Strain
Feline_HQ012369
(Region: Netherlands; Strain: Feline coronavirus UU21, complete genome.; Date: 11-Sep-07)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGCTGCAGGAAGTTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGCCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCATTACCGAACCTTCCGTCATGCTGCAAGGCTTCATCGTTAGAGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAGGTCGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGCGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGGACGTCATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAGAAACCGTTATGTCAACAGACTCTCCTCACAATTCGGGAAATCCAATACAACCTGGACATCCCGCATAAGTTGCCAAATTGTGCTACCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTTGTTCTATCTGAAGAGTATCGAAAACTTTATGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGCAATGGAGACAGTCTTAATAAGTGTTTTGCTAGTCTCCATTTCATCGCTGCCACTCTTAAGTGTCCTTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGCGTTGGTGATTGGACTGGATTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAGAGGTGTCACATTGGGTGCTGTTAAGCCTGGTGATGCTGTTATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTTGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACAGATTTCGAAGGCGGATTGAACGACTTCATTAAACCTGAGAGTACTTCACCTGTCTCATGCTCTATTAAGAGAGCTTTTATTACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGACTGTATCATCACGGGAAAGTTAGATCTTAGTACTAACCTATTTGGTAGTGCTAACCTGCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTTCAAAAGTGTGGTGAGATTTTTGCAGATGCTTGGAAAGTTGTTGAGGAACTTCTTTGTTCGCTCAAACTTACATACAAGCAGATTTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACTTCTGCTTTCACTATTATGGACTACAAACCCGTTTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGAACCTCGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAGGCTTTCGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGCTTTGTGCTTGGCTCTAAATACCTTCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGCGGCAGAAGGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCTACTAATTTGATTGGTGCTACTGTCAATGTGACACCACAAAGGACTGAAGCTGCCAATATTAGTTTGAATAAAGTAGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCACATTGTCATCATTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGACGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCAACCCGAGTGCCATCTTATAACATTGTTTATGATGTGGACGATGACACCAGGAGTAAGATGGTGGTCAAAATTGGAACATCATTTGACTTTGATGGTGAACTCAATGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTGTTGAGTTTAGACAAGAAAAGCTTTGTTTCAGAGCACTTAGGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATACCTTAAGAAGTACAAAATGCCAATTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTGTGGGACATCATAAGGCGTGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGAGGATGTCAAGGATGTAAAAATTCAGGCCATTAAAAACATTCTTTGTCCTGACCTTCTACTTGAATTGGACTTTGGCGCAATCTGGTATAGGTGCATGCCAACCTGCTCTGACACCTCTATTTTAGGTAATGTTAAAATTATGTTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGCGATGGTGGTCACAACCTTGCTAACCGTTTAACAATTAATTATAACAAACTTTGTGACACAGCTCGTAAAGATGTTGAAATTGGTGGTCTACCATTTTCAACATTTAAAACACCATCTAACAGTTTTATTGACATGAAAGATGCTATTTACTCCGTAGTTGAATACGGCGAGGCATTTTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAATTAATAGCGGTACTGTCAAAAATGATGACTGGTCAGATCCTATTTTGTTGGAGCCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAAACAATGGTGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTTTATAAGGATGAAGATGACCATTTCTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAAATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTCAGACAATGTCAATGTCAAGGAGATAAAACCTGTTACACGCGTCAAGCTAGAGTTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAAGTTCTTGAACAAGTCATTGGCACTAAATATAAGTTTACAGGTACAACTTGGGAAGAATTTGAAGATTCCATTTCAGAGGAACTTGATAACATCTTCGACACGCTTGCCGAAAAGGGTGTGGAACTTGAAGGCTACTTCATTTATGACACCTGTGGTGGGTTTGACATTAATAATCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTACGATCTTAACACAGCCGTTGATGTCAAAAGCGACTCTGATGCAAGCACGGACGATATCTCTTCGATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAAGAGAGTGTCTCAACTGTTGATGTTGAAGATGTTTCATCTGTTGAAGAGGCAACTGTAGCAGTTGCAAATGATGATTCTGTCGAACAAGTTACCCTTGTAGAGGATAACCCTGATGAGCAACTTACCTCAGCAGAGGAAAAAGTTGAGATCTCTGCTAAGAATGATCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGTCCCCTTTTAAGACGACAGATCTTAATGGTAAAATCATCCTTAAACAACAGGACAATAATTGTTGGGTGAATGCTTGCTGTTACCAGCTGCAAGCTTTTGATTTCTTTAATCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGGTGATGTTATGCCTTTTGTGAATTTCTGTTATGCAGCTCTGACTTTGAAGCAAGGAGATTCAGGGGATGCAGAATATCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACGGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTATTTAAGCTCACACCTCTTAAGAATGAGTTTAAATATGGCGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATCAACATGTGCAAGTTTGCCAGTGTTGAAGGTTCCGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAGCAAACACCTGAGTCACAATTTATTGTGCCACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGATTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCACTCATGATTATTGTGTGGATGGTACGGGAATTAAACCTCGTAAATATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATATAATGACAGCTGAATCTAAAACTATGGTTAAACTACCTGTGCCCGTAAAGGATAAGGGAATAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTCATATTACCCTTTTATACAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAGGGTGCTTTGGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGATGTTGTTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAGCACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAATGCGTTCTAAAGAATACCTTAAATCTAACAAACCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTTCTTTTTGAAAACATACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTCGAGTTGAGGGTAAACTTTGTAATGTCTACAAAGCAATTGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTCTCATTGCAGTGTTTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAACTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCCGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTTACTAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCCGGTGAAAAAGTTGTTAAGGCACTGGATGTTGATTGGACTGCTTACTATGGCTTTCCAAATGCAGCGGCTTTTAGCGCCAGTTCACATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAGCACATAACAACTTTATTGTTCATAAGCAAACTGATAACAATTGTTGGGTTAATGCTATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAGCCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGATTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTCGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGGCAAGTGATAGTGCTGTCACTGTCACACATACAAC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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEVKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLITEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKVARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCATREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFASLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVRGVTLGAVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGGLNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGEIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKNLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSDEYYFMMASPDSVLVNNVFKATRVPSYNIVYDVDDDTRSKMVVKIGTSFDFDGELNAAIAKVNDLLVEFRQEKLCFRALRDGENILVEAYLKKYKMPICLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDVKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDTSILGNVKIMLGNGVKVICDGGHNLANRLTINYNKLCDTARKDVEIGGLPFSTFKTPSNSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVINSGTVKNDDWSDPILLEPADYVEPKNNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVKEIKPVTRVKLEFEFDNEVVTQVLEQVIGTKYKFTGTTWEEFEDSISEELDNIFDTLAEKGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAVDVKSDSDASTDDISSISDNEDVEQIEEESVSTVDVEDVSSVEEATVAVANDDSVEQVTLVEDNPDEQLTSAEEKVEISAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLSPFKTTDLNGKIILKQQDNNCWVNACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKGDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTPESQFIVPPTMHAVYTGTTQIGHYMIEDCTHDYCVDGTGIKPRKYKFYTSTLFLNANIMTAESKTMVKLPVPVKDKGIEECQSPKDLILPFYTAGKVSFYQGALDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHMGGVAKAIDVFTGGKLTMRSKEYLKSNKPIAPGNAVLFENILEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERTTIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWTAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFDVVAHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMASDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVCGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDAIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNHNGLMVDAEKAYHFERNLLQVTTAIASNFVVKASKIETLPKNQVKEPSKTCVFSEAEETPKNIVREPKLLAIESGADYTISTLGKYADVFFXTGDKILRLLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDISAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPLVHKLTCSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVMQLSYFTFLAVFGNNYVRFVLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVINFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFXCSNPSCKTCSKVARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRLYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKLVNSELLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSDCKNLEECYKLCNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSTLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSSKSGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFVTIYGLFSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKDSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECIESQAGFCFGGDNWFVYDKDFGDGYICGSSALGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAITYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYINMAPWYVLVLYILVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWIGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPAHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGILYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAVTTLLSAILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDLTYYESLQVLVENINTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWNEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFIKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIARSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFSMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKIRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSLTCERTTKLQNNEILPGKLKERAVKASATIDGDACGSGKALMASESGKSFLYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSSLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGVIAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKCWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGLGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFDCYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNIIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKAIQRKMYDNCYRSSSIDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPEGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQSAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSDWTNVDDYRLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLAPGMIFVLTSHNVSPLKANILVNQEKYNTISKLYPTFNIAEAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYMGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCIMCDRKMYDNLDFYELKDSKIGLQAKPEICGLFKDCSKNDQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDESDCEFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNMFVQAGFTIWCPQNFDTYMLWQGFVNIKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVVADKVMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYEADCPFSNFTKQVCAYTDLDGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFFSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLSLGGSVAIKITEFSWNKSLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYSDKVVVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1125 Identity=58.41%
Cov(Q)=13.94% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6695
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
426.045879999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00046
Total prob of N-in:
0.00041
outside
1 - 1899
TMhelix
1900 - 1922
inside
1923 - 2002
TMhelix
2003 - 2025
outside
2026 - 2039
TMhelix
2040 - 2062
inside
2063 - 2411
TMhelix
2412 - 2434
outside
2435 - 2506
TMhelix
2507 - 2529
inside
2530 - 2669
TMhelix
2670 - 2692
outside
2693 - 2701
TMhelix
2702 - 2724
inside
2725 - 2730
TMhelix
2731 - 2753
outside
2754 - 2756
TMhelix
2757 - 2779
inside
2780 - 3196
TMhelix
3197 - 3219
outside
3220 - 3223
TMhelix
3224 - 3246
inside
3247 - 3252
TMhelix
3253 - 3275
outside
3276 - 3294
TMhelix
3295 - 3317
inside
3318 - 3323
TMhelix
3324 - 3346
outside
3347 - 3372
TMhelix
3373 - 3391
inside
3392 - 3403
TMhelix
3404 - 3426
outside
3427 - 6695
