Strain

JAPAN_FERRET_2013_LC119077 (Region: Japan;  Strain: Ferret coronavirus genomic RNA, complete genome, strain: FRCoV4370.;  Date: 2013)

Gene

non-structural protein 3c

Description

Annotated in NCBI,  non-structural protein 3c

Location

LC119077(+):24585-25328

GenBank Accession

BAV31350.1

Full name

Non-structural protein 3b       + More
Putative non-structural protein 3b      

Alternative Name

Accessory protein 3b
Protein X2
Non-structural protein 3-1
X2b protein

CDS

ATGATTGCTAACTTGCTTGTAGGCCTGTTTTTACAATCTATATCATTTATTAAACAAGATGTTACAATTGTCTCTACAGACACTGTTAACATTTCTAAACCTGTTGCTTCTATTGAGCAACGTGTTGTTTTTAATAGCAAACATGATCGTACTATTCCTGAGTTTAGTATTGCTATCTTGTTTGTTCTCTTTCTGGCTATGTACCGTTGTACGAGCTTTAAGCAGAATGTAGCTATACTTGTTTTTAAGATCGTGGCTATGTGTCTTATTTCACCATTACTTATAATGTACGGTTGTTATATTGATGGTGGTGTAACCATAGTTGTACTTTTAGCAAGGTTTTGCTATTTAAGCTACTTTTGGTTCAGGTTCAAGCGTTTTGAGTTTGTATTTTATAACGTTTCAACTCTGATGTTCGTACACGGTAGAGCTGCACCGTATTTAAGAAGTTCGCACAACACTCATTATGTTACCCTCTATGGAGGCCTTAACTACATGTGTGTTGACGATCTTGCGCTGCACTTTGTGAACCCTATGCTAGTCAATCTAGCTATTAGAGGCTTAGTTCAATTAGATCTTAATGTTGTTAGATCCATAGAACTTCTTAACGGTGATTTTATTTACATATTTTCACCAGAGCCTGTTGTTGGGGTTTACAATGCTGCGTTTGATCATGAAATTGTAAACGAAATTGATTTAAAAGAAAACGTCTATGAAATTCCCGACTCTACTGACAGTGATTGA

Protein

MIANLLVGLFLQSISFIKQDVTIVSTDTVNISKPVASIEQRVVFNSKHDRTIPEFSIAILFVLFLAMYRCTSFKQNVAILVFKIVAMCLISPLLIMYGCYIDGGVTIVVLLARFCYLSYFWFRFKRFEFVFYNVSTLMFVHGRAAPYLRSSHNTHYVTLYGGLNYMCVDDLALHFVNPMLVNLAIRGLVQLDLNVVRSIELLNGDFIYIFSPEPVVGVYNAAFDHEIVNEIDLKENVYEIPDSTDSD

Similarity

Belongs to the coronaviruses NS3b protein family.

Keywords

Host membrane   Membrane   Transmembrane   Transmembrane helix   Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 3b

Uniprot

A0A1B4X970   D3XGJ5   A0A222UC37   A0A222UBX8   D3YGU5   A0A172AZB2   + More
D3YGU6   A0A224ANW5   A0A0K2SF38   D9J1Z5   H9TEX3   B7T064   E7E029   B7T4B1   F6M1R2   Q0ZVX3   E7E038   H9TEW4   Q5VJT9   A0A0K2BMQ8   I0B0R3   B7T4C0   G8J7G7   D2WXM0   Q7T6T1   Q9YRA6   Q5VJU5   S6BUL5   B7T074   A0A077EV34   Q0PL02   Q1W2P0   A0A1S6KDU9   P09047   Q0PKZ3   A0A1Y0AXV1   G3CI06   Q88512   D1LT74   A0A2H4KI32   A0A1X9Y2H9   A0A077EV74   Q85084   Q0PL28   C0LLN8   A0A0U2U3A1   C0LLN1   A0A077ERN3   A0A3S6J4L3   A0A077ER27   A0A1Y0AXT9   Q76WT3   P24414   A0A2Z6FAB3   V9IMT5   Q2LJ81   A7UIZ8   A0A1D8ELQ9   A0A0Y0RUF8   V9IMK5   A0A2U8Z975   A0A384VNQ2   A0A1Y0AXV4   P22656   A0A384V9G6   A0A077EVB0   A0A1Y0AXT2   A0A088NCG8   A0A2H4KI10   A0A2Z6FAB6   A0A088NG13   D1LT82   C0LLN5   A0A077ERS8   D1LT76   D1LT57   A0A1Z2WU98   Q9QEV8   A0A1Y0AXW5   C0LLP5   V9ILU1   A0A384V9I8   T1STP8   A0A2U8Z834   A0A2H5BX15   V9IMT0   D1LT68   A0A077ER79   A0A088NDC7   A0A2U8Z859   A0A2Z6FAB4   A0A2U8Z8C9   A0A2U8Z8B7   D1LT70   V9ILW1   G1FEY9   A0A384V9N4   A0A384V9K5   D1LT50   A0A077EVA2  

Pubmed

20079778    21346029    19036814    25953186    21481551    22002680    + More
16704791    17275120    26221765    22438554    22609354    15177889    10365166    25180686    25150756    17023013    2825819    2548340    2549745    10805807    23043168    25890036    8546012    19889934    7707547    20229183    1848593    2174956    29769478    27619563    2546515    10948987   

EMBL

LC119077    BAV31350.1    GU338457    ADD49359.1    KX512810    ASR18947.1    + More
KX512809    ASR18939.1    GU459059    ADD26775.1    KM347965    AKG92641.1    GU459060    ADD26776.1    LC215871    BBA21169.1    LC029419    BAS25711.1    HM245925    ADI80514.1    JQ404410    KY063616    AFG19741.1    ASB15741.1    EU856361    KP981644    ACJ63234.1    AKA65832.1    HQ450376    ADU17728.1    EU924790    ACJ64178.1    JF682842    AEE69325.1    DQ112226    AAZ91439.1    HQ450377    ADU17737.1    JQ404409    AFG19732.1    AY426984    AAR88621.1    KP849472    AKZ66474.1    JQ408980    AFH55114.1    EU924791    ACJ64187.1    JN856008    AEQ61970.1    GQ477367    ADB28910.1    AY342160    AF104420    AAC96005.1    AY426983    AAR88615.1    AB781789    BAN67912.1    EU856362    ACJ63245.1    KJ665819    AIL54140.1    DQ811788    ABG89326.1    DQ443743    ABD97837.1    HQ462571    KP202848    KX499468    KX900393    KX900394    KX900402    ADY39742.1    AKA60056.1    AQT01351.1    ASV64279.1    ASV64288.1    ASV64360.1    X06371    X12800    AJ271965    DQ811789    ABG89332.1    KX532152    ART29867.1    HM776941    KC962433    KU729220    AEM55568.1    AGM75128.1    AML22778.1    Z35758    CAA84808.1    GU053633    ACY69062.1    KX722530    ASU62502.1    KX527917    ARS22396.1    KJ665816    KJ665818    AIL54131.1    AIL54137.1    U26210    AAA67951.1    DQ811785    ABG89294.1    FJ755618    FJ718990    JX013850    ACN71198.1    ACN79552.1    AFN88474.1    KR061459    ALR84921.1    FJ718988    ACN79545.1    KJ665817    AIL54134.1    KY406735    ASV45150.1    KJ665815    AIL54128.1    KX532155    ART29872.1    D00658    BAA00549.1    Z24675    LC316074    BBE15213.1    JQ304285    AEY69251.1    DQ201447    ABC72416.1    EU074218    KX532151    KX532154    KX532156    ABU49661.1    ART29866.1    ART29871.1    ART29874.1    KX689261    AOT21921.1    KT696544    AMB66490.1    JQ304287    AEY69252.1    MF457603    MF457604    MF457605    MF457606    AWN93273.1    AWN93275.1    AWN93277.1    AWN93279.1    KX900411    ASV64440.1    KX532158    ART29877.1    X14551    KX900398    ASV64324.1    KJ665836    AIL54191.1    KX532153    ART29869.1    KJ879423    AIN55973.1    KX722529    ASU62491.1    LC316044    BBE15185.1    KJ879414    AIN55947.1    GU053644    ACY69070.1    FJ718989    FJ718991    FJ718993    FJ718995    ACN79549.1    ACN79556.1    ACN79563.1    ACN79571.1    KJ665837    AIL54194.1    GU053635    ACY69064.1    GU053616    ACY69045.1    KY292377    ASB16890.1    AF179886    AAF02712.1    KX532157    ART29876.1    FJ718992    ACN79559.1    JQ304288    AEY69253.1    KX900395    KX900399    KX900400    KX900401    ASV64297.1    ASV64333.1    ASV64342.1    ASV64351.1    KF530123    AGT52083.1    MF457620    AWN93304.1    KY566209    KY566210    KY566211    AUG98122.1    AUG98133.1    AUG98144.1    JQ304279    AEY69246.1    GU053627    ACY69056.1    KJ665835    AIL54188.1    KJ879419    AIN55961.1    MF457621    AWN93306.1    LC316072    BBE15211.1    MF457599    MF457617    MF457622    MF457629    AWN93267.1    AWN93301.1    AWN93308.1    AWN93318.1    MF457595    MF457607    MF457623    MF457624    MF457630    AWN93261.1    AWN93281.1    AWN93310.1    AWN93312.1    AWN93320.1    GU053629    GU053631    ACY69058.1    ACY69060.1    JQ304278    AEY69245.1    JN183883    AEK25524.1    KX900404    KX900405    KX900406    KX900407    ASV64377.1    ASV64386.1    ASV64395.1    ASV64404.1    KX900403    ASV64369.1    GU053609    ACY69038.1    KJ665831    AIL54176.1   

Proteomes

UP000272061    UP000150460    UP000156811    UP000106470    UP000115330    UP000119169    + More
UP000174600    UP000096172    UP000153699    UP000129066    UP000137024    UP000158504    UP000098772    UP000113525    UP000001440    UP000158285    UP000123026    UP000131894    UP000166047    UP000145148    UP000111647    UP000125818    UP000156732    UP000121388    UP000166023    UP000113324    UP000173564   

PRIDE

P09047   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

A0A1B4X970   D3XGJ5   A0A222UC37   A0A222UBX8   D3YGU5   A0A172AZB2   + More
D3YGU6   A0A224ANW5   A0A0K2SF38   D9J1Z5   H9TEX3   B7T064   E7E029   B7T4B1   F6M1R2   Q0ZVX3   E7E038   H9TEW4   Q5VJT9   A0A0K2BMQ8   I0B0R3   B7T4C0   G8J7G7   D2WXM0   Q7T6T1   Q9YRA6   Q5VJU5   S6BUL5   B7T074   A0A077EV34   Q0PL02   Q1W2P0   A0A1S6KDU9   P09047   Q0PKZ3   A0A1Y0AXV1   G3CI06   Q88512   D1LT74   A0A2H4KI32   A0A1X9Y2H9   A0A077EV74   Q85084   Q0PL28   C0LLN8   A0A0U2U3A1   C0LLN1   A0A077ERN3   A0A3S6J4L3   A0A077ER27   A0A1Y0AXT9   Q76WT3   P24414   A0A2Z6FAB3   V9IMT5   Q2LJ81   A7UIZ8   A0A1D8ELQ9   A0A0Y0RUF8   V9IMK5   A0A2U8Z975   A0A384VNQ2   A0A1Y0AXV4   P22656   A0A384V9G6   A0A077EVB0   A0A1Y0AXT2   A0A088NCG8   A0A2H4KI10   A0A2Z6FAB6   A0A088NG13   D1LT82   C0LLN5   A0A077ERS8   D1LT76   D1LT57   A0A1Z2WU98   Q9QEV8   A0A1Y0AXW5   C0LLP5   V9ILU1   A0A384V9I8   T1STP8   A0A2U8Z834   A0A2H5BX15   V9IMT0   D1LT68   A0A077ER79   A0A088NDC7   A0A2U8Z859   A0A2Z6FAB4   A0A2U8Z8C9   A0A2U8Z8B7   D1LT70   V9ILW1   G1FEY9   A0A384V9N4   A0A384V9K5   D1LT50   A0A077EVA2  

PDB

4R04     E-value=9.30641,     Score=64