Strain

USA_AVIAN_2004_NC_001451 (Region: USA: Beaudette;  Strain: Avian infectious bronchitis virus, complete genome.;  Date: 2004)

Gene

5a protein

Description

Annotated in NCBI,  5a protein

Location

NC_001451(+):25488-25685

GenBank Accession

NP_040836.1

Full name

Non-structural protein 5a      

Alternative Name

Accessory protein 5a

CDS

ATGAAATGGCTGACTAGTTTTGGAAGAGCAGTTATTTCTTGTTATAAATCCCTACTATTAACTCAACTTAGAGTGTTAGATAGGTTAATTTTAGATCACGGACTACTACGCGTTTTAACGTGTAGTAGGCGCGTGCTTTTAGTTCAATTAGATTTAGTTTATAGGTTGGCGTATACGCCCACCCAATCGCTGGCATGA

Protein

MKWLTSFGRAVISCYKSLLLTQLRVLDRLILDHGLLRVLTCSRRVLLVQLDLVYRLAYTPTQSLA

Keywords

Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 5a

Uniprot

Q778S2   Q89613   F4MIZ1   Q91QS8   A0A516UWB6   A0A172Q3V8   + More
J7HKL2   A0A0S2ZXT6   A0A4Y5QAL8   G3C775   Q9J4B2   B3TD68   A0A140HEX0   A0A1P8SFM5   A0A0E4G3T5   A0A1P8VEZ4   A0A1L4BI89   A0A0E3XI24   D0R6R1   G3C7F1   A0A221J5Q9   F4MIR1   A0A516UWJ3   Q9J4A5   A0A1W6AWK8   A0A1X9Y2N7   Q80RZ8   A0A286LPM2   A0A516UWJ5   A0A516UWG1   F4MIS1   G4XMS2   B3TD55   C9DSW5   J7I082   J7I092   Q706B0   X2JF32   C9DST2   Q805I0   A0A023PP46   Q998S0   A4ZCJ3   B3FHV1   A0A023PN05   A0A2K8GIT1   U5QEL0   A0A346PYQ0   A0A516UWF6   A4ZCT3   A4ZCQ9   D0R6R8   G3C7A1   A0A2R4N523   A0A1B2CWI7   E5D0C8   A0A3G4BBT5   A0A346T2V9   I1YZI2   A0A516UWC4   A0A2K8GIX6   E5D0A6   A0A1X9Y2W5   A0A1W6AWJ8   A0A2Z5D881   C9DSV4   C9DSU3   B2MWM4   F6M7C0   A4ZCR7   Q5MBQ5   A0A1L5YNB8   Q52H07   A0A0K1RFY5   O12398   Q0ZB57   A0A1X9Y2S2   B7SXR9   A0A1X9Y2R2   A0A0N9QGI9   A0A516UWF1   B5A548   B7SXQ3   A0A2K8GJ33   A4ZCM2   A4ZCS5   F1KCQ5   A0A2P1BXS3   A0A1L4A1P8   A0A4Y5SZ86   A5Z182   A0A1P8VF89   A0A0K1RMX8   A0A1X9Y2P8   A0A346M354   A4ZCL4   Q0ZB49   A4ZCN0   A0A1L7H979   A0A2H4I7K7  

Pubmed

11711626    6092234    3027249    6331112    15661153    16137658    + More
21539870    22903901    26585962    31439703    21994806    11087096    30197283    18514348    27793730    25712772    28923510    25843648    19625463    28705717    15019237    16990149    17629993    18295413    19100792    20181858    20652731    21909766    26482289    28495648    28646651    28116527    23178317    20022075    23202499    12425795    15183070    16927130    19102764    19219402    24613433    27108998    18045937    27938680    18468711    29337625    25843651    30126059    30714035    22421962    20574643    26191621    7710354    9168126    17364511    26262637    29141204    21049275    25721384   

EMBL

AJ311317    CAC39119.1    M95169    M25905    AY692454    DQ001338    + More
DQ001339    FJ904722    ADA83562.1    AJ311362    CAC39305.1    MK581202    QDQ69128.1    KU253616    KU253617    KU253619    KU253620    KU253621    KU253622    KU253623    KU253624    AND76823.1    AND76831.1    AND76847.1    AND76855.1    AND76863.1    AND76871.1    AND76879.1    AND76887.1    JX143760    AFQ00048.1    KR822424    ALQ43522.1    MK878536    QCX19626.1    GU393331    ADV71727.1    AF203000    FJ008695    GU393332    MF462334    MH779856    MH779857    MH779858    MH779859    MH779860    AAF69114.1    ACM45234.1    ADV71740.1    ASU92393.1    AYA44696.1    EU022526    ABW75145.1    KT886454    AMO03297.1    KX272465    APY20701.1    LN610099    CEK09115.1    KX302861    KX302865    APZ73666.1    APZ73702.1    KY047602    MK581207    API80975.1    QDQ69193.1    KP662631    AKC34139.1    FN430414    CAZ86704.1    GU393336    GU393337    ADV71803.1    MF421319    MF421320    ASM61967.1    ASM61980.1    FJ904714    ADA83483.1    MK581208    QDQ69206.1    AF203005    AF469016    AY641576    AY842860    AH014596    AY856346    EF602437    EF602439    EF602443    EF602457    EU714028    EU817497    EU822341    FJ807652    FJ888351    GQ229232    GQ504722    GU393335    JF330899    KJ425486    KJ425487    KJ425488    KJ425490    KJ425491    KJ425492    KJ425493    KJ425494    KJ425495    KJ425498    KJ425499    KJ425500    KJ425501    KJ425502    KJ425503    KJ425505    KJ425506    KJ425507    KJ425508    KJ425509    KJ425511    KJ425512    KJ435284    KJ435285    KT203557    KT736031    KX236001    KY588134    KY588135    KY805845    KY273667    MK937829    MK937831    MK937833    AAF69121.1    AAO33446.1    AAT70078.1    AAV88475.1    AAW56617.1    AAW83031.1    ABQ84747.1    ABQ84763.1    ABQ84795.1    ABQ84906.1    ACH72798.1    ACJ12839.1    ACJ50204.1    ACO37571.1    ACQ55235.1    ACT31318.1    ADP06476.1    ADV71778.1    ADY62557.1    AHX25907.1    AHX25916.1    AHX25925.1    AHX25943.1    AHX25952.1    AHX25961.1    AHX25970.1    AHX25979.1    AHX25988.1    AHX26015.1    AHX26024.1    AHX26033.1    AHX26042.1    AHX26051.1    AHX26060.1    AHX26078.1    AHX26087.1    AHX26096.1    AHX26105.1    AHX26114.1    AHX26133.1    AHX26141.1    AHX26159.1    AHX26168.1    ALE71336.1    AMK51943.1    APY26750.1    ARE67878.1    ARE67890.1    ARS23146.1    ASF20086.1    QDA76305.1    QDA76323.1    QDA76341.1    KY626045    MK071267    ARJ35796.1    QCS40645.1    KU900740    ARS22425.1    AF469011    AAO33436.1    MF462335    ASU92401.1    MK581206    QDQ69180.1    MK581205    QDQ69167.1    FJ904715    ADA83494.1    JF828981    AEP84751.1    EU022525    ABW75131.1    GQ427176    ACV87270.1    JQ977697    KU900739    AFQ31005.1    ARS22415.1    JQ977698    AFQ31015.1    AJ619604    CAF22050.1    KJ135013    AHN54759.1    GQ427173    ACV87241.1    AF469012    AF469013    AF470626    AY514485    AY761141    AY839142    EF602438    EF602440    EF602442    EF602451    EF602456    EU418975    EU418976    FJ904713    FJ904716    FJ904717    FJ904718    FJ904719    GU386375    GQ504720    GQ504721    GU393334    GU393338    JF775530    KC506155    KF411040    KF696629    KJ425485    KP868573    KU317090    KX252791    KR265092    KY776700    KY776701    AAO33438.1    AAO33440.1    AAS00085.1    AAV28727.1    AAV88485.1    ABQ84755.1    ABQ84771.1    ABQ84787.1    ABQ84858.1    ABQ84898.1    ACB59367.1    ACB59377.1    ADA83472.1    ADA83502.1    ADA83512.1    ADA83522.1    ADA83532.1    ADC79656.1    ADP06454.1    ADP06467.1    ADV71765.1    AEO79902.1    AGJ98442.1    AGZ89677.1    AHB79528.1    AHX25898.1    ALC78752.1    ANI87716.1    APY26732.1    ART35354.1    AVI69449.1    AVI69458.1    KJ425510    AHX26123.1    AJ310641    CAC33184.1    DQ490205    KU556805    ABF61470.1    APP92736.1    EU095850    ABW81433.1    KJ425489    AHX25934.1    KU949737    KU949738    KU949739    MG738154    ARI46225.1    ARI46233.1    ARI46241.1    QAA92382.1    KF377577    KJ425497    KP036502    KP036503    KP036504    KP118880    KP118881    KP118882    KP118883    KP118884    KP118885    KP118887    KP118888    KP118891    KP118892    KP118893    KX219794    KX236009    KX302862    KX259250    KX364299    MK032177    MK032179    MK032180    AGY56145.1    AHX26006.1    AJP16717.1    AJP16726.1    AJP16735.1    AJT47847.1    AJT47856.1    AJT47865.1    AJT47874.1    AJT47883.1    AJT47892.1    AJT47910.1    AJT47919.1    AJT47946.1    AJT47955.1    AJT47964.1    APV46127.1    APY26821.1    APZ73675.1    AQD20697.1    ARB66194.1    AZA07829.1    AZA07847.1    AZA07855.1    MG021194    AXR85439.1    MK581204    QDQ69154.1    DQ490217    JN176213    KU556807    ABF61560.1    AFK30967.1    APP92762.1    DQ490214    ABF61536.1    FN430415    CAZ86713.1    GU393333    ADV71753.1    MG763935    AVX27617.1    KX258195    ANY59005.1    GQ504725    ADP06509.1    MH878976    AYS76112.1    MG233398    AXT92420.1    JQ088078    AFJ11181.1    MK581200    MK581201    QDQ69102.1    QDQ69115.1    KU949740    KU949741    KU949742    KU949743    KU949744    KU949745    KU949747    MG738155    ARI46249.1    ARI46257.1    ARI46265.1    ARI46273.1    ARI46281.1    ARI46289.1    ARI46305.1    QAA92392.1    GQ504723    ADP06487.1    KY805846    ARS23159.1    KY626044    ARJ35786.1    MH021175    AXB38899.1    GQ427175    ACV87259.1    GQ427174    ACV87248.1    EU637854    ACC94331.1    JF732918    AEF98435.1    DQ490215    ABF61544.1    AY839139    DQ490206    EF602441    AAV88481.1    ABF61478.1    ABQ84779.1    KU556806    APP92749.1    DQ007017    AAY00020.1    KP780179    AKV60434.1    U49858    U46037    AAC57078.1    DQ646404    EU822337    EU822339    KX668222    MF673729    ABG36784.1    ACJ50172.1    ACJ50188.1    AOC59736.1    ASU92409.1    KU900744    ARS22465.1    EU822340    ACJ50196.1    KU900743    ARS22455.1    KR231009    ALH21118.1    MK581203    QDQ69141.1    EU812232    ACF77103.1    EU822338    ACJ50180.1    KU949746    ARI46297.1    DQ490209    ABF61499.1    DQ490216    ABF61552.1    JF330898    MG448607    ADY62547.1    AVI69524.1    KY799582    AVI69490.1    KX077987    API61795.1    MK217372    QDA76224.1    EF602455    KX185056    KX185059    ABQ84890.1    APX44042.1    APX44070.1    KX302868    KX372249    APZ73729.1    AQY03964.1    KR902510    AKV63210.1    KU900741    ARS22435.1    MG913342    AXQ05198.1    DQ490208    ABF61491.1    DQ646405    ABG36792.1    DQ490210    DQ490218    DQ490221    KF460437    ABF61507.1    ABF61568.1    ABF61584.1    AIG54290.1    KX348115    APU51852.1    KR265088    ART35322.1   

Proteomes

UP000114388    UP000006717    UP000107149    UP000101586    UP000138261    UP000138275    + More
UP000160499    UP000099410    UP000133437    UP000126934    UP000130326    UP000159366    UP000119508    UP000160333    UP000133571    UP000097868    UP000101527    UP000102121    UP000102163    UP000103149    UP000104400    UP000106511    UP000107224    UP000107830    UP000108224    UP000113245    UP000113896    UP000113939    UP000118008    UP000120286    UP000120642    UP000132365    UP000136241    UP000136440    UP000146865    UP000149404    UP000155572    UP000155946    UP000158124    UP000158949    UP000159206    UP000163887    UP000165788    UP000166253    UP000170189    UP000173109    UP000173215    UP000174151    UP000180343    UP000129334    UP000167410    UP000117980    UP000167574    UP000096390    UP000150527    UP000138100    UP000123786    UP000102335    UP000104663    UP000107038    UP000119721    UP000121579    UP000124016    UP000129978    UP000130162    UP000131863    UP000137477    UP000139706    UP000145806    UP000149006    UP000151624    UP000155805    UP000160278    UP000167075    UP000138146    UP000106026    UP000122234    UP000100522    UP000105210    UP000105510    UP000108163    UP000109170    UP000111271    UP000117109    UP000121165    UP000124537    UP000136129    UP000142905    UP000146859    UP000147307    UP000149934    UP000170218    UP000170844    UP000151903    UP000146844    UP000114242    UP000139891    UP000132955    UP000112634    UP000098674    UP000130254    UP000142745    UP000097758    UP000149090    UP000151562    UP000149405    UP000123393   

PRIDE

Q89613   

Pfam

PF06336   Corona_5a

Interpro

IPR009404   Corona_5a

ProteinModelPortal

Q778S2   Q89613   F4MIZ1   Q91QS8   A0A516UWB6   A0A172Q3V8   + More
J7HKL2   A0A0S2ZXT6   A0A4Y5QAL8   G3C775   Q9J4B2   B3TD68   A0A140HEX0   A0A1P8SFM5   A0A0E4G3T5   A0A1P8VEZ4   A0A1L4BI89   A0A0E3XI24   D0R6R1   G3C7F1   A0A221J5Q9   F4MIR1   A0A516UWJ3   Q9J4A5   A0A1W6AWK8   A0A1X9Y2N7   Q80RZ8   A0A286LPM2   A0A516UWJ5   A0A516UWG1   F4MIS1   G4XMS2   B3TD55   C9DSW5   J7I082   J7I092   Q706B0   X2JF32   C9DST2   Q805I0   A0A023PP46   Q998S0   A4ZCJ3   B3FHV1   A0A023PN05   A0A2K8GIT1   U5QEL0   A0A346PYQ0   A0A516UWF6   A4ZCT3   A4ZCQ9   D0R6R8   G3C7A1   A0A2R4N523   A0A1B2CWI7   E5D0C8   A0A3G4BBT5   A0A346T2V9   I1YZI2   A0A516UWC4   A0A2K8GIX6   E5D0A6   A0A1X9Y2W5   A0A1W6AWJ8   A0A2Z5D881   C9DSV4   C9DSU3   B2MWM4   F6M7C0   A4ZCR7   Q5MBQ5   A0A1L5YNB8   Q52H07   A0A0K1RFY5   O12398   Q0ZB57   A0A1X9Y2S2   B7SXR9   A0A1X9Y2R2   A0A0N9QGI9   A0A516UWF1   B5A548   B7SXQ3   A0A2K8GJ33   A4ZCM2   A4ZCS5   F1KCQ5   A0A2P1BXS3   A0A1L4A1P8   A0A4Y5SZ86   A5Z182   A0A1P8VF89   A0A0K1RMX8   A0A1X9Y2P8   A0A346M354   A4ZCL4   Q0ZB49   A4ZCN0   A0A1L7H979   A0A2H4I7K7  

KEGG

vg:6353562    

GO

GO:0019013  C:viral nucleocapsid

From MSLVP

Single-Pass Membrane

Length:

65

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.15795

Exp number, first 60 AAs:

0.1573

Total prob of N-in:

0.31908

outside

1  -  65