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Strain
GERMANY_PIG_2014_LT898431 (Region: Germany;  Strain: Porcine epidemic diarrhea virus isolate PEDV_GER_L00918-K17_14-01_2014 genome assembly, complete genome: monopartite.;  Date: 2014)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAAAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTTACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGTATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGATGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATTAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGTAAGCCAGTCCTTGTGGCTTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACGCGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTCAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGATCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCATTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGCGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAGCCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTCATCGCCGAAGTGCCTGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCTTATGTTCTTTTTGACAACGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTGTTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTTGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGACGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCTTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGACCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTTGTGAGAGGTGATAAGTGTTGTATCACTTGCACCTTACATTTCACAGCACCAAGTTATATGGAGGCTGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTCTTGGCAGAAATGTACAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCTGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGCCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCGTTGAGAAGTTTAAAGTTTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTTGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGCGTTGTTCCTATCTGCTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATTGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATATCAATGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATCGATGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGATCTGCTTGATGTTGAAGTTATTACTGATGCGCCAGTTGATTTCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGACCCTGATAAGGTGGCAGACGTGGCTAACTCTGAGCCTGAGGATGACGGTCTTAATGTAGCTCCTGAAACAAATGTAGAGTCTGGAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGCTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATCTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTTTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACTAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACTATTTGTGTTAAAGACGTTAATTGGGCAGCACCTTTTGTCCCAGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCTTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGATTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCATGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCGAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGGCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGATGCGCTTGTTGATACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCATTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGACATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCATCTCAGCGTGGTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTCACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACAC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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTVEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPKNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSIATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRGPRQAGVCEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFLMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHFTAPSYMEAAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGCCFHSVKSVLASAFQIPVQAGVEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNCIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVITDAPVDFEGDEVDSSDPDKVADVANSEPEDDGLNVAPETNVESGVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPFCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWAAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKDALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDATLYSKLSHLSVVGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVSAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHDTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNVVISEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGGPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFICQYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFLGCDKASCVACSRSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWSLCLFIVAVFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGAAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAVAEHDFFTWKDGRAIYGNVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEDIHRVYALLGTIVSRAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGIPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKTALFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKGDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTTVDDQFVVEYYGYLCKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVTLLEDSTAKFWDESFYANMYEKSAVLQSAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIGTTHKFILAITPYVCCASDCGVNDVTKLYLGGLSYWCHEHKPRLAFPLCSAGNVFGLYKNSATGSPDVEDFNRIATSDWTDVSDYRLANDVKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATLHEVVGPKELLLKWEVGRPKPPLNRNSVFTCYHITKNTKFQIGEFVFEKAEYDNDAVTYKTTATTKLVPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSTIHKLHPAFNIPEAYSSLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVFTACSHAAVDSLCVKASTAYSNDKCSRIIPQRARVECYDGFKSNNTSAQYLFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYRHVVYVGDPQQLPAPRVMISRGTLEPKDYNVVTQRMCALKPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYENQFIPVHPDSKQCFKIFCKGNVQVDNGSSINRRQLDVVRMFLAKNPRWSKAVFISPYNSQNYVASRMLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDRSLFDVLKFFELKLSDLQANEGCGLFKDCSRGDDLLPPSHANTFMSLADNFKTDQDLAVQIGVNGPIKYEHVISFMGFRFDINIPNHHTLFCTRDFAMRNVRGWLGFDVEGAHVVGSNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVRPEGCVVTESGDYIKPVRARAPPGEQFAHLLPLLKRGQPWDVVRKRIVQMCSDYLANLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPSKSCDCGKVATCYNSALHTYCCFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYKGSLSLNHHEHCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIGNEAVINKSGRIVQSHTMRSVLKLYNPKAIYDIGNPKGIRCAVTDAKWFCFDKNPTNSNVKTLEYDYITHGQFDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRCRSPLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAFDKRAFAKLKPMPFFFYDDTECDKLQDSINYVPLRASNCITKCNVGGAVCSKHCAMYHSYVNAYNTFTSAGFTIWVPTSFDTYNLWQTFSNNLQGLENIAFNVVKKGSFVGVEGELPVAVVNDKVLVRDGTVDTLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPITILRNLGVVCTSKCVIWDYEAERPLTTFTKDVCKYTDFEGDVCTLFDNSIVGSLERFSMTQNAVLMSLTAVKKLTGIKLTYGYLNGVPVNTHEDKPFTWYIYTRKNGKFEDYPDGYFTQGRTTADFSPRSDMERDFLSMDMGLFINKYGLEDYGFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLACMGVLKIDEFVSSNDSTLKSCTVTYVDNPSSKMVCTYMDLLLDDFVSILKSLDLSVVSKVHEVMVDCKMWRWMLWCKDHKLQTFYPQLQASEWKCGYSMPSIYKIQRMCLESCNLYNYGAGIKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPLDAIIVDNDSVDYVSDADYSVTGDCSTLYLSDKFDLVISDMYDGKIKSCDGENVSKEGFFPYINGVITEKLALGGTVAIKVTEFSWNKKLYELIQKFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVHYLGDFASGAVIDGNTMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFNCKHKATVVINLKDSSISDVVLGLLKNGKLLVRNNDAICGFSNHLVNVNK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Pfam
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
PF05409   Peptidase_C30
PF06460   NSP16
PF06478   Corona_RPol_N
PF08717   nsp8
Interpro
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR027352   CV_ZBD
IPR009466   NSP11
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR008740   Peptidase_C30
IPR002589   Macro_dom
IPR036333   NSP10_sf
IPR037204   NSP7_sf
IPR037227   EndoU-like
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR014828   NSP7
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR014827   Viral_protease
IPR014829   NSP8
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037230   NSP8_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
SUPFAM
SSF53335   SSF53335
SSF144246   SSF144246
SSF51126   SSF51126
SSF142877   SSF142877
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3097

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
6781
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
421.715499999995
Exp number, first 60 AAs:
0.0137
Total prob of N-in:
0.00088
outside
1  -  1962
TMhelix
1963  -  1982
inside
1983  -  2019
TMhelix
2020  -  2042
outside
2043  -  2102
TMhelix
2103  -  2125
inside
2126  -  2129
TMhelix
2130  -  2152
outside
2153  -  2164
TMhelix
2165  -  2184
inside
2185  -  2527
TMhelix
2528  -  2550
outside
2551  -  2622
TMhelix
2623  -  2645
inside
2646  -  2656
TMhelix
2657  -  2676
outside
2677  -  2752
TMhelix
2753  -  2775
inside
2776  -  2781
TMhelix
2782  -  2804
outside
2805  -  2829
TMhelix
2830  -  2852
inside
2853  -  2864
TMhelix
2865  -  2887
outside
2888  -  3331
TMhelix
3332  -  3354
inside
3355  -  3360
TMhelix
3361  -  3383
outside
3384  -  3397
TMhelix
3398  -  3420
inside
3421  -  3426
TMhelix
3427  -  3449
outside
3450  -  3458
TMhelix
3459  -  3481
inside
3482  -  3500
TMhelix
3501  -  3520
outside
3521  -  6781
 
 

Population Genetic Test Statistics

Pi
0.1576228
Theta
0.3142221
Tajima's D
-1.777318
CLR
4.37438
Interpretation
No evidence of Selection

Genomic alignment in the CDS region

 
 

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Gene Tree

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806    
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657 Protein
YP_001351683.1
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936    
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436 Protein
NP_598309.2
ROMANIA_PIG_2015_LT898435 Protein
SNQ28044.1
ROMANIA_PIG_2015_LT898436 Protein
SNQ28013.1
GERMANY_PIG_2015_LT898444 Protein
SNQ28075.1
GERMANY_PIG_2015_LT898414 Protein
SNQ27906.1
GERMANY_PIG_2015_LT898439 Protein
SNQ28037.1
GERMANY_PIG_2015_LT898413 Protein
SNQ27898.1
GERMANY_PIG_2015_LT898412 Protein
SNQ27954.1
GERMANY_PIG_2015_LT898411 Protein
SNQ27907.1
GERMANY_PIG_2015_LT898416 Protein
SNQ27922.1
GERMANY_PIG_2015_LT898443 Protein
SNQ28056.1
GERMANY_PIG_2015_LT898420 Protein
SNQ27948.1
GERMANY_PIG_2015_LT898408 Protein
SNQ27886.1
GERMANY_PIG_2015_LT898423 Protein
SNQ27926.1
GERMANY_PIG_2015_LT898432 Protein
SNQ27966.1
GERMANY_PIG_2015_LT898409 Protein
SNQ27940.1
GERMANY_PIG_2015_LT898425 Protein
SNQ27972.1
GERMANY_PIG_2015_LT898446 Protein
SNQ28063.1
GERMANY_PIG_2014_LT898438 Protein
SNQ28021.1
GERMANY_PIG_2014_LT898440 Protein
SNQ28031.1
GERMANY_PIG_2014_LT900501 Protein
SNT95676.1
GERMANY_PIG_2014_LT898427 Protein
SNQ27984.1
GERMANY_PIG_2014_LT898415 Protein
SNQ27892.1
GERMANY_PIG_2014_LT898421 Protein
SNQ27904.1
GERMANY_PIG_2014_LT898431 Protein
SNQ27974.1
GERMANY_PIG_2014_LT898410 Protein
SNQ27960.1
GERMANY_PIG_2014_LT900498 Protein
SNT95652.1
GERMANY_PIG_2014_LT898430 Protein
SNQ27990.1
GERMANY_PIG_1978_LT897799 Protein
SNC44844.1
GERMANY_PIG_2014_LT898447 Protein
SNQ28087.1
GERMANY_PIG_2014_LT898426 Protein
SNQ28009.1
GERMANY_PIG_2014_LT898417 Protein
SNQ28081.1
GERMANY_PIG_2014_LT900500 Protein
SNT95664.1
GERMANY_PIG_2014_LT898445 Protein
SNQ28069.1
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418 Protein
SNQ27929.1
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441 Protein
SNQ28050.1
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433 Protein
SNQ27996.1
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502 Protein
SNT95670.1
GERMANY_PIG_2015_LT900499 Protein
SNT95658.1
BELGIUM_PIG_1980_LT906620 Protein
SNX30663.1
BELGIUM_PIG_1977_LT905450 Protein
SNU46335.1
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451 Protein
SNU46341.1
BELGIUM_PIG_1978_LT906581 Protein
SNW64189.1
UK_PIG_1987_LT906582 Protein
SNW64183.1
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
USA_MURINE_1997_NC_001846    
USA_MURINE_1998_NC_023760    
MID_EAST_HS_2012_NC_019843    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016993    
CHINA_MURINE_2013_NC_032730    
USA_HS_2004_AY585228    
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831    
CHINA_HS_2004_NC_006577    
EUROPE_HS_2000_NC_002645    
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292    
JAPAN_FERRET_2013_LC119077    
USA_FELINE_2005_NC_002306    
CHINA_MURINE_2011_NC_034972    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016996    
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011547    
CHINA_BAT_2012_NC_028824    
CHINA_BAT_2013_NC_028814    
CHINA_BAT_2013_NC_028833    
CHINA_BAT_2011_NC_028811    
USA_BOVIN_2001_NC_003045    
CHINA_MURINE_2012_NC_026011    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_022643    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207    
UK_HS_2012_NC_038294    
AMERICA_WHALE_2007_NC_010646    
CHINA_BAT_2013_NC_025217    
UGANDA_BAT_2013_NC_034440    
CHINA_BAT_2006_NC_009021    
CHINA_BAT_2008_NC_010438    
CHINA_BAT_2006_NC_009020    
CHINA_BAT_2006_NC_009019    
CHINA_BAT_2006_NC_009988    
USA_BAT_2006_NC_022103    
BULGARIA_BAT_2008_NC_014470    
CHINA_BAT_2008_NC_010437    
USA_AVIAN_2004_NC_001451    
Copyright@ 2018-2023    Any Comments and suggestions mail to:  zhuzl@cqu.edu.cn, mg@cau.edu.cn   渝ICP备19006517号

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