Strain

CANADA_AVIAN_2007_NC_010800 (Region: Canada;  Strain: Turkey coronavirus, complete genome.;  Date: 2007)

Gene

5b protein

Description

Annotated in NCBI,  5b protein

Location

NC_010800(+):25863-26111

GenBank Accession

YP_001941173.1

Full name

Non-structural protein 5b      

Alternative Name

Accessory protein 5b

CDS

ATGAATAATAGTAAAGATAATCCTTTTCGCGGAGCAATAGCAAGAAAAGCGCGAATTTATCTGAGAGAAGGATTAGATTGTGTTTACTTTCTTAACAAAGCAGGACAAGCAGAGCCTTGTTCCGCGTGTACCTCTTTAGTATTCCAAGGGAAAACTTGTGAGGAACACATAAATAATAACGATCTTTTGTCATGGCAAGCGGTAAGGCAACTGGCAAGACAGATGCCCCAGCGCCGGTCATCAAACTAG

Protein

MNNSKDNPFRGAIARKARIYLREGLDCVYFLNKAGQAEPCSACTSLVFQGKTCEEHINNNDLLSWQAVRQLARQMPQRRSSN

Keywords

Reference proteome  

Feature

chain  Non-structural protein 5b

Uniprot

B3FHV2   C9DSU4   C9DSV5   B2MWM5   G3C789   A0A286LPL5   + More
C9DST3   O10678   B5A549   F4MIR2   G3C776   A0A286LPN1   A0A2H4I7N7   C1IY01   Q805Q0   G3G1B0   B7SXP6   F4MIU2   Q80RZ1   G3C7G5   Q5XL98   P19745   B7SXS0   F4MIZ2   G3G1A7   A0A2K8GJF3   F4MIS2   A0A2K8GIY8   A0A2K8GJA3   O10381   A0A1L2FT86   B7SXR0   B7SXN8   A0A1P8SMW3   U5QBA9   A0A172Q3T9   A0A410R7V0   Q52H06   A0A1U9WYF3   A0A0C5H8F1   A0A1X9Y2S1   A0A221J5R0   A0A1X9Y2P7   Q80RZ7   Q9J4B1   B3TD69   Q6R4N9   G3C7E0   F4MIQ2   Q778S1   Q778R8   Q89786   A0A3G6IQA2   A0A1L4BIA9   A0A172Q3P7   G3FJ43   Q9J4A4   A0A1W6AWK9   A0A1X9Y2M8   C7S7Z6   A0A3G6IQQ9   Q0ZB48   A0A2K8GIX3   A0A286LPM3   J7I709   A5Z151   Q80RZ5   A0A1B2RX92   A0A172Q3Y0   A0A1P8SFM9   A0A221J5Q8   D7SCB3   A0A1P8FCL5   X2JAU1   Q66VA0   Q0ZB40   A0A516UWF3   A0A346M352   A0A0S2ZX43   A4ZCR0   A0A1L1XGZ1   A4ZCN1   G3FES3   G0ZGK7   A0A1V0G365   W6CGM6   A0A1L1XH57   A0A2H4I7J6   F5BDB1   A0A0K1RNF8   I1YZI3   A0A1B0Z565   A0A3G4BC34   A0A1X9Y2X4   A0A172Q3V2   A0A516UWK0   A0A0D4CFD8   A0A023PNP0   A0A346PYQ1   A0A023PP23  

Pubmed

18468711    20022075    21539870    21994806    21909766    24613433    + More
26482289    27108998    7710354    9168126    15019237    19102764    19219402    30197283    19100792    28116527    16990149    18295413    2841803    26191621    31439703    29337625    29141204    25843651    28705717    11087096    18514348    15183070    16927130    11711626    6092234    3027249    6331112    15661153    16137658    28923510    17629993    20181858    20652731    23178317    28495648    28646651    17364511    23202499    27793730    15722532    26585962    18045937    21049275    22542436    25721384    22966194    22421962    30714035    30126059   

EMBL

EU095850    ABW81434.1    GQ427174    ACV87247.1    GQ427175    ACV87258.1    + More
EU637854    FJ904716    FJ904718    FJ904719    GU386375    GQ504722    GQ504723    GU393333    KC506155    KF411040    KF696629    KJ425485    KU317090    ACC94332.1    ADA83503.1    ADA83523.1    ADA83533.1    ADC79657.1    ADP06475.1    ADP06486.1    ADV71752.1    AGJ98443.1    AGZ89678.1    AHB79529.1    AHX25899.1    ANI87717.1    GU393332    ADV71739.1    MF462334    ASU92394.1    GQ427173    ACV87240.1    U46037    AAC57888.1    EU812232    ACF77104.1    FJ904714    ADA83484.1    GU393331    ADV71726.1    MF673729    ASU92410.1    KR265092    ART35355.1    FJ008695    ACM45235.1    AF469012    AF469013    EU418976    GQ504720    MH779856    MH779857    MH779858    MH779860    AAO33439.1    AAO33441.1    ACB59378.1    ADP06453.1    AYA44697.1    JF775530    AEO79903.1    EU822337    ACJ50173.1    FJ904717    ADA83513.1    AF470626    EU822338    KU900743    AAO33464.1    ACJ50181.1    ARS22456.1    GU393334    GU393338    ADV71814.1    AY761141    AY839142    EF602438    EF602440    EF602442    EF602456    EU418975    GQ504721    KP868573    KY776700    KY776701    MH779859    AAV28728.1    AAV88486.1    ABQ84756.1    ABQ84772.1    ABQ84788.1    ABQ84899.1    ACB59368.1    ADP06473.2    ALC78753.1    AVI69450.1    AVI69459.1    AYA44727.1    M21515    EU822340    ACJ50197.1    FJ904722    ADA83563.1    JF775529    KP780179    MK878536    AEO79900.1    AKV60435.1    QCX19627.1    KU949747    ARI46306.1    FJ904715    ADA83493.1    KU949741    ARI46258.1    KU949740    KU949742    KU949743    KU949744    KU949745    MG738155    ARI46250.1    ARI46266.1    ARI46274.1    ARI46282.1    ARI46290.1    QAA92393.1    U49858    AAC57079.1    KX266757    KU900740    AOC59727.1    ARS22426.1    EU822339    ACJ50189.1    EU822336    ACJ50165.1    KX252785    MK032181    APY23602.1    AZA07866.1    KF377577    KJ425497    KP036503    KP036504    KP118880    KP118881    KP118883    KP118884    KP118885    KP118887    KP118888    KP118891    KP118892    KP118893    KX219794    KX236009    KX302862    KX259250    KX434790    KX364299    MK032179    AGY56146.1    AHX26007.1    AJP16727.1    AJP16736.1    AJT47848.1    AJT47857.1    AJT47875.1    AJT47884.1    AJT47893.1    AJT47911.1    AJT47920.1    AJT47947.1    AJT47956.1    AJT47965.1    APV46128.1    APY26822.1    APZ73676.1    AQD20698.1    AQY55890.1    ARB66195.1    AZA07848.1    KU253620    AND76856.1    MH181793    QAT77254.1    DQ007017    EF602450    KY799582    AAY00021.1    ABQ84852.1    AVI69491.1    KY407557    AQY61320.1    KP036502    KP118882    AJP16718.1    AJT47866.1    KU900744    ARS22466.1    MF421319    ASM61968.1    KU900741    ARS22436.1    AF469011    AAO33437.1    AF203000    AAF69115.1    EU022526    ABW75146.1    AY514485    AAS00086.1    GU393336    GU393337    ADV71789.1    FJ904713    ADA83473.1    AJ311317    CAC39120.1    AJ311362    CAC39306.1    M95169    M25905    AY692454    DQ001338    DQ001339    MK032177    AZA07830.1    KY047602    API80976.1    KU253616    KU253617    KU253619    AND76824.1    AND76832.1    AND76848.1    JF730308    AEO32083.1    AF203005    AF469016    AY641576    AY842860    AH014596    AY856346    EF602437    EF602439    EF602443    EU714028    EU822341    FJ807652    FJ888351    GQ229232    GU393335    JF330899    JF730309    JF828981    KJ425487    KJ425488    KJ425489    KJ425492    KJ425493    KJ425494    KJ425498    KJ425500    KJ425502    KJ425503    KJ425505    KJ425507    KJ425508    KJ425509    KJ425510    KJ425511    KJ425512    KJ435284    KT203557    KY588134    KY588135    KY805845    KY273667    MG763935    MK937829    MK937831    MK937833    AAF69122.1    AAO33447.1    AAT70079.1    AAV88476.1    AAW56618.1    AAW83032.1    ABQ84748.1    ABQ84764.1    ABQ84796.1    ACH72799.1    ACJ50205.1    ACO37572.1    ACQ55236.1    ACT31319.1    ADV71777.1    ADY62558.1    AEO32084.1    AEP84752.1    AHX25917.1    AHX25926.1    AHX25935.1    AHX25962.1    AHX25971.1    AHX25980.1    AHX26016.1    AHX26034.1    AHX26052.1    AHX26061.1    AHX26079.1    AHX26097.1    AHX26106.1    AHX26115.1    AHX26124.1    AHX26132.1    AHX26142.1    AHX26160.1    ALE71337.1    ARE67879.1    ARE67891.1    ARS23147.1    ASF20087.1    AVX27618.1    QDA76306.1    QDA76324.1    QDA76342.1    KY626045    MK071267    ARJ35797.1    QCS40646.1    KU900739    ARS22416.1    EU714029    ACH72810.1    MK032180    AZA07857.1    DQ646405    ABG36793.1    KU949737    KU949738    KU949739    MG738154    ARI46226.1    ARI46234.1    ARI46242.1    QAA92383.1    MF462335    ASU92402.1    JQ977698    AFQ31016.1    EF602451    KX252791    ABQ84859.1    APY26733.1    AF469014    AAO33443.1    KX668222    AOC59737.1    KU253621    KU253622    KU253624    AND76864.1    AND76872.1    AND76888.1    KX272465    APY20702.1    MF421320    ASM61981.1    HM245924    ADI54961.1    KX219801    APV46190.1    KJ135013    KT886454    AHN54760.1    AMO03298.1    AY702085    JF828980    KJ435286    AAU09496.1    AEP84742.1    AHX26178.1    DQ646406    ABG36801.1    MK581205    QDQ69168.1    MG913342    AXQ05196.1    KR822424    ALQ43523.1    DQ490214    ABF61537.1    KM365468    AJP08843.1    DQ490210    DQ490211    DQ490218    DQ490221    JN983807    KF460437    KF931628    ABF61508.1    ABF61516.1    ABF61569.1    ABF61585.1    AFK30960.1    AIG54291.1    AIG54302.1    JF705860    AEO86774.1    JF274479    AEL12227.1    KX364293    ARB66141.1    KF853202    KM586818    AHI85766.1    AKN20495.1    KM365469    AJP08851.1    KR265088    ART35323.1    HQ848267    AEB00712.1    KR902510    AKV63211.1    JQ088078    AFJ11182.1    KU361187    ANO81450.1    MH878976    AYS76113.1    KY805846    ARS23160.1    KU253623    AND76880.1    MK581207    QDQ69194.1    KP118886    AJT47902.1    KJ425486    KJ425490    KJ425491    KJ425495    KJ425499    KJ425501    KJ435285    KT736031    AHX25908.1    AHX25944.1    AHX25953.1    AHX25989.1    AHX26025.1    AHX26043.1    AHX26169.1    AMK51944.1    MG021194    AXR85440.1    KJ425506    AHX26088.1   

Proteomes

UP000106026    UP000098674    UP000112634    UP000101527    UP000104663    UP000119721    + More
UP000121579    UP000124016    UP000130162    UP000130254    UP000132955    UP000146844    UP000155805    UP000167075    UP000160499    UP000123786    UP000133571    UP000138275    UP000102335    UP000151624    UP000137477    UP000129978    UP000131863    UP000107038    UP000139706    UP000149006    UP000101586    UP000142745    UP000129334    UP000100522    UP000105510    UP000108163    UP000109170    UP000117109    UP000121165    UP000124537    UP000136129    UP000142905    UP000146859    UP000147307    UP000149934    UP000170218    UP000170844    UP000105210    UP000111271    UP000099410    UP000160278    UP000119508    UP000160333    UP000145806    UP000114388    UP000006717    UP000107149    UP000102163    UP000103149    UP000104400    UP000106511    UP000108224    UP000113245    UP000113896    UP000113939    UP000118008    UP000120286    UP000122234    UP000132365    UP000136241    UP000136440    UP000138146    UP000146865    UP000155572    UP000155946    UP000158124    UP000158949    UP000165788    UP000166253    UP000167410    UP000170189    UP000173215    UP000180343    UP000139954    UP000149405    UP000150527    UP000124698    UP000133437    UP000138100    UP000149491    UP000161686    UP000138261    UP000123393    UP000128029    UP000172963    UP000159542    UP000126099    UP000126761    UP000100089    UP000151562    UP000139891    UP000166017    UP000097868    UP000102121    UP000107224    UP000120642    UP000159206    UP000163887    UP000173109    UP000174151    UP000149404   

PRIDE

Q89786   

Pfam

PF05528   Coronavirus_5

Interpro

IPR008458   Coronavirus_5

ProteinModelPortal

B3FHV2   C9DSU4   C9DSV5   B2MWM5   G3C789   A0A286LPL5   + More
C9DST3   O10678   B5A549   F4MIR2   G3C776   A0A286LPN1   A0A2H4I7N7   C1IY01   Q805Q0   G3G1B0   B7SXP6   F4MIU2   Q80RZ1   G3C7G5   Q5XL98   P19745   B7SXS0   F4MIZ2   G3G1A7   A0A2K8GJF3   F4MIS2   A0A2K8GIY8   A0A2K8GJA3   O10381   A0A1L2FT86   B7SXR0   B7SXN8   A0A1P8SMW3   U5QBA9   A0A172Q3T9   A0A410R7V0   Q52H06   A0A1U9WYF3   A0A0C5H8F1   A0A1X9Y2S1   A0A221J5R0   A0A1X9Y2P7   Q80RZ7   Q9J4B1   B3TD69   Q6R4N9   G3C7E0   F4MIQ2   Q778S1   Q778R8   Q89786   A0A3G6IQA2   A0A1L4BIA9   A0A172Q3P7   G3FJ43   Q9J4A4   A0A1W6AWK9   A0A1X9Y2M8   C7S7Z6   A0A3G6IQQ9   Q0ZB48   A0A2K8GIX3   A0A286LPM3   J7I709   A5Z151   Q80RZ5   A0A1B2RX92   A0A172Q3Y0   A0A1P8SFM9   A0A221J5Q8   D7SCB3   A0A1P8FCL5   X2JAU1   Q66VA0   Q0ZB40   A0A516UWF3   A0A346M352   A0A0S2ZX43   A4ZCR0   A0A1L1XGZ1   A4ZCN1   G3FES3   G0ZGK7   A0A1V0G365   W6CGM6   A0A1L1XH57   A0A2H4I7J6   F5BDB1   A0A0K1RNF8   I1YZI3   A0A1B0Z565   A0A3G4BC34   A0A1X9Y2X4   A0A172Q3V2   A0A516UWK0   A0A0D4CFD8   A0A023PNP0   A0A346PYQ1   A0A023PP23  

KEGG

vg:6353561     vg:1489744    

From MSLVP

Host nucleus. Host cytoplasm.

Length:

82

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.00046

Exp number, first 60 AAs:

0.00046

Total prob of N-in:

0.57424

inside

1  -  82