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Strain
USA_MURINE_2009_NC_012936 (Region: USA;  Strain: Rat coronavirus Parker, complete genome.;  Date: 2009)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  orf1a polyprotein
Location
NC_012936(+):183-13577
GenBank Accession
YP_003029845.1
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAGAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATCTTTGTAGATAAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGATTATGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAATTTGGGTGTGCTGCCTAGAACACCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGGGTGTTCTTGTGACGTCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACCGTTCAACCCGATGGCGTATGCCTAGGTAATGGACGTTTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAGCCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAGGGGTCTGTGACATCCGGCCACCGCCGTGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTGGAGGATGCTTGCGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCTCGCAAGGCGTATACTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAACCCATCCTTTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGTGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTATTCCCTGTGTGGCGTGAATCCTTAGATAATGAAGTAGTTGTGGCCTGGCATGTTGATCGTGACCCGCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTCTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACAGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTAGCAGCTGATGCCCTTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGATTGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGCTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGCGGATGGGTACCGGGCAATATGCTGGATGGTTTTCCTTGCCCAGGGTGTAGCAAAAGTTACATGCCATGGGAACTGGAAGCTCAATCATCAGGTGTAATCCCAGAAGGAGGTGTTCTGTTTACTCAGAGCACTGATACGGTGAATCGTGAGGCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTACCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAGTTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAGGAGACAGATGCTATATGCCGGTCTCTATATATGGACTACGTTCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGATCAGAGAGCTACTCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAATTGCTTGTAAATAGAGGTGACTATAGTCTCCTACTTGAAAATGTAGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTTGCCACCTGCGGAGATGGTTTTGTACCTCTTCTGCTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGCCAGGCCTACACCTCGATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGTTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTCGCAGTGGCCAATGGTGTCATAACATTTGTTCAGGAGGCTCCTGAGCTAGTCAAGAATTTTGTTGCCAAGTTCAGGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTGGCTGGCAGTAAGGTTTATGAGGTTGTGCAGAAGTCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTTGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGGTGTGGTTAAGACCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTAGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCCGTGGTTGTTGATAACGACACTGTCGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGATTCCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTTAGTCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTCGCAGCAGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATGCACAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGAGGTGGATTCTGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTGGTCAAGATGAATTGACTGAGCCAGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGAAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGATTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATCGAAGAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCAGACAGGACCTATGAGGATGTTTTGGCATTTGATGCCATATACTCAAAGGCTTTGTCTGCAGTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCCACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGATAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAGGTCGATTATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTACTTTTTAAGTCAGTGTAGCTTTAAAGCTCATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGACATGGCGTCAAAGCTGCAAGGTTTGGATGCCATGTTCTTTTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAGTGGCATGACCTTGTTGTCTGCGGATATACCGTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCGAGAAAGGTTTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCTAATTGATGGTAAGAACGTTACCAAATTTACTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGGATGACATTTAGTATGTCACCCTTTGAGACCGCCCAGTTATACGGTTCATGTATAACGCCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGCTCGCTTGGTTGAGGCCGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCGGCGGGCAAGTTTTTTATTAAAGAAACTGCCGATATGGTGAAGAATCAAGGTGTTTGTCTAGTTGGCGAATGCTATGAATCTGCTGGTGGTAAATTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTGGGACCAGATGCTCGAGGGCAAGGTAGGCAATGTTACTCACTCCTAGAGCGTGCATATCAGCATATTAATAAGTGTGATAATGTTGTTACCACTCTAATATCGGCTGGCATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTGACTTATTTACTTGGTGTTGTGACTAAGAATGTTATTCTTGTTAGCAACAACAAAGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGCCAAGTTACTTCTGTGGCTGGTACTAAAGCACTGTCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGTCGTGATGTAAAGTTTGAGACGAATGCATGTGATACGCTTTTTGGCGCGTCCTGCTTCGTGGCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAATTGCTGCGACATGATATACAGTTGGATGATGACGCACGTGTTTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGCCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAACTTGATGTTGTGGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAGTGTCCGGGAGAGATTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTTATTTAAAGTGGCGAGTGTTAGTCAAATACGGGCTCTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGCACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAACAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGGTCTGTCTGA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Protein
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Summary

Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
C6GHR9  
EMBL
FJ938068    ACT11038.1   
Proteomes
UP000173347   
Pfam
PF11963   DUF3477
PF08715   Viral_protease
PF16251   NAR
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08717   nsp8
PF01831   Peptidase_C16
PF05409   Peptidase_C30
PF08716   nsp7
PF09401   NSP10
PF08710   nsp9
PF01661   Macro
Interpro
IPR014829   NSP8
IPR037204   NSP7_sf
IPR014827   Viral_protease
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR036499   NSP9_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR014828   NSP7
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR002589   Macro_dom
IPR032592   NAR_dom
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333   NSP10_sf
IPR038083   R1a/1ab
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR014822   NSP9
IPR008740   Peptidase_C30
SUPFAM
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF144246   SSF144246
SSF159936   SSF159936
SSF53335   SSF53335
SSF140367   SSF140367
Gene 3D
1.10.150.420     1.10.8.370     2.40.10.250     2.40.10.290     3.10.20.350    
ProteinModelPortal
C6GHR9  
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3404

Ontologies

KEGG
vg:11273166    
GO
GO:0033644  C:host cell membrane
 GO:0008242  F:omega peptidase activity
 GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
 GO:0003723  F:RNA binding
 GO:0019079  P:viral genome replication
 GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
 GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
 GO:0019082  P:viral protein processing
 GO:0008270  F:zinc ion binding

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
4464
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.733459999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00093
outside
1  -  2278
TMhelix
2279  -  2301
inside
2302  -  2389
TMhelix
2390  -  2412
outside
2413  -  2431
TMhelix
2432  -  2454
inside
2455  -  2839
TMhelix
2840  -  2862
outside
2863  -  3109
TMhelix
3110  -  3132
inside
3133  -  3143
TMhelix
3144  -  3166
outside
3167  -  3201
TMhelix
3202  -  3224
inside
3225  -  3640
TMhelix
3641  -  3663
outside
3664  -  3666
TMhelix
3667  -  3689
inside
3690  -  3693
TMhelix
3694  -  3716
outside
3717  -  3735
TMhelix
3736  -  3758
inside
3759  -  3764
TMhelix
3765  -  3786
outside
3787  -  3800
TMhelix
3801  -  3823
inside
3824  -  3835
TMhelix
3836  -  3858
outside
3859  -  4464
 
 

Population Genetic Test Statistics

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806    
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657    
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936 Protein
Protein
 YP_003029844.1
YP_003029845.1
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436    
ROMANIA_PIG_2015_LT898435    
ROMANIA_PIG_2015_LT898436    
GERMANY_PIG_2015_LT898444    
GERMANY_PIG_2015_LT898414    
GERMANY_PIG_2015_LT898439    
GERMANY_PIG_2015_LT898413    
GERMANY_PIG_2015_LT898412    
GERMANY_PIG_2015_LT898411    
GERMANY_PIG_2015_LT898416    
GERMANY_PIG_2015_LT898443    
GERMANY_PIG_2015_LT898420    
GERMANY_PIG_2015_LT898408    
GERMANY_PIG_2015_LT898423    
GERMANY_PIG_2015_LT898432    
GERMANY_PIG_2015_LT898409    
GERMANY_PIG_2015_LT898425    
GERMANY_PIG_2015_LT898446    
GERMANY_PIG_2014_LT898438    
GERMANY_PIG_2014_LT898440    
GERMANY_PIG_2014_LT900501    
GERMANY_PIG_2014_LT898427    
GERMANY_PIG_2014_LT898415    
GERMANY_PIG_2014_LT898421    
GERMANY_PIG_2014_LT898431    
GERMANY_PIG_2014_LT898410    
GERMANY_PIG_2014_LT900498    
GERMANY_PIG_2014_LT898430    
GERMANY_PIG_1978_LT897799    
GERMANY_PIG_2014_LT898447    
GERMANY_PIG_2014_LT898426    
GERMANY_PIG_2014_LT898417    
GERMANY_PIG_2014_LT900500    
GERMANY_PIG_2014_LT898445    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433    
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502    
GERMANY_PIG_2015_LT900499    
BELGIUM_PIG_1980_LT906620    
BELGIUM_PIG_1977_LT905450    
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451    
BELGIUM_PIG_1978_LT906581    
UK_PIG_1987_LT906582    
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211 Protein
Protein
 AAU06353.1
AAU06352.1
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
USA_MURINE_1997_NC_001846 Protein
Protein
 NP_045298.1
NP_045299.1
USA_MURINE_1998_NC_023760    
MID_EAST_HS_2012_NC_019843    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016993    
CHINA_MURINE_2013_NC_032730    
USA_HS_2004_AY585228    
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831    
CHINA_HS_2004_NC_006577    
EUROPE_HS_2000_NC_002645    
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292    
JAPAN_FERRET_2013_LC119077    
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CHINA_MURINE_2011_NC_034972    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016996    
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011547    
CHINA_BAT_2012_NC_028824    
CHINA_BAT_2013_NC_028814    
CHINA_BAT_2013_NC_028833    
CHINA_BAT_2011_NC_028811    
USA_BOVIN_2001_NC_003045    
CHINA_MURINE_2012_NC_026011    
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GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207    
UK_HS_2012_NC_038294    
AMERICA_WHALE_2007_NC_010646    
CHINA_BAT_2013_NC_025217    
UGANDA_BAT_2013_NC_034440    
CHINA_BAT_2006_NC_009021    
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CHINA_BAT_2006_NC_009020    
CHINA_BAT_2006_NC_009019    
CHINA_BAT_2006_NC_009988    
USA_BAT_2006_NC_022103    
BULGARIA_BAT_2008_NC_014470    
CHINA_BAT_2008_NC_010437    
USA_AVIAN_2004_NC_001451    
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