Strain

CHINA_BAT_2005_NC_009657 (Region: China;  Strain: Scotophilus bat coronavirus 512, complete genome.;  Date: 2005)

Gene

ORF1

Description

Annotated in NCBI,  ORF1

Location

NC_009657(+):294-20674

GenBank Accession

YP_001351683.1

Full name

Replicase polyprotein 1ab      

Alternative Name

ORF1ab polyprotein

CDS

ATGGCAAGCAACCATATTTCGTTGGCTTTTGCCAATGATGAAGAAATTTCAGCAATTGGCTTTGGCTCTGTTGAAGAGGCCGTATCATATTATAGTGATGCCGCTGTCAACGGATTTGACCAATGCCGTTTTGTGTCCTTAGGTCTACAAGATGCCGTGGTTGGTGTTGAAGACGACGATGTCGTCATGCTAATCACTGGTGTCACCCAATTGAGGGCTTATTTGGGCACTTTTGGTGACCGACCTCTGAATCTTCGAGGTTGGTTACTTTTCTCAAATTGCAACTACTTCTTAGAAGAGTTGGATTTGGTTTTTGGCAGGTGTGGTGGTACTACTATACCTGTTGATCAATTTATGTGCGGTGCAGATGGTGCCCCTGTCATCCAGGAGGGTGATTGGACTTTCATGGATTACTTCCAAGACAGTAACCAATTTACACTCAATGGCATCACGTATGTTAAGGCTTGGGATGTAGATAGAAAACCTAACGACTATGCCAAGCAAAATGTAACATGCATCCGCCGCATTACTTACATTACTGACCATCGCCATGTGCTTGCTGATGGTACCACAATGAAGACTGCACGACACCCTAAAGTGAATAAGAGTGTTGTTTTGGATTCCCCGTTTGACCAGATCTACAAAGAAGTTGGTTCTCCATTTATGGGTAACGGCTCTACGTTTGTAGAAATGCTTAAAGACCCAGCTTTCTTCCATGCCCTTATCACGTGTGAATGTGGCAGGTCGGAGTGGACCGTTGGTGATTGGAAGGGATATAATTCTCTTTGTTGCAACATCAAATGCAAACCCATTACCATAGTCACCCCAAAAGCTGTTCCTGGGGCTGTTGTCATCACTAAAGCTGGTATTGGTGCAGGGCTGAAGTGTTACAACAACGTCTTTTTAAAACACATTATAGACCTTGTTGTACCAGGCACTAACTTGGGTTGGGGTGTTTGGCGTATAGCCAAAGTGCAGTCAAAAGATGACGTTGCCACTTCTGGTAATGTCCTTGTTGACGACCCTGAAGACCGTCTGGACCCATGTTATTTTGGTAATGATGGTCCTTTTGCAACCAAGTTTAAATTTCAGTTGCTGGCCAATTCCTTTGACGATGAAGTTAAGGGTGCAATAGTGCAAGGTGTTGTGCATGTTAATACAGCCATATGTGATGTTGTTAAGGACATCTTAGGCCTCCCATGGTTTGTCAAGAAACTAGGGTCTCTTGTTACCGTAATGTGGGATCAGTTTGTTGCAGGTGTTCAAAGCATGAAAATCTGCACTCTTAAAGTTGTTCAGCTTGCCAAGGCACTATCATGTGCCACTATGTCTGTTGTCAAGGGTGTTATCACACTGGTGGCTGAAGTCCCTGAGATTTTCAAGAGACTTTTCTATACATTGACTTCTGCTTTGAAGTCTTTGTGTACCAGTAGTTGTGATGCACTTGTTGTTGCAGGTAAGTCTTTTGCCAAGATTGGAGACTATGTTCTCTTGCCTTCAGCACTTGTCCGTTTGGTTAGTTCCAAGGTTAAGGGAAAAGCTCAATCTGGCATTAAGCAGCTCCAATTTGCTACAGTTGTGCTCGGAGATACTCATAAGGTGGAATCTGATAGAGTTGAATTCTCTAGTGTTAACCTTAAAATGGTTGACGAGGAATTTCCACTGAATCCCGTGGGGCACACTGTGGCTGTAGGTAATCAGGCATTTTTCTGCAGTGATGGCTTGTATCGGTTCATGGCTGATAGAGATCTTGTTATTACAAGTCCTATTTTTAAACCTGAACTTGAGTTGGAGCCAATCTTCGAGTGTGATGCCATCCCAGGCTTTCCAAAAGTTGCAGCCTCTAATGTTGCGGAGCTATGTGTCAAGGTTGACACTTTGCTCTTTAATTATGACAAGATTTATAAAAAGTACAGTACCATTATTAAGGGTGACAGGTGTTATATACAGTGTACCCACACTTTTAAGGCACCATCTTACTACTTTGATGATGATGAGTTTGTTGAACTTTGTACTAAGTATTACAAACTCCCAGATTTTGATGCTTTTTATAATGCTGTGCATGCTGCAACTGATATGGATCAGTTTTGTGCGTTGTGTACTTCTGGTTTTGAGGTTTTTATACCACGTGTTCCAGACTGTCCACCAATTTTGAACGACATAGATGGAGGTTCCATCTGGACTTCGTTCATCTTGAGTGTACGCAGTGCCACTGACTTCATTAAAACTTTAAAAATTGACTTGGGTCTTAACGGCGTTGTCGTTTTTGTGACCAAAAAGTTTAGGAAGGCTGGCGCCCTTTTGCAAAAGCTGTACAATGCATTTTTGGATACTGTGACCAGTTTTATTAAGGTGGCCGGTGTTGCTTTTAAATACTGTGCTACATGTGTTCCAAAAATTGTGATTAACGGTTGTTATCACACAGTGACACGCTTGTTTGCAAAGGACCTGCAAATTCCAACAGAAGATGGTGTTGCCGATTTTAACACATTCAATCATTGTGTGTTTCCTGTTAACCCTACTAGGATCGAAACAGATTCTTTAGAGTTGGAGGAAGTTGACTTTGTGGAGCCAGGTGTTGATGGCAAGCTCGTAATTCTTGATGATTATTCCTTCTATTCGGATGGTACAAATTACTACCCTTCTGATGGCAAAGGTGTTGTTGCATCTTGCTTTAAGAAGAAGGGTGGCGGTGTTGTTACCATTTCTGACGAAGTTCAAGTTCGTACTATTGACCCTGTTTACAAGGTCAGATTGGAGTACGAGTTTGAGGATGAAACTCTTGTCAAGGTTTGCGAAAAGGCCATAGGCACAAAACTTAAAGTAACGGGAGATTGGTCTAATCTGCTTGAAACTTTAGAGAAGGCTATGGATGTAGTGAGACAGCACCTTGATGTGCCAGACTACTTTGTCTATGACGAAGAGGGTGGCACAGACTTGAATCTAACTATTATGGTATCTCAGTGGCCTTTGTCGTCTGACAGTGAAGATGACTTTAAGGCTGTGGATGATGAACCTAATGCCAACACTGATGAGACAGTTGACACTTTTGCTGAAGACGTTGCTGAAACACAGAATGTTCAGCAAGACGTCACGCAAGATGAAGTGGAAGCTGTCTGTGACTTAGTTGTTAAGGCCACTGAGGAAGGGCCCATCGAACATGAGGAACTATCAGAAGATCAAAAGGAAGTGCAACAAGCATTGGCTTTTATTGAAGATAAGCCTGTTGTTGTAAAACCTGATGTCTTTGCTTTTAGCTATGCCAGTTATGGTGGCTTGAAAGTTCTTAACCAGTCCAGCAATAACTGTTGGGTTTCATCAGCCCTAGTTCAATTGCAACTTACGGGTTTGCTTGATAGCGATGAAATGCAATTGTTTAATGCTGGTAGAGTTAGTCCTATGGTCAAGCGTTGTTACGAGTCTCAGCGTGCTATCTTTGGTTCTTTGGGTGATGTCTCTGCTTGTTTGGAGTCATTGTTAAAAGACCGTGATGGCATGTCTATAACTTGTACAATCGACTGTGGTTGTGGTCCAGGTGTTAGAGTGTACGAAAATGCCATTTTTCGTTTTACACCGCTTAAGACTGCATTCCCCATGGGACGTTGTTTAATATGTTCTAAGACTCTTATGCACACAATAACACAGATGAAGGGCACTGGTATCTTTTGTAGAGATGCCACCGCTTTAGATGTTGACACATTGGTTGTAAAACCTTTATGTGCGGCTGTGTATGTGGGAGCTCAAGATGGTGGGCATTATTTGACAAATATGTACGATGCCAATATGGCTGTTGATGGTCATGGTAGACACCCTATTAAGTTCAACACAATCAACACTTTATGTTATAAGGATGTTGATTGGGAGGTGTCTAATGGTTCTTGTGATGTCAAACCATTTTTGACTTACAAGAACATTGAGTTTTACCAAGGTGAACTTAGTGCTTTGTTGTCTGTGAACCATGATTTTGTTGTTAATGCAGCTAATGAACAACTTTCACATGGTGGTGGAATTGCTAAGGCTCTGGATGATCTTACTAAGGGTGAATTGCAGGTGTTGTCTAACCAGTATGTTAGTCGTAATGGTAGCATTAAGGTTGGTAGTGGTGTGCTTATTAAGTGCAAAGAACATTCCATCCTTAATGTTGTGGGACCACGCAAAGGTAAGCACGCAGCTGAGTTGTTGACAAAAGCTTATACTTTTGTTTTCAAGCAGAAGGGTGTTCCTTTGATGCCACTCCTTAGTGTGGGCATTTTTAAAGTGCCAATTACTGAGTCTTTAGCTGCATTTTTGGCTTGTGTGGGTGACAGAGTTTGTAAGTGTTTTTGTTACACTGACAAAGAACGTCTTGCTATTCAAAACTTTGTCACCAGTTTTCAAACAGAACAACCTGTTGAGCCATTACCTGTTATTCAGGAGGTGAAAGGTGTCCAATTAGAAAAACCTGTTCCTGATGTCAAGGTTGAAAATCCTTGTGAACCTTTTAGAATTGAAGGTGATGCTAAGTTTTATGATTTGACACCTTCTATGGTTCAGTCACTTCAGGTTACAAGGTTGGTCTCTTTTACAAACAGTGATTTATGTCTTGGTTCTTTTGTTAGGGATTGTGATGGTTATGTTCAAGGTTCACTTGGCGGTGCCATTGCCAACTACAAGAAGTCTAACCCAGTTTTGCCTGCTGGTAATTGTGTGACTCTTAAGTGTGATGGTTTCATATCGTTCACTTTTGTCATTTTACCCAAGGAAGGTGACACTAATTATGAGAAAAATTTCAATAGAGCCATTGCTAAGTTTTTAAAACTTAAGGGTTCATTGCTTGTTGTTGTTGAAGACAGTTCTGTCTTTAACAAAATATCTCATGCTAGTGTTGCAGGTTATGTGGCAAAGCCGGCACTTGTTGACACACTGTTTGAGGCTAAACCTGTTCAGGTTGTTGTTACTCAAGACCAGCGTAGTTTTCATACTGTGGAATTGTCGACTAGCCAGACTTATGGTCAGCAGTT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Protein

MASNHISLAFANDEEISAIGFGSVEEAVSYYSDAAVNGFDQCRFVSLGLQDAVVGVEDDDVVMLITGVTQLRAYLGTFGDRPLNLRGWLLFSNCNYFLEELDLVFGRCGGTTIPVDQFMCGADGAPVIQEGDWTFMDYFQDSNQFTLNGITYVKAWDVDRKPNDYAKQNVTCIRRITYITDHRHVLADGTTMKTARHPKVNKSVVLDSPFDQIYKEVGSPFMGNGSTFVEMLKDPAFFHALITCECGRSEWTVGDWKGYNSLCCNIKCKPITIVTPKAVPGAVVITKAGIGAGLKCYNNVFLKHIIDLVVPGTNLGWGVWRIAKVQSKDDVATSGNVLVDDPEDRLDPCYFGNDGPFATKFKFQLLANSFDDEVKGAIVQGVVHVNTAICDVVKDILGLPWFVKKLGSLVTVMWDQFVAGVQSMKICTLKVVQLAKALSCATMSVVKGVITLVAEVPEIFKRLFYTLTSALKSLCTSSCDALVVAGKSFAKIGDYVLLPSALVRLVSSKVKGKAQSGIKQLQFATVVLGDTHKVESDRVEFSSVNLKMVDEEFPLNPVGHTVAVGNQAFFCSDGLYRFMADRDLVITSPIFKPELELEPIFECDAIPGFPKVAASNVAELCVKVDTLLFNYDKIYKKYSTIIKGDRCYIQCTHTFKAPSYYFDDDEFVELCTKYYKLPDFDAFYNAVHAATDMDQFCALCTSGFEVFIPRVPDCPPILNDIDGGSIWTSFILSVRSATDFIKTLKIDLGLNGVVVFVTKKFRKAGALLQKLYNAFLDTVTSFIKVAGVAFKYCATCVPKIVINGCYHTVTRLFAKDLQIPTEDGVADFNTFNHCVFPVNPTRIETDSLELEEVDFVEPGVDGKLVILDDYSFYSDGTNYYPSDGKGVVASCFKKKGGGVVTISDEVQVRTIDPVYKVRLEYEFEDETLVKVCEKAIGTKLKVTGDWSNLLETLEKAMDVVRQHLDVPDYFVYDEEGGTDLNLTIMVSQWPLSSDSEDDFKAVDDEPNANTDETVDTFAEDVAETQNVQQDVTQDEVEAVCDLVVKATEEGPIEHEELSEDQKEVQQALAFIEDKPVVVKPDVFAFSYASYGGLKVLNQSSNNCWVSSALVQLQLTGLLDSDEMQLFNAGRVSPMVKRCYESQRAIFGSLGDVSACLESLLKDRDGMSITCTIDCGCGPGVRVYENAIFRFTPLKTAFPMGRCLICSKTLMHTITQMKGTGIFCRDATALDVDTLVVKPLCAAVYVGAQDGGHYLTNMYDANMAVDGHGRHPIKFNTINTLCYKDVDWEVSNGSCDVKPFLTYKNIEFYQGELSALLSVNHDFVVNAANEQLSHGGGIAKALDDLTKGELQVLSNQYVSRNGSIKVGSGVLIKCKEHSILNVVGPRKGKHAAELLTKAYTFVFKQKGVPLMPLLSVGIFKVPITESLAAFLACVGDRVCKCFCYTDKERLAIQNFVTSFQTEQPVEPLPVIQEVKGVQLEKPVPDVKVENPCEPFRIEGDAKFYDLTPSMVQSLQVTRLVSFTNSDLCLGSFVRDCDGYVQGSLGGAIANYKKSNPVLPAGNCVTLKCDGFISFTFVILPKEGDTNYEKNFNRAIAKFLKLKGSLLVVVEDSSVFNKISHASVAGYVAKPALVDTLFEAKPVQVVVTQDQRSFHTVELSTSQTYGQQLGDCVVEDKKVTNLKPVSKDKVVSVVPNVDWDKHYGFVDAGIFHTLDHTMFVFDNNVVNGKRVLRTSDNNCWINAVCLQLQFANAKFKPKGLQQLWESYCTGDVAMFVHWLYWITGVEKGEPSDAENTLNIISRFLKPQGSVEMLRATSTTCDGTCSTKRVVSTPVVNASVLKVGLDDGNCVHGLPLVDRVVSVNGTVIITNVGDTPGKPVVATENLLLDGVSYTVFQDSTTGVGHYTVFDKEAKLMFDGDVLKPCDLNVSPVTSVVVCNNKKIVVQDPVKRVELDASKFLDTMNVASEKFFTFGDFVSRNIIVLIVYLFSLLAICFRALKKRDMKVMAGVPERTGIILKRSVKYNYKALKFFFRLKFQYIKVFLKFSLVLYTLYALMFMFIRFTPVGTPICKRYTDGYANSTFDKNDYCGNVLCKICLYGYEELSDFTHTRVIWQHLKDPLIGNILPLFYLVFLIIFGGFFVRIGITYFIMQYINAAGVALGYQDNVWLLHLLPFNSMGNIIVVAFIVTRILLFLKHVLFGCDKPSCIACSKSAKLTRVPLQTILQGVTKSFYVNANGGKKFCKKHNFFCVDCDSYGYGCTFINDVIAPELSNVTKLNVIPTGPATIIIDKVEFSNGFYYLYSGSTFWKYNFDITEAKYACKDVLKNCNILTDFVVFNNSGSNVTQVKNACVYFSQLLCKPIKLVDSALLASLNVDFSANLHKAFVEVLSNSFGKDLSNCSNMNECRESLGLSDVPEEEFSAAVSEAHRYDVLISDVSFNNLIVSYAKPEEKLAVHDIANCMRVGAKVVNHNVLTKDNVPVVWLAKDFIALSEEARKYIVRTTKTKGINFMLTFNDRRMHLTIPTISVANKKGAGLPSLFTRLYSFFWHLCVLIVVLFVATSLLDFSAQVTSDTQYDFKYIENGVLKVFEKPLDCVHNAFVNFNEWHNAKFGSIPTNSRRCPIVVGTSDEVRYIPGVPAGVFLYGKSLIFAMSTIFGTSGLCFDDRGLTDPDSCIFNSACTTLSGIGGRNVYCYREGVVDNAKLYSSLLPHSYYRLMDGNHIVLPEIITRGFGIRTIKTQAMTYCRTGECIDSQAGVCVGLDRFFVYSKTPGSDYVCGTGFFSLLFNVIGMFSNSIPVTVMSGQILLNCVVAFTAVMACFAFTKFKRLFGDMSFGVLSVGLCTVVNNLSYVVTQNSIGMLAYATLYFLCTKGVRYSWVWHVGFAISYCFLAPWWVVLAYLICALLEFLPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFESAASGTFVLDMHSYQKLANSISTEKLKQYCASYNRYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMSDFANDHMDKLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGIVEGCIVRVSYGNLTLNGLWLGDTVICPRHVIASNTTNVIDYDHAMSLVRLHNFSISSGNMFLGVISASMRGTLLHIKVNQSNVNTPNYTYKVLKPGDSFNILACYDGSAAGVYGVNMRTNYTIRGSFISGACGSPGYNINNGVVEFCYMHHLELGSGCHVGSDMDGTMYGKYEDQPTLQIEGASNLVTENVCSWLYGALINGDRWWLSSVSVGVDTYNEWALRNGMTALKNVDCFSLLVAKTGVDVGRLLASIQKLHGNFGGKSILGCTSLCDEFTLSEVVKQMYGVTLQSGKVSRAFRNASIVCCLLFLFLSEMLNHSKLFWINPGYITPVFLAIIVASSALMLLVKHKLLFLQLYLLPSLCIVSGYNIFKDYHFYTYMLEEFDYKVPFGGFNVTGVLNISLCCFVMGLHTFRFLQTPNKIFSYVVAVLTVLYTYYYSTDVLGLILTSMSGFTNYWFIGTATYKLATYVLPHTSLLDSFDAIKAVVFLYLLLGYCNCVYYGSLYWINRFCKLTLGCYEFKVSAAEFKYMVANGLRAPTGVFDALILSLKLIGVGGRKTIKISSVQSKLTDLKCTNVVLLGCLSNMNIAANSREWAYCVDLHNKINLCNDAEAAQEMLLALLAFFLSKNSAFGVDELLDSYFNDSSVLQSVAATYVNLPSYLAYETARQSYEDALANGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAASQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILSLAKDGVVPLSIIPAVSATKLNIVVSDIESYSKIQREGCVHYAGVIWSVVDIKDNDGKPVHAKEVVTSNVESLAWPLFLNCERIIKLQNNEIIPSKIKQRPIKAEGEGVVADGNALYSNEGGRTFMYAFISDKPDLKVVKWEFDGGSNAIELEPPCKFLVEAPSGPVVKYLYFVRNLNNLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTEQATNSSLLTLCAFAVDPPKTYLDAVKSGHRPVGNCVKMLANGSGNGQAITNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPDMDGFCKLRGKYVQVPLGTLDPIRFVLENTVCKVCGCWQANGCTCDRAVIQSVDSGYLNRVRGSSAARLEPLNGSDTHHVFRAFDVYNRDVACISKFLKVNCVRLKNLDKHDAFWIVKKCTKSVMEHEQSIYNLISDCGAVAKHDFFTWKEGRSVYGNVCRQDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCETLKKILVVVGACDESYFDNKLWFDPVENEDVHRVYAKLGTIVARAMLKCVKYCDAMVEQGIVGVITLDNQDLNGDFYDFGDFVTSVKGMGVPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFIKSDIFGEDFRTFDLLAYDFTEHKVNLFNKYFKHWGQTYHPNCEDCHDESCIVHCANFNTLFATTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNKDLNLHSSRLTINELLQFCADPSLLIASSPALVDKRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNREFYDFLRSQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAVRDFDYYRYNRTTVLDICQARVVYQIVQCYFGMYEGGCITAKEVIVNNLNKSAGYPFNKFGKAGLYYDSLSYEEQDDLYAYTKRNIIPTMTQLNLKYAISGKDRARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKTLIKDVENPHLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHVNCCSSSDRYYRLCNELAQVLTEMVYSNGGFYVKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQATSANVNRLLSVDSNTCNNIEVKQLQRKLYDCCYRSSSVDQSFVEEYFGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNSEYAALGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHDNPEYRRVFTVMLDWVKHLYKTLNQGVLDSFSVTLLEDATAKFWDESFYASMYEQSSVLQSAGLCVVCSSQTVLRCGDCIRRPMLCTKCAYDHVVSTSHKFILAITPYVCCSSGCGVSDVTKLYLGGLSYWCVDHKPRLSFPLCSSGNVFGLYKNSATGSPDVDDFNTLATSDWTDVKDYKLANDVKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATIHEVVGPKELVLKWEVGKPRPPLSRNSVFTCYHITKNTKFQVGEFTFEKLDYDNDAVSYKSTATTKLVPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIINQERYSTLHKLRPAFNIHEDYSNLIPYYQLIGKQKLTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYFPGARIVFTACSHAAVDSLCVKAATAYSSDRCSRIIPQKARIECYDGFKSNNTSAQYLFSTVNALPEVNADICVVDEVSMCTNYDLSVINQRVNYRHIVYVGDPQQLPAPRVMITRGVLVPEDYNVVTRRMCVLKPDIFLHKCYRCPAEIVNTVSEMVYENQFVPVKSESKECFKIYCRGNVQVDNGSSINRRQLEVVRMFLAKNPKWAKAVFISPYNSQNYVAGRVLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTAHASNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDRELFDILKFYELKLSDLQVGDGCGLFKDCYKGEDNLPPSHAPTFMSLSDNFKTDKDLAVQIGVNGPVKYEHVISFMGFRFDINVPNQHTLFCTRDFAMRNARGWLGFDVEGAHVIGSNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVRPEGCVSTEVGDVIQPVRARAPPGDQFTHLLPLLRKGQPWSVIRRRIVQMCSDYLANLSDTLIFVLWSGGLELTTMRYFVKLGPVQTCDCGKRATCYNSTNHTFSCFRHALGSDYIYNCYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAAMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIANEQAINKSGRLVQSHVMRAVLKLYNPKAIHDVGNPKGIRCVVTDASWYCYDKNPTNTNVKMLEYDYITHGQLDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRMRSTLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAYDKRAFAKLKAMPFFFYDDSECEKLQDAVNYVPLRASNCITRCNVGGAVCSKHCALYHNYVMAYNTFTTAGFTIWVPNSFDMFNLWQTFKNSNVQGLENIAYNVVKKGSFVGVEGELPVAVVNDKVMVRDGVSDNVVFVNNTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPLTILKNLGVVCTSKCVLWDYEASRPLTTFTKDVCKYTDFDGDVCTLFDNSVPGAFERFTVTKNAVLISLTAVKKLTAIKLTYGYLNGVPVFTHEDKPFTWYIYTRKDGAFVEYPDGYFTQGRVISDFQPRSNMEEDFLNMDMGLFISKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTLGGLHLLISQIRLSKIGVLKVEDFVSSSDSTLKSCTVTYVDNPSSKMVCTYVDLLLDDFVNILKSVDLSVVSKVHEVVIDCKVWRWMLWCKDHKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPSIYKIQRMCLEPCNLYNYGSGLKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPLDAVIVDNDVNDYVSDADFSYTGDCASMYLTDKFDLVISDMYDGRTKSCDGDNVSKEGFFPYINGVITEKLALGGTVAIKITEFSWNKKLYELIQKFEYWTLFCTSVNTSSSEAFLIGVHFLGDFSTNAIIDGNIMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFSCKHKATVVVNLKDSSVTDLVLGLLKNGKLLIRNNGVVCGFSNHLVNSTK

Function

The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The helicase which contains a zinc finger structure displays RNA and DNA duplex-unwinding activities with 5' to 3' polarity. ATPase activity is strongly stimulated by poly(U), poly(dT), poly(C), poly(dA), but not by poly(G) (By similarity).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.

Catalytic Activity

Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate

Subunit

3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).

Miscellaneous

Bat coronavirus 512/2005 is highly similar to porcine epidemic diarrhea virus (PEDV).
Produced by -1 ribosomal frameshifting at the 1a-1b genes boundary.

Similarity

Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.

Keywords

Activation of host autophagy by virus   ATP-binding   Endonuclease   Exonuclease   Helicase   Host cytoplasm   Host membrane   Host-virus interaction   Hydrolase   Inhibition of host innate immune response by virus   Inhibition of host IRF3 by virus   Inhibition of host RLR pathway by virus   Membrane   Metal-binding   Methyltransferase   Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase   Modulation of host ubiquitin pathway by virus   Nuclease   Nucleotide-binding   Nucleotidyltransferase   Protease   Reference proteome   Repeat   Ribosomal frameshifting   RNA-binding   RNA-directed RNA polymerase   Thiol protease   Transferase   Transmembrane   Transmembrane helix   Ubl conjugation pathway   Viral immunoevasion   Viral RNA replication   Zinc   Zinc-finger  

Feature

chain  Non-structural protein 1

Uniprot

P0C6W0  

Pubmed

16840328   

EMBL

DQ648858   

Proteomes

UP000113079   

PRIDE

P0C6W0   

Pfam

PF06460   NSP16
PF06478   Corona_RPol_N
PF08717   nsp8
PF05409   Peptidase_C30
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10

Interpro

IPR014828   NSP7
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR042515   Nsp15_N
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR037227   EndoU-like
IPR037204   NSP7_sf
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR008740   Peptidase_C30
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR009466   NSP11
IPR036333   NSP10_sf
IPR002589   Macro_dom
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR027352   CV_ZBD
IPR037230   NSP8_sf
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014827   Viral_protease
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR014822   NSP9
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir

SUPFAM

SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367
SSF144246   SSF144246
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335

Gene 3D

1.10.150.420     1.10.8.370     2.20.25.360     2.40.10.250     2.40.10.290    

ProteinModelPortal

P0C6W0  

PDB

6NUS     E-value=0,     Score=3097