Strain
Avian_GU393338
(Region: USA; Strain: Infectious bronchitis virus serotype JMK, complete genome.; Date: 1964)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTGTCTAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAATCCTAAAGATTACGCTGATGCTTTTGCAGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTGCAGACTGGGAAACAGTTCAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCCTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAATCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCATTTGCACGGAAGTACCGTGAATTGTTGAAAACAGCATGTCAGTGGTCTCTTACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCACAAACCCTTGATGAAATTTTTGACCCTACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGCTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCTAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAGAATTTTCGCAACATTGGCTTTCTTTAAAGAAGCTGCTGTGAAGATTGTGGAAAACATACCAAATGCACCGAGAGGTACTAAAGGGTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAGGGTACACAAGTTGTTTTGCGTGGCATGCGAAATGACCTAACACTGCTTGACCAAAAAGCTGACATCCCTGTGGAGCCAGAAGGCTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTCTGTTATGTCTTTAGGAGTGGAGACCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGAAATTTTGCATTGCATGATGTACATTGCTGCGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGACTCATTCTTGCAGCAATTTACTCATCTCTCAGTGTCTCAGAACTTGTGGCAGCCCTTAAAAAGGGTGAGCCATTCAAGTTCTTAGGCCACAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTCTTACTTTAGCGAAGGCTGCCACTATTGCAGATGTCTTGAAGTTGTTTCAATCAGCTCGTGTGAAGGTAGAAGATGTCTGGTCTTCATCCACTGAAAAGTCTTTTGAGTTCTGGAAGATCGCATATGGAAAAGTGCGCAATCTTGAAGAATTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTAATTCTAGCAGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTCACTAAAATTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACTGAAACCCTTTGTGTTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTTCAATTATTGCTAGAGGCAATACATTCTCTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGCGCACTTGGTAGAATCCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCACAAAATCATTCGAGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTTCAAGAAAAACCAATTGATTTTGAGGTTTGCGATGATGTGACACTTCCAGAGAACCAACCCGGTCATATGGTTCAAATCAAAGGAGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTTAAAAAGGATGAGAACATTTATTACACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGCAAAACTGTCACCTTTGGAGAAACTACTGTGAAAGAAATACCACAACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGTGATGACCTCAAGTTGTTTTCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAATTTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAACGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATTTTACGTGACTATGAGAGTGATGATGACATTGAGGAAGAAGATGCTGAGGATTGTGACACTGACACACGAGACGCTGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAGTGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCAGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCACTTGATGATGACTATAGTGTCTACAATGGATGTATTGTTCATAAAGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTTAATAACTGTTTTGAGGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAATCTACTCAAGTCATACTTGAGAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTAGTTGTGGTGCAATGGCTGAACGAGCCGTTGTTGAAGAACAGGATGTAGTTTCTGTATTTGGGGACAAGTCTGATGTAGTTGTTTATACACCTGCAGATCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAGGTGGATGAGTTTGTTCTCATTTCTGATGTCCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGTGCCACAGGTTGAGCAAGAGTCTACTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTTAAAGTTAAACCATCTACATGTGAAAAACCCAATTTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGATTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAACGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGAGGCGTTGCGAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTTGAATACTGCGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAGCAAAGACTTGTTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGCAACTTGCGTGAGAAGCTCGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTCTTTAATTATGTTGTGCCAGTTCTCTCGTCAGGGATCTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTAATGGTTGCGACATACGCGTCCTCTTGTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCGCTTATTTTGATGCAACTTGCAAGCAGAAGACACTTTATCTTACGGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCCGTTGTTGTAAAACCTGGTGACTCATTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATCCTCTTCGTTCCTACTACTGACAAGACTGTTCTTGATTATTATGGTTTAGATGCTCAAAAGTATGTAATATATTTGCAGACTCTTGCGCAGAAATGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTATTATATTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGCAGTAGTACTCCTTCGAGCTGCCAAAATAAAGTTTAGGGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAGTTCTTGGGTGGAGATCCCACGGATTTTGTGGCCTGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTTCAGATGCCAATTGGCTTTTGGCTAATTTGGCAGAACATTTTGATGCAGACTATACGAACGCACTTCTTAAGAAGCGTGTGTCTTGTAACTGCGGTGTAAAGAGTTATGAACTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAGCCAGTAAGGGCACCTAACCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAACTTGTGGTGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCCTTACCATACTTATTGCTCTTTGCTACTGATGGTCCTGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGATCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCGTAGGTAAGACTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCTTACATTACAGCAATGTATATGCGCTTTTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTCTACCTGTCGTTAAACAGAGTAAGGGTAAAACTAAGGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAACCTTGCTACTAGTTCCAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTAGCTTTGAACAGTGGTATGACAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGACAATTTTGATGGATATGTGTCATTTACAACAAAGGAGGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAGGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCTAAGGATGGTTTTACTTATAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAAGCACCGGTTTACTACCCAGTTTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCGATATGGGTGGAAGGTAACGCTAATTTCGTTGTTGGGCATCCAAATTATTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAGTGCTGAGAGCTTTGTTAAAATAGGTGAAAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGCGGTGTAGAACATCTTAATAAACCTAATCTTGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTAT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKSTSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSALFQIVKQQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSRIFATLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVLRGMRNDLTLLDQKADIPVEPEGWSAILEGHLCYVFRSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSLSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSLTLAKAATIADVLKLFQSARVKVEDVWSSSTEKSFEFWKIAYGKVRNLEEFVKTHFCKAQMSIVILAAVLGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKIVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLEAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIIRDGDEIWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCDDVTLPENQPGHMVQIKGDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETTVKEIPQPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFSEAPEPPPFENFALVDKHGNDLDCIKSCHLILRDYESDDDIEEEDAEDCDTDTRDAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQESTQVILEKSVEDSTGSCGAMAERAVVEEQDVVSVFGDKSDVVVYTPADLEVVKETAEEVDEFVLISDVPKEEVVSQEKEVPQVEQESTQVVKPQREKKAKKFKVKPSTCEKPNFLEYKTCVGDLTVVIAKALDDFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKNVLVDGVFNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFNGCDIRVLLFSLSQEHIAYFDATCKQKTLYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLSQFGQVFAKNKAVFTADDVEDKEILFVPTTDKTVLDYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFIILEWRDGNCWVSSAVVLLRAAKIKFRGFLAEAWAKFLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEHFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSTDEVIEASLPYLLLFATDGPAAVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAVGKTFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYMRFSLKSENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTSFEQWYDSNIYESLKVQETPDNFDGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVEGNANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWESAESFVKIGEKVDGVTMGLCGVEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKIGGGVVRNATDRIKGLFGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFIKASAKGLVVSYKSVLCKVVFATLLIVWFIYTSNPVMFTGIRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCADDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQIYKAASSGIVFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVVICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTNFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDVTCGVCKRVARSNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDDYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAYAYHVVDEACLVDDFVNLKYKAAIPGKDNASFAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSSHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYDKLVVEPVSKSVVDKVCNILSNIISVDTAALNYKAGTLRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVVPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLTKLSDGCLKYLISATVKSGCRFFITKSGAKQVISCHTQKLLVEKKAGGITGGAFNWFKSCCKWLVIFYVLFTLCCLGCYHMETNNNFIHPMYDINATMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDTCFSNKFANFDAFWGKPYENSRDCPIVTAIIDGAGTVAAGVPGFVDWVMDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIVTEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFSIITPHRVYFQPNGVRLVVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFIGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFIIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAVILLVLYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPMWLACCYLGFVIYMYTPLVVWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFETYLSAYARLKYYSGTGNEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVENCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLNLANNYEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFLQPKWLESTTVSIEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAVTKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSIVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLLVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWVNKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKINPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLTDSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPFVQSVAGASDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 675 Identity=94.69%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3952
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
402.892339999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00665
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1 - 1726
TMhelix
1727 - 1746
inside
1747 - 1752
TMhelix
1753 - 1775
outside
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TMhelix
1832 - 1854
inside
1855 - 1860
TMhelix
1861 - 1883
outside
1884 - 1887
TMhelix
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inside
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TMhelix
2284 - 2303
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
2583 - 2586
TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
2639 - 2652
TMhelix
2653 - 2675
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
3258 - 3280
inside
3281 - 3299
TMhelix
3300 - 3322
outside
3323 - 3952
