Strain
Human_IBV_EU637854
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain CK/CH/LSD/05I from China, complete genome.; Date: 2008)
Gene
1a protein
Description
Annotated in NCBI,
1a protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTGTCTAAAGACATTCCCGAACAACTTTGTGACGCTTTGTTCTTCTATACGTCACACAAACCTAAGGATTACGCTGATGCTCTTGCCTTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAACAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGCCCCTTTTTCTTGAAGGGGGTCGAAAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTGAAAGCCACTTCTAAGTTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCACCTCTAGCGCGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGTCAGTGGTCTCTCACTGTAGAAACACTGGATACTCGTGCTCAAACTCTTGAAGAGATCTTTGATGCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCAGCAAAGCTACAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTCGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGATGCTCTTGGCTCTAATTTGAGTGCTCTTTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAAATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTATAGTTGTTAGAGAGTTTGCGGGAACCTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTGCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAAAGGTTTTGAAGTCGTTGGCAATGCCAAGGGTACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACCTAACACTGCTTGACCAAACAGCTGACATCTCTATAGAGCCAGAGGGCTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTTTGCTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCGCCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGCTGTGAGCGTGTAGTCTGTCTATCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTTATTCTTGCTGCAATTTACTCATCTTACAGTGTCTCAGAGCTTGTGGCAGCTCTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTAGGCCATAAATTTGTGTATGCAAAGGATGCAGCAGTCTCTTTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGTAGATGTCCTGAAGTTGTTTCAATCAGCTTGTGTGAATGCAGAAGATGTTTGGTCTTCATTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTCGCATACGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAATTTGTTAAGACTCATTATTGTAAGGCTCAAATGTCGATTGTGGTTCTAGCAGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTCACTAAAGTTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTTATTGTGACTGAAACTCTTTGTGTTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTATAAGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATCCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAGAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGTGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACTATTGTGAGAGAAATACCACCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGATGACCTCAAGTTGTTTCCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAACGTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTACGAGAGTGGTGATGATATCGAAGAGGAAGATGCTGAAGAATGTGATACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCGGCAAGTAACAAGTATCCTTTACCGCTTGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGTGCAATTGTACATAAGGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTCATTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTTTAGGTGACTGGAGCGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACCGGAACCTACTCAAGTCATACTTGAAAAATTAGTTGAGGATTCTACTGATGGTTGTGAGGCAATGCGAGCTGTCGTTGAAGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGAAAAGTCTGAGGTGATTGTTTGTACACCTGCAGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAATTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCACAAGTTGAGCAAGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAATTCAGAGTTAAACCAGCCACATGCGAAAAACCCAAGTTTTTGGAGTATAAAACCTGTGTGGGTGATTTAACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGACGAGTTTAAAGAGTTCTGTGTTGTAAACGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGAGGCGTTGCGAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGCGAGGACTATGTAAAGAAACATGGGCCACAGCAGAGACTTGTTACACCCTCGTATGTTAAAGGCATTCAGTGTGTTAACAATGTTGTTGGACCACGCCATGGAGATTGCGACTTGTTTAATAAACTTGTCGCTGCTTATAAGAATGTGCTTGTAGATGGCGTGTTTAATTATGTTGTGCCCGTTCTCTCATCAGGGATTTTTGGCGTAGATTTCAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGCAGCCTTTGAAGGTTGCACCATACGCGTTCTTTTATTTTCTCTGAGTCAAGAGCACATCGCTTATTTCGATGCAACTTGTAGACAGAAGACAATTTATATCACAGAGGATGGTGTTAAATTTCGCTCTGTTATTGTAAAACCTGGTGACTCCTTGAGTCAATTTGGTCAGGTTTCTACGAGGCACAAGACAGTCTTTACTGCTGATGATGTTGATGACAAAGAAATTCTCTTTCTCCCAACGACAGACAAGGCTGTCCTGGACTATTATGGTTTAGATGCGCAAAAGTATGTGAGGTATTTACATACACTTGCGCAGAAGTGGAATGTTCTTTATAAGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATAAGTGCAGCAATTGTTATCCTTCAAGCCGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAGGCATGGGCTAAGCTGCTGGGTGGAGATCCCACAGACTTTGTAGCGTGGTGCTATGCAAGTTGTAATGCTAATGTAGGTGATTTCTCAGATACTAATTGGTTGTTGGCTAATTTAGCGGAACATTTTGACGCTAATTACACGGATGCAATCCTTAAAAGGCGTGTTACGTGCAATTGCGGCGTTAAAGTTCAAGAGTTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCTAACCTCCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCTGTTTGTGGTTCAAATAGCACGGATGAGGTGGTTGATGCTACACTACCTTATCTATTGCTAGTAGCTACAGATGGACCTGCAACAGTTGATTGCGATGAAAATGCTGTAGGGAACATCGTCTTTATTGGTTCCACTAGTAGTGGTCATTGTTATACTCAAGCCATAGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATCGAAAATATGGAAGGAGGTCGCCTTACATTACAGCAATGTACACGCGTTTCTCCCTTAGGAGTGAAAGTTCTTCACCTGTTGCTATTAAGAGCAAGGGTAAAGGTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTTGCTATTAGTTCCAAGGCCAGTTTTGATGATCTTACTGATTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTACAGGAAACACCTGAGAATTTTGATGAGTATGTGTCATTTACAACAAATGAAGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTCAACTTTAAGTCAAAAGATGGTTTTACTTATAATTTGACACCTGATAACGATAAAAACTCAAAAGCACCAATTTACTACCCAGTCTTAGACTCTGTTAGTCTTAAAGCAATATGGGTAGAAGGCAGTGCTAACTTTGTTGTTGGACATCCAAATTGTAATAGTAGAGCTCTGCGTATTCCTACTTTTTGGGAGTGTGCTGAGAGCTTTGTTAAAATAGGTGAAAAGATTGATGGTGTAACTATGGGCTTATGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTAGTTAAGATGTTCAGCATCATTAAGAAAATGATTGCTGGATCAAGTTTTGTCACCACACAGTGTAGCAAAATGATTGGTAATGCAGCTATATTCGTCGCCGATAAAGTTGGCGGTGTTGTAGTGCGTAATATTACAGATAGAATTAAGGGTGTTTATGGAAGTACACGTGAACATTTTGAAAGAAAAATGTCACCACAATTTCTAAAAACACTCTTTTTCTTTTTCTTTTATCTCTTAAAAGCAGGTGCCAAAAATTTGGTTGCTAGCTATAAGAGTGTGTTATGTAAAGTAGTTTTTACTACTTTACTTATATTATGGTTCTTATACACAAGTAACCCAGTAATGTTTACTGGAATACGTGTGTTAGACTTTTTATTTGAAGGCTCGTTCTGTAGTCCTTATCAAGATTACGGAAGAGATTCGTTTGATGTTTTGCGCTATTGTGCAGATGATTTTACTTGTCGTGTGTGTTTATATGATAGAGATTCATTACATTTGTATAAACATGCTTATAGCGTAGAACAGATTTATAAAGATGCAGCTTCTGGCATTAGATTTAATTGGAATTGGCTTTATTTGGTCTTTCTAATATTGTTTGTTAAGCCAGTAGCATGTTTTGTTATTATTTGTTATTGTGTTAAGTATTTAGTACTTAGTTCAACTGTTCTCCAAACTGGTGTAGGTTTTCTAGATTGGTTTATTCAAACAGTTTTTACTCACTTTAATTTCATGGGGGCAGGATTTTATTTCTGGCTCTTTTATAAGGTATACATACAGGTGCATCATATACTGTACTGTAAGGATATAACATGTGAAGTGTGCAAGAGAGTTGCGCGCAGCAACAGGTATGAAGTTAGCGTTGTTGTTGGTGGACGTAAGCAAATTGTGCATGTGTACACTAACTCAGGCTATAATTTCTGTAAGAGACATAATTGGTATTGTAAGAATTGTGACGATTACGGTCACCAAAATACATTTATGTCTCCTGAAGTTGCTGGCGAGCTTTCTGAGAAGCTTAAACGCCATGTTAAACCCACAGCTCATGCTTACCACGTTGTGGATGAGGCGTGTTTAGTTGATGATTTTGTTAATTTAAAGTACAAAGCAGCAGTTCCTGGTAAGGACAGTGCAGCTCCTGCAGTTAAATGTTTTAGTGTTACAGACTTTTTGAAAAAGGCTGTTTTCCTTAAGGATGCACTGAAGTGTGAACAAATATCTAATGATGGCTTTATAGTGTGTAATACACAGAGTGCGCATGCATTGGAAGAAGCAAAGAATGCTGCTATCTACTATGCGCAATACCTGTGTAAACCAATACTTATACTTGATCAGGCACTTTACGAACAATTGGTAGTGGAACCTGTGTCTAAGAGTGTTGTGGATAAAGTGTGTAACATCTTGTCTAATATAATTTCTGTAGATACTGCAGCTTTAGATTATAAGGCGGGCACGCTTCGTGATGCCCTGCTTTCTGTTACCAAAGACGAAGAGGCTGTTGATATGGCCATCTTCTGTCATAATCATGAAGTGGAACACACTGGTGATGGTTTTACTAATATAATACCGTCCTATGGTATAGACACTGCTAAGTTAACACCCCGTGATAGAGGGTTTTTAATAAATGCAGATGCTTCTGTGTCTAACCTAAGAGTTAAAAATGCTCCGCCGGTAGTATGGAAGTTTTCTGATCTTATTAAATTGTCTGATAGTTGTCTTAAGTATTTAATTTCGGCAACTGTCAAGTCAGGAGGTCGTTTCTTTATAACAAGATCTGGTGCTAAGCAAGTTATTTCTTGTCATACTCAGAAATTGTTGGTAGAGAAAAAAGCTGGTGGTGTTGTTAGCAGCACCTTTAAAAAGGTTAAGAGTTGTTGTAAATGGCTTTTGATTTTTTATATATTCTTTACAGCATGTTGTTTGGGTTACTATCACATGGAGATGGGTAGAAGTTTTGATTATCCTATGTATGATGTTAACTCTACAATGCATGTTGAAGGTTTTAAGGTTATAGATAAAGGTGCTATCAGGGATATTATGCCAGAAGACACTTGCTTTTCTAATAAGTTTGTTAACTTTGATGCCTTTTGGGGTAGATCGTATGATAATAGTAGAGACTGTCCAATTGTAATAGCCATTATAGATGGTGCTGGAACAGTAGCTGCTGGAGTTCCTGGTTTCGTACAGTGGGTCATGGATGGTGTAATGTTTATCCATATGACACAAACTGAGCGAAAACCTTGGTATATTCCTACTTGGTTTAATAGGGAAATTGTTGGTTACACGCAGGACTCAATTGTTACTGAGGGTAGTTTTTATACATCTATAGCGTTGTTCTCAGCTAGGTGCTTATATTTAACAGCCAGCAATACACCACAATTGTATTGCTTTAATGGCGACAATGATGCTCCTGGTGCTTTACCATTTGGAAGTATAGTCCCACATAGAGTCTACTTTCAGCCAAATGGTGTTAGACTTATAGTTCCTCAGCAAATACTGCACACACCCTACATAGTAAAGTTTGTATCAGACAGCTACTGTAGAGGTAGTGTATGTGAGTACACTATGCCAGGTTACTGTGTGTCACTGGACTCTAAATGGGTCTTGTTTAATGACGATTACACGGTTAAACCAGGTGTGTTTTGTGGTTCTACTGTTAGAGAACTTATGTTTAATATGGTTAGTACATTCTTTACTGGTGTCAACCCTAATATTTATATGCAGCTGGCAACTATGTTCTTAATACTAGTTGTTGTTGTATTGGTCTTTGCAATGGTTATAAAGTTTCAAGGTGTTTTTAAAGCTTATGCAACCATTGTGTTTACAATAATGTTAGTTTGGGTTATTAATGCATTCATTCTGTGTGTACATAGTTACAACAGCGTTTTAGCTGTTATATTACTAGTACTTTATTGTTATGCATCATTGGCCACGGTTCGCAATACTTCTATAATAATGCATTGCTGGCTTGTGTTTACTTTTGGTTTAATAGTGCCTACGTGGATAGCTTGTTGCTACTTGGCATTTGTACTTTATGTCTATACACCATTTTTCTTTTGGTGTTATGGTACTACTAAAAATACTCGTAAGCTTTATGATGGCAATGAGTTTGTTGGTAATTATGATCTTGCTGCGAAGAGCACTTTTGTGATTCGTGGTTCTGAATTTGTTAAGCTTACGAATGAGATAGGTGACAAATTTGACGCCTACCTTTCTGCGTATGCTAGACTTAAATACTACTCAGGCACAGGCAGTGAACAGGATTACCTTCAAGCCTGTCGTGCTTGGTTGGCTTATGCACTTGACCAATATAGAAATAGTGGTGTAGAAATGGTTTATACTCCACCTCGTTACTCTATTGGTGTTAGTAGATTACAGGCTGGCTTTAAGAAGCTAGTTTCTCCTAGTAGTGCTGTTGAAAGGTGTATTGTTAGTGTGTCTTATAGGGGCAACAATCTTAATGGGCTTTGGTTAGGTGATACTATCTATTGCCCACGGCATGTATTAGGTAAGTATTCAGGTGACCAATGGACTGATGTTCTTAATCTTGCTAACAACTATGAGTTTGAAGTAACAACTCAAAATGGAAGCACTTTGAATGTTGTCAGTAGGCGTTTGAAAGGTGCAGTTTTAATTTTACAAACTGCTGTTGCTAATGCTGAAACTCCAAAGTATAAATTTTTGAAGGCAAATTGTGGTGATAGTTTCACCATAGCTTGTTCTTATGGTGGTACAGTTGTTGGACTTTACCCTGTTACTATGCGTTCTAATGGCACTATTAGAGCGTCTTTTCTTGCTGGCGCTTGTGGTTCAGTAGGTTTTAATATAGAAAGGGGTGTAGTTAATTTCTTTTATATGCACCATCTTGAACTACCTAATGCATTACACACTGGAACTGACCTTAGTGGTGAATTCTATGGTGGTTATGTAGATGAGGAGGTAGCGCAAAGAGTGCCACCAGATAATTTAGTTACTAATAATATTGTTGCATGGCTTTATGCTGCAATTATTAGTGTTAAAGAGAGTAGTTTTTCAAGCCCTAGCTGGCTTGAGAGTACTACTGTCAGTGTTGATGATTATAATAAGTGGGCTGATGATAATGGTTTTACACCGTTTTCTACTAGTACTGCTATTACTAAATTAAGTGCTATAACGGGAGTTGATGTTTGTAAACTCCTACGCACTATTATGGTGAAGGCTAGTCAATGGGGTAGTGAACCCATTTTAGGCCAATACAATTTTGAAGATGAACTAACACCGGAATCCGTTTTTAACCAGGTTGGTGGTGTTAGACTACAATCTTCTTTTGTGAGGAAAGCCACATCTTGGTTTTGGAGTAGATGTGTGTTAGCTTGCTTCTTATTTGTGTTGTGTGCTATTGTCTTGTTTACGGCAGTACCACTTAAATACTATGTACATGCAGCCGTTATTTTGTTAACAGCTGTACTTTTTATTGCTTTTACTGTTAAACATGTTATGGCATATATGGATACTTTTCTGTTGCCTACATTGATTACAGTTATTATTGGAGTTTGTGCTGAAGTCCCTTTCATATACAATACTCTAATTAGTCAAGTTGTTATTTTCTTAAGCCAATGGTATGATCCTGTAGTCTTTGATACTGTGGTACCATGGATGTTCTTACCATTAGTATTGTACACTGCTTTTAAGTGTATACAGGGTTGTCATAGTGTGAGTTCCTTTAATACTTTTCTGTTAGTGCTGTATCAGTTTATGAAGTTAGGTTTTGTTATTTATACCTCTTCTAATACGCTGGCAGCATACTCAGAGGGTAATTGGGAATTGTTCTTTGAATTAGTTCATACTACTGTTTTGGCTAATGTTAGTAGCAACTCCTTAGTTGGTTTAATTGTGTTTAAGTTTGCTAAATGGATGCTGTATTATTGTAATGCAACATACTTTAATAATTATGTGCTAATGGCAGTCATTGTTAATGTCTTAGGTTGGCTTTTTACTTGTTATTTTGGAGTATATTGGTGGATTAATAAGGTTTTTGGTTTAACTTTAGGCAAATATAACTTCAAAGTTTCTGTGGACCAATATAGGTATATGTGTCTTCATAAGATAGCACCACCTAAAACTGTGTGGGAAGTCTTTTCGACAAATATACTTATACAAGGAATAGGTGGTGATCGTGTGTTACCTATTGCTACAGTTCAATCTAAGTTGAGTGATGTAAAATGTACAACTGTTGTTTTAATGCAGCTTTTGACTAAGCTTAATGTTGAAGCAAATTCAAAAATGCATGCTTATCTTGTTGAGTTACACAATAAAATTCTTGCCTCTGACGATGTCGGAGAGTGTATGGATAATTTATTGGGTATGCTTGTTACACTGTTTTGTGTTGATAGTACTATAGATTTGAGTGAGTATTGTGATGACATACTTAAGAGGTCGACTGTATTACAATCAGTTACCCAAGAGTTTTCACATATACCTTCTTATGCTGAGTATGAAAGAGCTAAACAACTTTACGAGAAAGTGTTAGCTGATTCTAAAAATGGTGGTGTGACACAGCAAGAACTTGCTGCATATAGAAAAGCCGCCAATATTGCTAAGGCTATCTTTGATAGAGACTTGGCTGTTCAGAAAAAGTTAGATAGCATGGCAGAACGTGCTATGACAACAATGTACAAAGAAGCGCGTGTTACTGATAGGAGGGCAAAGTTGGTCTCATCTCTACATGCGTTACTGTTTTCAATGCTTAAGAAGGTTGATTCTGAAAAGCTTAATGTATTATTTGATCAGGCAAGTAGTGGTATAGTACCACTTGCAACTGTTCCAATAGTTTGTAGTAATAAGCTTACACTTGTAGTGCCAGATCCAGAAACATGGATTAAGTGTGTAGAAGGTATGCATGTTACGTACTCAACAGTTGTCTGGAATATAGACAATGTTGTAGATGCCGATGGCACAGAATTACATCCCAATTCTACAGGTAGTGGTTTGTCCTACTGTATAAGTGGTGATAATATAGCATGGCCTCTAAAGGTCAACTTGACTAGGAATGGACATAATAAAGTTGATGCTGCATTGCAGAATAACGAGCTTATGCCCCATGGTGTAAAAACAAAGGCTTGCGTTGCAGGTGTTGATCAAGCACACTGTAGCGTAGAGTCTAAATGTTATTATACTAATATTAGTGGTAATTCAGTTGTAGCTGCAATTACTTCTTCAAATCCAAATTTGAAAGTTGCTTCGTTTTTAAATGAAGCAGGTAATCAAATATATGTAGACTTAGACCCACCATGTAAATTTGGTATGAAAGTGGGTGATAAGGTTGAGGTTGTTTACCTGTATTTTATTAAAAATACAAGGTCAATTATTAGAGGTATGGTACTTGGTGCTATATCTAATGTTGTTGTTTTACAGTCTAAAGGTTATGAAACAGAGGAAGTAGATGCTGTTGGCATTCTTTCTCTTTGTTCATTTGTAGTAGACCCAGCTGACACGTATTGTAAATATGTAGCTGCTGGTAATCAACCTTTAGGCAATTGTGTTAAAATGTTGACAGTGCATAATGGTAGCGGTTTTGCTATAACTTCAAAACCAAGTCCCACTCCAGATCAAGATTCCTATGGAGGTGCGTCTGTGTGCCTTTATTGTAGAGCACATATAGCACATCCAGGAGGAGCAGGAAACTTGGACGGACGTTGTCAGTTCAAGGGTTCTTTTGTACAAATACCCACTACGGAGAAAGATCCAGTAGGGTTCTGTTTGCGTAATAAGGTGTGCACTGTCTGTCAATGTTGGATTGGCTATGGATGTCAATGTGACTCACTTAGACAATCTAAACCTAATGTTCAATCAGATGTTGGAGCACCTGGTTTTGATAAGAATTATTTAAACGGGTACGGGGTAGCAGTGAGGCTCGGCTGA
Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHKPKDYADALAFRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGPFFLKGVEKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRELLKTACQWSLTVETLDTRAQTLEEIFDATEILWLQVAAKLQVSAMAMRRLVGEVTAKVMDALGSNLSALFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTIVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQTADISIEPEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSYSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIVDVLKLFQSACVNAEDVWSSFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEEFVKTHYCKAQMSIVVLAAVLGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLIVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYKSFKKCALGRIHGDLLFWRGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVREIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKHGKDLDCIKSCHLIYRDYESGDDIEEEDAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGAIVHKDALDVVNLPSGEETFVINNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWSEAVDAQEQLCQPEPTQVILEKLVEDSTDGCEAMRAVVEEQEVVSVFEEKSEVIVCTPADLEVVKETAEEFDEFILISDVPKEEVVSQEKEEPQVEQEPIQVVKSQREKKAKKFRVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCVVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSYVKGIQCVNNVVGPRHGDCDLFNKLVAAYKNVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRAAFEGCTIRVLLFSLSQEHIAYFDATCRQKTIYITEDGVKFRSVIVKPGDSLSQFGQVSTRHKTVFTADDVDDKEILFLPTTDKAVLDYYGLDAQKYVRYLHTLAQKWNVLYKDNFVILEWRDGNCWISAAIVILQAAKIRFKGFLAEAWAKLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGDFSDTNWLLANLAEHFDANYTDAILKRRVTCNCGVKVQEFRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYSNCPVCGSNSTDEVVDATLPYLLLVATDGPATVDCDENAVGNIVFIGSTSSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKYGRRSPYITAMYTRFSLRSESSSPVAIKSKGKGKVVKEDVSNLAISSKASFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQETPENFDEYVSFTTNEDSKLPLTLKVRGIKSVVNFKSKDGFTYNLTPDNDKNSKAPIYYPVLDSVSLKAIWVEGSANFVVGHPNCNSRALRIPTFWECAESFVKIGEKIDGVTMGLWRAEHLNKPNLVKMFSIIKKMIAGSSFVTTQCSKMIGNAAIFVADKVGGVVVRNITDRIKGVYGSTREHFERKMSPQFLKTLFFFFFYLLKAGAKNLVASYKSVLCKVVFTTLLILWFLYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSFCSPYQDYGRDSFDVLRYCADDFTCRVCLYDRDSLHLYKHAYSVEQIYKDAASGIRFNWNWLYLVFLILFVKPVACFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKVYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRYEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCKNCDDYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACLVDDFVNLKYKAAVPGKDSAAPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYEQLVVEPVSKSVVDKVCNILSNIISVDTAALDYKAGTLRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEHTGDGFTNIIPSYGIDTAKLTPRDRGFLINADASVSNLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITRSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGVVSSTFKKVKSCCKWLLIFYIFFTACCLGYYHMEMGRSFDYPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGAIRDIMPEDTCFSNKFVNFDAFWGRSYDNSRDCPIVIAIIDGAGTVAAGVPGFVQWVMDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIVTEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIVPHRVYFQPNGVRLIVPQQILHTPYIVKFVSDSYCRGSVCEYTMPGYCVSLDSKWVLFNDDYTVKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLVFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVINAFILCVHSYNSVLAVILLVLYCYASLATVRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPTWIACCYLAFVLYVYTPFFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFDAYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEMVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKYSGDQWTDVLNLANNYEFEVTTQNGSTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANAETPKYKFLKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIERGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLSGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSSPSWLESTTVSVDDYNKWADDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKASQWGSEPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSFVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFIAFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTVVPWMFLPLVLYTAFKCIQGCHSVSSFNTFLLVLYQFMKLGFVIYTSSNTLAAYSEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLVGLIVFKFAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIVNVLGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIAPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLVTLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKQLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKAIFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKVDSEKLNVLFDQASSGIVPLATVPIVCSNKLTLVVPDPETWIKCVEGMHVTYSTVVWNIDNVVDADGTELHPNSTGSGLSYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIIRGMVLGAISNVVVLQSKGYETEEVDAVGILSLCSFVVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDSLRQSKPNVQSDVGAPGFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 651 Identity=92.18%
Cov(Q)=9.08% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3942
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
397.221619999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00582
outside
1 - 1729
TMhelix
1730 - 1752
inside
1753 - 1833
TMhelix
1834 - 1856
outside
1857 - 1875
TMhelix
1876 - 1898
inside
1899 - 2270
TMhelix
2271 - 2289
outside
2290 - 2351
TMhelix
2352 - 2374
inside
2375 - 2547
TMhelix
2548 - 2570
outside
2571 - 2574
TMhelix
2575 - 2597
inside
2598 - 2603
TMhelix
2604 - 2626
outside
2627 - 2640
TMhelix
2641 - 2663
inside
2664 - 3085
TMhelix
3086 - 3108
outside
3109 - 3112
TMhelix
3113 - 3130
inside
3131 - 3142
TMhelix
3143 - 3165
outside
3166 - 3179
TMhelix
3180 - 3199
inside
3200 - 3207
TMhelix
3208 - 3230
outside
3231 - 3244
TMhelix
3245 - 3267
inside
3268 - 3287
TMhelix
3288 - 3310
outside
3311 - 3942
