Strain

ARABIA_CAMEL_2015_NC_028752 (Region: Saudi Arabia;  Strain: Camel alphacoronavirus isolate camel/Riyadh/Ry141/2015, complete genome.;  Date: 2015)

Gene

ORF4

Description

Annotated in NCBI,  ORF4

Location

NC_028752(+):24094-24774

GenBank Accession

YP_009194640.1

Full name

Non-structural protein 3      

Alternative Name

Accessory protein 3a

CDS

ATGGCTCTAGGTTTGTTTACTCTGCAAATCGAGTCTGCTGTTAATCAATCGCTAAGCAAGTCGAAAGTTAGTGCCGTAGTTTCGCGCCAGGTTATCCAGGATGTTAGAGCTGCCGCTGTCACTTTCAACTTGCTAGCTTATACACTAATGAGCCTCTTTGTTGTTTACTTTGCTTTTTTCAAAGCAAGATCTAATCGAGGAAGAGTAGCTCTTATAGTGTTTAAAATTCTAATCCTCTTCGTTTATGTACCATTGCTGTATTGGTCTCAAGCTTACATTGATGCGACGTTGATCGCTGTAATTTTGCTTGGAAGGTTTTTCCATACAGCTTGGTACTGTTGGCTGTACAAAACATGGGATTTCATAGTCTTCAATGTAACCACACTTTGCTATGTGCAAGGCAAATGTTGGTTTCTTGAAAATAAGGCTTTGAAACCATTTGTGTGCTTCTACGGAGGGGACCAATTTCTTTACATAGGTGACAGAGTTGTTTCCTATGTCTCAACTAACGATTTATACGTTGCTCTTAGAGGACGTATTGACAGAGATCTTAGCCTTTCTAGAAAGGTTGATCTTTATAACGGTGAATGTGTATACTTTTTTTGTGAACACCCAGCTGTCGGAATAGTTAATACAGATTTTAAATTGGAATTTGAAGATGTTTCTGAAGCTAGTGGATGA

Protein

MALGLFTLQIESAVNQSLSKSKVSAVVSRQVIQDVRAAAVTFNLLAYTLMSLFVVYFAFFKARSNRGRVALIVFKILILFVYVPLLYWSQAYIDATLIAVILLGRFFHTAWYCWLYKTWDFIVFNVTTLCYVQGKCWFLENKALKPFVCFYGGDQFLYIGDRVVSYVSTNDLYVALRGRIDRDLSLSRKVDLYNGECVYFFCEHPAVGIVNTDFKLEFEDVSEASG

Keywords

Host membrane   Membrane   Transmembrane   Transmembrane helix  

Feature

chain  Non-structural protein 3

Uniprot

A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A1C8YZ23   A0A1B3TNA6   A0A0P0K6K8   A0A1L2KGF2   + More
A0A0P0K0Y6   A2ICZ2   A2ICY9   A0A1L2KJL1   A0A5B9MRW9   A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A5C2D2K3   A0A1V0BZA0   J9VBQ5   A0A1V0E0V5   A0A0P0K0Z4   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGB1   A0A1Y0EV10   H9EJV6   A0A2L0WQG0   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   H9EJ24   Q6Q1S1   U3M7U3   H9EJ52   H9EJ66   U3M698   U3M6V4   U3M6Q9   H9EJA1   A0A1L2KGC6   A0A1V0PL03   A0A5B9MVB9   H9EJ59   H9EJV9   H9EJW8   H9EJW2   H9EJV3   A0A5B9BGU4   H9EJW5   A0A1L2KGC7   Q6R1L6   A0A5B9MRB5   F1DAX7   F1DB21   F1DB15   A0A482JZU4   A0A0U1WHG6   A0A2P1G6J2   A0A2P1G6K2   A0A0U1WHE7   A0A5B9Y721   A0A3G1II23   A0A2P1G6P6   A0A2P1G6I3   A8JNZ3   A0A2U8UA91   A0A0U1WHD4   A0A0U1WHE2   B1PHK3   A0A2U8UA93   U3REC7   L7Y697   A0A172PC13   A0A0U2UAH2   A0A0U1WHC3   A0A0U1UZ22   U3RC20   A0A0C5KQX3   H9CH10   A0A2S1WCF7   A0A2D1BJ51   A0A2P1G6I9   A0A346LQ16   A0A410JAL3   A0A481XUS1   L7WB48   A8JP01   A0A1Y0D9J8   A0A075M1B8   A0A5J6SVW6   A0A221ZTM6   A0A0U1UZB9   A0A5J6SUR5  

Pubmed

26678874    27528677    26378164    17194306    28893443    22926811    + More
29167251    22837419    17054987    22879617    27799635    29741740    15034574    15073334    19239771    22561208    29618817    31419711    28654418    30171801    31207129    17617433    27125516    18420807    24292967    25272273    26512689    27178127    29879479    25694517    29704627    25125639    26112783   

EMBL

KT368892    KT368893    KT368894    KT368895    KT368896    KT368897    + More
KT368898    KT368899    KT368900    KT368901    KT368902    KT368903    KT368904    KT368905    KT368906    KT368907    KT368908    KT368909    KT368910    KT368911    KT368912    KT368913    KT368914    KT368915    KT368916    MF593473    ALA50089.1    ALA50096.1    ALA50103.1    ALA50110.1    ALA50117.1    ALA50124.1    ALA50131.1    ALA50138.1    ALA50145.1    ALA50152.1    ALA50159.1    ALA50166.1    ALA50173.1    ALA50180.1    ALA50187.1    ALA50194.1    ALA50201.1    ALA50208.1    ALA50215.1    ALA50222.1    ALA50229.1    ALA50236.1    ALA50243.1    ALA50250.1    ALA50257.1    ATI09438.1    KT253324    KT253325    KT253327    AOI28264.1    AOI28268.1    AOI28284.1    KT253326    AOI28276.1    KU291449    AOG74790.1    KT253269    ALK28776.1    KY073748    APD51508.1    KT253270    ALK28782.1    EF198675    ABM64808.1    EF198672    ABM64805.1    KY073747    APD51500.1    MN306046    QEG03786.1    EF198673    EF198674    EF198676    EF198677    EF198678    KF514429    KF514431    KU291448    KY369908    KY369910    KY369911    KY369912    KY369913    KY369914    KY674919    KY967357    KY983587    KY996417    ABM64806.1    ABM64807.1    ABM64809.1    ABM64810.1    ABM64811.1    AGT21339.1    AGT21354.1    AOG74784.1    APT69854.1    APT69867.1    APT69874.1    APT69881.1    APT69888.1    APT69895.1    ARB07426.1    ARK08643.1    ARU07602.1    ARX11397.1    JX503061    KF514430    KF514432    KF514433    AFR79258.1    AGT21346.1    AGT21361.1    AGT21368.1    MN369046    QEO75986.1    KY684760    MF542265    ARA15430.1    AST12965.1    JX503060    AFR79251.1    KY674914    KY621348    ARB07393.1    ARK08621.1    KT253272    ALK28794.1    KT253271    ALK28788.1    KY073744    APD51476.1    KY983586    ARU07595.1    JQ771056    AFD64752.1    MG772808    AVA26874.1    DQ462776    ABE73433.1    DQ462779    ABE73436.1    DQ462773    ABE73430.1    DQ462778    ABE73435.1    DQ462775    ABE73432.1    DQ462777    ABE73434.1    DQ462774    ABE73431.1    DQ462772    ABE73429.1    DQ462780    ABE73437.1    JQ765563    JQ765564    JQ765565    JQ765566    JQ765567    JQ765571    JQ765572    JQ765574    JX104161    JX524171    JX504050    KF530104    KF530106    KF530108    KF530109    KF530110    KF530112    KF530114    KT266906    KT381875    KU521535    KX179500    KY674915    KY674916    KY554967    KY554969    KY554971    KY829118    MG428699    MG428700    MG428701    MG428702    MG428703    MG428704    MG428705    MG428706    MG428707    MN026166    MK334044    MK334046    MK334047    AFD98751.1    AFD98758.1    AFD98765.1    AFD98772.1    AFD98779.1    AFD98807.1    AFD98814.1    AFD98828.1    AFO70498.1    AFQ55885.1    AFV53149.1    AGT51325.1    AGT51339.1    AGT51353.1    AGT51360.1    AGT51367.1    AGT51381.1    AGT51395.1    AKT07953.1    ALJ53432.1    ANU06085.1    APF29072.1    ARB07400.1    ARB07407.1    ARE29964.1    ARE29976.1    ARE29988.1    ARK08628.1    AWK59932.1    AWK59938.1    AWK59944.1    AWK59950.1    AWK59956.1    AWK59962.1    AWK59968.1    AWK59974.1    AWK59980.1    QDH43735.1    QED88020.1    QED88034.1    QED88041.1    AY567487    DQ445911    DQ445912    KF530111    AGT51374.1    JQ765568    JQ765573    AFD98786.1    AFD98821.1    JQ765570    AFD98800.1    KF530105    MK334043    AGT51332.1    QED88013.1    KF530113    AGT51388.1    KF530107    AGT51346.1    JQ765575    AFD98835.1    KY073746    APD51492.1    KY554968    KY554970    ARE29970.1    ARE29982.1    MN306018    QEG03732.1    JQ765569    AFD98793.1    JQ771057    AFD64755.1    JQ771060    AFD64764.1    JQ771058    AFD64758.1    JQ771055    AFD64749.1    MK334045    QED88027.1    JQ771059    AFD64761.1    KY073745    APD51484.1    AY518894    AAS89768.1    MN306040    QEG03749.1    HQ728480    ADX59452.1    HQ728486    ADX59496.1    HQ728485    ADX59489.1    MG916902    MG916903    QBP43269.1    QBP43280.1    KJ473810    AIA62272.1    MF094687    AVM80493.1    MF094686    AVM80485.1    KJ473808    AIA62260.1    MK977618    QEH62670.1    MF167434    ASK51718.1    MG557844    MF094681    MF094682    MF094683    MF094684    MF769416    MF769417    MF769418    MF769419    MF769420    MF769421    MF769422    MF769423    MF769424    MF769425    MF769426    MF769427    MF769428    MF769429    MF769430    MF769431    MF769432    MF769433    MF769434    MF769435    MF769436    MF769437    MF769438    MF769439    MF769440    MF769441    MF769442    MF769443    MF769444    MG605090    MG605091    MK651076    AVM41571.1    AVM80440.1    AVM80449.1    AVM80458.1    AVM80467.1    AVM80525.1    AVM80534.1    AVM80543.1    AVM80552.1    AVM80561.1    AVM80570.1    AVM80579.1    AVM80588.1    AVM80597.1    AVM80606.1    AVM80615.1    AVM80624.1    AVM80633.1    AVM80642.1    AVM80651.1    AVM80660.1    AVM80669.1    AVM80678.1    AVM80687.1    AVM80696.1    AVM80705.1    AVM80714.1    AVM80723.1    AVM80732.1    AVM80741.1    AVM80750.1    AVM80759.1    AVM80768.1    AVM80777.1    AXY04084.1    AXY04093.1    QDE12098.1    MF094685    AVM80476.1    EF203064    ABQ57209.1    MF488978    AWM99571.1    KJ473799    AIA62228.1    KJ473807    AIA62253.1    EU420139    ACA52172.1    MF489759    AWM99572.1    KF476052    AGX01596.1    KC120779    KC120784    KC120787    KC120802    KF476049    KF476057    KF476059    KF761675    KF840540    KF840545    KF840555    KF840556    KP281632    KP281633    KP281634    KT021227    MH107322    MF611904    MF611907    MH726374    MH726375    MN037494    AGD93101.1    AGD93106.1    AGD93109.1    AGD93124.1    AGX01593.1    AGX01601.1    AGX01603.1    AHG97486.1    AIE15951.1    AIE15976.1    AIE16026.1    AIE16031.1    AKA64539.1    AKA64540.1    AKA64541.1    ALM09358.1    AWV57055.1    AWX65675.1    AWX65678.1    QCQ19871.1    QCQ19877.1    QED58402.1    KX010467    AND65684.1    KT357514    KT357515    KT357516    KT357518    KT357519    KT357520    ALR34682.1    ALR34683.1    ALR34684.1    ALR34686.1    ALR34687.1    ALR34688.1    KJ473797    AIA62213.1    KJ473798    AIA62221.1    KF476058    AGX01602.1    KM609208    AJP67427.1    JQ305099    AFE85869.1    MG742313    AWJ64264.1    MF370205    ATN23890.1    MF094688    AVM80501.1    MH615810    AXP98440.1    MK288006    QAR17950.1    MH580569    MH580583    MH580584    MH580586    MK690502    QBK46436.1    QBK46450.1    QBK46451.1    QBK46453.1    QER78628.1    JX910242    JX910243    JX910244    JX910246    KF495661    AGC79131.1    AGC79132.1    AGC79133.1    AGC79134.1    AHA15403.1    EF203065    EF203066    EF203067    ABQ57217.1    ABQ57225.1    ABQ57233.1    KY928065    ART84251.1    KJ960178    KJ960179    KR610993    KR610994    AIF73530.1    AKH45339.1    MK644601    QFG01689.1    MF346935    ASO67378.1    KJ473800    AIA62235.1    MK644603    QFG01701.1   

Proteomes

UP000100137    UP000101679    UP000103248    UP000103783    UP000104585    UP000108758    + More
UP000110675    UP000115199    UP000115399    UP000116691    UP000120649    UP000124352    UP000128900    UP000136940    UP000136947    UP000147133    UP000151210    UP000152663    UP000152773    UP000153580    UP000153625    UP000169049    UP000171347    UP000173458    UP000173795    UP000118770    UP000122373    UP000110267    UP000137891    UP000139984    UP000143565    UP000105041    UP000130985    UP000096398    UP000204102    UP000098690    UP000103541    UP000105969    UP000108941    UP000125140    UP000129674    UP000134798    UP000136929    UP000140530    UP000141321    UP000141634    UP000143818    UP000144638    UP000145724    UP000146557    UP000151840    UP000158277    UP000162862    UP000167796    UP000173136    UP000008573    UP000115484    UP000138462    UP000153644    UP000100468    UP000168590    UP000151180    UP000171901    UP000106901    UP000174240    UP000110792    UP000130385    UP000277178    UP000161757    UP000144177    UP000104963    UP000166619    UP000135768    UP000106394    UP000143524    UP000111801    UP000152961    UP000106776    UP000110898    UP000124473    UP000096660    UP000130662    UP000152921    UP000102013    UP000107040    UP000137179    UP000150912    UP000126502   

Pfam

PF03053   Corona_NS3b

Interpro

IPR004293   Coronavirus_Orf3b

ProteinModelPortal

A0A0U2GMK5   A0A1C8YZ25   A0A1C8YZ23   A0A1B3TNA6   A0A0P0K6K8   A0A1L2KGF2   + More
A0A0P0K0Y6   A2ICZ2   A2ICY9   A0A1L2KJL1   A0A5B9MRW9   A2ICZ0   A0A384K8E9   A0A5C2D2K3   A0A1V0BZA0   J9VBQ5   A0A1V0E0V5   A0A0P0K0Z4   A0A0P0KWE8   A0A1L2KGB1   A0A1Y0EV10   H9EJV6   A0A2L0WQG0   Q06XP5   Q06XP2   Q06XP8   Q06XP3   Q06XP6   Q06XP4   Q06XP7   Q06XP9   Q06XP1   H9EJ24   Q6Q1S1   U3M7U3   H9EJ52   H9EJ66   U3M698   U3M6V4   U3M6Q9   H9EJA1   A0A1L2KGC6   A0A1V0PL03   A0A5B9MVB9   H9EJ59   H9EJV9   H9EJW8   H9EJW2   H9EJV3   A0A5B9BGU4   H9EJW5   A0A1L2KGC7   Q6R1L6   A0A5B9MRB5   F1DAX7   F1DB21   F1DB15   A0A482JZU4   A0A0U1WHG6   A0A2P1G6J2   A0A2P1G6K2   A0A0U1WHE7   A0A5B9Y721   A0A3G1II23   A0A2P1G6P6   A0A2P1G6I3   A8JNZ3   A0A2U8UA91   A0A0U1WHD4   A0A0U1WHE2   B1PHK3   A0A2U8UA93   U3REC7   L7Y697   A0A172PC13   A0A0U2UAH2   A0A0U1WHC3   A0A0U1UZ22   U3RC20   A0A0C5KQX3   H9CH10   A0A2S1WCF7   A0A2D1BJ51   A0A2P1G6I9   A0A346LQ16   A0A410JAL3   A0A481XUS1   L7WB48   A8JP01   A0A1Y0D9J8   A0A075M1B8   A0A5J6SVW6   A0A221ZTM6   A0A0U1UZB9   A0A5J6SUR5  

KEGG

vg:26613666     vg:30522872     vg:2943500     vg:26628035     vg:5741385     vg:26626966     vg:6020261    

GO

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0033644  C:host cell membrane

From MSLVP

Multi-Pass Membrane

From Uniprot

Host membrane  

Length:

226

Number of predicted TMHs:

3

Exp number of AAs in TMHs:

66.04078

Exp number, first 60 AAs:

22.57959

Total prob of N-in:

0.00732

POSSIBLE N-term signal

sequence

outside

1  -  37

TMhelix

38  -  60

inside

61  -  66

TMhelix

67  -  89

outside

90  -  92

TMhelix

93  -  115

inside

116  -  226

 

 

Pi

0.3200095

Theta

0.5270298

Tajima's D

-1.5109628

CLR

6.048677

Interpretation

No evidence of Selection