Strain
Human_NL63_AY567487
(Region: ; Strain: Human coronavirus NL63; Date: )
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTTTACAATCAAGTGACACTTGCTGTTGCAAGTGATTCGGAAATTTCAGGTTTTGGTTTTGCCATTCCTTCTGTAGCCGTTCGCACCTATAGCGAAGCCGCTGCACAAGGTTTTCAGGCATGCCGTTTTGTTGCTTTTGGCTTACAGGATTGTGTAACCGGTATTAATGATGATGATTATGTCATTGCATTGACTGGTACTAATCAGCTCTGTGCCAAAATTTTACCTTTTTCTGATAGACCCCTTAATTTGCGAGGTTGGCTCATTTTTTCTAACAGCAATTATGTTCTTCAGGACTTTGATGTTGTTTTTGGCCATGGTGCAGGAAGTGTGGTTTTTGTGGATAAGTACATGTGTGGTTTTGATGGTAAACCTGTGTTACCTAAAAACATGTGGGAATTTAGGGATTACTTTAATAATAATACTGATAGTATTGTTATTGGTGGTGTCACTTATCAACTAGCATGGGATGTTATACGTAAAGACCTTTCTTATGAACAGCAAAATGTTTTAGCCATTGAGAGCATTCATTACCTTGGTACTACAGGTCATACTTTGAAGTCTGGTTGCAAACTTACTAATGCTAAGCCGCCTAAATATTCTTCTAAGGTTGTTTTGAGTGGTGAATGGAATGCTGTGTATAGGGCGTTTGGTTCACCATTTATTACAAATGGTATGTCATTGCTAGATATAATTGTTAAACCAGTTTTCTTTAATGCTTTTGTTAAATGCAATTGTGGTTCTGAGAGTTGGAGTGTTGGTGCATGGGATGGTTACTTATCTTCTTGTTGTGGCACACCTGCTAAGAAACTTTGTGTTGTTCCTGGTAATGTCGTTCCTGGTGATGTGATCATCACCTCAACTAGTGCTGGTTGTGGTGTTAAATACTATGCTGGCTTAGTTGTTAAACATATTACTAACATTACTGGTGTGTCTTTATGGCGTGTTACAGCTGTTCATTCTGATGGAATGTTTGTGGCATCATCTTCTTATGATGCACTCTTGCATAGAAATTCATTAGACCCTTTTTGCTTTGATGTTAACACTTTACTTTCTAATCAATTACGTCTAGCTTTTCTTGGTGCTTCTGTTACAGAAGATGTTAAATTTGCTGCTAGCACTGGTGTTATTGACATTAGTGCTGGTATGTTTGGTCTTTACGATGACATATTGACAAACAATAAACCTTGGTTTGTACGCAAAGCTTCTGGGCTTTTTGATGCAATCTGGGATGCTTTTGTTGCCGCTATTAAGCTTGTACCAACTACTACTGGTGTTTTGGTTAGGTTTGTTAAGTCTATTGCTTCAACTGTTTTAACTGTCTCTAATGGTGTTATTATTATGTGTGCAGATGTTCCAGATGCTTTTCAATCAGTTTATCGCACATTTACACAAGCTATTTGTGCTGCATTTGATTTTTCTTTAGATGTATTTAAAATTGGTGATGTTAAATTTAAACGACTTGGTGATTATGTTCTTACTGAAAACGCTCTTGTTCGTTTGACTACTGAAGTTGTTCGTGGTGTTCGTGATGCTCGCATAAAGAAAGCCATGTTTACTAAAGTAGTTGTAGGTCCTACAACTGAAGTTAAGTTTTCTGTTATTGAACTTGCCACTGTTAATTTGCGTCTTGTTGATTGTGCACCTGTAGTTTGCCCTAAAGGTAAGATTGTTGTTATTGCTGGACAAGCTTTTTTCTATAGTGGTGGTTTTTATCGTTTTATGGTTGATCCTACAACTGTATTAAATGATCCTGTTTTTACTGGTGATTTATTCTACACTATTAAGTTTAGTGGTTTTAAGCTTGATGGTTTTAACCATCAGTTTGTTACTGCTAGTTCTGCTACAGATGCCATTATTGCTGTTGAGCTGTTGTTATTGGATTTTAAAACTGCAGTTTTTGTGTACACATGTGTGGTTGATGGCTGTAGTGTCATTGTTAGACGTGATGCTACATTCGCTACACATGTGTGTTTTAAGGACTGTTATAATGTTTGGGAGCAATTCTGCATTGATAATTGTGGTGAGCCATGGTTTTTGACTGATTATAATGCTATCTTGCAGAGTAATAACCCTCAATGTGCTATTGTTCAAGCATCAGAGTCTAAAGTTTTGCTTGAGAGGTTTTTACCTAAGTGTCCTGAAATACTGTTGAGTATTGATGATGGCCATTTATGGAATCTTTTTGTTGAAAAGTTTAATTTTGTTACAGATTGGTTAAAAACTCTTAAGCTTACACTTACTTCTAATGGTCTTTTAGGTAATTGTGCCAAACGTTTTAGACGTGTTTTGGTAAAATTGCTTGATGTCTATAATGGTTTTCTTGAAACTGTCTGTAGTGTCGCATACACTGCTGGTGTTTGCATCAAATATTATGCTGTTAATGTTCCATATGTAGTTATTAGTGGTTTTGTAAGTCGTGTAATTCGTAGAGAAAGGTGTGACATGACTTTTCCTTGTGTTAGTTGTGTCACCTTTTTCTATGAATTTTTAGACACTTGTTTTGGTGTTAGTAAACCTAATGCCATTGATGTTGAACATTTAGAGCTTAAAGAAACTGTTTTTGTTGAACCTAAGGATGGTGGTCAATTTTTTGTTTCTGGTGATTATCTTTGGTATGTTGTAGATGACATTTATTATCCAGCTTCATGTAATGGTGTATTGCCTGTTGCTTTTACAAAATTAGCTGGTGGTAAAATATCTTTTTCTGATGATGTTATAGTTCATGATGTTGAACCTACCCATAAAGTCAAGCTCATATTTGAGTTTGAAGATGATGTTGTTACCAGTCTTTGTAAGAAGAGTTTTGGTAAGTCCATTATTTATACAGGTGATTGGGAAGGTCTACATGAAGTTCTTACATCTGCAATGAATGTCATTGGGCAACATATTAAGTTGCCACAATTTTATATTTATGATGAAGAGGGTGGTTATGATGTTTCTAAACCAGTTATGATTTCACAATGGCCTATTAGTAATGATAGTAATGGTTGTGTTGTTGAAGCGAGCACTGATTTTCATCAATTAGAATGTATTGTTGATGACTCTGTTAGAGAAGAGGTTGATATAATTGAACAACCTTTTGAAGAAGTTGAACATGTGCTCTCAATTAAGCAACCTTTTTCTTTTTCTTTTAGAGATGAATTGGGTGTTCGTGTTTTAGATCAATCTGATAATAATTGTTGGATTAGTACCACACTTGTACAGTTGCAACTTACAAAGCTTTTGGATGATTCTATTGAGATGCAATTGTTTAAAGTTGGTAAAGTTGATTCAATTGTCCAAAAGTGTTATGAGTTGTCTCATTTAATTAGTGGTTCACTTGGTGATAGTGGTAAACTTCTTAGTGAACTTCTTAAAGAAAAATATACATGTTCTATAACTTTTGAGATGTCTTGTGATTGTGGTAAAAAGTTTGATGATCAGGTTGGTTGTTTGTTTTGGATTATGCCTTACACAAAACTTTTTCAAAAAGGTGAGTGTTGTATTTGTCATAAAATGCAGACTTATAAGCTTGTTAGTATGAAAGGTACTGGTGTGTTTGTACAGGATCCAGCACCTATTGACATTGATGCTTTCCCTGTGAAACCTATATGTTCATCTGTATATTTAGGTGTTAAGGGTTCTGGTCATTATCAAACAAATTTATACAGTTTTAACAAAGCTATTGATGGTTTTGGTGTCTTTGACATTAAAAATAGTAGTGTTAATACTGTTTGTTTTGTTGATGTTGATTTTCATAGTGTAGAAATAGAAGCTGGTGAAGTTAAACCTTTTGCTGTATATAAAAATGTTAAATTTTATTTAGGTGATATTTCACACCTTGTAAACTGTGTTTCTTTTGACTTTGTTGTCAATGCTGCTAATGAAAATCTCTTGCATGGAGGCGGTGTTGCACGTGCTATTGATATTTTGACTGAAGGTCAACTTCAGTCATTATCTAAAGATTACATTAGTAGTAATGGTCCACTTAAGGTTGGAGCAGGTGTTATGTTGGAGTGTGAAAAATTCAACGTATTTAATGTTGTTGGTCCGCGAACTGGTAAACATGAGCATTCATTACTTGTTGAAGCTTATAATTCTATTTTATTTGAAAATGGTATTCCACTTATGCCTCTTCTTAGTTGTGGTATTTTTGGTGTAAGGATTGAAAATTCTCTTAAAGCTTTGTTTAGTTGTGACATTAATAAACCATTGCAAGTTTTTGTTTATTCTTCAAATGAAGAACAAGCTGTTCTTAAGTTTTTAGATGGTTTAGATTTAACACCAGTCATTGATGATGTTGATGTTGTTAAACCTTTTAGAGTTGAAGGTAATTTTTCATTCTTTGATTGTGGTGTCAATGCCTTGGATGGTGATATTTACTTATTATTTACTAACTCTATTTTAATGTTGGATAAACAAGGACAATTATTGGACACAAAACTTAATGGTATTTTGCAACAGGCAGCTCTTGATTATCTTGCTACAGTTAAAACTGTACCAGCTGGTAATTTGGTTAAACTTTTTGTTGAGAGTTGTACCATTTATATGTGTGTTGTACCATCGATAAATGATCTTTCTTTTGATAAAAATCTTGGTCGTTGTGTGCGTAAACTTAATAGATTGAAAACTTGTGTTATTGCCAATGTTCCTGCTATTGATGTTTTGAAAAAGCTTCTTTCAAGTTTGACTTTAACTGTTAAATTTGTTGTAGAGAGTAATGTTATGGATGTTAACGACTGTTTTAAGAATGATAATGTAGTTTTGAAAATTACTGAAGATGGTATTAATGTTAAAGATGTTGTTGTTGAGTCTTCTAAGTCACTTGGTAAACAATTGGGTGTTGTGAGTGATGGTGTTGACTCTTTTGAAGGTGTTTTACCTATTAATACTGATACTGTCTTATCTGTAGCTCCAGAAGTTGACTGGGTTGCTTTTTACGGTTTTGAAAAGGCAGCACTTTTTGCTTCTTTGGATGTAAAGCCATATGGTTACCCTAATGATTTTGTTGGTGG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Protein
MFYNQVTLAVASDSEISGFGFAIPSVAVRTYSEAAAQGFQACRFVAFGLQDCVTGINDDDYVIALTGTNQLCAKILPFSDRPLNLRGWLIFSNSNYVLQDFDVVFGHGAGSVVFVDKYMCGFDGKPVLPKNMWEFRDYFNNNTDSIVIGGVTYQLAWDVIRKDLSYEQQNVLAIESIHYLGTTGHTLKSGCKLTNAKPPKYSSKVVLSGEWNAVYRAFGSPFITNGMSLLDIIVKPVFFNAFVKCNCGSESWSVGAWDGYLSSCCGTPAKKLCVVPGNVVPGDVIITSTSAGCGVKYYAGLVVKHITNITGVSLWRVTAVHSDGMFVASSSYDALLHRNSLDPFCFDVNTLLSNQLRLAFLGASVTEDVKFAASTGVIDISAGMFGLYDDILTNNKPWFVRKASGLFDAIWDAFVAAIKLVPTTTGVLVRFVKSIASTVLTVSNGVIIMCADVPDAFQSVYRTFTQAICAAFDFSLDVFKIGDVKFKRLGDYVLTENALVRLTTEVVRGVRDARIKKAMFTKVVVGPTTEVKFSVIELATVNLRLVDCAPVVCPKGKIVVIAGQAFFYSGGFYRFMVDPTTVLNDPVFTGDLFYTIKFSGFKLDGFNHQFVTASSATDAIIAVELLLLDFKTAVFVYTCVVDGCSVIVRRDATFATHVCFKDCYNVWEQFCIDNCGEPWFLTDYNAILQSNNPQCAIVQASESKVLLERFLPKCPEILLSIDDGHLWNLFVEKFNFVTDWLKTLKLTLTSNGLLGNCAKRFRRVLVKLLDVYNGFLETVCSVAYTAGVCIKYYAVNVPYVVISGFVSRVIRRERCDMTFPCVSCVTFFYEFLDTCFGVSKPNAIDVEHLELKETVFVEPKDGGQFFVSGDYLWYVVDDIYYPASCNGVLPVAFTKLAGGKISFSDDVIVHDVEPTHKVKLIFEFEDDVVTSLCKKSFGKSIIYTGDWEGLHEVLTSAMNVIGQHIKLPQFYIYDEEGGYDVSKPVMISQWPISNDSNGCVVEASTDFHQLECIVDDSVREEVDIIEQPFEEVEHVLSIKQPFSFSFRDELGVRVLDQSDNNCWISTTLVQLQLTKLLDDSIEMQLFKVGKVDSIVQKCYELSHLISGSLGDSGKLLSELLKEKYTCSITFEMSCDCGKKFDDQVGCLFWIMPYTKLFQKGECCICHKMQTYKLVSMKGTGVFVQDPAPIDIDAFPVKPICSSVYLGVKGSGHYQTNLYSFNKAIDGFGVFDIKNSSVNTVCFVDVDFHSVEIEAGEVKPFAVYKNVKFYLGDISHLVNCVSFDFVVNAANENLLHGGGVARAIDILTEGQLQSLSKDYISSNGPLKVGAGVMLECEKFNVFNVVGPRTGKHEHSLLVEAYNSILFENGIPLMPLLSCGIFGVRIENSLKALFSCDINKPLQVFVYSSNEEQAVLKFLDGLDLTPVIDDVDVVKPFRVEGNFSFFDCGVNALDGDIYLLFTNSILMLDKQGQLLDTKLNGILQQAALDYLATVKTVPAGNLVKLFVESCTIYMCVVPSINDLSFDKNLGRCVRKLNRLKTCVIANVPAIDVLKKLLSSLTLTVKFVVESNVMDVNDCFKNDNVVLKITEDGINVKDVVVESSKSLGKQLGVVSDGVDSFEGVLPINTDTVLSVAPEVDWVAFYGFEKAALFASLDVKPYGYPNDFVGGFRVLGTTDNNCWVNATCIILQYLKPTFKSKGLNVLWNKFVTGDVGPFVSFIYFITMSSKGQKGDAEEALSKLSEYLISDSIVTLEQYSTCDICKSTVVEVKSAIVCASVLKDGCDVGFCPHRHKLRSRVKFVNGRVVITNVGEPIISQPSKLLNGIAYTTFSGSFDNGHYVVYDAANNAVYDGARLFSSDLSTLAVTAIVVVGGCVTSNVPTIVSEKISVMDKLDTGAQKFFQFGDFVMNNIVLFLTWLLSMFSLLRTSIMKHDIKVIAKAPKRTGVILTRSFKYNIRSALFVIKQKWCVIVTLFKFLLLLYAIYALVFMIVQFSPFNSLLCGDIVSGYEKSTFNKDIYCGNSMVCKMCLFSYQEFNDLDHTSLVWKHIRDPILISLQPFVILVILLIFGNMYLRFGLLYFVAQFISTFGSFLGFHQKQWFLHFVPFDVLCNEFLATFIVCKIVLFVRHIIVGCNNADCVACSKSARLKRVPLQTIINGMHKSFYVNANGGTCFCNKHNFFCVNCDSFGPGNTFINGDIARELGNVVKTAVQPTAPAYVIIDKVDFVNGFYRLYSGDTFWRYDFDITESKYSCKEVLKNCNVLENFIVYNNSGSNITQIKNACVYFSQLLCEPIKLVNSELLSTLSVDFNGVLHKAYVDVLCNSFFKELTANMSMAECKATLGLTVSDDDFVSAVANAHRYDVLLSDLSFNNFFISYAKPEDKLSVYDIACCMRAGSKVVNHNVLIKESIPIVWGVKDFNTLSQEGKKYLVKTTKAKGLTFLLTFNDNQAITQVPATSIVAKQGAGFKRTYNFLWYVCLFVVALFIGVSFIDYTTTVTSFHGYDFKYIENGQLKVFEAPLHCVRNVFDNFNQWHEAKFGVVTTNSDKCPIVVGVSERINVVPGVPTNVYLVGKTLVFTLQAAFGNTGVCYDFDGVTTSDKCIFNSACTRLEGLGGDNVYCYNTDLIEGSKPYSTLQPNAYYKYDAKNYVRFPEILARGFGLRTIRTLATRYCRVGECRDSHKGVCFGFDKWYVNDGRVDDGYICGDGLIDLLVNVLSIFSSSFSVVAMSGHMLFNFLFAAFITFLCFLVTKFKRVFGDLSYGVFTVVCATLINNISYVVTQNLFFMLLYAILYFVFTRTVRYAWIWHIAYIVAYFLLIPWWLLTWFSFAAFLELLPNVFKLKISTQLFEGDKFIGTFESAAAGTFVLDMRSYERLINTISPEKLKNYAASYNKYKYYSGSASEADYRCACYAHLAKAMLDYAKDHNDMLYSPPTISYNSTLQSGLKKMAQPSGCVERCVVRVCYGSTVLNGVWLGDTVTCPRHVIAPSTTVLIDYDHAYSTMRLHNFSVSHNGVFLGVVGVTMHGSVLRIKVSQSNVHTPKHVFKTLKPGDSFNILACYEGIASGVFGVNLRTNFTIKGSFINGACGSPGYNVRNDGTVEFCYLHQIELGSGAHVGSDFTGSVYGNFDDQPSLQVESANLMLSDNVVAFLYAALLNGCRWWLCSTRVNVDGFNEWAMANGYTSVSSVECYSILAAKTGVSVEQLLASIQHLHEGFGGKNILGYSSLCDEFTLAEVVKQMYGVNLQSGKVIFGLKTMFLFSVFFTMFWAELFIYTNTIWINPVILTPIFCLLLFLSLVLTMFLKHKFLFLQVFLLPTVIATALYNCVLDYYIVKFLADHFNYNVSVLQMDVQGLVNVLVCLFVVFLHTWRFSKERFTHWFTYVCSLIAVAYTYFYSGDFLSLLVMFLCAISSDWYIGAIVFRLSRLIVFFSPESVFSVFGDVKLTLVVYLICGYLVCTYWGILYWFNRFFKCTMGVYDFKVSAAEFKYMVANGLHAPHGPFDALWLSFKLLGIGGDRCIKISTVQSKLTDLKCTNVVLLGCLSSMNIAANSSEWAYCVDLHNKINLCDDPEKAQSMLLALLAFFLSKHSDFGLDGLIDSYFDNSSTLQSVASSFVSMPSYIAYENARQAYEDAIANGSSSQLIKQLKRAMNIAKSEFDHEISVQKKINRMAEQAATQMYKEARSVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVETVLNLARDGVVPLSVIPATSASKLTIVSPDLESYSKIVCDGSVHYAGVVWTLNDVKDNDGRPVHVKEITKENVETLTWPLILNCERVVKLQNNEIMPGKLKQKPMKAEGDGGVLGDGNALYNTEGGKTFMYAYISNKADLKFVKWEYEGGCNTIELDSPCRFMVETPNGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAVNSGLLTACAFSVDPATTYLEAVKHGAKPVSNCIKMLSNGAGNGQAITTSVDANTNQDSYGGASICLYCRAHVPHPSMDGYCKFKGKCVQVPIGCLDPIRFCLENNVCNVCGCWLGHGCACDRTTIQSVDISYLNRARGSSAARLEPCNGTDIDKCVRAFDIYNKNVSFLGKCLKMNCVRFKNADLKDGYFVIKRCTKSVMEHEQSMYNLLNFSGALAEHDFFTWKDGRVIYGNVSRHNLTKYTMMDLVYAMRNFDEQNCDVLKEVLVLTGCCDNSYFDSKGWYDPVENEDIHRVYASLGKIVARAMLKCVALCDAMVAKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVVSLPNMGVPCCTSYYSYMMPIMGLTNCLASECFVKSDIFGSDFKTFDLLKYDFTEHKENLFNKYFKHWSFDYHPNCSDCYDDMCVIHCANFNTLFATTIPGTAFGPLCRKVFIDGVPLVTTAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSVRLTITELLQFVTDPSLIIASSPALVDQRTICFSVAALSTGLTNQVVKPGHFNEEFYNFLRLRGFFDEGSELTLKHFFFAQNGDAAVKDFDFYRYNKPTILDICQARVTYKIVSRYFDIYEGGCIKACEVVVTNLNKSAGWPLNKFGKASLYYESISYEEQDALFALTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNATVVIGTTKFYGGWNNMLRTLIDGVENPMLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMVLGSKHVNCCTATDRFYRLGNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDASTAYANSIFNIFQAVSSNINRLLSVPSDSCNNVNVRDLQRRLYDNCYRLTSVEESFIDDYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYAELGYIADISAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEEDLTKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHPNSEYRKVFYVLLDWVKHLNKNLNEGVLESFSVTLLDNQEDKFWCEDFYASMYENSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRKPMLCTKCA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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR041679
DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR009466 NSP11
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IPR014829 NSP8
IPR009466 NSP11
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score=1150 Identity=59.10%
Cov(Q)=13.81% Cov(P)=98.62%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
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GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6729
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
409.760719999995
Exp number, first 60 AAs:
0.02458
Total prob of N-in:
0.00408
outside
1 - 1903
TMhelix
1904 - 1923
inside
1924 - 1966
TMhelix
1967 - 1989
outside
1990 - 2048
TMhelix
2049 - 2071
inside
2072 - 2072
TMhelix
2073 - 2092
outside
2093 - 2101
TMhelix
2102 - 2124
inside
2125 - 2469
TMhelix
2470 - 2492
outside
2493 - 2722
TMhelix
2723 - 2745
inside
2746 - 2751
TMhelix
2752 - 2769
outside
2770 - 2773
TMhelix
2774 - 2793
inside
2794 - 2799
TMhelix
2800 - 2822
outside
2823 - 3142
TMhelix
3143 - 3160
inside
3161 - 3246
TMhelix
3247 - 3269
outside
3270 - 3273
TMhelix
3274 - 3296
inside
3297 - 3302
TMhelix
3303 - 3320
outside
3321 - 3339
TMhelix
3340 - 3362
inside
3363 - 3373
TMhelix
3374 - 3391
outside
3392 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3439
TMhelix
3440 - 3462
outside
3463 - 6729
