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Strain
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752 (Region: Saudi Arabia;  Strain: Camel alphacoronavirus isolate camel/Riyadh/Ry141/2015, complete genome.;  Date: 2015)
Gene
polyprotein ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein ORF1ab
Location
NC_028752(+):293-20583
GenBank Accession
YP_009194637.1
 

Sequence

CDS
ATGGCCTGCAACCGTGTGACACTTGCCGTAGCAAGTGATACTGAAATTTCTGCAACTGGTTGCTCTACTATTGCGCTAGCCGTCCGCCGCTATAGCGAGGCCGCTAGCAATGGATTTAGAGCATGCCGATTTGTTTCATTTGGCTTGCATGATTGCGTTGTTGGCATTGCAAACGACGATTATGTCATGGGTTTGCATGGTAACCAAACGTTGTCCTGCAATATAATGAAATTTTCTGACCGTCCCTTTATGCTTCGTGGTTGGTTGGTTTTTTCCAATTCAAATTACCTCTTGGAGGAGTTTGATGTTGTCTTCGGTAAGAGAGGTGGTGGTAATGTGACATACACTGACCAGTATCTCTGTGGCGCCGATGGCAAACCTGTCATAAGTGATGATTTATGGCAGTTTGTTGACCATTTTGGTGAAAACGAAGAAATTATCATCAATGGTCATACTTACGTTTGTGCTTGGCTTACTAAGCGCAAGCCTTTAGATTACAAACGTCAGAACAACCTTGCCATTGAAGAGATTGAATATGTGCGTGGCGATGCTTTGCATACACTACGCAATGGTTCTGTTCTTGAAATGGCTAAGGAAGTGAAGACATCTAGTAAGGTTGTGTTAAGCGATGCTCTTGACAAACTTTACAAAGTTTTTGGTTCTCCTGTTATGACAAATGGTTCTAACATCTTAGATGCCTTTATTAAACCTGTGTTCATTAGTGCATTTGTTCAATGTACTTGTGGCAACAAGTCTTGGTCTGTCGGTGATTGGACTGGTTTTAAATCCACCTGCTGTAATGTGCTCAGTAACAAACTGTGTGTTGTTCCCGGTAATGTTAAACCTGGTGACGCTGTGGTTACTACTCAGCAAGCTGGTGTTGGTGTTAAGTACTTTTGTGGCATGACTCTTAAGTTTGTTGCAAACATTGAAGGTGTCTCTGTTTGGCGAGTAATCGCTGTTCAGAGTGTGGATGGATTTGTTGCTTCTGCTACTTTTGTAGAGGAGGAACATGCTAACAGAATGGATACATTCTGCTTCAATGTACGCAATAGCACTACTGATGAGTGTCGTTTGGCCATGTTGGGTGCTGAAATGACCAGTAATGTCAGAAGACAAGTTGCTGCAGGTGTCATAGACATTAGTACCGGTTGGTTCGATGTTTATGATGACATCTTTGCTGAAAATAAACCATGGTTTGTTCGCAAGGCTGAAGACATTTTTGGCCCGTGTTGGTCTGCTCTTGTTTCTGTGCTTAAACAGCTTAAAGTCACTACAGGTGAACTTATGAGGTTTGTTAAGTCTATTTGCAGTTCAGCTGTTGCTGTTGTGAGTGGTACTATACAAATTGTTGCTAGTGTGCCTGATATGTTTTTGCCTGCTTTTGACGTGTTTGTCAAAGCTGTGCAAACTGTTTTTGACTGTGCTGTTGAGACCAGTACTATTGCAGGTAAATCATTTGACAAGGTTTTTGACTATGTTTTGCTTGACAATGCACTTGTAAAACTTGTCACCATAAAGCTTAAGGGCGTTCGCGCAAGTGGCCTTAAAACAGTTAAGTATGCAACAGCTGTTGTTGGTTCCACTGAAGAAGTTAAATCTTCACGTGTTGAACGTAGCACTGCTGTACTTACAATCGCCAATAACTACCCCAAACTTTCAGATGAGGGGTATACTGCCGTAATTGGCGATGTGGCGTACTTTGTTAGTGATGGCTACTTCCGTCTTATGGCCAGTCCAAATAGTGTGTTGACTACTGCAGTCTATAAACCATTGTTTGCTTTTAACGTGAATGTTATGGGTACTAGACCTGAAAAATTTCCAACCATTGTGACTTGTGAAAATTTAGAGTCTGCCGTTTTATTTGTTAATGACAAAATCACTGAATTTCAATTGGATTGCAGTGTTGATGTTATTGACAATGAAATAATTGTCAAACCTAACATCAGCCTGTGTGTTCCACTTTATGTGAGAGACTATGTTGACAAATGGGATGATTTTTGCAGACAATATAGTAACGAGTCTTGGTTTGAAGATGATTATAGGGCTTTTATTAGCGTTTTGGATGTTGCTGACGCTGATGTTAAAGCTGCAGAGTCTAAGGCTTTTATTGATACCATTATTCCATCTTGTCCTTCTATTTTGAAAATAATAGACGGTGGCAAGATATGGAGTGGAATCATTAAGGCTGTTAGCTCTGTTGCAGACTGGCTTAAATCTTTGAAATTAACTCTTACACCAGAGGGTCTGTTTGGTACTTGTGCTAAGCGTTTTAAACGGTTTTTAACCGTTCTTTTAGACGCTTACAATGCATTTTTAGACACTGTGGCTTCTATTGTTAAGATTGGTGGTAAAGCTTTTAAAAAGTATGCATTTGACAAACCTTATATTGTGGTATGTGATATCGTGTGTAAGGTTGAGCATAAAACAGATGCTGACTGGGTTGAGCTTATGCCACGTAATGACAGAATTAAGTCTTTTAGTACTTTTGAAAATGCATACTTACCTATTGCTGACCCAACACATTTTGATATTGAAGAAGTTGAACTTCTTGATACGGAATTTGTTGAACCAGGTTGTGGTGGTATTTTGGCATTGATAGATGATCATGTCTTTTATAAAAAGGATGACATTTATTACCCATCAAATGGTACTAAAATATTACCCGTTGCATTTACTAAAGCCGCCGGTGGTAAAGTTTCTTTCTCTGACGCAGTAGAAGTTAAAGATATTCCACCTGTCTATAGAGTTAAACTTTGCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAACTTGTGGATGTGTGTGAAAAGGCAATTGGCGAGAAAATTAAACATGAGGGTGACTGGGATAGTTTTTGTAAAACTATTCAATCAGCACTTTCTGTTGTTTCAAGTTATGTAAACCTACCTACATATTACATCTACGATGAGCAAGGCGGCACTGATTTGAGTTTGCCTGTTATGATTTCTGAATGGCCTCTTTCCGAATCTGACAAGGAAGAGGAGGTTCAACAAGAGCAACAAGAAGACACTGTGGTGCCTGAAGTTGAAGTCGTTGTTGACCAAGTTGAAGAAGTTAATAGTAGTTTTGCTATTGAGGCAGTGGATGTTAAATATGAGGTGAGTCCTTTTGAAATGCCATTTGAAGAGTTAAATGGTTTAAAAATACTCAAACAAATGGATAATAACTGCTGGGTTAACTCAGTTATGTTACAGCTACAATTAACAGGCATACTCGATGATGACTATGCTATGCAGTTCTTTAAAATTGGCAGAGTTTCCAAGATGGTTGAACGCTGTTACAATGCTGAGCAATGCATACGCGGTGCCATGGGTGATGTAGGCCTTTGTTTGTATAGACTGCTTAAAGATTTGCACACTGGTTTTATGGTTATGGACTACAAATGTAGTTGTACCAGTGGTAGACTTGAAGAATCGGGTTCCGTCTTGTTTTGTACACCTACTAAGAAGGCGTTTCCCTATGGTACTTGTCTAAATTGTAATGCACCTCGTATGTGTACAATTAGGCAGTTGCAAGGTACTATAATATTTGTGCAACAAAACCCAGAACCTGTTAATCCTTGTGCTTTTGTCGTTAAACCAGTTTGTGCATCAGTTTTCCGTGGTGCTGTGTCTAGTGGCCATTACCAAATAAACATCTACCCACAAAAGTTATGTGTGGATGGTTTTGGTGTTAACAAGATCCAGCCATGGCCAAATGATGCACTTAACACTATTTGTATTAGAGATGCAAATTATAGCGCAAAAGTTGAAAAACCTGTAACACCAGGTAAACCACCAGCTGAACTAGCACCTATAGATGAGACTGTTGTCAAGGTTAAGTTGAACTCTTTCCTTACTTGCAACAATGTTTCTTTTTATCAAGGTGACATTGATGCTGTTGTTAATGGTGTTGACTTTGACTTCATCGTGAATGCTGCCAATGAAAACCTTGCTCATGGTGGAGGACTTGCTAAAGCTTTAGATGTGTACACTAAAGGTAAACTTCAACGTTTATCTAAAGAACACATTGGATTAGCAGGTAAAGTAAAGGTTGGCGCAGGTGTTATGGTTGAGTGTGATGGCCTGAGAATTTTTAATGTTGTTGGTCCACGCAAGGGTAAACATGAACGTGATTTACTCATAAAAGCTTACAACACTATTAACAATGAACAAGGCATACCTTTAACACCAATCCTGAGCTGTGGTATTTTTGGTGTCAAACTTGAAACTTCATTAGAAGTTTTGCTTGCTGTTTGTAATACAAAGGAAGTCAAAGTTTTTGTTTACACAGACACAGAGGTTTGTAAGGTTAAGGATTTTGTGTCTGGTTTAGTGAAAGTTCAAAAAGTTGAGCAACCTAAAATAGAACCAAAATCAGTGTCCGTAACTAAAGTCGCACCCAAGCCTTATAAGGTAGATGGTAAATTTAGTTACTTTACAGACGACTTGTTGTGTGTCGCTGTTGGCAAACCTATTGTTCTGTTTACTGATTCTATGCTCACTTTGGATGACCGTGGTTTAGCTTTAGACAATGCACTTAATGGTGTGCTTAGTGCTGCTATTAAGGATTGTATAGACACAAATAAAGCTATACCTTCTGGTAATCTTATTAAGTTTGACATAGAGTCTGTTGTTGTCTATATGTGCGTTGTGCCATCGGACCAGGACAAACACTTGGATAAGAATGTTCAACGGTGTACACGTAAGCTGAATAGACTTATGTGTGATATAGTTTGTACTATACCAGCTGAGCATGTCTTGCCATTATTGTTGTCTAGTTTGACTTGTAATGTTTCTTTTGTAGGTGAACTTAAAGCTGTTGAATCTAAAGTTATAACTATAAAGGTGACAGAGGATGGTGTTAATGTTCATGATGTGACTGTGACAACAGACAAGTCATTTGAACAACAAGTTGGTGTTATTGCTGTTAAAGACAAAGATCTTTCTGGTGCAGTACCAAGCGATCTTAATACATCTGAGTTGCTTACTAAGGCAATAGATGTTGA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Protein
MACNRVTLAVASDTEISATGCSTIALAVRRYSEAASNGFRACRFVSFGLHDCVVGIANDDYVMGLHGNQTLSCNIMKFSDRPFMLRGWLVFSNSNYLLEEFDVVFGKRGGGNVTYTDQYLCGADGKPVISDDLWQFVDHFGENEEIIINGHTYVCAWLTKRKPLDYKRQNNLAIEEIEYVRGDALHTLRNGSVLEMAKEVKTSSKVVLSDALDKLYKVFGSPVMTNGSNILDAFIKPVFISAFVQCTCGNKSWSVGDWTGFKSTCCNVLSNKLCVVPGNVKPGDAVVTTQQAGVGVKYFCGMTLKFVANIEGVSVWRVIAVQSVDGFVASATFVEEEHANRMDTFCFNVRNSTTDECRLAMLGAEMTSNVRRQVAAGVIDISTGWFDVYDDIFAENKPWFVRKAEDIFGPCWSALVSVLKQLKVTTGELMRFVKSICSSAVAVVSGTIQIVASVPDMFLPAFDVFVKAVQTVFDCAVETSTIAGKSFDKVFDYVLLDNALVKLVTIKLKGVRASGLKTVKYATAVVGSTEEVKSSRVERSTAVLTIANNYPKLSDEGYTAVIGDVAYFVSDGYFRLMASPNSVLTTAVYKPLFAFNVNVMGTRPEKFPTIVTCENLESAVLFVNDKITEFQLDCSVDVIDNEIIVKPNISLCVPLYVRDYVDKWDDFCRQYSNESWFEDDYRAFISVLDVADADVKAAESKAFIDTIIPSCPSILKIIDGGKIWSGIIKAVSSVADWLKSLKLTLTPEGLFGTCAKRFKRFLTVLLDAYNAFLDTVASIVKIGGKAFKKYAFDKPYIVVCDIVCKVEHKTDADWVELMPRNDRIKSFSTFENAYLPIADPTHFDIEEVELLDTEFVEPGCGGILALIDDHVFYKKDDIYYPSNGTKILPVAFTKAAGGKVSFSDAVEVKDIPPVYRVKLCFEFEDEKLVDVCEKAIGEKIKHEGDWDSFCKTIQSALSVVSSYVNLPTYYIYDEQGGTDLSLPVMISEWPLSESDKEEEVQQEQQEDTVVPEVEVVVDQVEEVNSSFAIEAVDVKYEVSPFEMPFEELNGLKILKQMDNNCWVNSVMLQLQLTGILDDDYAMQFFKIGRVSKMVERCYNAEQCIRGAMGDVGLCLYRLLKDLHTGFMVMDYKCSCTSGRLEESGSVLFCTPTKKAFPYGTCLNCNAPRMCTIRQLQGTIIFVQQNPEPVNPCAFVVKPVCASVFRGAVSSGHYQINIYPQKLCVDGFGVNKIQPWPNDALNTICIRDANYSAKVEKPVTPGKPPAELAPIDETVVKVKLNSFLTCNNVSFYQGDIDAVVNGVDFDFIVNAANENLAHGGGLAKALDVYTKGKLQRLSKEHIGLAGKVKVGAGVMVECDGLRIFNVVGPRKGKHERDLLIKAYNTINNEQGIPLTPILSCGIFGVKLETSLEVLLAVCNTKEVKVFVYTDTEVCKVKDFVSGLVKVQKVEQPKIEPKSVSVTKVAPKPYKVDGKFSYFTDDLLCVAVGKPIVLFTDSMLTLDDRGLALDNALNGVLSAAIKDCIDTNKAIPSGNLIKFDIESVVVYMCVVPSDQDKHLDKNVQRCTRKLNRLMCDIVCTIPAEHVLPLLLSSLTCNVSFVGELKAVESKVITIKVTEDGVNVHDVTVTTDKSFEQQVGVIAVKDKDLSGAVPSDLNTSELLTKAIDVDWVEFYGFGDAVTFATVDHSDFAYDSAVVNGFRVLKTSDNNCWVNAVCISLQYLKPHFISQGLDAAWNKFVLGDVETFVAFIYYVAGLVKGAKGDAEDILNKLSKYLANEAQVQLEHYSSCVECEATFKNPVASVNSAIVCASVKRDGVQVGYCAHGIKYYSRVRSVSGRAIIFSVEQLEPCSQSRLLSGVAYTAFSGPADNGHYTVYDTAKKSMYDGDRFVKHDLSLLSVTSVVMVGGYVAPVKTVKPKPVINQLDEKAQKFFDFGDFLVHNFVTFFTWLLSMFTLCKTAVTTCDVKIMAKAPQRTGVVLKRSLKYNLKASTAVLKSKWWLLAKFMKLLLLIYTLYSVVLLGVLFGPFNLCSETVNGYAKSNFVKDDYCDGSLGCKMCLFGYQELSQFSHLDVVWKHITDPLFSNMQPFIVMVLLLIFGDNYLRCFLLYFVAQMISTVGVFLGYKETNWFLHFVPFDVICDELLVTVIVIKVISFVRHVLFGCENPDCIACSKSARLKRFPVNTIVNGVQRSFYVNANGGSKFCKKHRFFCVDCDSYGYGNTFITPEVSRELGNITKTNVQPTGPAYVMVDKVEFENGFYRLYSGETFWRYNFDITESKYSCKEVLKNCNVLDDFIVFNNNGTNVTQVKNASVYFSQLLCRPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYIDVLRNSFGKDLNANMSLAECKSALGLSISDHEFTSAISNAHRCDVLLSDLSFNNFVSSYAKPDEKLSAYDLACCMRAGAKVVNANVLTKDQTPIVWHAKDFNSLSAEGRKYIVKTSKAKGLTFLLTINENQAVTQIPATSIVAKQGAGDAGHSSTWLWLLCGLVCLIQFYLCFFMPYFDTVRSFEGYDFKYIENGQLKNFEAPLKCVRNVFENFEDWHYAKFGFIPLNKQSCPIVVGVSEIVNTVAGIPSNVYLVGKTLIFTLQAAFGNAGVCYDIFGVTTPEKCIFTSACTRLEGLGGNNVYCYNTDLMEGSLPYSSIQANAYYKYDNGNFIKLPEVIAQGFGFRTVRTIATKYCRVGECVDSNAGVCFGFDKWFVNDGRVDNGYVCGTGLWNLVFNILSMFSSSFSVAAMSGQILLNCALGAFAIFCCFLVTKFRRMFGDLSVGVCTVVMAVLLNNVSYIVTQNLVTMIAYAVLYFFATRSLRYAWIWCAAYLIAYISFAPWWLCAWYFLAMLTGLLPSLLKLKVSTNLFEGDKFVGTFESAAAGTFVIDMRSYEKLANSISPEKLKSYAASYNRYKYYSGNANEADYRCACYAYLAKAMLDFSRDHNDILYTPPTVSYGSTLQAGLRKMAQPSGIVEKCVVRVCYGNTVLNGLWLGDIVYCPRHVIASNTTAAIDYDHEYSIMRLHNFSINSGTAFLGVVGATMHGATLKIKVSQTNMHTPRHSFKTLKSGEGFNILACYDGCAQGVFGVNMRTNWTIRGSFINGACGSPGYNLKNGEVEFVYMHQIELGSGSHVGSSFDGVMYGGFEDQPNLQVESANQMLTVNVVAFLYAAILNGCIWWLKGDKLSVEHYNEWAQANGFTAMNGEDAFSILAAKTGVCVERLLHAIQVLNNGFGGKNILGYSSLNDEFNINEVVKQMFGVNLQSGKTTSMFKSLSLFAGFFIMFWAELFVYTTTVWVNPGFLTPFMILLVALSLCLTSFVKHKVLFLQVFLLPSIIVAAIQNCAWDYHVTKVLAEKFDYNVSVMQMDIQGFVNIFICLFVALLHTWRFAKERCTHWCTYLFSLLAVLYTALYSYDYVSLLVMLLCAISNEWYIGAIIFRICRFGVACLPVAYVAYFGSVKTVLLFYMLLGFVSCMYYGLLYWINRFCKCTLGVYDFCVSPAEFKYMVANGLNAPDGPFDALFLSFKLMGIGGPRTIKVSTVQSKLTDLKCTNVVLMGILSNMNIASNSKEWAYCVETHNKINLCDNPETAQELLLALLAFFLSKHSDFGLGDLVDSYFENDSILQSVASSFVGMPSFVAYETARQEYENAVANGSSPQIIKQLKKAMNVAKAEFDRESSVQRKINRMAEQAAAAMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNMARNGVVPLSVIPATSASKLVVVVPDHDSFARMMVDGFVHYAGVVWTLQEVKDNDGKNVHLKDVTKENQETLVWPLILTCERVVKLQNNEIMPGKMKVKATKAEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPDMKYVKWEHDSGVVTVELEPPCRFVVDTPTGPQIKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEFVSNSHLLTHCSFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGSGSGQAITSTIDSNTTQDTYGGASVCIYCRAHVAHPTMDGFCQYKGKWVQVPIGTNDPIRFCLENTVCKVCGCWLNHGCTCDRTAIQSFDNSYLKRVRGSSAARLEPCNGTDIDYCVRAFDVYNKDASFIGKNLKSNCVRFKNADKDDAFYIVKRCIKSVMDHEQSMYNLLKGCNAVAKHDFFTWHEGRTIYGNVSRQDLTKYTMMDLCFALRNFDEKDCEVLKEILVLTGCCGTDYFEMKNWFDPVENEDIHRVYAALGTVVANAMLKCVALCDEMVLRGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVLCPPGMGIPYCTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFMKSDIFGQDFKTYDLLKYDFTEHKEVLFNKYFKYWGQGYHPDCVDCYDEMCILHCSNFNTLFATTIPNTAFGPLCRKVFIDGVPVVATAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSTRLTITELLQFVTDPALIVASSPALVDKRTVCFSVAALSTGLTSQTVKPGHFNKEFYDFLRSQGFFDEGSELTLKHFFFTQKGDAAIKDFDYYRYNRPTMLDIGQARVAYQVASRYFDCYEGGCITSREVVVTNLNKSAGWPLNKFGKAGLYYESISYEEQDAMFALTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLATMTTRQFHQKCLKSIVATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIADVDDPKLMGWDYPKCDRAMPSMIRMLSAMILGSKHVTCCTASDKFYRLSNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSSNINRILSVNSSNCNNLNVKKLQKQLYDNCYRNSNVDESFVDDFYGYLQKHFSMMILSDDGVVCYNKIYAELGYIADISAFKATLYYQNGVFMSTAKCWTEEDLSVGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRIISAGVFVDDITKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPKPEYRKVFYALLDWVKYLNKTLNEGVLESFSVTLLDEQESKFWDESFYASMYEKSTVLQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRKPMLCTKCAYDHVFGTDHKFILAITPYVCNTSGCNVNDVTKLYLGGLNYYCVDHKPHLSFPLCSAGNVFGLYKSSALGSIDVDVFNKLSTSDWSDIRDYKLANEAKESLRLFAAETVKAKEESVKSSYAYATLKEIVGPKELLLSWESGKAKPPLNRNSVFTCFQITKDSKFQVGEFVFEKVDYGSDTVTYKSTATTKLVPGMLFILTSHNVAPLRAPTMANQEKYSTIYKLHPSFNVSDAYANLVPYYQLIGKQRITTIQGPPGSGKSHCSIGIGVYYPGARIVFTACSHAAVDSLCAKAATAYSVDKCTRIIPARARVECYSGFKPNNNSAQYVFSTVNALPEVNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYKHIVYVGDPQQLPAPRVLISKGVMEPIDYNVVTQRMCAIGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSELVYENKFVPVKEASKQCFKIFERGSVQVDNGSSINRRQLDVVKRFIHKNPTWSKAVFISPYNSQNYVAARLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIFAQTSDTAHACNANRFNVAITRAKKGIFCIMSDRTLFDALKFFEITMTDLQSENSCGLFKDCARNPIDLPPSHATTYLSLSDRFKTSGDLAVQIGSNNVCTYEHVISYMGFRFDVSMPGSHSLFCTRDFAMRHVRGWLGMDVEGAHVTGDNVGTNVPLQVGFSNGVDFVAQPEGCVVTNTGSVVKPVRARAPPGEQFTHLVPLLRKGQPWSVLRKRIVQMIADYLAGSSDVLVFVLWAGGLELTTMRYFVKIGAVKHCQCGTVATCYNSVSNDYCCFKHALGCDYVYNPYVIDIQQWGYVGSLSINHHAICNVHRNEHVASGDAIMTRCLAVYDCFVKNVDWSITYPMIANEKAINRGGRTVQSHIMRAAIKLYNPKAIHDIGNPKGIRCAVTDAKWYCYDKDPINSNVKTLEYDYMTHGQMDGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSTLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAYDKRAMAKLKPAPFFYYDDGPCEVVHDQVNYVPLRATNCITKCNIGGAVCSKHANLYRAYVESYNTFTQAGFNIWVPTTFDCYNLWQTFTEVNLQGLENIAFNVLKKGSFVCADGELPVAISGDKVFVRDGNIDNLVFVNKTSLPTNIAFELFAKRKVGLTPPLSILKNLGVVATYKFVLWDYEAERPFTSFTKSVCGYTDFTEDVCTCYDNSIQGSYERFTLSNNAVLFSATAVKAGGKSLPAIKLNFGMLNGNAIATVKSEDGNIKNVNWFVYVRKDGKPVDHYDGFYTQGRNLQDFLPRSTMEEDFLNMDIGVFIQKYGLEDFNFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLSKMGILKAEEFVSASDITLKCCTVTYLNDPSYKTVCTYMDLLLDDFVAILKSLDLTVVSKVHEVIIDNKPWRWMLWCKDNAVATFYPQLQSAEWKCGYSMPGIYKTQRMCLEPCNLYNYGAGLKLPSGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTLCVPHNMRVLHLGAGSDYGVAPGTAVLKRWLPHDAIVVDNDVVDYVSDADFSVTGDCATVYLEDKFDLLISDMYDGRTKAIDGENVSKEGFFTYINGVICEKLAIGGSVAIKVTEYSWNKKLYELVQKFSFWTMFCTSVNTSSSEAFVVGINYLGDFAKGPFIDGNIIHANYVFWRNSTVMTLSYNSVLDLSKFNCKHKATVVVQLKDGDINEMVLSLVRNGKLLVRGNGKCLSFSNHLVSTK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
A0A0U2GMU3  
Pubmed
26678874   
EMBL
KT368907    KT368908    ALA50192.1    ALA50199.1   
Proteomes
UP000120649    UP000151210   
Pfam
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
PF01661   Macro
PF08710   nsp9
PF06471   NSP11
PF09401   NSP10
PF05409   Peptidase_C30
PF06478   Corona_RPol_N
PF06460   NSP16
PF08717   nsp8
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08715   Viral_protease
Interpro
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR027352   CV_ZBD
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR002589   Macro_dom
IPR036333   NSP10_sf
IPR009466   NSP11
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR008740   Peptidase_C30
IPR014822   NSP9
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR037204   NSP7_sf
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827   Viral_protease
IPR037227   EndoU-like
IPR036499   NSP9_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR042515   Nsp15_N
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
IPR037230   NSP8_sf
IPR014828   NSP7
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR038123   NSP4_C_sf
SUPFAM
SSF101816   SSF101816
SSF50494   SSF50494
SSF144246   SSF144246
SSF143076   SSF143076
SSF51126   SSF51126
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367
Gene 3D
1.10.150.420     1.10.8.370     2.20.25.360     2.40.10.250     2.40.10.290    
ProteinModelPortal
A0A0U2GMU3  
PDB
6NUS     E-value=0,     Score=3002

Ontologies

KEGG
vg:26613670    
GO
GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
 GO:0033644  C:host cell membrane
 GO:0008242  F:omega peptidase activity
 GO:0006351  P:transcription, DNA-templated
 GO:0003724  F:RNA helicase activity
 GO:0005524  F:ATP binding
 GO:0003723  F:RNA binding
 GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
 GO:0044165  C:host cell endoplasmic reticulum
 GO:0008168  F:methyltransferase activity
 GO:0008270  F:zinc ion binding
 GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
 GO:0032259  P:methylation
 GO:0039694  P:viral RNA genome replication
 GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
 GO:0019082  P:viral protein processing

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6763
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
420.067979999992
Exp number, first 60 AAs:
0.05038
Total prob of N-in:
0.01041
outside
1  -  1935
TMhelix
1936  -  1958
inside
1959  -  2004
TMhelix
2005  -  2027
outside
2028  -  2073
TMhelix
2074  -  2096
inside
2097  -  2102
TMhelix
2103  -  2121
outside
2122  -  2499
TMhelix
2500  -  2522
inside
2523  -  2728
TMhelix
2729  -  2751
outside
2752  -  2754
TMhelix
2755  -  2777
inside
2778  -  2783
TMhelix
2784  -  2801
outside
2802  -  2804
TMhelix
2805  -  2824
inside
2825  -  2830
TMhelix
2831  -  2853
outside
2854  -  3166
TMhelix
3167  -  3189
inside
3190  -  3282
TMhelix
3283  -  3305
outside
3306  -  3308
TMhelix
3309  -  3328
inside
3329  -  3332
TMhelix
3333  -  3350
outside
3351  -  3369
TMhelix
3370  -  3392
inside
3393  -  3404
TMhelix
3405  -  3427
outside
3428  -  3441
TMhelix
3442  -  3464
inside
3465  -  3470
TMhelix
3471  -  3493
outside
3494  -  6763
 
 

Population Genetic Test Statistics

Pi
0.2483976
Theta
0.3806065
Tajima's D
-1.2242698
CLR
4.850681
Interpretation
No evidence of Selection

Genomic alignment in the CDS region

 
 

Multiple alignment of Orthologues

 
 

Orthologous in Strains

Strain Availability Status Gene
CHINA_HS_2019_MN908947    
CHINA_AVIAN_2008_NC_016995    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016991    
CHINA_MURINE_2015_NC_035191    
CANADA_AVIAN_2007_NC_010800    
USA_PIG_2000_NC_038861    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011549    
ITALY_PIG_2009_NC_028806    
GERMANY_PIG_2012_LT545990    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016992    
CHINA_BAT_2005_NC_009657    
CANADA_HS_2003_NC_004718    
CHINA_BAT_2014_NC_030886    
CHINA_BAT_2005_NC_018871    
USA_MURINE_2009_NC_012936    
CHINA_RABBIT_2006_NC_017083    
UK_PIG_2000_NC_003436    
ROMANIA_PIG_2015_LT898435    
ROMANIA_PIG_2015_LT898436    
GERMANY_PIG_2015_LT898444    
GERMANY_PIG_2015_LT898414    
GERMANY_PIG_2015_LT898439    
GERMANY_PIG_2015_LT898413    
GERMANY_PIG_2015_LT898412    
GERMANY_PIG_2015_LT898411    
GERMANY_PIG_2015_LT898416    
GERMANY_PIG_2015_LT898443    
GERMANY_PIG_2015_LT898420    
GERMANY_PIG_2015_LT898408    
GERMANY_PIG_2015_LT898423    
GERMANY_PIG_2015_LT898432    
GERMANY_PIG_2015_LT898409    
GERMANY_PIG_2015_LT898425    
GERMANY_PIG_2015_LT898446    
GERMANY_PIG_2014_LT898438    
GERMANY_PIG_2014_LT898440    
GERMANY_PIG_2014_LT900501    
GERMANY_PIG_2014_LT898427    
GERMANY_PIG_2014_LT898415    
GERMANY_PIG_2014_LT898421    
GERMANY_PIG_2014_LT898431    
GERMANY_PIG_2014_LT898410    
GERMANY_PIG_2014_LT900498    
GERMANY_PIG_2014_LT898430    
GERMANY_PIG_1978_LT897799    
GERMANY_PIG_2014_LT898447    
GERMANY_PIG_2014_LT898426    
GERMANY_PIG_2014_LT898417    
GERMANY_PIG_2014_LT900500    
GERMANY_PIG_2014_LT898445    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898418    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898441    
AUSTRIA_PIG_2015_LT898433    
AUSTRIA_PIG_2015_LT900502    
GERMANY_PIG_2015_LT900499    
BELGIUM_PIG_1980_LT906620    
BELGIUM_PIG_1977_LT905450    
SWITZERLAND_PIG_2003_LT905451    
BELGIUM_PIG_1978_LT906581    
UK_PIG_1987_LT906582    
CHINA_PIG_2009_NC_016990    
CHINA_PIG_2010_NC_039208    
KENYA_BAT_2010_KY073745    
KENYA_BAT_2010_NC_032107    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016994    
EUROPE_MURINE_2004_AY700211    
CHINA_AVIAN_2007_NC_011550    
USA_MURINE_1997_NC_001846    
USA_MURINE_1998_NC_023760    
MID_EAST_HS_2012_NC_019843    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016993    
CHINA_MURINE_2013_NC_032730    
USA_HS_2004_AY585228    
NETHERLAND_HS_2004_NC_005831    
CHINA_HS_2004_NC_006577    
EUROPE_HS_2000_NC_002645 Protein
Protein
 NP_073549.1
NP_073550.1
NETHERLAND_FERRET_2010_NC_030292    
JAPAN_FERRET_2013_LC119077    
USA_FELINE_2005_NC_002306    
CHINA_MURINE_2011_NC_034972    
CHINA_AVIAN_2007_NC_016996    
ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752 Protein
Protein
 YP_009194637.1
YP_009194638.1
CHINA_AVIAN_2007_NC_011547    
CHINA_BAT_2012_NC_028824    
CHINA_BAT_2013_NC_028814    
CHINA_BAT_2013_NC_028833    
CHINA_BAT_2011_NC_028811    
USA_BOVIN_2001_NC_003045    
CHINA_MURINE_2012_NC_026011    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_022643    
GERMANY_ERINACEINAE_2012_NC_039207    
UK_HS_2012_NC_038294    
AMERICA_WHALE_2007_NC_010646    
CHINA_BAT_2013_NC_025217    
UGANDA_BAT_2013_NC_034440    
CHINA_BAT_2006_NC_009021    
CHINA_BAT_2008_NC_010438    
CHINA_BAT_2006_NC_009020    
CHINA_BAT_2006_NC_009019    
CHINA_BAT_2006_NC_009988    
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