CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_DQ811789 (Region: USA:Indiana;  Strain: TGEV virulent Purdue;  Date: 1952)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,  spike protein
Location
DQ811789(+):20339-24688
GenBank Accession
ABG89335.1
 

Sequence

CDS
ATGAAAAAACTATTTGTGGTTTTGGTCGTAATGCCATTGATTTATGGAGACAATTTTCCTTGTTCTAAATTGACTAATAGAACTATAGGCAACCATTGGAATCTCATTGAAACCTTCCTTCTAAACTATAGTAGTAGGTTACCACCTAATTCAGATGTGGTGTTAGGTGATTATTTTCCTACTGTACAACCTTGGTTTAATTGCATTCGCAATGATAGTAATGACCTTTATGTTACACTGGAAAATCTTAAAGCATTGTATTGGGATTATGCTACAGAAAATATCACTTGGAATCACAGACAACGGTTAAACGTAGTCGTTAATGGATACCCATACTCCATCACAGTTACAACAACCCGCAATTTTAATTCTGCTGAAGGTGCTATTATATGCATTTGTAAGGGCTCACCACCTACTACCACCACAGAATCTAGTTTGACTTGCAATTGGGGTAGTGAGTGCAGGTTAAACCATAAGTTCCCTATATGTCCTTCTAATTCAGAGGCAAATTGTGGTAATATGCTGTATGGCCTACAATGGTTTGCAGATGAGGTTGTTGCTTATTTACATGGTGCTAGTTACCGTATTAGTTTTGAAAATCAATGGTCTGGCACTGTCACACTTGGTGATATGCGTGCGACAACATTAGAAGTCGCTGGCACGCTTGTAGACCTTTGGTGGTTTAATCCTGTTTATGATGTCAGTTATTATAGAGTTAATAATAAAAATGGTACTACCGTAGTTTCCAATTGCACTGATCAATGTGCTAGTTATGTGGCTAATGTTTTTACTACACAGCCAGGAGGTTTTATACCATCAGATTTTAGTTTTAATAATTGGTTCCTTCTAACTAATAGCTCCACGTTGGTTAGTGGTAAATTAGTTACCAAACAGCCGTTATTAGTTAATTGCTTATGGCCAGTCCCTAGCTTTGAAGAAGCAGCTTYTACATTTTGTTTTGAGGGTGCTGGCTTTGATCAATGTAATGGTGCTGTTTTAAATAACACTGTAGACGTCATTAGGTTCAACCTTAATTTTACTACAAATGTACAATCAGGTAAGGGTGCCACAGTGTTTTCATTGAACACAACGGGTGGTGTCACTCTTGAAATTTCATGTTATTATGATACAGTGAGTGACTCGAGCTTTTTCAGTTACGGTGAAATTCCGTTCGGCGTAACTGATGGACCACGGTACTGTTACGTACTCTATAATGGCACAGCTCTTAAGTATTTAGGAACATTACCACCTAGTGTCAAGGAGATTGCTATTAGTAAGTGGGGCCATTTTTATATTAATGGTTACAATTTCTTTAGCACATTTCCTATTGATTGTATATCTTTTAATTTGACCACTGGTGATAGTGACGTTTTCTGGACAATAGCTTATACATCGTACACTGAAGCATTAGTACAAGTTGAAAACACAGCTATTACAAAGGTGACGTATTGTAATAGTCACGTTAATAACATTAAATGCTCTCAACTTACTGCTAATTTGAATAATGGATTTTATCCTGTTTCTTCAAGTGAAGTTGGTCTTGTCAATAAGAGTGTTGTGTTACTACCTAGCTTTTACACACATACCATTGTTAACATAACTATTGATCTTGGTATGAAGCGTAGTGGTTATGGTCAACCCATAGCCTCAACATTAAGTAACATCACACTACCAATGCAGGATAACAACACCGATGTGTACTGTATTCGTTCTGACCAATTTTCAGTTTATGTTCATTCTACTTGCAAAAGTTCTTTATGGGACAATATTTTTAAGCGAAACTGCACGGACGTTTTAGATGCCACAGCTGTTATAAAAACTGGTACTTGTCCTTTCTCATTTGATAAATTGAACAATTACTTAACTTTTAACAAGTTCTGTTTGTCGTTGAGTCCTGTTGGTGCTAATTGTAAGTTTGATGTAGCTGCCCGTACAAGAACCAATGAGCAGGTTGTTAGAAGTTTGTATGTAATATATGAAGAAGGAGACAACATAGTGGGTGTACCGTCTGATAATAGTGGTTTGCACGATTTGTCAGTGCTACACCTAGATTCCTGCACAGATTACAATATATATGGTAGAACTGGTGTTGGTATTATTAGACAAACTAACAGGACGCTACTTAGTGGCTTATATTACACATCACTATCAGGTGATTTGTTAGGTTTTAAAAATGTTAGTGATGGTGTCATCTACTCTGTAACGCCATGTGATGTAAGCGCACAAGCAGCTGTTATTGATGGTACCATAGTTGGGGCTATCACTTCCATTAACAGTGAACTGTTAGGTCTAACACATTGGACAACAACACCTAATTTTTATTACTACTCTATATATAATTACACAAATGATAGGACTCGTGGCACTGCAATTGACAGTAATGATGTTGATTGTGAACCTGTCATAACCTATTCTAACATAGGTGTTTGTAAAAATGGTGCTTTTGTTTTTATTAACGTCACACATTCTGATGGAGACGTGCAACCAATTAGCACTGGTAATGTCACGATACCTACAAACTTTACCATATCCGTGCAAGTCGAATATATTCAGGTTTACACTACACCAGTGTCAATAGACTGTTCAAGATATGTTTGTAATGGTAACCCTAGGTGTAACAAATTGTTAACACAATACGTTTCTGCATGTCAAACTATTGAGCAAGCACTTGCAATGGGTGCCAGACTTGAAAACATGGAGGTTGATTCCATGTTGTTTGTTTCTGAAAATGCCCTTAAATTGGCATCTGTTGAAGCATTCAATAGTTCAGAAACTTTAGACCCTATTTACAAAGAATGGCCTAATATAGGTGGTTCTTGGCTAGGAGGTCTAAAATACATACTTCCGTCCCATAATAGCAAACGTAAGTATCGTTCAGCTATAGAGGACTTGCTTTTTGATAAGGTTGTAACATCTGGTTTAGGTACAGTTGATGAAGATTATAAACGTTGTACAGGTGGTTATGACATAGCTGACTTAGTATGTGCTCAATACTATAATGGCATCATGGTGCTACCTGGTGTGGCTAATGCTGACAAAATGACTATGTACACAGCATCCCTTGCAGGTGGTATAACATTAGGTGCACTTGGTGGAGGCGCCGTGGCTATACCTTTTGCAGTAGCAGTTCAGGCTAGACTTAATTATGTTGCTCTACAAACTGATGTATTGAACAAAAACCAGCAGATTCTGGCTAGTGCTTTCAATCAAGCTATTGGTAACATTACACAGTCATTTGGTAAGGTTAATGATGCTATACATCAAACATCACGAGGTCTTGCTACTGTTGCTAAAGCATTGGCAAAAGTGCAAGATGTTGTCAACACACAAGGGCAAGCTTTAAGCCACCTAACAGTACAATTGCAAAATAATTTCCAAGCCATTAGTAGTTCTATTAGTGACATTTATAATAGGCTTGACGAATTGAGTGCTGATGCACAAGTTGACAGGCTGATCACAGGAAGACTTACAGCACTTAATGCATTTGTGTCTCAGACTCTAACCAGACAAGCGGAGGTTAGGGCTAGTAGACAACTTGCCAAAGACAAGGTTAATGAATGCGTTAGGTCTCAGTCTCAGAGATTCGGATTCTGTGGTAATGGTACACATTTGTTTTCACTCGCAAATGCAGCACCAAATGGCATGATTTTCTTTCACACAGTGCTATTACCAACGGCTTATGAAACTGTGACTGCTTGGGCAGGTATTTGTGCTTCAGATGGTGATCGCACTTTTGGACTTGTCGTTAAAGATGTCCAGTTGACTTTGTTTCGTAATCTAGATGACAAGTTCTATTTGACCCCCAGAACTATGTATCAGCCTAGAGTTGCAACTAGTTCTGACTTTGTTCAAATTGAAGGGTGCGATGTGCTGTTTGTTAATGCAACTGTAAGTGATTTGCCTAGTATTATACCTGATTATATTGATATTAATCAGACTGTTCAAGACATATTAGAAAATTTTAGACCAAATTGGACTGTACCTGAGTTGACATTTGACATTTTTAACGCAACCTATTTAAACCTGACTGGTGAAATTGATGACTTAGAATTTAGGTCAGAAAAGCTACATAACACCACTGTAGAACTTGCCATTCTCATTGACAACATTAACAATACATTAGTCAATCTTGAATGGCTCAATAGAATTGAAACCTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTGTGGCTACTAATAGGCTTAGTAGTAATATTTTGCATACCATTACTGCTATTTTGCTGTTGTAGTACAGGTTGCTGTGGATGCATAGGTTGTTTAGGAAGTTGTTGTCACTCTATATGTAGTAGAAGACAATTTGAAAATTACGAACCAATTGAAAAAGTGCACGTCCATTAA
Protein
MKKLFVVLVVMPLIYGDNFPCSKLTNRTIGNHWNLIETFLLNYSSRLPPNSDVVLGDYFPTVQPWFNCIRNDSNDLYVTLENLKALYWDYATENITWNHRQRLNVVVNGYPYSITVTTTRNFNSAEGAIICICKGSPPTTTTESSLTCNWGSECRLNHKFPICPSNSEANCGNMLYGLQWFADEVVAYLHGASYRISFENQWSGTVTLGDMRATTLEVAGTLVDLWWFNPVYDVSYYRVNNKNGTTVVSNCTDQCASYVANVFTTQPGGFIPSDFSFNNWFLLTNSSTLVSGKLVTKQPLLVNCLWPVPSFEEAAXTFCFEGAGFDQCNGAVLNNTVDVIRFNLNFTTNVQSGKGATVFSLNTTGGVTLEISCYYDTVSDSSFFSYGEIPFGVTDGPRYCYVLYNGTALKYLGTLPPSVKEIAISKWGHFYINGYNFFSTFPIDCISFNLTTGDSDVFWTIAYTSYTEALVQVENTAITKVTYCNSHVNNIKCSQLTANLNNGFYPVSSSEVGLVNKSVVLLPSFYTHTIVNITIDLGMKRSGYGQPIASTLSNITLPMQDNNTDVYCIRSDQFSVYVHSTCKSSLWDNIFKRNCTDVLDATAVIKTGTCPFSFDKLNNYLTFNKFCLSLSPVGANCKFDVAARTRTNEQVVRSLYVIYEEGDNIVGVPSDNSGLHDLSVLHLDSCTDYNIYGRTGVGIIRQTNRTLLSGLYYTSLSGDLLGFKNVSDGVIYSVTPCDVSAQAAVIDGTIVGAITSINSELLGLTHWTTTPNFYYYSIYNYTNDRTRGTAIDSNDVDCEPVITYSNIGVCKNGAFVFINVTHSDGDVQPISTGNVTIPTNFTISVQVEYIQVYTTPVSIDCSRYVCNGNPRCNKLLTQYVSACQTIEQALAMGARLENMEVDSMLFVSENALKLASVEAFNSSETLDPIYKEWPNIGGSWLGGLKYILPSHNSKRKYRSAIEDLLFDKVVTSGLGTVDEDYKRCTGGYDIADLVCAQYYNGIMVLPGVANADKMTMYTASLAGGITLGALGGGAVAIPFAVAVQARLNYVALQTDVLNKNQQILASAFNQAIGNITQSFGKVNDAIHQTSRGLATVAKALAKVQDVVNTQGQALSHLTVQLQNNFQAISSSISDIYNRLDELSADAQVDRLITGRLTALNAFVSQTLTRQAEVRASRQLAKDKVNECVRSQSQRFGFCGNGTHLFSLANAAPNGMIFFHTVLLPTAYETVTAWAGICASDGDRTFGLVVKDVQLTLFRNLDDKFYLTPRTMYQPRVATSSDFVQIEGCDVLFVNATVSDLPSIIPDYIDINQTVQDILENFRPNWTVPELTFDIFNATYLNLTGEIDDLEFRSEKLHNTTVELAILIDNINNTLVNLEWLNRIETYVKWPWYVWLLIGLVVIFCIPLLLFCCCSTGCCGCIGCLGSCCHSICSRRQFENYEPIEKVHVH

Summary

Uniprot
A0A222UC54  
EMBL
KX512809    ASR18938.1   
Pfam
PF01601   Corona_S2
PF01600   Corona_S1
Interpro
IPR002552   Corona_S2
IPR002551   Corona_S1
ProteinModelPortal
A0A222UC54  
PDB
6U7K     E-value=0.0     Score= 980     Identity=46.07%     Cov(Q)=86.89%     Cov(P)=89.99%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell
 GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope

Subcellular Location

From MSLVP

Topology

Length:
1449
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
45.3846799999999
Exp number, first 60 AAs:
0.0554400000000001
Total prob of N-in:
0.00335
outside
1  -  1388
TMhelix
1389  -  1411
inside
1412  -  1449
 
 
Copyright@ 2018-2023    Any Comments and suggestions mail to:  zhuzl@cqu.edu.cn, mg@cau.edu.cn   渝ICP备19006517号

渝公网安备 50010602502065号
In processing...
Login to ASFVdb
Email
Password
Please go to Regist if without an account.
If you have forgotten your password, you can once again Regist an account with a registed or new email.
Cancel Go
Change my password
Enter new password
Reenter new password
Cancel Go
Regist an account of ASFVdb
It is required that you provide your institutional e-mail address (with edu or org in the domain) as confirmation of your affiliation.
Enter email
Reenter email
First Name
Last Name
Institution
You can directly go to if with an account.
Cancel Regist
Registraion Success
Your password has been sent to your email.
Please check it and login later.
Welcome to use ASFVdb.
OK