Strain
Avian_FJ376621
(Region: Hong Kong; Strain: Thrush coronavirus HKU12-600; Date: 7-Jan)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCATGAATATAGCAAAGCGCAGCCCAATTGTGCTGCCACAAATACAACCACCCCCTCTGCAGCTTTTTATATCTGTTGCTGCAGCTGAAGAGGGTCATCCTAAAGATTTGACACACTTGGGTGATTATAACCTGATAACCACGAAAGCAATTCCTGGTGTTCCGGTTTTAAACCCCAAGACATCACTTACTGAGTTTGAACAACTGTTTGGAGCTCAACCTGTGTTGCGTGCTCTGCGTAACTTGGTTAGTGAAAGTCGTTCGGCTGAATGGCATAATTCCAAACAAGCTTTTGTTGTGAAAGCTCAACAATTGGTCTTTTCTGATCATGTACTTAGAGCTATGATTCGTCATTGCCCCGCACGTGTATCTGCACTTGCATCTTTAGCACTATTTAACAGGATTGTTAAAATAGATGCTGAAGATCTTCGCAATATTGCACTTGATGTTGCCGCTGAAGTCACTTATGGTGGCTCAGCTGGTGTTGCTCTTGTTGATTGTAAGACCATTACTCTGACTCACAAGGATGCCTACATAACACTTACAAATGAGTGTTTTGGTGTTCCTTTTACTTCAACCTTGCTTGCACAGGCAAAAGTTACTAATGGTGCTATGGCTTATGCTGATTACCTGTTTTACCCTGGTGCAACTTTGCGCATGGTTAATGGTAAAGCACTGCCTATAGCTTCTAAACCACTTGTTGCCATCATTCAAAAAGTTCCACTTTTGAGTGAAGATGTCAATCTTTTACCTGATTACACCCAAGCTCCTAATATTCAAGTTGAAGGGGCTGAAGTGAGTGTTAACGGTATTAATTACTTAAAGACAACTGATACACCACCTTTATACTATCCACGTGTTAAGGGTGGTGTGTTGAATGTAGCCCTTAAACAGCAGGGCACCGCGGACAAAAAGTTGTCTGTGGTTTTTCATGCAAAACCAGATGATGTTTTGTTGGCTTTTATACAGTTACAAGACTTTTTAAATCGTTCGTCTGGTGGTTTTATTGATGTTAACACTGAAGTTTATGAAGTAGCACCAAATGTTAATGTCTCTATTGGTGTTTCAAAACCTGGAGATGTTGTTGTTGCTACTGCAGAAGACTACTTGAAATGCTTTGATGATCCTGATGTTTCAGGTTTATACAAAGTTTTCCAAACTGAGTCTTGGGCAAAAGTTCAGCAGACATTTCGCAAATTGCGGGTTAAGACTTCTGCTGTTGTTCAAGAATTCTTAAAACTTCTAAGCCTTATTGCTGAGAAGTTTAAATCACTTTCAACAATTGTTGATGCAATTGTTAGTCAATTACAAAATTTGACTTTGGATGTTGTGGCACGTGTGCAAACATTGCAAATTAGTTACAAGGCAGGTCGTCTTGTTGTTGATGCAGTTGGTGTCATATCCAAAATTGTACAACCTTTTTGTGACTTTGTCACACCATTCCTGCATAAAGTGGCAGGGTTTGCTACTTATGCTTTTGGAACTAATATGCTTTTGTGTACGTCACGAGGTGTGTTTGTTCTTCAGCAAAGCGCAGCTAAAATTGTTAATAAGCTGCGTTATGTTTTTACCGTTTCACCAGAATATGCTGTTGAAACTACTACAAATAAAGTCATTTATGAAGACAGTTTGCACCCTGTTGATGATAAACCTTCTAGGGCTCTAGAAGTTGTTGATGTTGTTGTGGGTGATACTGTTTTACAAATGGCTACTGATGGTAATGCATATTTTCCAACTGATGGGAACTATGCATCATTACCTGCATTTAAAGCTGGTTCAGATGAACTTAATATAAGTTTCATCTGTGACATCTTTGATGATGATACTAATGCAATGATTAATGAAACACTCGCTGGTTATGAGTTGAATCAGTTAGTGGCACCGCGTACATTGACACCGAGAGATATTGCAAATCTCGTTGTTAATACGTTGGTTGATGCTATTACTGATCATTATCCAGAGAAATGTATTGATTTACCAGAAGACTATCAAGTCTTTTCATCTTATGATGATTTGCCTCTTACAAACCATCATATACCTAAACATCTCTCACTCTATGTCCAGGCTATGGAGTCTGACGATGGTGATGAGGATGTTATTATTGAAGATGATGATTATCAATGTGATACAGGCGATGATGATGGTGGTGTTATACCACAGTGTTGGGATATTCCTAACATTGATACATTGCTTGTTAAATTGCAAAAGAATAAACCAGTTAGTGTTGAAGTTGTGCCTAATGACACTAGGGACACTACTGTTACAATGAATATTAGCACACCTGATGATGTTGCTATTGTTGAACAAATAACTGAGTCAGCTGCCATACAAGCGGAGAGTGTTCAGTCAGAACCAGGTGACCAGGTTGATCAACAACCTGTAGAAGAAATAAATGTAGAACAAATGGTCCAGGAGGAATCTGAAGTTTCTACAAGTAATGATGATGAGTCAACTCAACCTAGAGTTATTGACACTCTAGGTGAAGATGAACTCTTGTTTATTCCACAATGTGATTTTCCAGAACATCGTCCGCTTAAGGCATATATTTATGACCGTAAGCTGAAAAATGATGTTATAGAACAATCACCCATTACTTCAGATGCAGACTCAGAATTAAAGTCTGTAGATTCTGATGTAATTTATGAAGAAGCTGTATGTGATGATGACACCATCATTACAGATAGCACTGAGAATGGAGAGGAAGAACAGCTTCCTGCAACCATTGTCAATCAACCACTTACAATAGACAATAATATTCCCACAGTAGCTTTGAAGCAACCCAGTCCTACTAGAGTAGAATTGGTTGTGGGTGATTTGTCTACTATAAAGTTTGACAATTCTGTTTTAGTAAATCCAGCAAATCCACAATTAACAAATGGTGGAGGTGCTGCTAGAGCTATAGCAGAGTTGGCTGGTCCAGAATATCAAGCTCACTGTAACAAAATTGCACCAATTAATGGTGTTGTTACTACTGAAGCTTACAATGCTAAAACTTTAGGTGTTGCCTGCATTTTACATGTAGTACCACCTAAGGGTACTGACCATGATGTCCAGGAACAACTTTACAATGCTTACCGTAGCATTTTAACTGAACCCGCCCACTATGTAATACCATTACTAGGTGCAGGTATTTATGGTTGTAACCCTGTTCATTCTTTGGATGCTTTTAAAAAGGCATGTCCTCCTGATATAGGACGTGTTACTTTGGTTACAAAGGATGTTAACCATTTACAACTATGGGATGCGTTGAATCGCGTAGTTGTAAGAACAACAAAGGATTTTGACCAAATTACCACTCAGGCTCTGACACCTCAGGGTGTTTTAGATGCCAATCTTTTTGATGGTGATAAATTTGTTCAAGAACCACAACCAGATTGTGTTTATCTGGCTGTTGATGATGTAGTACAGACAAAAGCTAAAGACCTTGGTCTTTCTTTGAGTCAGTACTGTAGTTACCTTAAGATGTGCCACCATAAGTGGGCCACTGTGCGCACTAATGGTATATTACATCTTAAACAGAAGGATAATAACTGCTTTATTAGTGCAGCTATTAACCTATTTCAGGTTACACATTATAAATTACGTCCTGTTATAGATGAACTGTATCAGGAGTATGTTAATGGTAACCCTAACAGATTAGTTGCATGGATCTATGCATCTATTAATCAAAATATTGGAGAGATGGGTTGTCCTCAACAAGTGACTTCTCTTTTGGTCTCCAATGCTAATTCAAAATTTTTTGGCACTGTTCATTGTTGTAAGACTTATTTTACACACGATGGTGTTATTGCTAATGTGAAAGATTTTGATCTTTTGCAACCTAAAGTTTATTGCATGCGTTGTGAAAGTTGGACAACATTTACACCTGAACAAGTTGAGGGTGTTGTTGTTTTAGGGAATACTATTGGTCCAGCACCAACTCATGCTATTTGTTTTGGTAATGCCCACTGTTGGTATACAAATGGGCGTAAGGCTATAAATGGCTATGACATTAATGCAAATGTTGTCGTAGTTTATCACAAATTTCAGATGATGAAAACACAAGTTGTGGTTTCAGCACCATTGTCTACTAGTAATAATTTTGATGTTTTGAAGGTTCAAGACATCCCTGAAGATTCACCACTTAATAGTGACCCTCCAGCTGTTGAAGCAGCAGTTAAGAGTGTCACTAAATGTGAAGTCCATGATAATCCTACATATTTGGATTTGCTGGATGTTTGGGTTCGCAAACCAAAACACATCCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTATTGGTAAACCTTTATTTAAAACTGGTAAAGTCATTTTACTTAGTGGTAAATACTTGTTAAAGATCTATAACTACTTGTGTAGTATAGGTGTTATAGATACTACTGCAAAGTTGTCTATAGGTTTGGCTTGTAAGTGTGTAAAACGAGTTCTTCCTTCAACTTTGACTATAACACGCACTGTAAAAGGATTGTTCTATTCATTTAGGACAATTATATTTGCATGTGCGCCATTCTTATTATTACCAGCGGTTGCTAGTATTTTGTCATCTAGCTACCAGCTTGGTGTTTATTTATATGCTAAAACGGGTACACCCTGTGCTGCATATATGAATGAGGATCATACTGATTATCAATCATTTTGTGCAGGTGATTTGACCTGTCTTGTTTGTTTTAATGGTATGGATTCTCTGCATTTGTATAAGCATTTGCATGTTAGTCAAAAAGTTTATGAGACTTTTGACTATACACCTTATGCTTTGGCTTTAGTTTTACTTTTAGCGAACACCACACTTGTTATATGTACAATGCTGTGTGTGTTTTTATTTAACATTTATAAGTTTACAGTGCCTTATTATGGTGTTGTAACTCTTGATTATCAAAATACATTGACATTTGTCTTTGTAGTTTATTATATGTGGTGTGTGATAAGATTCTTTAGGCATTTGGCGCGTGGGTGTAAAACACCTACGTGTTCTATATGTTCTAAATTGAGAATTTCACCCACTATAATTGT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Protein
MAMNIAKRSPIVLPQIQPPPLQLFISVAAAEEGHPKDLTHLGDYNLITTKAIPGVPVLNPKTSLTEFEQLFGAQPVLRALRNLVSESRSAEWHNSKQAFVVKAQQLVFSDHVLRAMIRHCPARVSALASLALFNRIVKIDAEDLRNIALDVAAEVTYGGSAGVALVDCKTITLTHKDAYITLTNECFGVPFTSTLLAQAKVTNGAMAYADYLFYPGATLRMVNGKALPIASKPLVAIIQKVPLLSEDVNLLPDYTQAPNIQVEGAEVSVNGINYLKTTDTPPLYYPRVKGGVLNVALKQQGTADKKLSVVFHAKPDDVLLAFIQLQDFLNRSSGGFIDVNTEVYEVAPNVNVSIGVSKPGDVVVATAEDYLKCFDDPDVSGLYKVFQTESWAKVQQTFRKLRVKTSAVVQEFLKLLSLIAEKFKSLSTIVDAIVSQLQNLTLDVVARVQTLQISYKAGRLVVDAVGVISKIVQPFCDFVTPFLHKVAGFATYAFGTNMLLCTSRGVFVLQQSAAKIVNKLRYVFTVSPEYAVETTTNKVIYEDSLHPVDDKPSRALEVVDVVVGDTVLQMATDGNAYFPTDGNYASLPAFKAGSDELNISFICDIFDDDTNAMINETLAGYELNQLVAPRTLTPRDIANLVVNTLVDAITDHYPEKCIDLPEDYQVFSSYDDLPLTNHHIPKHLSLYVQAMESDDGDEDVIIEDDDYQCDTGDDDGGVIPQCWDIPNIDTLLVKLQKNKPVSVEVVPNDTRDTTVTMNISTPDDVAIVEQITESAAIQAESVQSEPGDQVDQQPVEEINVEQMVQEESEVSTSNDDESTQPRVIDTLGEDELLFIPQCDFPEHRPLKAYIYDRKLKNDVIEQSPITSDADSELKSVDSDVIYEEAVCDDDTIITDSTENGEEEQLPATIVNQPLTIDNNIPTVALKQPSPTRVELVVGDLSTIKFDNSVLVNPANPQLTNGGGAARAIAELAGPEYQAHCNKIAPINGVVTTEAYNAKTLGVACILHVVPPKGTDHDVQEQLYNAYRSILTEPAHYVIPLLGAGIYGCNPVHSLDAFKKACPPDIGRVTLVTKDVNHLQLWDALNRVVVRTTKDFDQITTQALTPQGVLDANLFDGDKFVQEPQPDCVYLAVDDVVQTKAKDLGLSLSQYCSYLKMCHHKWATVRTNGILHLKQKDNNCFISAAINLFQVTHYKLRPVIDELYQEYVNGNPNRLVAWIYASINQNIGEMGCPQQVTSLLVSNANSKFFGTVHCCKTYFTHDGVIANVKDFDLLQPKVYCMRCESWTTFTPEQVEGVVVLGNTIGPAPTHAICFGNAHCWYTNGRKAINGYDINANVVVVYHKFQMMKTQVVVSAPLSTSNNFDVLKVQDIPEDSPLNSDPPAVEAAVKSVTKCEVHDNPTYLDLLDVWVRKPKHILVKSWSVIGKPLFKTGKVILLSGKYLLKIYNYLCSIGVIDTTAKLSIGLACKCVKRVLPSTLTITRTVKGLFYSFRTIIFACAPFLLLPAVASILSSSYQLGVYLYAKTGTPCAAYMNEDHTDYQSFCAGDLTCLVCFNGMDSLHLYKHLHVSQKVYETFDYTPYALALVLLLANTTLVICTMLCVFLFNIYKFTVPYYGVVTLDYQNTLTFVFVVYYMWCVIRFFRHLARGCKTPTCSICSKLRISPTIIVDTIVQGRKYPSIVHTNAGFKICPEHNFYCKNCTGENPDTFIPTEAIESLSRVTKLSVKPTAPAYLLARDVECQTDAIVARATHGGQSMVCISKYSDVRTVDALLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNAGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIFIIDQSYSMPVDNYTEVVSRMEKYYTFQKITPTGDIFMDVKTATHGQATDSAINAAILAVQKGLDFTIDDPNHILPHYAFEFSNLAVEDQSILIETGCAKGKLKGTNVGVILAANLVERLSQSAIRVISNAASRNGVTCSVTPSTMVLRGNIATQPLQRIKAGSAAKHSITTFVVCLIALYALAYGMATLAVYVYQPIYPTVMSDIPTSGFYVIRDGVLDNIRSTDTCFSNKFVSFDAYLQADYVNSHNCPVVVGVADVATKSIPGIPAGVIHRDSGILHIYEQSLYDRLQRQSMVQEALGLKTRALFNIGYRTVVGYTRSDVVVGASYMHSPSLFNAKCTYLEYQDKRHLYCFDKVDREHKLYADVIPHVEYKAVDFNGELVPFKIPEQLLLYPHIVRYTSNYYCRMGHCFKTNPGVCVSFTDEFPYSENVQPGVYCADSGFQLLTNFIIGTVTGVHIFTSTAALLGSTCFILLCVFAILAFQRLFKEYTTFVLHTLIIAGVNIIGIALVYKFTALAIVYYAIYLYCILTFVPIKRNIALFYFAVVLVPHISNMQLLAIAVVFVCYLCYSYVRVVSKTAGKFSSFLGASKATFVIDNDKYVMLRDLAGSEYDSYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFRDGGGSQLYTPPQLAVVQSIKTKLQAGIKILLHPSGVVERCMVSVTYNGSALNGIWLNNVVYCPRHVFGKFKGEQWQHIASIADCRDFCVVCPTQGIQLTVQSVKMVGAILQLTVHTNNTATPDYEFVRLTPGSSMTIACAYDGVVRNVYHVVLQTNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLCLHYMHHLEFNNQTHGGTDLHGVFYGPYVDEEIAQQQTTFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDASPRWLAQAEVSETDFNAWASNNSFANFPCEPANMSYILGLAQTSRVSIGRVLNTIIQLTLNRNGSLIMGKPDFECDWTPEMVYNQAPITLQSGIVQRTSMWLLHFLFNTLLAVLAMLHVLPTELYPLGLPVVTVFSSIITVTVKHSVVFTTTFLLPAFLMFVAKAPTLWIPNTYLRSLYEWVFGLTMSERLTCYTVGVYIVVYCLIALNYTLRCVRYRATSYVSIFMQCVQYAYVVHIVYRLLTQAWTDKLLFTAFSLLTSHPLLAVCGWWLAGKFPVPFLLPDLAIQIVAYIVIGYILCVRFGLLWILNKFTTLPIGTYNYMVSIEQLKYMMAIKMGPPRNVFEVLVANLRLLGLGGNRNIAISTVQNKILDAKAAAVVVANLLDKAGVTNKHSVCKKIVKLHNDTLKATTYEEAELSLVKLLTHIIEFLPTDQVDAYLADTVKVQALNQYLDHLLENKLVLQAVVDANINLDSYRIYKEADAIYKKSVDMDEPLQIQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGVSNDNLKVIFNDKDSYIQYVDGNTLFYKGQRYTIVKKLSLDNAPIEGTPEEYPIVVETVREGIPQIQNNELCLRNVFTAQAPVFDSNGKESTAKSFYVSRAGRKILVAVTSTKDDLRTVTCHTDNGKTILNLDPPMRFAHVIGGKQHVVYLYFIQNMSSLNRGTIIGHISGTTILQANGTQIEYQENASLLTYLAFAVNPKEAYLKHLADGGNPIRGCIQMIASLGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGADGRCLYKGRFVQIDKDKEPISFALTHEPCNACQHWVNYDCTCGSALQSSPYLNRVTGSSGARLEPLQHGVTPDVVQRAFHVHNNVNSGIFLSTKTNCSRFKTIRDHLPLPTDKAVELYFVSKQCSQQSFEIEEKCYNLLADNIKSTPETFGVLARTEFFKFDKIPNVNRQNLTKYTLLDLAYALRHLSTSKDVIKEVLMTMCGTPEEWFDEQWYDPIENQTFYREFHKLGSILNRCVINANTFAKACADAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQQGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECYDSDGNDLVYDGFQYDFTEFKLSLFSKYFTYWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSQATVDGHKIIQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGITKQSVKPGHFNQHFYKHLLNSDILNQLGIDLRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLQPYEGGCLNAQSVVVNNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYVEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMDGINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCTQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTSNHNSREIASLHRNLYEDIYRGDSNNTSVIEDFYQHLRKYFGLMILSDDGVACIDSEAAASGVVSNLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMNVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPVKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDTFQSMTDMSYVNNFVQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVDNCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGTVFGIYRHTARGSDDIELFNELATSNFDTIEPYRKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLVWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILTKTDGNDSYTYRGTSTYRLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQSTYVRKSLIPDTVGASFYVQHFKSYNEIALQKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQGFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNYIVYVGDPYQLPSPRTMLTTGQLSPADYNVVTDIMVHTGADVMLDMCYRCPKEIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKT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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR001205
RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR009466 NSP11
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score= 948 Identity=51.17%
Cov(Q)=14.99% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6286
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
350.795919999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00117
Total prob of N-in:
0.00260
outside
1 - 1443
TMhelix
1444 - 1466
inside
1467 - 1486
TMhelix
1487 - 1509
outside
1510 - 1583
TMhelix
1584 - 1606
inside
1607 - 1612
TMhelix
1613 - 1635
outside
1636 - 1985
TMhelix
1986 - 2008
inside
2009 - 2272
TMhelix
2273 - 2295
outside
2296 - 2304
TMhelix
2305 - 2324
inside
2325 - 2330
TMhelix
2331 - 2348
outside
2349 - 2367
TMhelix
2368 - 2390
inside
2391 - 2803
TMhelix
2804 - 2823
outside
2824 - 2826
TMhelix
2827 - 2844
inside
2845 - 2850
TMhelix
2851 - 2873
outside
2874 - 2892
TMhelix
2893 - 2915
inside
2916 - 2921
TMhelix
2922 - 2944
outside
2945 - 2953
TMhelix
2954 - 2976
inside
2977 - 2988
TMhelix
2989 - 3011
outside
3012 - 6286
