CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Bat_EF203066 (Region: ;  Strain: Bat coronavirus HKU2 strain HKU2/HK/298/2006, complete genome.;  Date: )
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,  spike glycoprotein
Location
EF203066(+):20476-23862
GenBank Accession
ABQ57224.1
 

Sequence

CDS
ATGAAACTTTTTATAGTTTTTGTGCTCCTTTTTAGGGTGTGTTATTGCTGTGACTATGTAGACTTCCGTTTGTTTAATGGGATTTTTTCTACCAGTCGTGGCTTAAGTAATACAACTACTGTTATTACTGGTGCATATCCATCTACTAACAAAGCCAAATGGTTTTGTCCTACTAATGTTGGTAGGCCTGTTGGTACAGGTGTTGGTATAGGTGTGTATGCGCAGACTGCTCAAGCTTCCTATGAGACTGGAGGATCGGGTGCTGGTGGGTATACTTTTAGTGTATCACCCAAGCATGTCACTAATTTGACGTGGTCATTGTGGGTACATAGACCGTGGGGTGCTAATGCTAACGTCACTGTGCGATTGTGCAGATGGTGGCAGAAGTTTTCCTTTAATGAGACAGCCCACTTTCAACCTGCTGGTCCTAGTAGTGCCTTTGAGTGCCTTGTTAATGGTAGTTTTCCGTCCTCACAACATAAAGGTTATATGTTTGGTGTTACTTGGTATAATGATTTTGTACGTATTATATTTCCACCCACTGTTTTTGAGCTTCAGTTAGATGGGTTGCAATGGGAGTATGTACAGTTTACTGGTCCAGTTAATGCTGGGCGTATGACCAAATTTAATGTTGTGACAGAGATTTCTAGTGTTTTAGTTTTAACAGATCAAAGTGGTGCTGTTACTAGGTATTCGTATTGCGCCGATGGTTTTGTCAATGGTCTTCAATGTAAGTTGAGACTTTTTGATATCCCGCCTGGCGTATATTCTAATAGTGAAGTTGAATACCCTGTAGCACTTTACACTGTTGTTCATAATATGTCAGTATGCCCCCAGCGCCCTGAGAGTTATTGTGGGTCTAATTATTGTCCATTTAAAAGGGTTGTATTTTCTAATTGTGTTGTTAATTACACTAGTTGGACTAGTGGCTTGTTACGTGATTATCAACATCTTGTGCTGCCTAATGGCAAGTTCAACCCATTTACGGAGTGTAATGGTTTGAACCGCATTGTTGATGACTGTGTTACAGGCTTTGTTTTAAGGGTTGGTCGTGGCACAGCTGTTAATCGTACTGTTATAACACCATATCTTAAGCTTAATGAATGTTTTGGTTGGTCATGGAATGATTATCAAGACAGCATTTATGATTGGTGGATAGCTGATTTTGTGTCGACAGGTGCTTTTGTTTGCGAGAAAAATCCTGATGCGCCACGAACTGGTGTTTGTATTACTTACACTATTGAGAAGGTCACGTTTCAGGGTGTTCTCTATGAGAGTAATTTTACATTTGCCCAGTATTATAATGTACTTTATTTTGGTTCACAGCTTAAGTACGTTCGTATTTTGGGCAAAGTTTATGAGGTTGCACCTTGTTTTGAAGCTTCCTATGATGTGCTTTTTCGTAGTAGTTCCTCCTTTGGTTTGTTATATAGGAGTTTTGATTGTAATCAGCTACGTATTAGTGCATCACGGTTTGCCGAGCGGCTCTTACCGTCTCATAATGGTACTGCTACTGCCCTAGGTTGTTTATTTAATGCCACCTACGCTCCTAATGATACTATGGTGAACTGTACTAACCCTCTTGGTGATGGGTTTTGTGCTGATTTACTTAGTAATGTCGTTGTGCGGCGTATGACATTCGAGAAACATGACACCACCTATGTGGCACCAGTTACCATAGAACGGTTTACTGAGTTACCACTGGATCACCAGTTAGTTTTGACAGAGCAGTTTTTGCAAACTACCATGCCCAAATTTAGCATTAGTTGCGAAACATATATTTGTGATGTTAGCAAAGCATGCAAAAATTTGTTATTTAGGTATGGTGGTTTTTGTCAGAAAATTGAGGCTGACATTCGGGGTGCTGGTGTTTTGCTTGACAGTGATGTTAGTGGTCTGTATTCCACTATTGCTGCTAAGACAAGCTCTATTATGCCTACTACAGATCGCTTCAATGTGTCGCAATTTTTCTTGCCTAAAGTGCAGTCAACTTCAGAGCGCTTTGAGTCTAGGTCTGTTATAGAGGATTTGCTATTTAGCAAAATAGAGACGACCGGCCCTGGTTTTTATGGTGACTATTATAATTGTAAGAAAAATGCTATACAGGACCTTACTTGTGCACAGTATCATAATGGTATACTTGTTATACCACCAGTTATGGATGCTGAGACATTGGGGATGTATGGCGGTATTGCAGCTGCTTCTCTTACACTTGGTATTTTTGGCGGTCAAGCTGGTATTACTACCTGGTCACTTGCCATGGCTGGACGCCTTAATGCATTAGGTGTGGTTCAGAATGCATTGGTTGATGATGTTAATAAATTGGCTAATGGCTTCAATCAGTTGACTGCTAGTGTTAGTAAGCTTGCTTTAACAACATCAAGTGCTTTGCAGGCTATTCAAGCTGTTGTTAACCAAAATGCTGCTCAAGTTGAGTCTCTTGTTAGTGGTATCACTGAAAATTTTGGTGCTATTAGTACTAATTTTAAGGTTATATCACAGCGTCTTGACAAGCTTGAGGCTGATGTTCAGATGGATAGGCTTATTAATGGAAGAATGAATGTCTTACAGCTTTTTGTTACCAATTATAAGCTGAAGATCGCCGAGCTACGTAACACACACCGTTATGTTCAATCTTTGATCAATGAGTGTGTTTATGCTCAGAGTCTAAGAAATGGCTTTTGTGGTCAGGGCCTACATGTACTTTCCCTTATGCAGAATGCACCTAGTGGTATAATGTTTTTTCATTACTCACTTATACCTAATAACACTATTATTGTTAAGACCACACCAGGTCTTTGTGAGAGTGATGAATTAGGTTCTAAGTGCATTGTTGCTAAGGATGGTGTATTAGTCTCTGCTAATTTAAGCTATTGGCAGTGGTCACCGCGTAACCTTTATAAACCAGAAAATTTGACCTTTGCTAATGTTATTGCTGTCTCTCGTGGTGCTAATTACACTACATTGAATAGAACCTTTGATATACCTGAGTTGAATAACACTTTTCCAATTGAGGAGGAGTTTCGTGAATATTTTCAGAATATGTCATCTGAATTACAGGCCCTGAAAAATTTGACTGCTGACATGAGCAAGCTCAATATTAGTGCTGAGATTCAGCTTATTAATGAGATTGCTCACAATGTTTCTAACATGCGCGTTGAGGTTGAGAAATTCCAGCGCTATGTTAATTATGTCAAATGGGCTTGGTGGCAGTGGCTTATTATTTTTATAGCTTTGACTTTGCTTGCTGGTCTTATGCTTTGGTGCTGTCTTGCTACAGGCTGTTGTGGTATGTGTGGTTGCTTAGCAGCTACTTGTGCCTCATGTTGTGATTGTAGAGGAACTAAACTTCAATCTTACGAGATTGAAAAGGTCCATATTCAGTAA
Protein
MKLFIVFVLLFRVCYCCDYVDFRLFNGIFSTSRGLSNTTTVITGAYPSTNKAKWFCPTNVGRPVGTGVGIGVYAQTAQASYETGGSGAGGYTFSVSPKHVTNLTWSLWVHRPWGANANVTVRLCRWWQKFSFNETAHFQPAGPSSAFECLVNGSFPSSQHKGYMFGVTWYNDFVRIIFPPTVFELQLDGLQWEYVQFTGPVNAGRMTKFNVVTEISSVLVLTDQSGAVTRYSYCADGFVNGLQCKLRLFDIPPGVYSNSEVEYPVALYTVVHNMSVCPQRPESYCGSNYCPFKRVVFSNCVVNYTSWTSGLLRDYQHLVLPNGKFNPFTECNGLNRIVDDCVTGFVLRVGRGTAVNRTVITPYLKLNECFGWSWNDYQDSIYDWWIADFVSTGAFVCEKNPDAPRTGVCITYTIEKVTFQGVLYESNFTFAQYYNVLYFGSQLKYVRILGKVYEVAPCFEASYDVLFRSSSSFGLLYRSFDCNQLRISASRFAERLLPSHNGTATALGCLFNATYAPNDTMVNCTNPLGDGFCADLLSNVVVRRMTFEKHDTTYVAPVTIERFTELPLDHQLVLTEQFLQTTMPKFSISCETYICDVSKACKNLLFRYGGFCQKIEADIRGAGVLLDSDVSGLYSTIAAKTSSIMPTTDRFNVSQFFLPKVQSTSERFESRSVIEDLLFSKIETTGPGFYGDYYNCKKNAIQDLTCAQYHNGILVIPPVMDAETLGMYGGIAAASLTLGIFGGQAGITTWSLAMAGRLNALGVVQNALVDDVNKLANGFNQLTASVSKLALTTSSALQAIQAVVNQNAAQVESLVSGITENFGAISTNFKVISQRLDKLEADVQMDRLINGRMNVLQLFVTNYKLKIAELRNTHRYVQSLINECVYAQSLRNGFCGQGLHVLSLMQNAPSGIMFFHYSLIPNNTIIVKTTPGLCESDELGSKCIVAKDGVLVSANLSYWQWSPRNLYKPENLTFANVIAVSRGANYTTLNRTFDIPELNNTFPIEEEFREYFQNMSSELQALKNLTADMSKLNISAEIQLINEIAHNVSNMRVEVEKFQRYVNYVKWAWWQWLIIFIALTLLAGLMLWCCLATGCCGMCGCLAATCASCCDCRGTKLQSYEIEKVHIQ

Summary

Uniprot
A0A240FW36  
Pubmed
28637760   
EMBL
KY967725    ASF90470.1   
Pfam
PF01601   Corona_S2
Interpro
IPR002552   Corona_S2
ProteinModelPortal
A0A240FW36  
PDB
6ACK     E-value=2e-84     Score= 299     Identity=30.67%     Cov(Q)=62.15%     Cov(P)=58.27%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019031  C:viral envelope
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0061025  P:membrane fusion
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
1128
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
24.89127
Exp number, first 60 AAs:
0.36616
Total prob of N-in:
0.01754
outside
1  -  1066
TMhelix
1067  -  1089
inside
1090  -  1128
 
 
Copyright@ 2018-2023    Any Comments and suggestions mail to:  zhuzl@cqu.edu.cn, mg@cau.edu.cn   渝ICP备19006517号

渝公网安备 50010602502065号
In processing...
Login to ASFVdb
Email
Password
Please go to Regist if without an account.
If you have forgotten your password, you can once again Regist an account with a registed or new email.
Cancel Go
Change my password
Enter new password
Reenter new password
Cancel Go
Regist an account of ASFVdb
It is required that you provide your institutional e-mail address (with edu or org in the domain) as confirmation of your affiliation.
Enter email
Reenter email
First Name
Last Name
Institution
You can directly go to if with an account.
Cancel Regist
Registraion Success
Your password has been sent to your email.
Please check it and login later.
Welcome to use ASFVdb.
OK