Strain

EUROPE_HS_2000_NC_002645 (Region: Europe;  Strain: Human coronavirus 229E, complete genome.;  Date: 2000)

Gene

replicase polyprotein 1ab

Description

Annotated in NCBI,  replicase polyprotein 1ab

Location

NC_002645(+):293-20568

GenBank Accession

NP_073549.1

Full name

Replicase polyprotein 1ab      

Alternative Name

ORF1ab polyprotein

CDS

ATGGCCTGCAACCGTGTGACACTTGCCGTAGCAAGTGATTCTGAAATTTCTGCAAATGGCTGTTCTACTATTGCGCAAGCCGTCCGCCGTTATAGCGAGGCCGCTAGCAATGGTTTTAGGGCATGCCGATTTGTTTCATTAGATTTGCAGGATTGCATCGTTGGCATTGCAGACGATACATATGTTATGGGTCTGCATGGCAATCAGACGTTGTTTTGCAACATAATGAAATTTTCTGACCGTCCTTTTATGCTTCATGGGTGGTTGGTTTTTTCCAATTCAAATTACCTTTTGGAGGAATTTGATGTTGTCTTCGGTAAGAGAGGTGGTGGTAATGTGACATACACTGACCAGTATCTCTGTGGCGCCGATGGCAAACCTGTTATGAGTGAAGATTTATGGCAGTTTGTTGACCATTTCGGTGAGAACGAAGAAATTATCATCAATGGTCATACTTACGTTTGTGCTTGGCTTACTAAGCGTAAGCCCTTAGATTACAAACGTCAGAACAACCTTGCCATTGAAGAGATTGAATATGTGCATGGTGATGCTTTGCATACACTACGCAATGGTTCTGTTCTTGAAATGGCTAAGGAAGTGAAGACATCTAGTAAAGTTGTGTTAAGCGATGCTCTTGACAAACTTTACAAAGTCTTTGGTTCTCCTGTTATGACAAATGGTTCCAACATCCTAGAGGCCTTTACTAAACCTGTGTTTATTAGTGCATTAGTTCAATGTACTTGTGGTACCAAGTCTTGGTCTGTTGGTGATTGGACCGGTTTTAAATCCTCTTGTTGCAACGTGATCAGTAATAAACTGTGTGTTGTTCCCGGTAATGTTAAACCTGGTGATGCTGTGATTACCACTCAGCAAGCTGGTGCTGGTATTAAGTATTTTTGTGGCATGACTCTTAAGTTTGTTGCAAATATTGAAGGTGTCTCTGTTTGGAGAGTGATTGCTCTTCAGAGTGTGGATTGCTTTGTTGCTTCTTCCACTTTTGTAGAAGAGGAACATGTTAATAGAATGGATACATTCTGCTTCAATGTACGCAATAGTGTTACTGATGAGTGTCGTCTGGCCATGTTGGGTGCTGAAATGACTAGTAATGTCAGAAGACAAGTTGCTTCAGGTGTCATAGACATTAGTACCGGTTGGTTTGATGTTTATGATGACATCTTTGCTGAAAGCAAACCATGGTTTGTTCGCAAGGCTGAAGACATTTTTGGCCCTTGTTGGTCCGCTCTTGCTTCTGCACTTAAACAACTTAAAGTCACTACAGGTGAACTTGTGAGATTTGTTAAGTCTATTTGCAATTCAGCTGTTGCTGTCGTGGGTGGTACTATACAAATTCTCGCTAGTGTGCCTGAGAAGTTTTTGAATGCGTTTGACGTGTTTGTCACAGCTATTCAAACTGTCTTTGACTGTGCTGTTGAAACTTGTACTATTGCCGGTAAAGCATTTGACAAGGTTTTTGACTATGTTTTGCTTGATAATGCGCTTGTAAAACTTGTCACCACAAAGCTTAAGGGTGTTCGTGAACGTGGCCTTAATAAAGTTAAGTATGCAACAGTTGTTGTTGGTTCCACTGAAGAAGTTAAATCTTCACGTGTTGAACGTAGCACTGCTGTACTTACAATCGCCAACAATTATTCCAAACTTTTTGATGAAGGGTATACTGTTGTAATTGGCGATGTGGCGTACTTTGTTAGTGACGGCTACTTCCGTCTTATGGCCAGTCCAAATAGTGTGTTGACTACTGCAGTCTATAAACCATTGTTTGCTTTTAATGTGAATGTTATGGGTACTAGACCTGAAAAATTTCCAACCACTGTGACTTGTGAAAATTTAGAGTCTGCTGTTTTGTTTGTTAATGACAAAATTACTGAATTCCAATTGGATTACAGTATTGATGTCATTGATAATGAAATAATTGTCAAACCTAATATCAGCCTATGTGTTCCACTTTATGTGAGAGACTATGTTGACAAATGGGATGATTTTTGCAGACAATATAGTAACGAGTCTTGGTTTGAGGATGATTACAGGGCTTTTATCAGTGTTTTGGACATCACTGATGCTGCTGTGAAAGCTGCAGAGTCTAAAGCTTTCGTTGATACTATTGTTCCACCTTGCCCATCTATTTTGAAAGTTATAGATGGAGGCAAAATATGGAATGGTGTTATTAAAAATGTTAACTCTGTTAGAGACTGGCTTAAGTCTTTGAAGTTAAATCTCACACAACAGGGTTTGCTTGGAACATGTGCAAAGCGTTTTAAACGTTGGCTTGGCATTTTGCTAGAGGCCTATAATGCGTTTTTAGACACTGTGGTTTCTACTGTTAAAATTGGTGGCTTGACCTTTAAAACATATGCTTTTGATAAACCTTACATTGTGATACGTGATATCGTGTGTAAGGTTGAAAATAAAACAGAAGCAGAATGGATTGAGCTTTTTCCACATAATGACAGGATTAAGTCTTTTAGTACTTTCGAGAGTGCTTACATGCCAATTGCAGACCCTACACATTTTGACATTGAAGAAGTTGAACTTTTAGATGCAGAGTTTGTAGAACCAGGCTGTGGTGGTATTTTGGCAGTAATAGATGAGCACGTCTTTTATAAGAAGGATGGTGTTTATTATCCATCAAATGGTACTAACATTCTACCTGTTGCATTTACAAAAGCCGCTGGTGGTAAAGTTTCATTTTCTGATGACGTTGAAGTAAAAGACATTGAACCTGTTTACAGAGTCAAGCTTTGCTTTGAGTTTGAAGATGAAAAACTTGTAGATGTTTGTGAAAAGGCAATTGGCAAGAAAATTAAACATGAAGGTGACTGGGATAGCTTTTGTAAGACTATTCAATCAGCACTTTCTGTTGTTTCTTGCTATGTAAATCTACCTACTTATTACATTTATGATGAAGAAGGCGGTAATGACTTGAGTTTGCCCGTTATGATTTCTGAATGGCCTCTTTCTGTTCAACAAGCTCAACAAGAAGCTACTTTACCTGATATTGCTGAGGATGTTGTTGACCAAGTTGAAGAAGTCAATAGCATTTTTGACATTGAGACAGTGGATGTTAAACATGATGTGAGTCCTTTTGAAATGCCATTTGAAGAGTTAAATGGTTTAAAGATACTCAAACAATTGGATAACAACTGCTGGGTTAACTCAGTTATGTTACAAATACAATTAACTGGTATACTTGATGGTGACTATGCTATGCAGTTTTTTAAAATGGGCCGAGTTGCCAAGATGATTGAACGCTGCTACACTGCTGAGCAATGTATACGTGGTGCTATGGGTGATGTTGGTTTGTGTATGTATAGACTGCTTAAAGACTTACACACTGGTTTTATGGTTATGGATTATAAATGTAGTTGTACCAGTGGTAGGCTTGAAGAATCGGGAGCTGTTTTGTTTTGTACGCCCACTAAGAAGGCGTTTCCTTATGGTACTTGTCTAAATTGTAACGCACCTCGCATGTGTACAATTAGGCAGTTACAAGGTACCATAATATTTGTGCAACAAAAACCAGAACCTGTTAATCCTGTTTCTTTTGTTGTTAAACCAGTCTGCTCATCAATTTTTCGTGGTGCTGTGTCTTGTGGTCATTACCAGACTAACATCTATTCACAAAATTTGTGTGTGGATGGTTTTGGTGTTAACAAGATTCAGCCCTGGACAAATGATGCACTTAATACTATTTGTATTAAGGATGCAGATTATAATGCAAAAGTTGAAATATCTGTTACACCAATTAAAAATACAGTTGATACAACACCTAAGGAAGAATTTGTTGTTAAAGAGAAGTTGAACGCCTTCCTCGTTCATGACAATGTAGCTTTCTACCAAGGTGATGTTGATACTGTTGTTAATGGTGTTGACTTTGACTTTATTGTAAATGCTGCTAATGAGAACCTTGCTCATGGTGGAGGACTTGCCAAAGCTTTAGATGTGTACACTAAAGGTAAACTTCAACGTTTATCTAAAGAACACATTGGATTAGCGGGTAAAGTAAAAGTTGGTACAGGAGTTATGGTTGAGTGTGATAGCCTTAGAATTTTTAATGTTGTTGGTCCACGCAAGGGTAAACATGAACGTGATTTACTCATAAAAGCTTACAACACTATTAATAATGAACAAGGCACACCTTTAACACCAATTTTGAGCTGTGGTATTTTTGGTATCAAACTCGAAACTTCATTAGAAGTTTTGCTTGATGTTTGTAATACAAAAGAAGTTAAAGTTTTTGTTTATACAGACACAGAGGTTTGTAAGGTTAAGGATTTTGTGTCTGGTTTAGTGAATGTTCAAAAAGTTGAGCAACCTAAAATAGAACCAAAACCAGTGTCCGTAATTAAAGTTGCACCCAAGCCTTACAGGGTAGATGGTAAATTTAGTTACTTTACAGAAGACTTGTTGTGTGTCGCTGATGACAAACCCATTGTTTTGTTTACTGACTCTATGCTTACTTTGGATGACCGTGGTTTAGCTCTAGACAATGCACTTAGTGGTGTGCTTAGTGCTGCTATTAAGGATTGTGTTGACATAAATAAAGCTATACCTTCTGGTAATCTTATTAAGTTTGATATAGGTTCTGTTGTTGTCTACATGTGTGTTGTGCCATCCGAAAAGGACAAACATTTAGATAATAATGTTCAACGATGCACACGTAAGTTGAATAGACTTATGTGTGATATAGTTTGTACTATACCAGCTGACTACATCTTGCCATTGGTGTTGTCTAGTTTGACTTGTAATGTTTCTTTTGTAGGTGAACTTAAAGCTGCTGAAGCTAAAGTTATAACTATAAAGGTGACAGAGGATGGTGTTAATGTTCATGATGTGACCGTGACAACAGACAAGTCATTTGAACAACAAGTTGGTGTTATTGCTGATAAGGACAAAGATCTTTCTGGTGCAGTACCAAGTGATCTTAACACATCTGAATTGCTTACTAAAGCAATAGATGTTGATTGGGTCGAATTTTATGGCTT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Protein

MACNRVTLAVASDSEISANGCSTIAQAVRRYSEAASNGFRACRFVSLDLQDCIVGIADDTYVMGLHGNQTLFCNIMKFSDRPFMLHGWLVFSNSNYLLEEFDVVFGKRGGGNVTYTDQYLCGADGKPVMSEDLWQFVDHFGENEEIIINGHTYVCAWLTKRKPLDYKRQNNLAIEEIEYVHGDALHTLRNGSVLEMAKEVKTSSKVVLSDALDKLYKVFGSPVMTNGSNILEAFTKPVFISALVQCTCGTKSWSVGDWTGFKSSCCNVISNKLCVVPGNVKPGDAVITTQQAGAGIKYFCGMTLKFVANIEGVSVWRVIALQSVDCFVASSTFVEEEHVNRMDTFCFNVRNSVTDECRLAMLGAEMTSNVRRQVASGVIDISTGWFDVYDDIFAESKPWFVRKAEDIFGPCWSALASALKQLKVTTGELVRFVKSICNSAVAVVGGTIQILASVPEKFLNAFDVFVTAIQTVFDCAVETCTIAGKAFDKVFDYVLLDNALVKLVTTKLKGVRERGLNKVKYATVVVGSTEEVKSSRVERSTAVLTIANNYSKLFDEGYTVVIGDVAYFVSDGYFRLMASPNSVLTTAVYKPLFAFNVNVMGTRPEKFPTTVTCENLESAVLFVNDKITEFQLDYSIDVIDNEIIVKPNISLCVPLYVRDYVDKWDDFCRQYSNESWFEDDYRAFISVLDITDAAVKAAESKAFVDTIVPPCPSILKVIDGGKIWNGVIKNVNSVRDWLKSLKLNLTQQGLLGTCAKRFKRWLGILLEAYNAFLDTVVSTVKIGGLTFKTYAFDKPYIVIRDIVCKVENKTEAEWIELFPHNDRIKSFSTFESAYMPIADPTHFDIEEVELLDAEFVEPGCGGILAVIDEHVFYKKDGVYYPSNGTNILPVAFTKAAGGKVSFSDDVEVKDIEPVYRVKLCFEFEDEKLVDVCEKAIGKKIKHEGDWDSFCKTIQSALSVVSCYVNLPTYYIYDEEGGNDLSLPVMISEWPLSVQQAQQEATLPDIAEDVVDQVEEVNSIFDIETVDVKHDVSPFEMPFEELNGLKILKQLDNNCWVNSVMLQIQLTGILDGDYAMQFFKMGRVAKMIERCYTAEQCIRGAMGDVGLCMYRLLKDLHTGFMVMDYKCSCTSGRLEESGAVLFCTPTKKAFPYGTCLNCNAPRMCTIRQLQGTIIFVQQKPEPVNPVSFVVKPVCSSIFRGAVSCGHYQTNIYSQNLCVDGFGVNKIQPWTNDALNTICIKDADYNAKVEISVTPIKNTVDTTPKEEFVVKEKLNAFLVHDNVAFYQGDVDTVVNGVDFDFIVNAANENLAHGGGLAKALDVYTKGKLQRLSKEHIGLAGKVKVGTGVMVECDSLRIFNVVGPRKGKHERDLLIKAYNTINNEQGTPLTPILSCGIFGIKLETSLEVLLDVCNTKEVKVFVYTDTEVCKVKDFVSGLVNVQKVEQPKIEPKPVSVIKVAPKPYRVDGKFSYFTEDLLCVADDKPIVLFTDSMLTLDDRGLALDNALSGVLSAAIKDCVDINKAIPSGNLIKFDIGSVVVYMCVVPSEKDKHLDNNVQRCTRKLNRLMCDIVCTIPADYILPLVLSSLTCNVSFVGELKAAEAKVITIKVTEDGVNVHDVTVTTDKSFEQQVGVIADKDKDLSGAVPSDLNTSELLTKAIDVDWVEFYGFKDAVTFATVDHSAFAYESAVVNGIRVLKTSDNNCWVNAVCIALQYSKPHFISQGLDAAWNKFVLGDVEIFVAFVYYVARLMKGDKGDAEDTLTKLSKYLANEAQVQLEHYSSCVECDAKFKNSVASINSAIVCASVKRDGVQVGYCVHGIKYYSRVRSVRGRAIIVSVEQLEPCAQSRLLSGVAYTAFSGPVDKGHYTVYDTAKKSMYDGDRFVKHDLSLLSVTSVVMVGGYVAPVNTVKPKPVINQLDEKAQKFFDFGDFLIHNFVIFFTWLLSMFTLCKTAVTTGDVKIMAKAPQRTGVVLKRSLKYNLKASAAVLKSKWWLLAKFTKLLLLIYTLYSVVLLCVRFGPFNFCSETVNGYAKSNFVKDDYCDGSLGCKMCLFGYQELSQFSHLDVVWKHITDPLFSNMQPFIVMVLLLIFGDNYLRCFLLYFVAQMISTVGVFLGYKETNWFLHFIPFDVICDELLVTVIVIKVISFVRHVLFGCENPDCIACSKSARLKRFPVNTIVNGVQRSFYVNANGGSKFCKKHRFFCVDCDSYGYGSTFITPEVSRELGNITKTNVQPTGPAYVMIDKVEFENGFYRLYSCETFWRYNFDITESKYSCKEVFKNCNVLDDFIVFNNNGTNVTQVKNASVYFSQLLCRPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYIDVLRNSFGKDLNANMSLAECKRALGLSISDHEFTSAISNAHRCDVLLSDLSFNNFVSSYAKPEEKLSAYDLACCMRAGAKVVNANVLTKDQTPIVWHAKDFNSLSAEGRKYIVKTSKAKGLTFLLTINENQAVTQIPATSIVAKQGAGDAGHSLTWLWLLCGLVCLIQFYLCFFMPYFMYDIVSSFEGYDFKYIENGQLKNFEAPLKCVRNVFENFEDWHYAKFGFTPLNKQSCPIVVGVSEIVNTVAGIPSNVYLVGKTLIFTLQAAFGNAGVCYDIFGVTTPEKCIFTSACTRLEGLGGNNVYCYNTALMEGSLPYSSIQANAYYKYDNGNFIKLPEVIAQGFGFRTVRTIATKYCRVGECVESNAGVCFGFDKWFVNDGRVANGYVCGTGLWNLVFNILSMFSSSFSVAAMSGQILLNCALGAFAIFCCFLVTKFRRMFGDLSVGVCTVVVAVLLNNVSYIVTQNLVTMIAYAILYFFATRSLRYAWIWCAAYLIAYISFAPWWLCAWYFLAMLTGLLPSLLKLKVSTNLFEGDKFVGTFESAAAGTFVIDMRSYEKLANSISPEKLKSYAASYNRYKYYSGNANEADYRCACYAYLAKAMLDFSRDHNDILYTPPTVSYGSTLQAGLRKMAQPSGFVEKCVVRVCYGNTVLNGLWLGDIVYCPRHVIASNTTSAIDYDHEYSIMRLHNFSIISGTAFLGVVGATMHGVTLKIKVSQTNMHTPRHSFRTLKSGEGFNILACYDGCAQGVFGVNMRTNWTIRGSFINGACGSPGYNLKNGEVEFVYMHQIELGSGSHVGSSFDGVMYGGFEDQPNLQVESANQMLTVNVVAFLYAAILNGCTWWLKGEKLFVEHYNEWAQANGFTAMNGEDAFSILAAKTGVCVERLLHAIQVLNNGFGGKQILGYSSLNDEFSINEVVKQMFGVNLQSGKTTSMFKSISLFAGFFVMFWAELFVYTTTIWVNPGFLTPFMILLVALSLCLTFVVKHKVLFLQVFLLPSIIVAAIQNCAWDYHVTKVLAEKFDYNVSVMQMDIQGFVNIFICLFVALLHTWRFAKERCTHWCTYLFSLIAVLYTALYSYDYVSLLVMLLCAISNEWYIGAIIFRICRFGVAFLPVEYVSYFDGVKTVLLFYMLLGFVSCMYYGLLYWINRFCKCTLGVYDFCVSPAEFKYMVANGLNAPNGPFDALFLSFKLMGIGGPRTIKVSTVQSKLTDLKCTNVVLMGILSNMNIASNSKEWAYCVEMHNKINLCDDPETAQELLLALLAFFLSKHSDFGLGDLVDSYFENDSILQSVASSFVGMPSFVAYETARQEYENAVANGSSPQIIKQLKKAMNVAKAEFDRESSVQKKINRMAEQAAAAMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNMARNGVVPLSVIPATSAARLVVVVPDHDSFVKMMVDGFVHYAGVVWTLQEVKDNDGKNVHLKDVTKENQEILVWPLILTCERVVKLQNNEIMPGKMKVKATKGEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPGMKYVKWEHDSGVVTVELEPPCRFVIDTPTGPQIKYLYFVKNLNNLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEFVSNSHLLTHCSFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGSGSGQAITCTIDSNTTQDTYGGASVCIYCRAHVAHPTMDGFCQYKGKWVQVPIGTNDPIRFCLENTVCKVCGCWLNHGCTCDRTAIQSFDNSYLNRVRGSSAARLEPCNGTDIDYCVRAFDVYNKDASFIGKNLKSNCVRFKNVDKDDAFYIVKRCIKSVMDHEQSMYNLLKGCNAVAKHDFFTWHEGRTIYGNVSRQDLTKYTMMDLCFALRNFDEKDCEVFKEILVLTGCCSTDYFEMKNWFDPIENEDIHRVYAALGKVVANAMLKCVAFCDEMVLKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVLCPPGMGIPYCTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFMKSDIFGQDFKTFDLLKYDFTEHKEVLFNKYFKYWGQDYHPDCVDCHDEMCILHCSNFNTLFATTIPNTAFGPLCRKVFIDGVPVVATAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSTRLTITELLQFVTDPTLIVASSPALVDKRTVCFSVAALSTGLTSQTVKPGHFNKEFYDFLRSQGFFDEGSELTLKHFFFTQKGDAAIKDFDYYRYNRPTMLDIGQARVAYQVAARYFDCYEGGCITSREVVVTNLNKSAGWPLNKFGKAGLYYESISYEEQDAIFSLTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLATMTTRQFHQKCLKSIVATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMADVDDPKLMGWDYPKCDRAMPSMIRMLSAMILGSKHVTCCTASDKFYRLSNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSSNINCVLSVNSSNCNNFNVKKLQRQLYDNCYRNSNVDESFVDDFYGYLQKHFSMMILSDDSVVCYNKTYAGLGYIADISAFKATLYYQNGVFMSTAKCWTEEDLSIGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRIISAGVFVDDITKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPKPEYRKVFYALLDWVKHLNKTLNEGVLESFSVTLLDEHESKFWDESFYASMYEKSTVLQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVFGTDHKFILAITPYVCNTSGCNVNDVTKLYLGGLNYYCVDHKPHLSFPLCSAGNVFGLYKSSALGSMDIDVFNKLSTSDWSDIRDYKLANDAKESLRLFAAETVKAKEESVKSSYAYATLKEIVGPKELLLLWESGKAKPPLNRNSVFTCFQITKDSKFQVGEFVFEKVDYGSDTVTYKSTATTKLVPGMLFILTSHNVAPLRAPTMANQEKYSTIYKLHPSFNVSDAYANLVPYYQLIGKQRITTIQGPPGSGKSHCSIGIGVYYPGARIVFTACSHAAVDSLCAKAVTAYSVDKCTRIIPARARVECYSGFKPNNNSAQYVFSTVNALPEVNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYKHIVYVGDPQQLPAPRVLISKGVMEPIDYNVVTQRMCAIGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSELVYENKFVPVKEASKQCFKIFERGSVQVDNGSSINRRQLDVVKRFIHKNSTWSKAVFISPYNSQNYVAARLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIFAQTSDTAHACNANRFNVAITRAKKGIFCIMSDRTLFDALKFFEITMTDLQSESSCGLFKDCARNPIDLPPSHATTYLSLSDRFKTSGDLAVQIGNNNVCTYEHVISYMGFRFDVSMPGSHSLFCTRDFAMRHVRGWLGMDVEGAHVTGDNVGTNVPLQVGFSNGVDFVAQPEGCVLTNTGSVVKPVRARAPPGEQFTHIVPLLRKGQPWSVLRKRIVQMIADFLAGSSDVLVFVLWAGGLELTTMRYFVKIGAVKHCQCGTVATCYNSVSNDYCCFKHALGCDYVYNPYVIDIQQWGYVGSLSTNHHAICNVHRNEHVASGDAIMTRCLAVYDCFVKNVDWSITYPMIANENAINKGGRTVQSHIMRAAIKLYNPKAIHDIGNPKGIRCAVTDAKWYCYDKNPINSNVKTLEYDYMTHGQMDGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSTLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAYDKRAMAKLKPAPFFYYDDGSCEVVHDQVNYVPLRATNCITKCNIGGAVCSKHANLYRAYVESYNIFTQAGFNIWVPTTFDCYNLWQTFTEVNLQGLENIAFNVVNKGSFVGADGELPVAISGDKVFVRDGNTDNLVFVNKTSLPTNIAFELFAKRKVGLTPPLSILKNLGVVATYKFVLWDYEAERPLTSFTKSVCGYTDFAEDVCTCYDNSIQGSYERFTLSTNAVLFSATAVKTGGKSLPAIKLNFGMLNGNAIATVKSEDGNIKNINWFVYVRKDGKPVDHYDGFYTQGRNLQDFLPRSTMEEDFLNMDIGVFIQKYGLEDFNFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLSKMGILKAEEFVAASDITLKCCTVTYLNDPSSKTVCTYMDLLLDDFVSVLKSLDLTVVSKVHEVIIDNKPWRWMLWCKDNAVATFYPQLQSAEWKCGYSMPGIYKTQRMCLEPCNLYNYGAGLKLPSGIMFNVVKYTQLCQYFNSTTLCVPHNMRVLHLGAGSDYGVAPGTAVLKRWLPHDAIVVDNDVVDYVSDADFSVTGDCATVYLEDKFDLLISDMYDGRTKAIDGENVSKEGFFTYINGFICEKLAIGGSIAIKVTEYSWNKKLYELVQRFSFWTMFCTSVNTSSSEAFVVGINYLGDFAQGPFIDGNIIHANYVFWRNSTVMSLSYNSVLDLSKFNCKHKATVVVQLKDSDINEMVLSLVRSGKLLVRGNGKCLSFSNHLVSTK

Function

The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.

Catalytic Activity

Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate

Subunit

3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).

Miscellaneous

Produced by -1 ribosomal frameshifting at the 1a-1b genes boundary.

Similarity

Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.

Keywords

3D-structure   Activation of host autophagy by virus   ATP-binding   Endonuclease   Exonuclease   Helicase   Host cytoplasm   Host membrane   Host-virus interaction   Hydrolase   Inhibition of host innate immune response by virus   Inhibition of host IRF3 by virus   Inhibition of host RLR pathway by virus   Membrane   Metal-binding   Methyltransferase   Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase   Modulation of host ubiquitin pathway by virus   Nuclease   Nucleotide-binding   Nucleotidyltransferase   Protease   Reference proteome   Repeat   Ribosomal frameshifting   RNA-binding   RNA-directed RNA polymerase   Thiol protease   Transferase   Transmembrane   Transmembrane helix   Ubl conjugation pathway   Viral immunoevasion   Viral RNA replication   Zinc   Zinc-finger  

Feature

chain  Non-structural protein 1

Uniprot

P0C6X1  

Pubmed

11369870    8337838    9094676    9367364    10917600    10329692    + More
9847320    11431476    11842254    11842253    12746549   

EMBL

AF304460   

Proteomes

UP000006716   

PRIDE

P0C6X1   

Pfam

PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF09401   NSP10
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
PF06478   Corona_RPol_N
PF06460   NSP16
PF08717   nsp8

Interpro

IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR037204   NSP7_sf
IPR014827   Viral_protease
IPR037227   EndoU-like
IPR036499   NSP9_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR042515   Nsp15_N
IPR037230   NSP8_sf
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR014828   NSP7
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR027352   CV_ZBD
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR002589   Macro_dom
IPR036333   NSP10_sf
IPR009466   NSP11
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR008740   Peptidase_C30

SUPFAM

SSF144246   SSF144246
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF143076   SSF143076
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367

Gene 3D

1.10.150.420     1.10.8.370     2.20.25.360     2.40.10.250     2.40.10.290    

ProteinModelPortal

P0C6X1  

PDB

6NUS     E-value=0,     Score=3002