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Strain
CHINA_BAT_2008_NC_010437 (Region: Hong Kong;  Strain: Bat coronavirus 1A, complete genome.;  Date: 2008)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  ORF1a polyprotein
Location
NC_010437(+):272-13078
GenBank Accession
YP_001718604.1
 

Sequence

CDS
ATGTCGTCCAACCTTGTGACATTGGCCTTTGCCAGTGATTCGGAGATTTCTGCAGAGGGTTTCTGTGATGTTAGTTCTGCCGTCTACGCTTTTAGCGTGTCCGCAGCTAACGGTTTCACAGATTGCCGTTTTGTAGCCCAAGGCTTAGAACATTGCCTTGTTGGTATTGAAGCTGATGACTACGTCCTGTGTGTAACAGGCGATGTTCAGCTTAAGGCATATATTGCCAAATTCTCGGACCGTCCTCTAAACCTTCGTGGTTGGATCGTCCGTTCTAATTCAAATTACTTTCTTGAAACCATGGATCTGGTTTTTGGCTGTGGTGGTGGCACTTCAATTCCAGTAGATAACTACATGTGTGGTGCCAACGGTAAGCCAGTTTTACCAGAAGATATGTGGTGCTTTTGCGACTATTTTGGTGATGATGGAGATAACATCACTGTAAATGGTCAAGCCTATCATAAGGCATGGAATGTCACTCGTGGTGATGTCCCATACCAGTTTCAGAATGCTAGCACTATTCTTAGCATTGAGTACCTTGCAGACGAAAAACATGTGCTGCCTGATGGTGCTGTTGCTAAGTCTGCTAAACCACCTAAGTTCTCTAAGAACATTGTTCTTTCAGAGAAATACAAAGCACTTTATGATGCTTGTGGCAATCCATTTGTCACTAATGGCACCAATGTCCTTGAGGTTGTAACCAACCCCATTTTTGCGCATGGTTTTGTGCAGTGTAAATGTGGGTCTAAACATTGGACTACTGGTGACTGGGCTGGTTTCAAATCAGTGTGCTGTGGCATACCAGGACGTGTCTTATGCACAGTCTTTGGTGGTGTTGCACCTGGTTCAGTTCTTCTGACATCAACTCGTGTTGATGCCAGCCCTGGTGCTACACGCTACTATCATGGTCTTACACTCAAACACATTTGCAATGTGGATGGTGTTGCATGCTGGCGTGTCACTAAAGTGCAGGGTGTCGAATGTTTTGTAGCTAGTGGTTCTATTGAGGACTGTGTTGGCTCCACTTTCGATACTTGTACATATGACAATTACACTTCATTTGCGAAGGCCTTTAAGTGTGGCATGCTAACTGGCAGCTTTTCTGACAATGTTGTTGCCAGTGTCATTAATGGCACACTTGATGTTGGTCTTGCAGTGCTGGATGTAACTACAGCTGTTACCAAGCCATGGTTTGTGCTGAAGTGTGGTTCACTTCTTGAATCTGCTTGGGATGCACTCATAATGGCCATTAAACAGTTACCTGTTATGGCTAGTGATGTGCTGAAGTTCTTTAACAACCTCACTCAAGTGCTGATTGTTGTTAGAAATGGTGTCATTGACATCATTCATTCTGTGCCAGAGGCTTTTAAGAGCGCCTTTGAGATCTTTAAAGACCTTGTTACAGGTGTGTTTGATCTTGTTGTTGATCACTTTAAGATCGCCAACAAAAAATTCAAGCGTGCTGGTGATTACATCCTTTTTGAAAACGCACTCGCTTGTCTTGTCAGTGGTAAGATTAAGGGTGTTAAACAAGCAGGTCTTAAAAAGCTTCTGTATGCTAAGGCTATTGTTGGTGCTACGGTTAAAGTTACTGTTAATCGTATTGAAAGTGCAACTGTCAAACTCGTTGAGTGTAAGCCATCTAACTTTGTTAAGAAAGGCAGTGCTGTTGTTATTAACAACATTGCATTTTTCCACAGTGATGGTGTTTACAGACTGATGAGTGACAGTGATGAGGTCTATGAAGACATTGCTTTTACTGCTGAAAGTGTGTCCACAGTTAAGAAACCAGTCTTTGATTGTACCAAACCAGTTGACTTTCCTGACATCAGTAGTACTGATGTTGAAGTACTGGTTCGCGAGGTCAGAGCTACTCTTGGTAAATTCTCCAGAGTCTACGACAAGTATAACTGTGTTGTCAAAGATGGAAAATGTGTTGTCACACATAGGTATGTCTTCAATGCACCTAGCTTTGTTGAAGACAAGGCTATATTTGTTGACCTCTGTAAGGATTATGTCGCAGATGTTGGCTTTGAGGCATTTTATGCTAATGCCATTGTTGCCAATAACTCTGATGAGTTTAATCCAGTTTACTCAGCTTTTGAGGTTTTCAAAACCAAAGTTGAGTGCCCTGAAGAATTTATGAATATTGATGGCGGTTCTATTTTTGGAACTTTCATCAATACAGTTAATGATGCTGTGAACTTTGTCAAATCGTTGAAGATAACGGTAACAGCTACTGAAGTCATGATCAACACTGTTAAGCGTTTCAAACGCTTTGCCAGTGCCCTTGCTAAGCTATATAGTGAGTTCATGAACACTGTCAAGAATATCATTTCTATCGGCAGTATCAAATGTTACCACTATGGCTTTGTGAAACCTGTTCTAGTGATCAAAGATATCTTTTACCGCATCTATGATGCTGCTGTAGACACATTCAATGTCGCTGTTGAAGCAGGTCTAAACACAGTTAAGACTTTCAGTGGTGGTGAAAATCCTATCACTTTCTCACGTGTTGAAGTTGCTAGTGTCGAGCTTGAACATGCTGAATATGTCAAGCCCGAAGCTAATGGTCATGTCAGTGTTATCAATGGACACACATTCTATACATGTGGTGACTATTACTACCCTTGTGACCAGAATAATTGCTTCTCACAGTGCTTTAAGAAGGTTGGTGGATCTGCTGTTACATTTTCTGAAAAAGTTGCTGTCAAACAAATTGACCCTGTTTACAAAGTAAAGCTCGTCTTCGAGTTTGAAGATGACACTATCAGTAGTGTTTGTAAGCAGGCAATTGGTAAATACATCTCTTTTGAAGGCAATGACTGGTCCAGCTTTGAGGAAACTATTCATAACGCTATGAATGTTGTTGGTGAATTCGTAGACCTACCTGATTACTTCATCTATGATGAAGAAGGTGGTCATGACTTAACTAACACTGTTATGATTTCTCAATGGCCAGTGTTTGATCCATCAGCACTACAACTTTTAGTTGCTGACTTGGGTGTCAACTGTGATTTCAATGGTAAGTCTTCCATTGAAGAATGCTTGACTTCTGTCTCTGACACTGTTCTTTGCGTGTCATTGGAAAAGTCATGTGACTGTGGCACCTTCAATGCTATAATGGAAGGGTTTGCACTTGATTTCAAACCATGCACTGATAGTGATGTCTGTGATAACTGTGGTGGTTTTTGTACTACTACTGTTTTGAGCATGACTGGTACTGGTTTTGTGCGTTCTTGTGATGAACCATTAATGCCTTTCAATGTTACATTTGAAGGTTATGGTGTTTACAAGAACGTTTGTTTTGTTAATGACACAGTGTTACCTCCTCCTTTTGATGAAGAGATCACACCTATTGAGGAAGACCTAGTAGTAGAAGATGTCATCACAGCTGATGAAGTTGTTGATGTTGAAACTACTGCACAAGTAGAAGAAGTGACTGTTGTTTCAGCTATCGAAGAGGACATTATCAAACCTGAAGAGGTTATTGATGTCTCTTCTGACATTGAAGCTGTTAATCATGCACTTTCCTTCATGAAACCTACAGAAACGAAGTTTGTAGACCCATTCAAGTTTGATTATTATGATCATGAGGGCATTCGTGTACTCAGACAGAATAATAACAATTGTTGGGTCGCTTCTACTTTGGTACAATTGCAACTTTCATGCTTGTTGGATGATGATGACACTATGGCTCTTTTTAAGGCTGGTAGTGTGTCACCATTAGTTCGCAAGTGCTATGATGCAGTTGGAGCTATTGTGGGTAGTCTAGGTGATGCATCTCATTGTTTAGAAGTTCTTTTAAAAGACCTGCATACCATGTTTATCACTTGTGATGCCACTTGTGGTTGTGGTAGCAGTAATTATGAACTTACTGGTTCTGTTTTTAGATTTATGCCTACCAGAGATAGTTTTAGTTATGGTGCTTGTGGTGTTTGTGGTAAAACACTCAAGCTTAAGATTAGAACTATGACTGGTACTGGCTTCTTTTGTCAGGACCCAAAACCTTTTAATACTGCACGTGCTATTGTAAAGCCAGTTTGTGCTAGTATTTATCAGGGTTCTACTACTAGTGGACACTATAAAACCAATGTCTTTGGCAAAAGATTTTGCGTTGATGGTTCTGGTGTTAGCAGCATTTCTAATGGCCATATTAACACGATTCTTTTGAAGGATTGTAACTATGGCATTTCTGCTATTGCTGAACCTAAGCAAGAAAAAGTTGAGCAATTTGTCACACCTGAAGATGTTGGACAAGTTGTCAAACAAAAACCTAAGCCTTTCACTATTTATCGCAATATTGAATTCTACCAAGGCGATGTTTCTGAATTAGTTGGTCTTGACTTTGACTTTATTGTCAATGCAGCCAATGAGAATCTTAAGCATGCTGGTGGAGTTGCAGCTGCGATCGACAAGCTTACTGGCAATGAATTGCAGAGTTTGTCAAATAAGTATGTAAAGACAAATGGTAAAGTCAAAGTTGGTTCTAGTGCCATGATACGTTGTAAGAAATACAGCGTACTTAATGTTGTAGGACCTAGAAAAGGTAAACATGCACCTGATCTTTTGGAAAAGTGTTATAGAACCATTCTTAAAGAGCAAGGTGTTCCTCTCACGCCTCTTATTAGTGTTGGTATATTTGGTATACCTCTTGCAACATCTTTCAATGCTCTATTGAACACGTCCAGTGGTAGAACGGTTAGATGCTTTTGCTACACTGATAAAGAGTGTAATGAGATTAAAACACTTGTTGCTTCGCTTAATGAAGAACAAGTTGCAGCTACTGTTGAAGAAACAGTTGTAGCTGAAGAAAAGCCTATTGCTGACTTAGAAACAGCTGTTGAAAGACCTGCTGAAGAAAAGTCAGTTGAAGCTGAGAAAATAGCTACCGAGGAGGTTAAAGAACCTTTGGTAGCCGAGAAAGTCATTGTTGAGGTAAATGAACCTGTTTTAAAGGTTGCTGGTGTGTCTTATTATAATATTGAAGACAGTTTTGC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Protein
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Summary

Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
B1PHJ4  
Pubmed
18420807   
EMBL
EU420138    ACA52162.1   
Proteomes
UP000100808   
Pfam
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Interpro
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IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
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IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
SUPFAM
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
SSF144246   SSF144246
SSF51126   SSF51126
Gene 3D
1.10.150.420     1.10.8.370     2.40.10.250     2.40.10.290    
ProteinModelPortal
B1PHJ4  
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3005

Ontologies

GO
GO:0019082  P:viral protein processing
 GO:0003723  F:RNA binding
 GO:0033644  C:host cell membrane
 GO:0008242  F:omega peptidase activity
 GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
 GO:0008270  F:zinc ion binding
 GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
 GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
 GO:0019079  P:viral genome replication

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
4268
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
390.17964
Exp number, first 60 AAs:
0.00251
Total prob of N-in:
0.00054
outside
1  -  2119
TMhelix
2120  -  2139
inside
2140  -  2182
TMhelix
2183  -  2205
outside
2206  -  2267
TMhelix
2268  -  2290
inside
2291  -  2678
TMhelix
2679  -  2701
outside
2702  -  2932
TMhelix
2933  -  2955
inside
2956  -  2961
TMhelix
2962  -  2984
outside
2985  -  2987
TMhelix
2988  -  3010
inside
3011  -  3016
TMhelix
3017  -  3039
outside
3040  -  3344
TMhelix
3345  -  3367
inside
3368  -  3454
TMhelix
3455  -  3477
outside
3478  -  3486
TMhelix
3487  -  3506
inside
3507  -  3512
TMhelix
3513  -  3535
outside
3536  -  3549
TMhelix
3550  -  3572
inside
3573  -  3584
TMhelix
3585  -  3607
outside
3608  -  3616
TMhelix
3617  -  3634
inside
3635  -  3646
TMhelix
3647  -  3669
outside
3670  -  4268
 
 

Population Genetic Test Statistics

Genomic alignment in the CDS region

 
 

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806 Protein
 YP_009199241.1
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657    
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936    
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436    
ROMANIA_PIG_2015_LT898435    
ROMANIA_PIG_2015_LT898436    
GERMANY_PIG_2015_LT898444    
GERMANY_PIG_2015_LT898414    
GERMANY_PIG_2015_LT898439    
GERMANY_PIG_2015_LT898413    
GERMANY_PIG_2015_LT898412    
GERMANY_PIG_2015_LT898411    
GERMANY_PIG_2015_LT898416    
GERMANY_PIG_2015_LT898443    
GERMANY_PIG_2015_LT898420    
GERMANY_PIG_2015_LT898408    
GERMANY_PIG_2015_LT898423    
GERMANY_PIG_2015_LT898432    
GERMANY_PIG_2015_LT898409    
GERMANY_PIG_2015_LT898425    
GERMANY_PIG_2015_LT898446    
GERMANY_PIG_2014_LT898438    
GERMANY_PIG_2014_LT898440    
GERMANY_PIG_2014_LT900501    
GERMANY_PIG_2014_LT898427    
GERMANY_PIG_2014_LT898415    
GERMANY_PIG_2014_LT898421    
GERMANY_PIG_2014_LT898431    
GERMANY_PIG_2014_LT898410    
GERMANY_PIG_2014_LT900498    
GERMANY_PIG_2014_LT898430    
GERMANY_PIG_1978_LT897799    
GERMANY_PIG_2014_LT898447    
GERMANY_PIG_2014_LT898426    
GERMANY_PIG_2014_LT898417    
GERMANY_PIG_2014_LT900500    
GERMANY_PIG_2014_LT898445    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433    
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502    
GERMANY_PIG_2015_LT900499    
BELGIUM_PIG_1980_LT906620    
BELGIUM_PIG_1977_LT905450    
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451    
BELGIUM_PIG_1978_LT906581    
UK_PIG_1987_LT906582    
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
USA_MURINE_1997_NC_001846    
USA_MURINE_1998_NC_023760    
MID_EAST_HS_2012_NC_019843    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016993    
CHINA_MURINE_2013_NC_032730    
USA_HS_2004_AY585228    
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831    
CHINA_HS_2004_NC_006577    
EUROPE_HS_2000_NC_002645    
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292    
JAPAN_FERRET_2013_LC119077 Protein
 BAV31348.1
USA_FELINE_2005_NC_002306    
CHINA_MURINE_2011_NC_034972    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016996    
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011547    
CHINA_BAT_2012_NC_028824    
CHINA_BAT_2013_NC_028814    
CHINA_BAT_2013_NC_028833    
CHINA_BAT_2011_NC_028811    
USA_BOVIN_2001_NC_003045    
CHINA_MURINE_2012_NC_026011    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_022643    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207    
UK_HS_2012_NC_038294    
AMERICA_WHALE_2007_NC_010646    
CHINA_BAT_2013_NC_025217    
UGANDA_BAT_2013_NC_034440    
CHINA_BAT_2006_NC_009021    
CHINA_BAT_2008_NC_010438    
CHINA_BAT_2006_NC_009020    
CHINA_BAT_2006_NC_009019    
CHINA_BAT_2006_NC_009988    
USA_BAT_2006_NC_022103    
BULGARIA_BAT_2008_NC_014470    
CHINA_BAT_2008_NC_010437 Protein
Protein
 YP_001718603.1
YP_001718604.1
USA_AVIAN_2004_NC_001451    
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