Strain

USA_AVIAN_2004_NC_001451 (Region: USA: Beaudette;  Strain: Avian infectious bronchitis virus, complete genome.;  Date: 2004)

Gene

5b protein

Description

Annotated in NCBI,  5b protein

Location

NC_001451(+):25682-25930

GenBank Accession

NP_040837.1

Full name

Non-structural protein 5b      

Alternative Name

Accessory protein 5b

CDS

ATGAATAATAGTAAAGATAATCCTTTTCGCGGAGCAATAGCAAGAAAAGCTCGAATTTATCTGAGAGAAGGATTAGATTGTGTTTACTTTCTTAACAAAGCAGGACAAGCAGAGCCTTGTCCCGCGTGTACCTCTCTAGTATTCCAAGGGAAAACTTGTGAGGAACACATACATAATAATAATCTTTTGTCATGGCAAGCGGTAAAGCAGCTGGAAAAACAGACGCCCCAGCGCCAGTCATTAAACTAG

Protein

MNNSKDNPFRGAIARKARIYLREGLDCVYFLNKAGQAEPCPACTSLVFQGKTCEEHIHNNNLLSWQAVKQLEKQTPQRQSLN

Keywords

Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 5b

Uniprot

Q778S1   Q778R8   Q89786   A0A1B2RX92   F4MIZ2   A0A2H4I7K2   + More
A0A410R7V0   A0A1B0Z565   P19745   A0A1U9WYF3   B7SXS0   Q80RZ1   A0A2K8GIX3   B7SXN8   B7SXP6   B2MWM5   F5BDB1   A0A1X9Y2M8   A0A286LPL5   A0A1L2FT86   A0A1L1XGW0   A0A1X9Y2P7   A0A1X9Y2S1   A0A516UWC8   D7SCB3   C9DSV5   A0A2H4I7N7   G3C789   O10678   B5A549   F4MIR2   G3C776   G3G1B0   A0A2K8GJA3   Q805Q0   A0A286LPN1   Q0ZB40   F4MIQ2   A0A516UWH1   A0A172Q3Y0   Q0ZB56   Q5XL98   U5QBA9   A0A516UWK9   F4MIU2   D0R6R2   G3G1A7   V5UPE0   F4MIS2   A0A2K8GIY8   A0A172Q3P7   Q52H06   A0A3G6IPQ5   J7I709   C9DSU4   L7RC56   A0A1P8FCL5   A0A1P8FCC1   A0A0S2ZX43   A0A516UWE4   A0A172Q3V2   A0A1L1XH57   X2JAU1   A0A0D4CFD8   O10381   A0A346PYQ1   C9DST3   A0A3G6IQA2   A0A516UWF3   A0A142IJS3   A5Z0Z6   A8W910   A0A0K1RNF8   A0A1P8SMW3   A4ZCN1   A0A1L1XGN9   Q5MBQ8   B7SXR0   A5Z120   Q80RZ7   A0A346M352   K7WGN8   Q6R4N9   A0A0C5GTH2   C1IY01   C7S7Z6   A0A1P8NTR9   A0A221J5R0   A0A2H4I7L9   Q5MBQ1   A0A0K0WS41   A5Z1A7   A0A1P8SFM9   B3TD69   G3FES3   A0A1W6AWJ9   A0A2K8GJF3   A0A4Y5SZ83   A0A385H6D3   A0A023PNP0  

Pubmed

11711626    6092234    3027249    6331112    15661153    16137658    + More
21539870    2841803    19100792    15019237    28116527    29337625    21994806    21909766    24613433    26482289    27108998    22966194    20022075    7710354    9168126    19102764    19219402    30197283    17364511    16990149    18295413    19625463    26191621    31439703    24682939    29141204    23202499    23166279    26585962    30126059    23171741    18045937    21049275    22542436    25721384    23166232    25636916    15183070    16927130    28705717    27793730    18514348   

EMBL

AJ311317    CAC39120.1    AJ311362    CAC39306.1    M95169    M25905    + More
AY692454    DQ001338    DQ001339    KX668222    AOC59737.1    FJ904722    ADA83563.1    KR265087    ART35315.1    MH181793    QAT77254.1    KU361187    ANO81450.1    M21515    KY407557    AQY61320.1    EU822340    ACJ50197.1    AF470626    EU822338    KU900743    AAO33464.1    ACJ50181.1    ARS22456.1    KU949737    KU949738    KU949739    MG738154    ARI46226.1    ARI46234.1    ARI46242.1    QAA92383.1    EU822336    ACJ50165.1    EU822337    ACJ50173.1    EU637854    FJ904716    FJ904718    FJ904719    GU386375    GQ504722    GQ504723    GU393333    KC506155    KF411040    KF696629    KJ425485    KU317090    ACC94332.1    ADA83503.1    ADA83523.1    ADA83533.1    ADC79657.1    ADP06475.1    ADP06486.1    ADV71752.1    AGJ98443.1    AGZ89678.1    AHB79529.1    AHX25899.1    ANI87717.1    HQ848267    AEB00712.1    KU900739    ARS22416.1    MF462334    ASU92394.1    KX266757    KU900740    AOC59727.1    ARS22426.1    KM365465    AJP08819.1    KU900741    ARS22436.1    KU900744    ARS22466.1    MK581203    QDQ69142.1    HM245924    ADI54961.1    GQ427175    ACV87258.1    KR265092    ART35355.1    GU393332    ADV71739.1    U46037    AAC57888.1    EU812232    ACF77104.1    FJ904714    ADA83484.1    GU393331    ADV71726.1    JF775530    AEO79903.1    KU949740    KU949742    KU949743    KU949744    KU949745    MG738155    ARI46250.1    ARI46266.1    ARI46274.1    ARI46282.1    ARI46290.1    QAA92393.1    AF469012    AF469013    EU418976    GQ504720    MH779856    MH779857    MH779858    MH779860    AAO33439.1    AAO33441.1    ACB59378.1    ADP06453.1    AYA44697.1    MF673729    ASU92410.1    DQ646406    ABG36801.1    FJ904713    ADA83473.1    MK581204    QDQ69155.1    KU253621    KU253622    KU253624    AND76864.1    AND76872.1    AND76888.1    DQ646404    JF330898    MG448607    ABG36785.1    ADY62548.1    AVI69525.1    AY761141    AY839142    EF602438    EF602440    EF602442    EF602456    EU418975    GQ504721    KP868573    KY776700    KY776701    MH779859    AAV28728.1    AAV88486.1    ABQ84756.1    ABQ84772.1    ABQ84788.1    ABQ84899.1    ACB59368.1    ADP06473.2    ALC78753.1    AVI69450.1    AVI69459.1    AYA44727.1    KF377577    KJ425497    KP036503    KP036504    KP118880    KP118881    KP118883    KP118884    KP118885    KP118887    KP118888    KP118891    KP118892    KP118893    KX219794    KX236009    KX302862    KX259250    KX434790    KX364299    MK032179    AGY56146.1    AHX26007.1    AJP16727.1    AJP16736.1    AJT47848.1    AJT47857.1    AJT47875.1    AJT47884.1    AJT47893.1    AJT47911.1    AJT47920.1    AJT47947.1    AJT47956.1    AJT47965.1    APV46128.1    APY26822.1    APZ73676.1    AQD20698.1    AQY55890.1    ARB66195.1    AZA07848.1    MK581208    QDQ69207.1    FJ904717    ADA83513.1    FN430414    CAZ86705.1    JF775529    KP780179    MK878536    AEO79900.1    AKV60435.1    QCX19627.1    KF663559    KF668605    AHB73995.1    AHB78806.1    FJ904715    ADA83493.1    KU949741    ARI46258.1    KU253616    KU253617    KU253619    AND76824.1    AND76832.1    AND76848.1    DQ007017    EF602450    KY799582    AAY00021.1    ABQ84852.1    AVI69491.1    MH924835    MK142676    AZA07520.1    QCX41903.1    JQ977698    AFQ31016.1    GQ427174    ACV87247.1    JX897900    AGC01548.1    KX219801    APV46190.1    KX219791    APV46100.1    KR822424    ALQ43523.1    MK581202    QDQ69129.1    KU253623    AND76880.1    KM365469    AJP08851.1    KJ135013    KT886454    AHN54760.1    AMO03298.1    KP118886    AJT47902.1    U49858    AAC57079.1    MG021194    AXR85440.1    GQ427173    ACV87240.1    MK032177    AZA07830.1    MK581205    QDQ69168.1    KT946798    MG517474    AMR60486.1    AYD78156.1    EF602444    FJ807653    JF893452    KF663560    ABQ84804.1    ACO37580.1    AEJ80244.1    AHB74005.1    EU200779    ABW34727.1    KR902510    AKV63211.1    KX252785    MK032181    APY23602.1    AZA07866.1    DQ490210    DQ490211    DQ490218    DQ490221    JN983807    KF460437    KF931628    ABF61508.1    ABF61516.1    ABF61569.1    ABF61585.1    AFK30960.1    AIG54291.1    AIG54302.1    KJ669722    AJP08747.1    AY839136    EF602449    KX252772    AAV88480.1    ABQ84844.1    APY23485.1    EU822339    ACJ50189.1    EF602447    ABQ84828.1    AF469011    AAO33437.1    MG913342    AXQ05196.1    JX840411    MF508703    MK032178    AFX59335.1    AWR92753.1    AZA07839.1    AY514485    AAS00086.1    KP036505    KX434789    AJP16745.1    AQY55881.1    FJ008695    ACM45235.1    EU714029    ACH72810.1    KX185058    APX44062.1    MF421319    ASM61968.1    KR265090    ART35339.1    AY839141    EF602452    EF602461    KX302866    AAV88484.1    ABQ84867.1    ABQ84939.1    APZ73712.1    KP790146    KX275390    AKS25258.1    APZ73813.1    EF602458    ABQ84915.1    KX272465    APY20702.1    EU022526    ABW75146.1    JF705860    AEO86774.1    KY626044    ARJ35787.1    KU949747    ARI46306.1    MK217374    MK309398    MK329221    MN096598    QDA76243.1    QDM02508.1    QDO71793.1    QEI10567.1    MG197727    AXX83291.1    KJ425486    KJ425490    KJ425491    KJ425495    KJ425499    KJ425501    KJ435285    KT736031    AHX25908.1    AHX25944.1    AHX25953.1    AHX25989.1    AHX26025.1    AHX26043.1    AHX26169.1    AMK51944.1   

Proteomes

UP000114388    UP000006717    UP000107149    UP000101586    UP000101527    UP000104663    + More
UP000119721    UP000121579    UP000124016    UP000130162    UP000130254    UP000132955    UP000146844    UP000155805    UP000167075    UP000100089    UP000124698    UP000112634    UP000160499    UP000133571    UP000138275    UP000102335    UP000151624    UP000145806    UP000149090    UP000107038    UP000139706    UP000149006    UP000100522    UP000105510    UP000108163    UP000109170    UP000117109    UP000121165    UP000124537    UP000136129    UP000142905    UP000146859    UP000147307    UP000149934    UP000170218    UP000170844    UP000137477    UP000159366    UP000142745    UP000099623    UP000157170    UP000129334    UP000150527    UP000098674    UP000116982    UP000138261    UP000133437    UP000138100    UP000166017    UP000123786    UP000099500    UP000156427    UP000170434    UP000151562    UP000123393    UP000128029    UP000167873    UP000160278    UP000149511    UP000139954    UP000101166    UP000099410    UP000172963    UP000097868    UP000102121    UP000107224    UP000120642    UP000159206    UP000163887    UP000173109    UP000174151   

PRIDE

Q89786   

Pfam

PF05528   Coronavirus_5

Interpro

IPR008458   Coronavirus_5

ProteinModelPortal

Q778S1   Q778R8   Q89786   A0A1B2RX92   F4MIZ2   A0A2H4I7K2   + More
A0A410R7V0   A0A1B0Z565   P19745   A0A1U9WYF3   B7SXS0   Q80RZ1   A0A2K8GIX3   B7SXN8   B7SXP6   B2MWM5   F5BDB1   A0A1X9Y2M8   A0A286LPL5   A0A1L2FT86   A0A1L1XGW0   A0A1X9Y2P7   A0A1X9Y2S1   A0A516UWC8   D7SCB3   C9DSV5   A0A2H4I7N7   G3C789   O10678   B5A549   F4MIR2   G3C776   G3G1B0   A0A2K8GJA3   Q805Q0   A0A286LPN1   Q0ZB40   F4MIQ2   A0A516UWH1   A0A172Q3Y0   Q0ZB56   Q5XL98   U5QBA9   A0A516UWK9   F4MIU2   D0R6R2   G3G1A7   V5UPE0   F4MIS2   A0A2K8GIY8   A0A172Q3P7   Q52H06   A0A3G6IPQ5   J7I709   C9DSU4   L7RC56   A0A1P8FCL5   A0A1P8FCC1   A0A0S2ZX43   A0A516UWE4   A0A172Q3V2   A0A1L1XH57   X2JAU1   A0A0D4CFD8   O10381   A0A346PYQ1   C9DST3   A0A3G6IQA2   A0A516UWF3   A0A142IJS3   A5Z0Z6   A8W910   A0A0K1RNF8   A0A1P8SMW3   A4ZCN1   A0A1L1XGN9   Q5MBQ8   B7SXR0   A5Z120   Q80RZ7   A0A346M352   K7WGN8   Q6R4N9   A0A0C5GTH2   C1IY01   C7S7Z6   A0A1P8NTR9   A0A221J5R0   A0A2H4I7L9   Q5MBQ1   A0A0K0WS41   A5Z1A7   A0A1P8SFM9   B3TD69   G3FES3   A0A1W6AWJ9   A0A2K8GJF3   A0A4Y5SZ83   A0A385H6D3   A0A023PNP0  

KEGG

vg:1489744    

From MSLVP

Host nucleus. Host cytoplasm.

Length:

82

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.00041

Exp number, first 60 AAs:

0.00041

Total prob of N-in:

0.50967

inside

1  -  82