Strain

EUROPE_HS_2000_NC_002645 (Region: Europe;  Strain: Human coronavirus 229E, complete genome.;  Date: 2000)

Gene

4b protein

Description

Annotated in NCBI,  4b protein

Location

NC_002645(+):24482-24748

GenBank Accession

NP_073553.1

Full name

Non-structural protein 4b       + More
Non-structural protein 3      

Alternative Name

Accessory protein 4b
Accessory protein 3a

CDS

ATGCAAGGTAAGTGTTGGTTTCTTGAAAATAAGGCTCTGAAACCATTCGTTTGTTTTTACGGAGGGGATCAATTCCTTTACATAGGCGACAGAATTGTTTCTTATTTCTCAACTAACGACTTGTACGTTGCTCTTAGAGGACGTATTGATAAAGACCTCAGCCTTTCTAGAAAGGTTGAGTTATATAACGGTGAATGTGTATACTTGTTTTGTGAACACCCAGCTGTTGGAATAGTCAACACAGATTTCAAATTAGAAATCCACTAA

Protein

MQGKCWFLENKALKPFVCFYGGDQFLYIGDRIVSYFSTNDLYVALRGRIDKDLSLSRKVELYNGECVYLFCEHPAVGIVNTDFKLEIH

Similarity

Belongs to the coronaviruses NS4b protein family.

Keywords

Reference proteome   Host membrane   Membrane   Transmembrane   Transmembrane helix  

Feature

chain  Non-structural protein 4b

Uniprot

A0A059SFS0   P19740   A2ICZ7   A2ICZ2   A2ICY9   A0A1V0E0V5   + More
A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A5C2D2K3   A0A1V0BZA0   A0A5B9MRW9   J9VBQ5   A0A1L2KGF2   A0A0P0K6K8   A0A1L2KJL1   A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A1C8YZ23   A0A0P0K0Y6   A0A1B3TNA6   A0A0P0K0Z4   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGB1   A0A1Y0EV10   H9EJA1   H9EJ52   H9EJV6   A0A2L0WQG0   H9EJ66   U3M6V4   H9EJ24   A0A1V0PL03   Q6Q1S1   Q6R1L6   H9EJ59   U3M6Q9   A0A5B9BGU4   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   A0A5B9MVB9   U3M7U3   A0A1L2KGC6   H9EJV9   A0A0U1WHG6   A0A482JZU4   A0A1L2KGC7   A0A0U1WHE2   A0A4Y5QL67   A0A220YLL7   A0A482K3B3   S5ZIX9   F1DAX7   A0A3G8EWH8   F1DB15   K4KCQ8   K4K2S1   K4K1W1   K4JZ82   K4K225   L0CM93   A0A220T0U2   D3XNW8   D3XNW4   A0A0B5INN1   A0A286R3Q8   A0A0A0U8R3   A0A411NPH1   A0A411NPH2   A0A411NPF9   A0A411NPF1   A0A482JX61   A0A2U9EW54   A0A411NPI3   A0A411NPL5   A0A411NPI6   A0A411NPG7   A0A411NPC9   A0A411NPE0   A0A411NPC6   A0A411NPE9   A0A411NPF7   A0A411NPH3   A0A411NPN5   A0A411NPI7   A0A411NPH4   A0A411NPJ0  

Pubmed

2701946    1373555    11369870    9933919    17194306    27528677    + More
28893443    22926811    29167251    26378164    26678874    22837419    22879617    27799635    29741740    15034574    17054987    15073334    31067830    28840816    19239771    22561208    30447246    22933277    20544234    29789941   

EMBL

KF293664    KF293665    KF293666    AGW80942.1    X15654    X64942    + More
AF304460    EF198679    ABM64813.1    EF198675    ABM64808.1    EF198672    ABM64805.1    KY674914    KY621348    ARB07393.1    ARK08621.1    EF198673    EF198674    EF198676    EF198677    EF198678    KF514429    KF514431    KU291448    KY369908    KY369910    KY369911    KY369912    KY369913    KY369914    KY674919    KY967357    KY983587    KY996417    ABM64806.1    ABM64807.1    ABM64809.1    ABM64810.1    ABM64811.1    AGT21339.1    AGT21354.1    AOG74784.1    APT69854.1    APT69867.1    APT69874.1    APT69881.1    APT69888.1    APT69895.1    ARB07426.1    ARK08643.1    ARU07602.1    ARX11397.1    JX503061    KF514430    KF514432    KF514433    AFR79258.1    AGT21346.1    AGT21361.1    AGT21368.1    MN369046    QEO75986.1    KY684760    MF542265    ARA15430.1    AST12965.1    MN306046    QEG03786.1    JX503060    AFR79251.1    KY073748    APD51508.1    KT253269    ALK28776.1    KY073747    APD51500.1    KT368892    KT368893    KT368894    KT368895    KT368896    KT368897    KT368898    KT368899    KT368900    KT368901    KT368902    KT368903    KT368904    KT368905    KT368906    KT368907    KT368908    KT368909    KT368910    KT368911    KT368912    KT368913    KT368914    KT368915    KT368916    MF593473    ALA50089.1    ALA50096.1    ALA50103.1    ALA50110.1    ALA50117.1    ALA50124.1    ALA50131.1    ALA50138.1    ALA50145.1    ALA50152.1    ALA50159.1    ALA50166.1    ALA50173.1    ALA50180.1    ALA50187.1    ALA50194.1    ALA50201.1    ALA50208.1    ALA50215.1    ALA50222.1    ALA50229.1    ALA50236.1    ALA50243.1    ALA50250.1    ALA50257.1    ATI09438.1    KT253324    KT253325    KT253327    AOI28264.1    AOI28268.1    AOI28284.1    KT253326    AOI28276.1    KT253270    ALK28782.1    KU291449    AOG74790.1    KT253272    ALK28794.1    KT253271    ALK28788.1    KY073744    APD51476.1    KY983586    ARU07595.1    JQ765575    AFD98835.1    JQ765568    JQ765573    AFD98786.1    AFD98821.1    JQ771056    AFD64752.1    MG772808    AVA26874.1    JQ765570    AFD98800.1    KF530113    AGT51388.1    JQ765563    JQ765564    JQ765565    JQ765566    JQ765567    JQ765571    JQ765572    JQ765574    JX104161    JX524171    JX504050    KF530104    KF530106    KF530108    KF530109    KF530110    KF530112    KF530114    KT266906    KT381875    KU521535    KX179500    KY674915    KY674916    KY554967    KY554969    KY554971    KY829118    MG428699    MG428700    MG428701    MG428702    MG428703    MG428704    MG428705    MG428706    MG428707    MN026166    MK334044    MK334046    MK334047    AFD98751.1    AFD98758.1    AFD98765.1    AFD98772.1    AFD98779.1    AFD98807.1    AFD98814.1    AFD98828.1    AFO70498.1    AFQ55885.1    AFV53149.1    AGT51325.1    AGT51339.1    AGT51353.1    AGT51360.1    AGT51367.1    AGT51381.1    AGT51395.1    AKT07953.1    ALJ53432.1    ANU06085.1    APF29072.1    ARB07400.1    ARB07407.1    ARE29964.1    ARE29976.1    ARE29988.1    ARK08628.1    AWK59932.1    AWK59938.1    AWK59944.1    AWK59950.1    AWK59956.1    AWK59962.1    AWK59968.1    AWK59974.1    AWK59980.1    QDH43735.1    QED88020.1    QED88034.1    QED88041.1    KY554968    KY554970    ARE29970.1    ARE29982.1    AY567487    DQ445911    DQ445912    AY518894    AAS89768.1    JQ765569    AFD98793.1    KF530107    AGT51346.1    MK334045    QED88027.1    DQ462776    ABE73433.1    DQ462779    ABE73436.1    DQ462773    ABE73430.1    DQ462778    ABE73435.1    DQ462775    ABE73432.1    DQ462777    ABE73434.1    DQ462774    ABE73431.1    DQ462772    ABE73429.1    DQ462780    ABE73437.1    MN306018    QEG03732.1    KF530111    AGT51374.1    KY073746    APD51492.1    JQ771057    AFD64755.1    KJ473810    AIA62272.1    MG916902    MG916903    QBP43269.1    QBP43280.1    KY073745    APD51484.1    KJ473807    AIA62253.1    MK720945    MK720946    QCX35168.1    QCX35179.1    KY799179    ASL24652.1    MG916901    QBP43257.1    KF430219    AGT21334.1    HQ728480    ADX59452.1    MH938448    AZF86119.1    HQ728485    ADX59489.1    JQ989271    AFU92114.1    JQ989270    AFU92105.1    JQ989268    AFU92087.1    JQ989266    JQ989267    JQ989269    AFU92071.1    AFU92079.1    AFU92096.1    JQ989272    JQ989273    AFU92123.1    AFU92132.1    JX880079    AGA16503.1    KX852323    ASK39729.1    GU372739    ADC67068.1    GU372735    GU372741    MH006960    MH006962    MH006963    ADC67064.1    ADC67070.1    AVU05432.1    AVU05446.1    AVU05453.1    KM890281    AJF94315.1    MF577027    ASV51732.1    KM213252    AIW39677.1    MH744224    QBF53893.1    MH744223    QBF53892.1    MH744202    QBF53871.1    MH744203    QBF53872.1    MG916904    QBP43291.1    MG837058    AWQ28489.1    MH744228    QBF53897.1    MH744229    QBF53898.1    MH744230    QBF53899.1    MH744161    QBF53830.1    MH744183    QBF53852.1    MH744186    QBF53855.1    MH744168    QBF53837.1    MH744167    QBF53836.1    MH744169    QBF53838.1    MH744216    QBF53885.1    MH744231    QBF53900.1    MH744232    QBF53901.1    MH744218    QBF53887.1    MH744244    QBF53913.1   

Proteomes

UP000006716    UP000110267    UP000137891    UP000139984    UP000143565    UP000105041    + More
UP000118770    UP000100137    UP000101679    UP000103248    UP000103783    UP000104585    UP000108758    UP000110675    UP000115199    UP000115399    UP000116691    UP000120649    UP000124352    UP000128900    UP000136940    UP000136947    UP000147133    UP000151210    UP000152663    UP000152773    UP000153580    UP000153625    UP000169049    UP000171347    UP000173458    UP000173795    UP000122373    UP000130985    UP000096398    UP000204102    UP000110792    UP000100468    UP000168590    UP000151180    UP000106901    UP000098690    UP000103541    UP000105969    UP000108941    UP000125140    UP000129674    UP000134798    UP000136929    UP000140530    UP000141321    UP000141634    UP000143818    UP000144638    UP000145724    UP000146557    UP000151840    UP000158277    UP000162862    UP000167796    UP000173136    UP000008573    UP000115484    UP000138462    UP000161757    UP000130385    UP000174240    UP000153644    UP000144177    UP000277178    UP000106394    UP000174423    UP000162430    UP000155419    UP000123997    UP000119818    UP000126615    UP000132096    UP000112496    UP000126962   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

A0A059SFS0   P19740   A2ICZ7   A2ICZ2   A2ICY9   A0A1V0E0V5   + More
A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A5C2D2K3   A0A1V0BZA0   A0A5B9MRW9   J9VBQ5   A0A1L2KGF2   A0A0P0K6K8   A0A1L2KJL1   A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A1C8YZ23   A0A0P0K0Y6   A0A1B3TNA6   A0A0P0K0Z4   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGB1   A0A1Y0EV10   H9EJA1   H9EJ52   H9EJV6   A0A2L0WQG0   H9EJ66   U3M6V4   H9EJ24   A0A1V0PL03   Q6Q1S1   Q6R1L6   H9EJ59   U3M6Q9   A0A5B9BGU4   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   A0A5B9MVB9   U3M7U3   A0A1L2KGC6   H9EJV9   A0A0U1WHG6   A0A482JZU4   A0A1L2KGC7   A0A0U1WHE2   A0A4Y5QL67   A0A220YLL7   A0A482K3B3   S5ZIX9   F1DAX7   A0A3G8EWH8   F1DB15   K4KCQ8   K4K2S1   K4K1W1   K4JZ82   K4K225   L0CM93   A0A220T0U2   D3XNW8   D3XNW4   A0A0B5INN1   A0A286R3Q8   A0A0A0U8R3   A0A411NPH1   A0A411NPH2   A0A411NPF9   A0A411NPF1   A0A482JX61   A0A2U9EW54   A0A411NPI3   A0A411NPL5   A0A411NPI6   A0A411NPG7   A0A411NPC9   A0A411NPE0   A0A411NPC6   A0A411NPE9   A0A411NPF7   A0A411NPH3   A0A411NPN5   A0A411NPI7   A0A411NPH4   A0A411NPJ0  

KEGG

vg:918760     vg:26613666     vg:30522872     vg:2943500     vg:26626966     vg:16607890     vg:13842717    

GO

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0033644  C:host cell membrane

From MSLVP

Multi-Pass Membrane

From Uniprot

Host membrane  

Length:

88

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.19193

Exp number, first 60 AAs:

0.18288

Total prob of N-in:

0.24588

outside

1  -  88