWWLLSWYLIAGLSGVIPSFIKLRVSSQLFDGDKFVGSFEAAAMGTFVLDMHSYEKLVNSLPADKLKQYASAFNRYKYYSGSASEADYRLACFSHLAKAMMDYGTTHQDCLYTPPTISYNSTLQAGLRKMAQPSGMVEKCIVRVAYGNMVLNGVWLGDEVYCPRHVIAENTTTLIDYDKAFSLIRLHNFSVSVGNVFLGVVSCRMRGALLCIKVNQANVNTPNYTFKTLKPGDSFNILACYEGVASGVYGVTLRNNSTVRGSFINGACGSPGYNLVGNTVEFCYFHQLELGSGCHVGSDANGVMYGNFDDQPTLQIEGASRLYTANVVSFLYGALLNGCNWWLTSDRLTLEAFNDWATSNDFTTLSSVDMYTILSAKTGVDVARVLAAIQKLAKGFGGNKILGYSSLTDEFTAGEVIKQMYGVTLQSSKKSRFLGNLLSIGLFVFMFWSEFLSYSALFWINANVLTPIFLCLCGFSVVLTVGLKHKLLFLYTFLIPTVVLLAAINLSWDFYLRALLSSTVGYHTSLMSFDLQGVLNIAICAFVSGLHLYRFSPNVGSCATLLMSLGVTVYNYWFDTDYFSIIMTLLLNMSSTWYIGAIAYKIASVMIVFVPAPLIAAFGPIKTVLMVYVCIGYVFCMYWGFCYWLNRVSKLTLGVYDFKVSSAEFKYMVANGLSAPRSVLDTLYLSFRLLGVGGERTIKVATVQSKLTDLKCANVVLLGCLSAMNVSANSKEWAYCVDLHNKINLCDDPEKAQEMLLALLAFFISKQKDFGVDDLLDSYFSNSALLQSVAATFVNMPSYIAYETARQEYENAVNTDASQSVVKQLRKAMNVAKAEFDKEASVQRKINRMAEAAATQMYKEARAVNKKSKVISSLHAMLFSMLRRLDMSSIDNILSLARDGTVPLSIIPTACATKLTVVCSDIESFSKVVFDNCVQYAGVVWNIIDIRDGDGKIVHLKEVNKDNVDVLSWPLFVNCERMVKLQNNEIMPGKLKQKAVRAEGEGVHCDGKALYNNEGGKTFMYAFLADKPDLKYVKWDFDGGCNVIELEPPCKFAVETSTGVQVRYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTELATNSSLLTLCAFAVDPPKMYIDSVKAGIKPVGNCVKMLSNGAGNGQAITTSVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPGMDGRCQFKGRYVQVPLGTADPIRFCLENKVCSVCGCWFGHGCTCDRTCLQAVDTAYLNRVRGSSAARLEPCNGSETDHVVRAFDIYNKDVACIGKFLKVNCVRMRNVDAKDAFFVVKRCVKGVMEHEQSMYDTLKHSGVLAPHDFYLWKNGRSVYGNVSRQNLTKYTMMDLVFALRNFDERNCDVLKEILVLVGACDESYFENKCWYDPVENEDIHRVYAALGRIVNTAMLNCVKLCDAMVEKGIIGVLTLDNQDLNGLFYDFGDFSFTMPGMGVPCCTSYYSYMMPVMGMTNCLACECFVKSDIFGSDFKTFDLLEYDFTEHKSLLFEKYFKYWGQDYHPNCVDCHDDMCVVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKVFVDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNKDINTHSTRLSINELLQFVADPALLVASSPALVDQRTCCFSVAALGTGMTSQTVKPGHFNREFYDFLRGQGFFEEGSDLTLKHFFFAQKGDAAIKDFDFYRYNRPTMLDICQARVTYQIVKRYFDIYDGGCITAREVVVVNLNKSAGYPFNKLGKAGLYYEALSYEEQDQLYAVTKRNVMPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLRTLIDGVDNPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHVNCCTASDRYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLGVDSNACNNNTVKHLQRRLYDNCYRLSNVDDEFVNDYYGYLQKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDVNKGPHEFCSQHTMQVVDENGKYFLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHENLEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGILESFSVTLLEDQSAKFWSEDFYANMYEKSTALQSAGMCVVCGSQTVLRCGDCIRRPLLCTKCAYDHVVGTPHKFILSISPYVCNHSGCTVNDVTRLYLGGLSYYCVDHKPQLAFPLCSAGNVFGLYKNSATGSVDVDVFNTLSTSDWSDVRDYRLANECKDSLRLFAAETVKAKEECIKSSYACATLREIIGPKELLLSWEPGKPRPPLNRNSVFTGFQITKDSKMQLGEFTFEKLDYDSDAVVYKSTTTCKLSPGVLFVLTSHNVAPLRAPTMANQEKYSTIVKLRPVFNISDAYASLIPYYQLIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARILYTACSHAAVDSLCAKAATAFNTDSCSRIIPARARVECFSGFKVNNTSAQYIFATVNTIPEINVDIVVLDEVSMCTNYELSLLNQRVSYRHVVYVGDPQQLPAPRTMISKGVLEPRDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSELVYENKFKPVHPDSKECFKLYCKGSVHVDNGSSVNKRQLDVVRMFLGKNPRWAKAVFISPYNSQNYVASRVLGLQTQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTLHACNINRFNVAITRAKKGILCVMCDRSLFDALKFYELKMTDLQSSDGCGLFKDCHRGSDNLPPSHAPTYMSLSDAFKTDKDLAVQIGVSGTIKYEHVISFMGFRFDVNVPGYHNLFCTRDFAMRNVRGWIGMDVEGAHVCGDNLGTNVPLQIGFSNGVDFVVQPEGCVITECGNKVTSVRARAPPGEQFTHLIPLMRKGQPWSVVRKRIVQMCCDCMSGMSDIIIFVLWAGGLELTTMRYFVKTGPVTHCHCGKEATCYNSGSHAFYCFRHALGCDYLYNPFVIDIQQWGYTGSLSFNHHQYCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAVYDCFVKNVDWSITYPFISNELAINKGGRVVQSHIVRAALKLYNPKAIHDIGNPKGIRCASTNISWYCYDKQPLNSNVRMLEYDYITHGQMEGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSVLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLQPAPFFFYDDGDCDIVQGETNYVPLRSSSCITRCNVGGAVCSKHSNMYHAYVNAYNVFTQAGFTIWVPKSFELFNLWQTFLDTNLQGLENIAYNVVKKGSFVGASGELPVAVVNDRVLVREDLSDNVVFVNKTSLPTNVAFELYAKRATGLTPPLTILRNLGVVSTYKFCLWDYEAERPFTSFTKSVCSYTDFDEDVCTCYDASIPGSLERFTLANNAVLFSRQPIKKLTGFKINYGFLNGVPVSTTEGKPVVWYFYVRSNGVNVDYVDGYYTQGRTISTFLPRSQMEEDFLNMDEGFFISKYGLEDFAFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLGKMGVLNVEDFVSSNDSTLKSCTVTYANDPSSKMVCTYVDLLLDDFVCLLKSLDLSVVSKVHEVVLDCKIWRWMLWCKDNKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPTLYKIQRMCLEPCNLYNYGEGVRLPEGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPSDAVILDNDVNTYVSDADFSHTGDCSTLYLTDKFDLVISDMYDGRIKAIDGANVSKDGFFTYINGVICEKLALGGTAAIKITEYSWNRKLYELMQKFAYWTLFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGDFSETPVIDGATCHANYIFWRNSTLMAMSYNSVLDLTRFECKHKATVVVNLKESDVNEVVLGLVKSGKLLIRNTGVVCGYAQPPHLSHV
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR036333 NSP10_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014828 NSP7
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR042515 Nsp15_N
IPR037227 EndoU-like
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204 NSP7_sf
IPR014822 NSP9
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR037230 NSP8_sf
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR014829 NSP8
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IPR027417 P-loop_NTPase
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0,
Score=3002
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0032259 P:methylation
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6598
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
411.660489999994
Exp number, first 60 AAs:
0.18534
Total prob of N-in:
0.00900
outside
1 - 1781
TMhelix
1782 - 1801
inside
1802 - 1846
TMhelix
1847 - 1869
outside
1870 - 1920
TMhelix
1921 - 1943
inside
1944 - 1949
TMhelix
1950 - 1972
outside
1973 - 1986
TMhelix
1987 - 2006
inside
2007 - 2343
TMhelix
2344 - 2366
outside
2367 - 2600
TMhelix
2601 - 2623
inside
2624 - 2657
TMhelix
2658 - 2680
outside
2681 - 2689
TMhelix
2690 - 2712
inside
2713 - 3123
TMhelix
3124 - 3143
outside
3144 - 3146
TMhelix
3147 - 3169
inside
3170 - 3177
TMhelix
3178 - 3197
outside
3198 - 3216
TMhelix
3217 - 3239
inside
3240 - 3245
TMhelix
3246 - 3265
outside
3266 - 3284
TMhelix
3285 - 3307
inside
3308 - 3313
TMhelix
3314 - 3336
outside
3337 - 6598
Population Genetic Test Statistics
Pi
0.2349543
Theta
0.4556939
Tajima's D
-1.7434367
CLR
7.488893
Interpretation
No evidence of Selection
Genomic alignment in the CDS region
Multiple alignment of Orthologues
Orthologous in Strains
| Strain | Availability | Status | Gene |
|---|---|---|---|
| CHINA_HS_2019_MN908947 | |||
| CHINA_AVIAN_2008_NC_016995 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016991 | |||
| CHINA_MURINE_2015_NC_035191 | |||
| CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 | |||
| USA_PIG_2000_NC_038861 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_011549 | |||
| ITALY_PIG_2009_NC_028806 | |||
| GERMANY_PIG_2012_LT545990 | |||
| CHINA_AVIAN_2007_NC_016992 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_009657 | |||
| CANADA_HS_2003_NC_004718 | |||
| CHINA_BAT_2014_NC_030886 | |||
| CHINA_BAT_2005_NC_018871 | |||
| USA_MURINE_2009_NC_012936 | |||
| CHINA_RABBIT_2006_NC_017083 | |||
| UK_PIG_2000_NC_003436 | |||
| ROMANIA_PIG_2015_LT898435 | |||
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