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Strain
EUROPE_MURINE_2004_AY700211 (Region: Europe;  Strain: Murine hepatitis virus strain A59, complete genome.;  Date: 2004)
Gene
replicative polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  replicative polyprotein 1ab
Location
AY700211(+):211-21746
GenBank Accession
AAU06353.1
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGAATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAATGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATTTTTGTAGATGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGACTAATTTGGGTGTGCTTCCCAAAACAGCTGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCACCTTTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCACTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGCGATCTCACCTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTGGATAGTGAAGTCCTTGTGGCTTGGCACGTTGATCGAGATCCTCGGGCTGCTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTTGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTCGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTCTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGCGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGTCCAGGGTGTACCAAAAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGATACAGTGAATCGTGAGTCCTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTAGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAAGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTATATGGATTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGAGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAATAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAGAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTGATTAAGAGTGGTCAAGCTTTCACCTCTATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGACTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTGGCCGTGCGCTTTAAAGCGTTGGGTGTAGCCGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGATTTAGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTGTGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTGTATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTTTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTTCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGAGTTTAACGACAAGCCCAAAGTCAGGAAGATACCCTCCACCCGTAAGATTAAGATCACCTTCGCACTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTTTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGGAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATCGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCGGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGAAGACTCAGCAGTCCTTGTCGCTGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGGGCAGGTTGAGGCGGATTCGGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTAGTCAAGAAGAATTGGCTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTGTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCGTATGCTCAGAGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTCTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAAGTCTATTATCCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTCTTTCTAAGCCAGTGTAGCTTTAAAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAGAGTGTGACATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGGGACGTTGTGTCTCATATGTGCAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGATATACCCTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCACTCTATGGCTGTAGTAGAGGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTGGTTACCAAATTTATTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTTACGGGATGACATTTAGTATGTCTCCTTTTGAACTCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGTTCGCTTAGTTAATGCTGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGTATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTGAAAAGGCGGGCAGTGCTTTTATTAAAGAAACCTCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGAATGCTATGAATCTGCCGGTGGTAAGTTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTAGGGCCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTCTCCCTAACTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTCGTTAACAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGCCCGGGCGGGATTTTTGTATCCAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTCGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGCGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTTACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGATTT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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGKTLVNHVRVNCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVEASTMMALQFGSAVLVKPSKRLSIQAWTNLGVLPKTAAMGLFKRVCLCNTRECSCDAHVAFHLFTVQPDGVCLGNGRFIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPKGKYSCKAYALLKGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWRDSLDSEVLVAWHVDRDPRAAMRLQTLATVRCIDYVGQPTEDVVDGDVVVREPAHLLAANAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCECGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVAGNMMDGFPCPGCTKNYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNRESFKLYGHAVVPFGSAVYWSPCPGMWLPVIWSSVKSYSGLTYTGVVGCKAIVQETDAICRSLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSMMVNFSHEVTDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDIAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEVPELVKNFVDKFKAFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLSAYVMPVGCSEATCLVGEIEPAVFEDDVVDVVKAPLTYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVEFNDKPKVRKIPSTRKIKITFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAGDYVYLFDEGGDEVIAPRMYCSFSAPDDEDCVAADVVDADENQDDDAEDSAVLVADTQEEDGVAKGQVEADSEICVAHTGSQEELAEPDAVGSQTPIASAEETEVGEASDREGIAEAKATVCADAVDACPDQVEAFEIEKVEDSILDELQTELNAPADKTYEDVLAFDAVCSEALSAFYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSVPKSIILPQGGYVADFAYFFLSQCSFKAYANWRCLECDMELKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVEGKQIDGKVVTKFIGDKFDFMVGYGMTFSMSPFELAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVVRLVNAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAEKAGSAFIKETSDMVKAQGVCQVGECYESAGGKLCKKVLNIVGPDARGHGKQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLCRDVKFVTNACSSLFSESCFVSSYDVLQEVEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGGIFVSSQGKKFGYVQNGSFKEASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIYKGKVFFQYSDLSEADLVAVKDAFGFDEPQLLKYYTMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLSLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSIDFMRVVLREADLSGATCNLEFVCKCGVKQEQRKGVDAVMHFGTLDKGDLVRGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGRKLPDDVVAANIFTGGSVGHYTHVKCKPKYQLYDACNVNKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTFYLDDVKCVEYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVDGVYTNFKLVGHSIAEKLNAKLGFDCNSPFVEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYLSGCITFGKPVVWLGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKGPVPAAVLVTGVPGADASAGAGIAKEQKACASASVEDQVVTEVRQEPSVSAADVKEVKLNGVKKPVKVEGSVVVNDPTSETKVVKSLSIVDVYDMFLTGCKYVVWTANELSRLVNSPTVREYVKWGMGKIVTPAKLLLLRDEKQEFVAPKVVKAKAIACYCAVKWFLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGPLPTFVGQIVAWFKTTFGVSTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDNYDAINVVQHVVDRRLSFDYISLFKLVVELVIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCNSWKPGNTFITHEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVTEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVNASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLGAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSRTMFDLYVDSLLNVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFIGCARRKCAIDSDVETKSITKSVMSAVNAGVDFTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQANVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRMLQWLFVANLICFIVLWALMPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLAYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTTVLRYGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTGGVMHNASLYSSLAPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNRSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVRPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCIIYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSGRMSLTVMSYQMQGCQLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVTLRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAIFNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLVAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGILSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQFIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVIAANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIKQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNRIRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNANRAGIGLYYKVNCCRFQRVDEDGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKECYELTKECGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCSTLKEILLTYAECEESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADALVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVKTVPGCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFVNGTYREFDLVQYDFTDFKLELFTKYFKHWSMTYHPNTCECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSEFASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKMDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVLQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTNNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQENYTSIRFASVYSVPETFQNNVPNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKAKNDNSSMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKFLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDFVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLFESLNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSRSYVGYHPAHAPSFLAVDDKYKVGGDLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHAIRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAAARAPPGEQFKHLIPLMSRGQKWDVVRIRIVQMLSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGREVVCSVCTKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDPICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKSVNWNLEYPIISNEVSVNTSCRLLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLNKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTSPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAKRSIRPHPELKLFRNLNIDVCWSHVLWDYAKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSDVEFWFAVRKDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRLLSSFTPRSEMEKDFMDLDDDVFIAKYSLQDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRQQKSNLVIQEFVTYDSSIHSYFITDENSGSSKSVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLKCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPLERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLSTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPAGSILVDNDVNPFVSDSVASYYGNCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFTYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNKTRTEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMSKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Q66WN6  
Pubmed
15709029    16341254   
EMBL
AY700211    AAU06353.1   
Proteomes
UP000113498   
Pfam
PF05409   Peptidase_C30
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF08716   nsp7
PF13087   AAA_12
PF16251   NAR
PF11963   DUF3477
PF08717   nsp8
PF06478   Corona_RPol_N
PF06460   NSP16
PF01831   Peptidase_C16
PF09401   NSP10
PF08710   nsp9
PF00680   RdRP_1
PF08715   Viral_protease
PF16348   Corona_NSP4_C
Interpro
IPR037227   EndoU-like
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204   NSP7_sf
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR014828   NSP7
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR042515   Nsp15_N
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR027352   CV_ZBD
IPR008740   Peptidase_C30
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR009466   NSP11
IPR036333   NSP10_sf
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR002589   Macro_dom
IPR032592   NAR_dom
IPR014827   Viral_protease
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR037230   NSP8_sf
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR038083   R1a/1ab
SUPFAM
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF159936   SSF159936
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367
SSF144246   SSF144246
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
Gene 3D
1.10.150.420     1.10.8.370     2.20.25.360     2.40.10.250     2.40.10.290     3.10.20.350    
ProteinModelPortal
Q66WN6  
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3404

Ontologies

GO
GO:0003723  F:RNA binding
 GO:0003724  F:RNA helicase activity
 GO:0005524  F:ATP binding
 GO:0008242  F:omega peptidase activity
 GO:0033644  C:host cell membrane
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
 GO:0019082  P:viral protein processing
 GO:0032259  P:methylation
 GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
 GO:0006351  P:transcription, DNA-templated
 GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
 GO:0039694  P:viral RNA genome replication
 GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
 GO:0008270  F:zinc ion binding
 GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
 GO:0008168  F:methyltransferase activity
 GO:0044165  C:host cell endoplasmic reticulum

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7178
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
348.313699999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00035
Total prob of N-in:
0.00053
outside
1  -  2279
TMhelix
2280  -  2302
inside
2303  -  2400
TMhelix
2401  -  2423
outside
2424  -  2437
TMhelix
2438  -  2460
inside
2461  -  2845
TMhelix
2846  -  2868
outside
2869  -  3115
TMhelix
3116  -  3138
inside
3139  -  3149
TMhelix
3150  -  3172
outside
3173  -  3207
TMhelix
3208  -  3230
inside
3231  -  3646
TMhelix
3647  -  3669
outside
3670  -  3672
TMhelix
3673  -  3695
inside
3696  -  3699
TMhelix
3700  -  3722
outside
3723  -  3741
TMhelix
3742  -  3764
inside
3765  -  3770
TMhelix
3771  -  3792
outside
3793  -  3806
TMhelix
3807  -  3829
inside
3830  -  3841
TMhelix
3842  -  3864
outside
3865  -  7178
 
 

Population Genetic Test Statistics

Pi
0.360005
Theta
0.4795205
Tajima's D
-1.0172832
CLR
3.844514
Interpretation
No evidence of Selection

Genomic alignment in the CDS region

 
 

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806    
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657    
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936 Protein
Protein
 YP_003029844.1
YP_003029845.1
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436    
ROMANIA_PIG_2015_LT898435    
ROMANIA_PIG_2015_LT898436    
GERMANY_PIG_2015_LT898444    
GERMANY_PIG_2015_LT898414    
GERMANY_PIG_2015_LT898439    
GERMANY_PIG_2015_LT898413    
GERMANY_PIG_2015_LT898412    
GERMANY_PIG_2015_LT898411    
GERMANY_PIG_2015_LT898416    
GERMANY_PIG_2015_LT898443    
GERMANY_PIG_2015_LT898420    
GERMANY_PIG_2015_LT898408    
GERMANY_PIG_2015_LT898423    
GERMANY_PIG_2015_LT898432    
GERMANY_PIG_2015_LT898409    
GERMANY_PIG_2015_LT898425    
GERMANY_PIG_2015_LT898446    
GERMANY_PIG_2014_LT898438    
GERMANY_PIG_2014_LT898440    
GERMANY_PIG_2014_LT900501    
GERMANY_PIG_2014_LT898427    
GERMANY_PIG_2014_LT898415    
GERMANY_PIG_2014_LT898421    
GERMANY_PIG_2014_LT898431    
GERMANY_PIG_2014_LT898410    
GERMANY_PIG_2014_LT900498    
GERMANY_PIG_2014_LT898430    
GERMANY_PIG_1978_LT897799    
GERMANY_PIG_2014_LT898447    
GERMANY_PIG_2014_LT898426    
GERMANY_PIG_2014_LT898417    
GERMANY_PIG_2014_LT900500    
GERMANY_PIG_2014_LT898445    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433    
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502    
GERMANY_PIG_2015_LT900499    
BELGIUM_PIG_1980_LT906620    
BELGIUM_PIG_1977_LT905450    
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451    
BELGIUM_PIG_1978_LT906581    
UK_PIG_1987_LT906582    
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211 Protein
Protein
 AAU06353.1
AAU06352.1
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
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