Strain
Bat_EU420137
(Region: Hong Kong; Strain: Bat coronavirus 1B strain AFCD307, complete genome.; Date: 2005)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCAGTCCAACCTTGTGACGTTGGCTTTTGCCAATGATTCGGAGATTTCTGCAGAAGGCTTTTGCGATGTTGAAACTGCCGTCTACGCTTTTAGCGTTTCCGCAGTCAACGGTTTCGCAGATTGCCGTTTTGTGGCCCAGGGCTTAGAAAATTGCCTTGTGGGTGTTGAAGCTGACGATTATGTCCTCTGTGTAGTGGGCGATGTTCAGCTCAAGGCATATATTGCCAAATTTTCTCATCGGCCATTCAACCTTCGTGGTTGGATCGTTCGATCTAATTCAAATTACTTCCTTGAAACCATGGATCTGGTTTTTGGCTGCGGTGCTGGCACTTCCATTCCTGTAGACAACTACATGTGTGGTGCTAATGGCAAGCCTGTGATTACAGAAGATATGTGGTATTTCTGTGACTACTTCGGTGATGATGGTGATAAAATCACTATCAATGGTCAAGAATACCACAAAGCATGGAATGTTACTCGTAGTGACGTTCCATACCAGTTCCAGAATGCTGGTACCATTCTTAGCATTGAATACGTGAGTACTGAAGCTCATGTTCTGCCTGATGGTGCTATTGCTAAAACTGCTAAGCCACCTAAGTTCTCTAAGAATGTTGTACTGTCTGAAAAATGCAAGGCTCTTTATGATGCCTGTGGCAGTCCATTCGTTACCAATGGTACCAATGTCCTTGAGGTAGTTACCAACCCTATCTTTGCGCATGGATTTGTGCAGTGTAAGTGTGGGTCTAAACATTGGACTACTGGTGACTGGTCTGGCTTTAAGTCAGTTTGTTGTGGCACACCAGGGCGTGTTCTTTGCACTGTCTTTGGTGGTGTTACACCTGGTTCAATTCTTCTGACATCAACTCGGGTTGATGCAACTCCTGGTGCTACGCGCTACTATCATGGCCTAACACTCAAACACATCTGTAATGTGGATGATGTGGCATGTTGGCGTGTGGTTAAAGTTCAAGCTGTTGCAGGTTTTGTGGTTAAGGGTTCACTCGAAGAGTGTGTCTCTACCTTTGACACCTGTACACACGACAACTTTACTACAGTTGCTAAGGCTTTTAAGTTGGGCATGCTGACTGGCAGCTTCTCTGACGATGTCGTTGCTAGTGTTATCAGCGGTTCACTTGATGTAGGTCTTTCAGTTCTGGATGTCACCACAGCTGTAACCAAACCATGGTTTGTACTGAAGTGCGGATCACTTCTTGAAACAGCTTGGGATGCACTTATCGTGGCCGTTAAACAACTTCCTGTTATGGCTAGTGAAGTGTTGAAATTCTTTAACAACCTCAGCCAAGTACTGATTGTTGTTAGAGATGGTGTCATTGACATCATTCATAATGTCCCAGAAGCTTTTAAGAGTGCTTTCGAGGTCTTCAAGGATCTCGTTTCTGGTGTATTCGACCTTGTTGTGGATCACTTCAAGGTCGCTAATAAGAAGTTCAAGCGTGCTGGCAATTACGTCCTCTTTGAAAATGCATTGGCTTGTATTGTCAGTGCGAAAGTCAAGGGCGTTAAGCAGGCAGGCCTTAAAAAGCTTCTGTATGCTAAAGCTATTGTTGGTGCTACGGTTAAAGTAACTGTTAGCCGTATTGAAACTGCCACTGTCAAACTTACTGAGTGTAAGCCCTCCAAATTTGTGAAGAAGGGCAATGTTGCTGTTATTAACGACATTGCATTTTTCCATAGTGATGGTGTTTACAGACTTATGAGTGACAGTGATGAGGTCTACGAGGACATTGCATTTACTGCAGAAGGTACCTCCCCAGTCAAAACAACAGTATTTAATTGTGCCAAACCAGATGGATTTCCTGACATCACTAGTACTGATGTTGAAGTCTTGGTCCGCGAGGTCAAAACTGCACTTGACAGCTTTTCAAGGGTCTATGACAAATACAGTTGTGCTGTTAAGAGTGGAGACTGTGTTGTTACACACAAGTATGTGTTCAATGTTCCTAGTTTTGTCGAAGACAAAACTATGTTTGTGGACCTCTGTAAGGATTATGTCGTGGATAGTGGCTTTGAAGCATTCTATGTGAATGCTCTTGCAGCTACTAATGCTGACGACTTTAATCCAGTCTACTCAGCCTTTGAAATCTTCAAAACTAAGGTTGAGTGCCCTGAAGAACTAAAGAATATTGATGGCGGTTCCATTTTTGAAACTTTCATCAATACTGTAAATGATGCTGTGAACTTTGTCAAGTCTCTAAAAATTGTAGTCACAGCTACTGAAGTCATGATCAATACTGTTAAGCGTTTCAAACGCTTTGCCAGCGTCCTTGCTAAACTATATAGTGAGTTTCTAACTTCTGTCAAGCGAGTTATCTCTATTGGCAGTGTTACTTGCTTTCACTATGGTTTTGTTAAGCCTATGTTAGTGATCAAAGATGTCTTCTATTGTATTGAAGATGCGATTGTAGACACTTTCAATGTCGCTACTGAAGCAGGCTTGAACACTGTGAAGACTTTCATTGGTGGTGACAGTTCCATTACTGTCTCACGTGTTGAAATTGCTAGCGTTGAGCTTGAAGCTGCTCAGTACGTTAAGCCAGAAGACAATGGTTACGTGAGTGTCATTGATGGTCACACATTTTATACTTGTGGTGACTATTACCACCCTTGTGACCAACAAAATTGTTTCTCACAGTGTTTTAAAAAGGTCGGTGGATCTGCTGTTACATTCTCTGAAAAAGTCGCTGTCAAACAAATTGACCCTGTTTACAAAGTAAAACTCATTTTTGAGTTCGAAGATGACACTATCAGTAGTGTCTGCAAGCAGGCAATTGGAAAGTACATCACTTTCGAAGGAAATGATTGGTCAAACTTTGAGGAAACTATCCATAACGCTATGAGTGTCGTTGGTGAATTTGTCGACTTACCTGACTACTACATCTATGATGAAGAGGGAGGTAATGATCTCAACAACTCTGTTATGATTTCTCAATGGCCAATGTTTGATCCATCTGCTCTCCAGCTTTTAGTTGCTGATTTGGGTGTCAACTGTGACTTCAATGGTAAATCTTCCATTGAAGAGTGCTTGACTTCTATCCCTGATACTGCTCTTTGCGTATCATTGGAGAAATCTTGTGATTGTGGCACCTTTAACGCTATCATGGAAGGCTTTGCACTTGATTTCAAACCTTGTGCTGATATCGATACTTGTGACAATTGTGGTGGTCTTTGTACTACTACTGTCCTAAGTATGACTGGTACTGGCTTTGTACGTTCTTGTGATGAACCACTCATGCCCTTTAATGTTACATTTGAAGGCTATGGTGTTTACAAGGATGTTTGTTTTGTCAATGATACAGTGCTGCCTCCTCCAATTGACGATGACTTGACACCTATTGAGGATGTTACAGAGGAAGATATCATTGTAGCTGAAGAAGTTGTTGATGTTGCTACCATCACAGCTGTAGAAGTTACTGATGCTGAACCTACTGTAATTACATCTGAAGAAGAAGTGAATGATGCTAATGAACCACAAGCAGAAGAAGAAGTAAAACCTGAAGAGGTTATTGACGTCTCTTCTGATCTTGATGATGTTAACAAGGCACTTTCATTCATGATGCCTCAAGAGACAAAGTTTGTGGACCCATTCAAATTCGATTATTTTGACCACGAAGGAATTCGTGTGCTTAGACAGAATAATAACAATTGTTGGGTCGCTACAACTTTAGTACAGTTGCAGCTTTCTGGTTTACTAGATGACGATGACTCAATGGCTTTATTTAAAGCTGGTAGTGTGTCACCACTAGTAAGAAAGTGTTATAATGCAACTGGTGCTATTATGGGCAGTCTAGGTGATTCATCTCAGTGTCTTGAAGTTCTTCTTAAGGATTTACACTCCATGTTTATCACTTGTGATTCCACTTGTGGTTGTGGTAGTGGTACTTATGAACTTAGTGGTTCTGTCTTTAGATTTATGCCTACCAGAGATAGTTTTGATTATGGTGCTTGCACAGTTTGTGGCAAAGTACTTAAACTCAAGATCAAGACACTGGTTGGCACTGGTATCTTCTGCCAGGACCCAAAACCTTTTAATACTGCACGTGCTATTGTTAAGCCAATTTGTGCAAGTATCTACCAGGGATCTACAACTAGTGGACACTATAAAACCAATGTTTATGGCAAGAGATTTTGCGTTGATGGTTCTGGTGTCAGCAGCATTTGCAATGGCAATGTCAATACAATCTTATTGAAAGATTGTAATTATGGCATTCCTGCTGAAGAACCTAAGCAAAAAGAGTTTGAGAAATTTGTCACACCTGACGATGTTGTACAAATTGCTCAACCAAAGCCTAAACCTTTTACTACTTATGACAACATTGAGTTTTACCAGGGTGATATTTCTGACTTAGTTGGTCTTGACTTTGATTTCATAGTCAATGCAGCCAATGAAAATCTGAAACATGCTGGTGGTGTTGCTGCTGCTATTGACAAGCTTACTGGCAATGAATTGCAGAGCTTGTCTAATAAGTATGTAAAAGCTAATGGTCAAGTTAAAGTTGGTTCTGGTGTCATGATACGTTGTAAGAAATACAGCGTTTTCAATGTTGTAGGACCCAGAAAAGGAAAAAATGCACCTACTCTTTTAGAGAAGTGTTATAAAACTATTCTCCATGAGAATGGTGTCCCTCTTACACCTCTTATTAGTGTTGGTATATTTGGTATACCTTTGGCAACATCTTTCGATGCTCTATTGAACACGTCCAGTGGTAGAACAGTTAGATGCTTTTGCTACACTGATAAGGAGTGTAATGAGATTAAAACACTTGTTTCTGATCGTAAGAAGCAAGTTAATGCTGTTACTGTGATTGCTGAAAACAAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGCTGAGAAAAAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAAAAAGAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAAAAAGAGCCTATTGCTGAAGCTAAGGTTGAGAAAAAGCCTACTGCGGATGCTAAAAAGGCTGATAAAAAGCTTGCTAC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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036333
NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR009466 NSP11
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1144 Identity=58.96%
Cov(Q)=13.25% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6988
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
384.025949999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00181
Total prob of N-in:
0.00062
outside
1 - 2175
TMhelix
2176 - 2195
inside
2196 - 2234
TMhelix
2235 - 2257
outside
2258 - 2323
TMhelix
2324 - 2346
inside
2347 - 2734
TMhelix
2735 - 2757
outside
2758 - 2988
TMhelix
2989 - 3011
inside
3012 - 3017
TMhelix
3018 - 3040
outside
3041 - 3043
TMhelix
3044 - 3066
inside
3067 - 3072
TMhelix
3073 - 3095
outside
3096 - 3400
TMhelix
3401 - 3423
inside
3424 - 3510
TMhelix
3511 - 3533
outside
3534 - 3542
TMhelix
3543 - 3562
inside
3563 - 3568
TMhelix
3569 - 3591
outside
3592 - 3605
TMhelix
3606 - 3628
inside
3629 - 3640
TMhelix
3641 - 3663
outside
3664 - 3672
TMhelix
3673 - 3690
inside
3691 - 3702
TMhelix
3703 - 3725
outside
3726 - 6988
