Strain
Murine_FJ647223
(Region: USA: Pennsylvania; Strain: Murine coronavirus MHV-1, complete genome.; Date: presumed 1999)
Gene
ORF1b polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1b polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
CTGTTCCTGTGTAGGCGCTGGCTCCCAGTTTCAGTCAAAAGACACGAACTTTTTAAACGGGTTCGGGGTACAAGTGTAAATGCCCGTCTTGTACCCTGTGCCAGTGGCTTGGACACTGATGTTCAATTAAGGGCATTTGATATTTGTAATGCTAATCGAGCTGGCATTGGTTTGTATTATAAAGTGAATTGCTGTCGTTTCCAGCGTGTAGATGAAGATGGCAACAAGTTGGATAAGTTCTTTGTTGTTAAAAGAACTAATTTAGAAGTGTATAATAAGGAGAAAGAATATTATGAGTTAACAAAAGATTGTGGTGTTGTGGCTGAACACGAGTTCTTCACATTTGATGTTGAGGGAAGTCGTGTACCACACATAGTCCGTAAAGATCTTTCAAAGTTTACTATGTTGGATCTTTGCTATGCATTGCGTCATTTTGACCGCAATGATTGTTTAACTCTCAAGGAAATTCTCCTTACATATGCTGAGTGTGATGAGTCCTATTTTCAAAAGAAGGACTGGTATGATTTTGTTGAGAATCCTGATATTATTAATGTGTATAAAAAGCTCGGTCCTATTTTTAATAGGGCCCTGCTTAACACTGCTAAGTTTGCAGACGCATTAGTGGAGGCAGGCCTAGTAGGTGTTTTAACACTTGATAATCAAGATTTGTATGGTCAATGGTATGACTTTGGTGATTTTGTCAGGACAGTGCCGGGTTGTGGTGTTGCCGTGGCAGATTCTTATTATTCTTATATGATGCCAATGCTGACCATGTGTCATGCGTTGGATAGTGAGTTGTTTGTTAATGGTACTTATAGGGAGTTCGACCTTGTTCAGTATGATTTTACTGATTTCAAGCTAGAGCTCTTTAATAAGTATTTTAAGCATTGGAGTATGACTTATCACCCGAACACCTGTGAGTGCGAGGATGACAGGTGCATTATCCATTGTGCCAATTTTAATATACTTTTTAGTATGGTTTTACCTAAGACCTGTTTTGGGCCTCTTGTTAGGCAAATATTTGTAGATGGTGTTCCTTTCGTTGTTTCGATTGGCTACCATTATAAAGAATTAGGTGTTGTTATGAATATGGATGTGGATACACATCGTTATCGCTTGTCTCTTAAAGACTTGCTTTTGTATGCAGCAGATCCTGCCCTCCATGTGGCGTCTGCTAGTGCATTGCTTGATTTGCGCACATGTTGTTTTAGCGTAGCAGCTATTACAAGTGGCGTAAAATTTCAAACAGTTAAACCTGGAAATTTTAATCAGGATTTTTATGAGTTTATTTTGAGTAAAGGCCTGCTTAAAGAGGGGAGCTCCGTTGATTTGAAGCACTTCTTCTTTACGCAGGATGGTAATGCTGCTATTACTGATTATAATTATTATAAGTATAATCTACCCACCATGGTGGATATTAAGCAGTTGTTGTTTGTTTTGGAAGTTGTTAATAAGTATTTTGAGATCTATGAGGGTGGGTGTATACCCGCAACACAGGTCATTGTTAATAATTATGATAAGAGTGCTGGCTACCCATTTAATAAATTTGGAAAGGCCAGGCTTTACTATGAAGCATTATCATTTGAGGAACAGGATGAAGTCTATGCGTATACTAAACGCAACGTCCTGCCGACTCTAACTCAAATGAATCTTAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCCCGCACTGTTGCTGGTGTTTCTATCCTTAGTACTATGACTGGCAGAATGTTTCATCAAAAGTGTTTAAAGAGTATAGCAGCTACTCGTGGTGTTCCTGTAGTTATAGGCACTACGAAATTTTATGGCGGTTGGGACGATATGTTACGCCGCCTTATTAAAGATGTTGATAGTCCTGTACTTATGGGTTGGGACTATCCTAAATGTGATCGTGCTATGCCAAACATACTGCGTATTGTTAGTAGTTTGGTGTTAGCCCGTAAACATGATTCGTGCTGTTCGCATACTGATAGATTCTATCGTCTTGCGAATGAGTGCGCCCAAGTTTTGAGTGAAATTGTTATGTGTGGTGGTTGTTATTATGTTAAACCAGGTGGCACTAGCAGTGGGGATGCAACCACTGCCTTTGCTAATTCTGTCTTTAACATTTGTCAAGCTGTCTCCGCCAATGTATGCTCGCTTATGGCATGCAATGGACACAAAATTGAAGATTTGAGTATACGCGAGCTACAAAAGCGCCTATACTCTAATGTGTACCGCGCGGACCATGTTGACCCCGCATTTGTTAGTGAGTATTATGAGTTTTTAAATAAGCATTTTAGTATGATGATTTTGAGTGATGATGGTGTTGTGTGTTACAATTCAGAGTTTGCGTCCAAGGGTTATGTTGCTAATATAAGTGCCTTTCAACAGGTATTATATTATCAAAATAATGTTTTTATGTCTGAGGCCAAATGTTGGGTAGAAACAGACATCGAAAAGGGACCGCATGAATTTTGTTCTCAACATACAATGCTAGTAAAGGTGGATGGTGATGAAGTTTACCTTCCATATCCTGATCCTTCGAGAATCTTAGGAGCAGGCTGTTTTGTTGATGATTTATTAAAGACTGATAGCGTTCTCTTGATAGAGCGCTTCGTAAGTCTTGCAATTGATGCTTATCCTTTAGTATACCATGAGAACCCAGAGTATCAAAATGTGTTCCGGGTATATTTAGAATATATAAAGAAGCTGTACAATGATCTCGGTAATCAGATCCTGGACAGCTACAGTGTTATTTTAAGTACTTGTGATGGTCAAAAGTTTACTGATGAGACCTTTTACAAGAACATGTATTTAAGAAGTGCAGTGATGCAAAGCGTTGGTGCCTGCGTTGTCTGTAGTTCTCAAACATCATTACGTTGTGGCAGTTGCATACGCAAGCCCTTGCTGTGTTGCAAATGCGCCTATGATCATGTCATGTCTACTGATCATAAATATGTCCTGAGTGTGTCACCATATGTGTGTAATTCACCGGGATGTGATGTAAATGATGTTACCAAATTGTATTTAGGTGGTATGTCATACTATTGTGAGGACCATAAGCCACAGTATTCATTTAAATTGGTGATGAATGGTATGGTTTTTGGTTTATATAAACAATCTTGTACTGGTTCGCCCTACATAGAAGATTTTAATAAAATAGCTAGTTGCAAGTGGACAGAAGTCGACGATTACGTGCTAGCTAATGAATGTACCGAGCGCCTTAAATTGTTTGCCGCAGAAACGCAGAAGGCCACTGAGGAGGCCTTTAAGCAATGTTATGCGTCAGCAACGATCCGTGAGATCGTGAGCGATCGGGAGTTAATTTTGTTTTGGGAAATTGGTAAAGTGAGACCACCACTTAATAAAAATTATGTTTTTACTGGCTACCATTTTACTTCCAATGGTAAGACAGTTTTAGGTGAGTATGTGTTTGATAAGAGTGAGTTGACTAATGGCGTGTATTATCGCGCCACAACCACTTATAAGCTATCTGTTGGTGATGTTTTCATTTTAACATCACATGCAGTGTCTAGTTTAAGCGCTCCTACATTAGTACCGCAGGAGAATTATACTAGCATTCGCTTTGCTAGTGTTTATAGTGTGCCTGAAACGTTTCAGAATAATGTGCCTAATTATCAGCACATTGGTATGAAGCGCTATTGTACTGTACAGGGACCGCCTGGTACTGGTAAGTCCCATCTAGCCATTGGGCTAGCTGTTTATTATTGTACGGCGCGTGTGGTGTACACCGCTGCTAGCCATGCTGCAGTTGATGCGCTGTGTGAAAAGGCACATAAGTTTTTAAATATTAATGACTGCACGCGTATTGTTCCTGCAAAGGTGCGTGTAGATTGTTATGATAAGTTTAAGGTCAATGACACCACTCGTAAGTATGTGTTTACTACAATAAATGCATTACCCGAGTTGGTGACTGACATTATTGTTGTTGATGAAGTTAGTATGCTTACCAACTATGAGCTGTCTGTTATTAACAGTCGTGTTAGGGCTAAGCATTATGTGTATATTGGAGATCCTGCTCAGTTGCCTGCACCTCGTGTGCTACTGAATAAGGGAACTCTAGAACCTAGATATTTTAATTCCGTTACCAAGCTAATGTGTTGTTTGGGTCCAGATATTTTCTTGGGCACCTGTTATAGATGCCCTAAGGAGATTGTGGATACGGTGTCAGCCTTGGTTTATAATAATAAGCTGAAGGCTAAAAATGATAATAGCTCCATGTGTTTTAAGGTCTATTATAAAGGCCAGACTACACATGAGAGTTCTAGTGCTGTTAATATGCAGCAAATACATTTAATTAGTAAGTTTTTAAAGGCAAACCCCAGTTGGAGTAATGCCGTATTTATTAGTCCTTATAATAGTCAGAACTATGTTGCTAAGAGAGTGTTGGGATTACAAACCCAGACCGTAGATTCAGCACAGGGTTCTGAATATGATTTTGTTATCTATTCGCAGACTGCGGAAACAGCGCATTCTGTAAATGTAAACAGATTCAATGTTGCTATTACACGTGCTAAGAAGGGTATCCTCTGTGTCATGAGTAGTATGCAGTTATTTGAGTCTCTTAATTTTACTACACTGACTCTGGATAAGATTAATAATCCACGATTACAGTGTACTACAAATTTGTTTAAGGATTGTAGCAAGAGTTATGTGGGATACCACCCGGCTCATGCTCCTTCATTTTTGGCAGTTGATGATAAATATAAGGTAGGTGGTGATTTAGCCGTATGCCTTAATGTTGCTGATTCTGCTGTCACCTATTCGCGACTTATATCACTCATGGGATTCAAGCTTGACTTGACCCTTGATGGTTATTGTAAGCTGTTTATAACAAGAGATGAAGCTATCAAACGTGTTAGAGCTTGGGTGGGCTTTGATGCAGAAGGTGCCCATGCGATACGTGATAGCATTGGGACAAATTTCCCATTACAATTAGGCTTTTCGACCGGAATTGATTTTGTCGTCGAGGCCACTGGAATGTTTGCCGAGAGAGA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Protein
LFLCRRWLPVSVKRHELFKRVRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNANRAGIGLYYKVNCCRFQRVDEDGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKEYYELTKDCGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCLTLKEILLTYAECDESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADALVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVRTVPGCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFVNGTYREFDLVQYDFTDFKLELFNKYFKHWSMTYHPNTCECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEVYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSEFASKGYVANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKVDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILFWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTSNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQENYTSIRFASVYSVPETFQNNVPNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKAKNDNSSMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKFLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDFVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLFESLNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSKSYVGYHPAHAPSFLAVDDKYKVGGDLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHAIRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAVARAPPGEQFKHLVPLMSRGQKWDVVRIRIVQMLSDHLVDLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGKEVMCSVCNKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDQICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKSVNWNLEYPIISNEVSVNTSCRLLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLNKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTSPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAKRSIRPHPELKLFRNLNIDVCWSHVLWDYAKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSGVEFWFAMRRDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRLLSSFTPRSEMEKDFMDLEEDVFIAKYSLEDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRQKKSNLVIQEFVPYDSSIHSYFITDETSGSSKSVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLKCVSKVVNVNVDFKEFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPMERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLNTTTIAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPSGSILVDNDMNPFVSDSIASYYGNCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFAYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNRTRTEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMTKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Interpro
IPR001205
RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR009466 NSP11
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
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Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1292 Identity=65.99%
Cov(Q)=34.10% Cov(P)=97.59%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
2733
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
1.52664
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00043
outside
1 - 2733
