Strain

JAPAN_FERRET_2013_LC119077 (Region: Japan; Strain: Ferret coronavirus genomic RNA, complete genome, strain: FRCoV4370.; Date: 2013)

Gene

ORF1b polyprotein

Description

Annotated in NCBI, ORF1b polyprotein

Location

LC119077(+):12393-20222

GenBank Accession

BAV31348.1

CDS

ATGGACCATGAGCAAGTCTGTTACAACGCTTTGAAACATTCAGGAGCTGTGGCCTCACATATGTTCTTTGAATATAATGAAGGCAGGTCAGTCTTTGGCAATGTTTGTCGACAGAATCTTACAAAGTACACTATGATGGATTTGTGTTACGCTTTACGTAACTTTGATGAGAAAAATTGTGATGTTTTGAAAGAAATTCTGGTCTTGACTGGTTGTTGTGATAGTAGCTATTTTGATAATCCTGATTGGTATGACCCTGTTGAGAATGAGGCTATACATGTTGTCTATGCAAAATTAGGCCGTGTAGTCTCTAATGCTATGCTTAAATGCGTTGCACTTTGTGACGCCATGGTAGAAAAAGGTCTTATAGGTGTTTTAACCCTTGATAATCAGGATCTTAATGGCAACTTCTATGATTTTGGTGATTTCGTATTCACTGTCGAAGGTTATGGTTGTGCATGTGTCACTTCTTACTATTCTTACATGATGCCTATTATGGGAATGACTTCATGTTTAGAGTCTGAAAATTTTGTGAAGAGTGACATCTATGGTTCTGATTATAAGCAGTTTGATTTGTTAGCCTATGACTTTACGGCACATAAGGAGATGTTGTTTGAAAAGTACTTTAAATACTGGGACAGGCCTTATCATCCAAACTGTTCTGAATGCATAGACGATGCGTGTATTTTGCATTGTGCAAACTTTAACACATTGTTCTCCACAACAATACCTGTAACAGCATTTGGACCACTTGTCAGGAAAGTTTTTATTGATGGAGTTCCAGTAGTTGTTACGGCCGGTTACCATTTTAAACAATTAGGTTTAGTGTGGAATAAAGACGTCAATGTTAGCAACCAGAAATTGTCCATGAATGACCTTTTACGGTTTGTCACAGACCCAGCTCTGCTAGTGGCGTCAAGCCCTGCATTGCTAGACCAAAGAACTGTCTGTTTCTCTGTTGCTGCTTTGGGTACGGGTGTGACATACCAAACTGTTAAACCAGGTCATTTTAATAAGGATTTTTACGATTTTGTTGTTGCAAGAGGCTTCTTTGCTGAGGGCTGTGAACTTACTTTGAAGCATTACTTTTTCGCCCAGGGAGGTGAAGCTGCTATAACTGACTTCAACTATTATCGTTACAATAAGACCACCGTTCTTGATATATGTCAAGCACAATTAGTATTTCAGTTGGTTAATAAATACTTTGATTGTTATGATGGTGGTTGCATCACAGCCCGTGAGGTTGTAGTTACTAATTATGACAAAAGTGCAGGTTACCCTCTTAATAAGTTTGGCAAGGCTAGACTGTATTATGAAACACTTTCCTATGAAGAGCAGGATGAGTTGTTTGCTACAACAAAGCGTAATGTCTTACCTACTATGACGCAAATGAACCTTAAGTACGCCATCTCAGGTAAGGCACGTGCTCGCACTGTGGGTGGTGTGTCACTTTTGTCAACTATGACCACAAGACAGTATCATCAGAAACACTTAAAGTCTATTGCTGCCATGCGTAACGCTACAGTTGTCATTGGTACAACTAAGTTTTACGGCGGATGGGACGATATGTTAAAGAATTTGATGCGTGACGTCGATAACGGCTGTCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGACCGTGCGTTGCCCAACATGATCCGGATGGCGTCTGCCATGGTTTTAGGATCAAAACATGTTGGTTGCTGCACACATAGTGACAGATTTTATCGGTTGGCCAATGAGTTGGCACAAGTCCTCACGGAAGTTGTACATTGCACTGGTGGATTTTATCTAAAACCAGGTGGCACTACTTCTGGTGATGGTACAACGGCTTATGCCAATTCTGCCTTTAACATATTCCAGGCGGTGTCTGCTAATGTTAATAGACTTTTAAGTGTGGACTCCAACACATGTAACAATCACAATGTTAAATCTTTACAACGCAAGATTTACGATACCTGTTACAGATCTAGTGTTGTTGACCCATCACTTGTAGATGAGTACTACGCATATTTGCGTAAGCATTTCTCAATGATGATTCTATCTGATGATGGCGTTGTTTGCTACAATAAGGAGTATGCTGATTTGGGTTATGTCGCAGACATAAGTGCTTTTAAATCGGTTCTTTATTATCAAAACAACGTTTTCATGTCTTCCGCTAAATGTTGGGTTGAACCTGACCTTAGTGTCGGACCACACGAATTCTGTTCTCAACATACCATGCAAATAACGACTCCAGAAGGTAATTATTATCTACCGTATCCAGACCCTTCTAGAATTTTGAGTGCGGGTGTTTTTGTTGATGACATTGTCAAAACTGACAATGTTATTATGTTAGAACGTTATGTAAGTTTGGCTATTGATGCATACCCATTGACAAAGCATCCTAAGCCTATTTACCAAAAGGTTTTCTACACGCTGCTAGAATGGGTTAAGCATTTACAAAAGACGCTAAATGCTGGTATACTGGATTCTTTCTCTGTCACAATGTTAGAAGAAGGGCAAGATAAGTTTTGGAGTGAGGAGTTTTATGCTAACTTGTATGAAAAATCCACAGTTTTACAAGCTGCAGGTATGTGTGTGGTGTGTGGTTCACAAACTGTTCTACGCTGTGGTGATTGCCTACGAAGGCCTTTATTGTGTACTAAGTGCGCTTATGACCATGTTATGGGAACAAAGCATCACTTTATAATGTCACTCACTCCTTATGTTTGTAGCTACAATGGTTGCAATGTTAACGATGTTAGAAAACTGTACCTAGGTGGACTTAACTACTATTGTATAGATCATAAACCGCAGTTGGCATTCCCATTATGTGCTAACGGTAACGTTTTTGGTTTGTACAAGAGTTCAGCAATTGGTTCAGCTGATGTGGAAGATTTTAATCGTTTGTCTATGTCTGATTGGTCTAACGTTGAAGACTACAGGTTGGCTAATAATGTTAAAGAGTCTTTGAAATTATATGCAGCTGAAACAATTAAGGCTACAGAAGAATCTGTTAAGTCGCAATATGCATGTGCTGTACTTAAAGAAATTGTAGGCCCTAAGGAAATTGTCTTACAATGGGAGGCCTCAAAGGTTAAGCCACCACTTAATAGAAACTCAGTTTTTACTTGTTACCAAATTCTAAAGGATTCTAAGATTCAATTAGGTGAGTTTGTGTTCGAACAGTCTGAGTACGGTGGCGACTCTGTCTATTATAAGAGTACTTCTACAACTAAGTTAGTACCAGGCATGTTGTTTGTTTTAACTTCTCATAATGTTGGTAGCCTCAAGGCACCTGTTTTAGTGAACCAAGAGAAGTACAGCACCATTTCTAAGTTGTACCCTGCTTTTAATGTACATGAAGATTATGCTACTTTAGTGCCTTACTACCAAATGATAGGAAAGCAAAAGTACACAACTATACAGGGTCCTCCTGGTTCTGGCAAGTCACACTGTGTCATCGGGCTGGGTCTTTATTACCCTGGAGCACGCATTGTTTACACAGCGTGCTCACATGCTGCGGTAGATTCCTTGTGTGAAAAAGCTTCTAAAAATTTTAACATTGATAAGTGCTCACGTGTAGTGCCTATGCGCGCAAGAGTTGAGTGTTATAATGGTTTTAAGCCTAACAATAATGCAGCACAATACCTTTTTAGTACTGTTAATGCATTACCGGAGTGCAGCTGTGATATTGTTGTAGTTGATGAAGTCTCAATGTGTACTAATTATGAGCTTAGTGTTATTAACAGCCGTGTTAGTTATAAACACATTGTGTATGTTGGAGATCCCCAACAACTACCAGCACCACGTACACTCATTAATAAAGGTGTGTTAAAACCACAGGATTATAACGTTATAACACAGCGGATGTGTACGCTAGGTCCAGATGTTTTTCTACATAAGTGCTATAGATGTCCAGCTGAAATTGTTAACACTGTGTCTGCTTTAGTTTATGAGAATAAGTTTAAACCTGTTAAAGGCGATTCTAAGCAATGCTTTAAAATGTATGTCAGAGGTAACGTTCAGATTGATAATGGTTCCTCTGTCAATAGAAAGCAGCTTGAAGTCATAAAATCCTTTTTGGCTAAAAATCCTAAATGGAAAAACGCTACTTTCATCTCACCTTATAACAGCCAAAATTATGTGGCTAGAAGATTGTTGGGTTTGCAGACACAGACTGTTGATTCTGCACAAGGTAGTGAGTATGACTATGTCATATATGCACAAACCTCAGACACAGCACACGCAGTTAACATAAATAGGTTTAATGTTGCCATCACTCGTGCTAAAGTCGGTCTACTGTGTGTTATGTGTGACAAGCCAATGTATGACAATCTTAATTTTTATGAAATTACTGCTGTTAACTTGCAAAGTAAAGGAGAAGGTTGTGGTTTGTTTAAGGATTGTTCAAAGATTGAACATTACATACCACCAGCGTATGCCACAACATACATTAGTTTGTCGGATTCTTTTAAAACTAGTGATGGTTTTGCTGTGAATGTAGGCACAAAACCTGTAACATATGCGTCTGTCATATCGTATATGGGATTTAGGTTTGATGCTAACATTCCTGGCTATCATACAATGTTTTGCACAAGAGACTTTGCTATGCGCAACGTTAGAGCTTGGTTGGGTTTTGATGTGGAAGGTGCTCACGTTTGTGGTGATAATGTAGGTACTAATGTGCCGCTTCAGCTGGGATTCTCTAATGGTGTCGATTTTATTGTACAACCTGAAGGTTGTGTTGTTACGGAGAATGGCAATGACATACGTCCTGTCAAGTCAAGGGCTCCACCTGGCGAACAGTTTGCACACCTTATACCGTTGCTGCGTAAAGGTCAAGCATGGAGCATTGTCAGACGTCGTATAGTCCAGATGGTTTGTGACTATTTTGATGGTTTGTCTGACATAGTAATTTTTGTACTGTGGGCCGGTGGTTTGGAGCTTACAACAATGAGGTATTTTGTTAAGATTGGCGAACAACGTAAATGTGAATGTGGTATCATTGCAGCTTGCTA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Protein

MDHEQVCYNALKHSGAVASHMFFEYNEGRSVFGNVCRQNLTKYTMMDLCYALRNFDEKNCDVLKEILVLTGCCDSSYFDNPDWYDPVENEAIHVVYAKLGRVVSNAMLKCVALCDAMVEKGLIGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVFTVEGYGCACVTSYYSYMMPIMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQFDLLAYDFTAHKEMLFEKYFKYWDRPYHPNCSECIDDACILHCANFNTLFSTTIPVTAFGPLVRKVFIDGVPVVVTAGYHFKQLGLVWNKDVNVSNQKLSMNDLLRFVTDPALLVASSPALLDQRTVCFSVAALGTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFVVARGFFAEGCELTLKHYFFAQGGEAAITDFNYYRYNKTTVLDICQAQLVFQLVNKYFDCYDGGCITAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDELFATTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAAMRNATVVIGTTKFYGGWDDMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHVGCCTHSDRFYRLANELAQVLTEVVHCTGGFYLKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNRLLSVDSNTCNNHNVKSLQRKIYDTCYRSSVVDPSLVDEYYAYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKEYADLGYVADISAFKSVLYYQNNVFMSSAKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTMQITTPEGNYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPIYQKVFYTLLEWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYANLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHHFIMSLTPYVCSYNGCNVNDVRKLYLGGLNYYCIDHKPQLAFPLCANGNVFGLYKSSAIGSADVEDFNRLSMSDWSNVEDYRLANNVKESLKLYAAETIKATEESVKSQYACAVLKEIVGPKEIVLQWEASKVKPPLNRNSVFTCYQILKDSKIQLGEFVFEQSEYGGDSVYYKSTSTTKLVPGMLFVLTSHNVGSLKAPVLVNQEKYSTISKLYPAFNVHEDYATLVPYYQMIGKQKYTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVYTACSHAAVDSLCEKASKNFNIDKCSRVVPMRARVECYNGFKPNNNAAQYLFSTVNALPECSCDIVVVDEVSMCTNYELSVINSRVSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGVLKPQDYNVITQRMCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSALVYENKFKPVKGDSKQCFKMYVRGNVQIDNGSSVNRKQLEVIKSFLAKNPKWKNATFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYAQTSDTAHAVNINRFNVAITRAKVGLLCVMCDKPMYDNLNFYEITAVNLQSKGEGCGLFKDCSKIEHYIPPAYATTYISLSDSFKTSDGFAVNVGTKPVTYASVISYMGFRFDANIPGYHTMFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFIVQPEGCVVTENGNDIRPVKSRAPPGEQFAHLIPLLRKGQAWSIVRRRIVQMVCDYFDGLSDIVIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGEQRKCECGIIAACYNSTQCTYHCMRHALGCDYLYNPFCIDIQQWGYTGSLSMNHHEICNVHKNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSITYPFIDNEEAINKAGRFVQSHVVRAAINVLNPSSIHDVGNPKGIRCVTTSLPWFCYDKDPINSNVRCLEYDFITHGQMPGLMLFWNCNVDMYPEQSVVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYFDDSTCDIIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRKYVEEYNMFVQAGFNIWCPPNFDTYTLWHSFVNKKALQSLENIAFNVVKKGAFTGLTGDLPTAVVADKIMVREGPTDRTLFVNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYESNCPFSNFTKDVCGYTDLEEDVVVCYDNSIVGSYERFTMCKDGVLISNSAIKGLSPIMLNFGYLNDLPVSTVGNKPVKWYIYVRQNNTYVEQLDGFYSQGRTFSTFKPRSKMEEDFLALDTTTFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTVGGMHLLISQIRLANMGLFSVQDFMLNSDSTLKSCCITYADDPSSKSVCTYMDILLDDFVIIVKSLDLSVVSKVVDVVIDCKVWRWMLWCENASIKTFYPQLQSAEWKPGYSMPNLYKIQRMCLERCNLYNYGASLQLPDGITTNVIKYTQLCQYLNTTSMCVPHKMRVLHLGAGSHDGVAPGTSVLRRWLPDDAILVDNDVRDYVSDADFSITGDCTTMYLEDKFDLLISDMYDGNTKTTVDGNNVSKDGFFPYVNGFIKEKLSLGGTVAIKLTEFSWNKELYELIQRFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGEFSENLVVDGNVMHANYIFWRNSTIMALSYYSVFDLTKFKCKFNNALVVSLKEGDINVMVKGLIKGGKLLVRNNGKLLNFGNHLVNV

Uniprot

A0A1B4X976

EMBL

LC119077 BAV31348.1

Proteomes

UP000272061

Pfam

PF06471   NSP11
PF01443   Viral_helicase1
PF06460   NSP16
PF06478   Corona_RPol_N

Interpro

IPR009466   NSP11
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR037227   EndoU-like
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR042515   Nsp15_N
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR027352   CV_ZBD

SUPFAM

SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335

Gene 3D

2.20.25.360

ProteinModelPortal

A0A1B4X976

PDB

6NUS E-value=0, Score=3005

Ontologies

GO

GO:0003723  F:RNA binding
GO:0008270  F:zinc ion binding
GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524  F:ATP binding
GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168  F:methyltransferase activity
GO:0006351  P:transcription, DNA-templated

Subcellular Location

From MSLVP

Capsid

Topology

Length:

2609

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

2.61414000000002

Exp number, first 60 AAs:

0.00473

Total prob of N-in:

0.09210

outside

1 - 2609

Population Genetic Test Statistics

Pi

0.3824024

Theta

0.4527386

Tajima's D

-0.5944554

CLR

10.646499

Interpretation

No evidence of Selection

Genomic alignment in the CDS region

Multiple alignment of Orthologues

Orthologous in Strains

Strain	Status	Gene
CHINA_HS_2019_MN908947
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991
CHINA_MURINE_2015_NC_035191
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800
USA_PIG_2000_NC_038861
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549
ITALY_PIG_2009_NC_028806	Protein	YP_009199241.1
GERMANY_PIG_2012_LT545990
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992
CHINA_BAT_2005_NC_009657
CANADA_HS_2003_NC_004718
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CHINA_BAT_2005_NC_018871
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ROMANIA_PIG_2015_LT898436
GERMANY_PIG_2015_LT898444
GERMANY_PIG_2015_LT898414
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GERMANY_PIG_1978_LT897799
GERMANY_PIG_2014_LT898447
GERMANY_PIG_2014_LT898426
GERMANY_PIG_2014_LT898417
GERMANY_PIG_2014_LT900500
GERMANY_PIG_2014_LT898445
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502
GERMANY_PIG_2015_LT900499
BELGIUM_PIG_1980_LT906620
BELGIUM_PIG_1977_LT905450
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451
BELGIUM_PIG_1978_LT906581
UK_PIG_1987_LT906582
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CHINA_PIG_2010_NC_039208
KENYA_BAT_2010_KY073745
KENYA_BAT_2010_NC_032107
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EUROPE_MURINE_2004_AY700211
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550
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USA_MURINE_1998_NC_023760
MID_EAST_HS_2012_NC_019843
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CHINA_MURINE_2013_NC_032730
USA_HS_2004_AY585228
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831
CHINA_HS_2004_NC_006577
EUROPE_HS_2000_NC_002645
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292
JAPAN_FERRET_2013_LC119077	Protein	BAV31348.1
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CHINA_AVIAN_2007_NC_011547
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GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207
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UGANDA_BAT_2013_NC_034440
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CHINA_BAT_2008_NC_010438
CHINA_BAT_2006_NC_009020
CHINA_BAT_2006_NC_009019
CHINA_BAT_2006_NC_009988
USA_BAT_2006_NC_022103
BULGARIA_BAT_2008_NC_014470
CHINA_BAT_2008_NC_010437	Protein Protein	YP_001718603.1 YP_001718604.1
USA_AVIAN_2004_NC_001451

Sequence