Strain
Avian_JF951373
(Region: China: Sichuan; Strain: Infectious bronchitis virus isolate SCDY-2 spike glycoprotein 1 mRNA; Date: 2010)
Gene
spike glycoprotein 1
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein 1
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGTGAAGTCACTGTTTTTAGCGACTCTTTTGTTTGCACTATCTAGTGCTACTTTGTATGATAATGATACGTACGTTTACTACTACCAGAGCGCCTTCAGACCGTCTAGTGGTTGGCATTTACATGGTGGCGCTTATGCAGTAGTAAATGTTTCTTCACAAACTAACAATGCAGGTATAGCTTCAGAATGCACTGTTGGTATTATTAGTGGTGATACAGTTGTTAATGCCTCTTCTATAGCTATGACAGCACCTGTAGGTCAAGGTATGCAGTGGTCTAAGTTACAATTTTGTACTGCACACTGCAATTTTTCTGATTTTACAGTGTTTGTTACACATTGCTATGCCTCGGGCAGCGGTAAATGTCCTTTAACGGGCCTTATTCCACAAGGTCATATTCGTATTTCTGCTATGCGGAATCATACTTTATTCTATAATTTAACAGTTAGTGTATCTAATTACCCTACTTTTAAATCTTTGCAATGCGTTGATAATTTCACATCTGTTTACTTAAATGGTGACCTTGTCTTCACTTCTAATCAGACTACAGACGTTATAAGTGCAGGTGTGTACTTTAAATCAGGTGGGCCTATAACCTATAAAGTTATGAAGGAATTTAAGGTTTTGGCTTATTTTGTTAATGGTACTGCACAAGATGTTATTTTGTGTGATGACACACCTAGAGGTTTGCTAGCATGTCAATATAATACTGGCAATTTCTCAGATGGTTTTTATCCTTTTACTAATAGTAGCTTAGTTAAGCAAAGGTTTGTTGTTTATCGTGAGAATAGTGTTAATACCACTCTTACTTTAACCAATTACACCTTTCATAATGAGACTACTGCTCAGCCTAATTCAGGTGGTGTTCATACTATCTCAACTTATCAAACACAAACTGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTATCATTTCTGAGTAGTTTTGTGTATAAAGCTTCTGATTATATGTATGGGTCCTACCACCCACGATGTAGTTTTAGACCAGAAACTATTAATAATGGCTTGTGGTTTAATTCACTGTCAGTCTCATTAGCTTATGGCCCCCTTCAAGGTGGGTGTAAGCAATCAGTTTTTCAAGGCAGAGCTACTTGTTGTTATGCGTATTCCTATAACGGACCACGTATGTGTAAAGGTGTTTATAGTGGTCAGTTATTACAAGATTTTGAATGTGGACTGTTGGTTTATGTTACTAAGAGTGATGGCTCTCGTATACAAACAGCCACAAAACCACCGGTCATAACTCAACACAATTATAATAATATTACTTTAAATACTTGTGTTGAGTACAATATATATGGCAGAGTTGGTCAGGGCTTTATTACTAATGTAACTGACTCCGCAGCTAGCTATAATTACTTAGCAGATGCTGGATTGGCAATTTTAGATACTTCAGGTGCCATAGACACTTTCTTTGTACAAGGTGCATATGGTCCCAATTATTATAAGGTTAACCCTTGTGAAGATGTTAACCAGCAGTTTGTAGTGTCAGGCGGTAAGTTAGTAGGCATTCTGACTTCTCGTAATGAAACTGGTTCTCAGCCTCTTGAAAATCAGTTTTATATTAAGTTAACTAATGGAAGCCGTCGTTTTAGACGT
Protein
MLVKSLFLATLLFALSSATLYDNDTYVYYYQSAFRPSSGWHLHGGAYAVVNVSSQTNNAGIASECTVGIISGDTVVNASSIAMTAPVGQGMQWSKLQFCTAHCNFSDFTVFVTHCYASGSGKCPLTGLIPQGHIRISAMRNHTLFYNLTVSVSNYPTFKSLQCVDNFTSVYLNGDLVFTSNQTTDVISAGVYFKSGGPITYKVMKEFKVLAYFVNGTAQDVILCDDTPRGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSSLVKQRFVVYRENSVNTTLTLTNYTFHNETTAQPNSGGVHTISTYQTQTAQSGYYNFNLSFLSSFVYKASDYMYGSYHPRCSFRPETINNGLWFNSLSVSLAYGPLQGGCKQSVFQGRATCCYAYSYNGPRMCKGVYSGQLLQDFECGLLVYVTKSDGSRIQTATKPPVITQHNYNNITLNTCVEYNIYGRVGQGFITNVTDSAASYNYLADAGLAILDTSGAIDTFFVQGAYGPNYYKVNPCEDVNQQFVVSGGKLVGILTSRNETGSQPLENQFYIKLTNGSRRFRR
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score= 855 Identity=80.91%
Cov(Q)=94.07% Cov(P)=45.97%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Topology
Length:
540
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
0.963419999999997
Exp number, first 60 AAs:
0.92214
Total prob of N-in:
0.04484
outside
1 - 540
