Strain
Feline_JN183883
(Region: Netherlands: Utrecht; Strain: Feline coronavirus UU54, complete genome.; Date: 12-Mar-10)
Gene
polyprotein orf1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein orf1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGCGACGTGTTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTCATTGTTAGAGCTAATTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATCGCCCGTACTGGAAACGGTGCCATATATGTGGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAGCCAGTTATCGAAGGTGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGTGAGGAGTACCATTGCGCATGGATAACTGTGCGTGATGAAAAGCCTTTGTGTCAGCAAACTCTCCTCACAATTAGGGAGATCCAATACAATCTGGATATCCCGCATAAGTTGCCAAACTGTGCTATAAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAACTCTATGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGCAATGGAGACAGTCTTAACAAGTGTTTCGACAGCCTTCATTTCATTGCTGCCACTCTTAAGTGTCCCTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAGGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGTATGAGTGCTGGCAAAGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTCGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAATGACTTCATTAAACCAGAGGGTACTTCGCCCGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCAAACCTGCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCGATCTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACTTCTGCATTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTGGTTACATCTAATAGTGTCAAGGACCTAGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAGGCATTTGATGTCTTCACACAGACAATTACAATAGCAGGTGTAGAGGCCAAGTACTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAACAATGCACTTGTTAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGGCAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCTACTAATTTGATTGGTGCGACTGTTAACGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGCTTGAATAAGGTAGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCATTATTGGCGATATGGCTTTCTATAAGAGTGGTGAATACTATTTCATGATGGCAAGTCCTGACTCAGTCCTTGTTAACAACGTTTTTAAAGCAGCACGAGTGCCGTCTTACAACATCAATTATGATGTTGATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTAGTTAAAATTGGAACATCATTTGATTTTGATGGTGATCTCGATGCTGCTATTGTTAAGGTTAATGACTTACTTGTTGAGTTTAGGCAAGAAAAGGTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGGAAACATTTTAGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTCGGTTTATGGGACATTATAAGACGAGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACCTTTAATCAACTTAATGAGTTGGAAGATGTCAAGGATACAAAGATACAGACTATTAAGAATATTCTTTGTCCTGACCTTCTACTAGAATTGGACTTTGGTGCTATCTGGTATAGATGTATGCCTACATGTTCTGACACATCGGCCTTAAGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAGGTGGTTTGTGATGGCTGTCACAGCCTGGCTAACCGTCTAACAGTTAATTACAGCAGACTTTGCGACACAGCTCGTAAGGATGTTGAGATAGGCGGTATACCATTTACCACCTTTAAAACACCATCTAATAGCTTTATTGATATGAAGGATGCCATTTATTCCGTAGTTGAATATGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCACTGTCACAAATGACGACTGGTCAGACCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATAGTCATTGCAGGATACACCTTTTACAGGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCATTTGCAGATAGTGTCAATGTTAAAGAGATACAACCCGTTACACGTGTCAGGCTAGAGTTTGAGTTTGACAATGAAGTGGTAACACAAGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACTAAATATAAGTTTACAGGTACAACTTGGGAAGAGTTTGAAGACTCTATCTCTGAGGAACTTGACAAAATCTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTATTTCATTTATGACACCTGTGGTGGCTTTGACATTAATAATCCTGATGGTGTTATGATCTCACAGTACGATCTTAACACAGCTGCTGATGAACAAAGTGACTCTGATTCAAGCGTGGATAACATCTCTCTGCCTTCTGACAATGAAGATGTTGAACAAATTGAAGGAAATGAGTCTTCGACTGCTGAGGAAGAAACTGTGTCAGTTATCGATGTTGAAAACCTTGTTGAACAAGTTTCTCTCGTAGAAGAAAATAGTGTTGCAGACCCTGACGATCAGACCCTCTCAGTAGAGGAAAAAGTTGAAGTCACTGCTAAAAACGACCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACATAAACCGTCCTTGACACCATTCAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGCTGCTATCAATTGCAAGCCTTTGACTTCTTTAATCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGAGGATGTTATGCCTTTTGTAAACTTTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAACAGGGTGATTCAGGGGACGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGCACAGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGTGACTGTGGTATTAAAGAGATAGTTTTGGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAAGATTGAGTTTAAATATGGTATCTGTGGTGATTGTAAACAGATTAATATGTGTAAGTTTGCTAGTGTGGAAGGTTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAATGCCTGAGTCAAAATTTATTGTGAAACCTATTATGCATGCTGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTACATGATTGAAGATTGTATTAACGATTACTGTGTGGATGGTATGGGCCTTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGAATCTAAAACTATGGTTGAAACATCTATGCCCTCAAAGGATAAGTGCGTAGAAGATTGTCAAAGTCCTAAAGAGCTTATACTACCCTTTTACACGGCGGGAAAAGTCTCATTCTACCAAGGAGATTTAGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGATGTCGTTGTTAATGCTGCAAATGGTGATCTTAAGCACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAGGAATACCTTAAATCCAACAAAGCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGGATTGAAGGTAAACTCTGTAATGTCTACAAAGCAATCGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTCTCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTTACAGATAGAGAGTTAAATGTTTTTGTTTACACTGATCAAGAGAGAGTTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACAGAGGATAATGTGAATCAAAAGCGTGTGTCCGTAGCACTTGATAAAACTTACGGTGAGCAACTTAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGACAAAGATGTCACCAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGACGTCGGTGAAAAAGTTGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTACTATGGCTTTCCTAATGCAGCAGCTTTTAGCGCTAGTTCTCATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAACTTGTTTAGCATTACAAAGACTCAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGCTTGTGGGATGCTTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTCTATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCCGAGTTGACTTTGCATAAGCTTGGGGAGTTGATGTTGAGTGATAGCACAGTGACTATCACACATACAACTGTATGTGA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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWITVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVRTTDFEGELNDFIKPEGTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVTSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKYFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSGEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNINYDVDDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIVKVNDLLVEFRQEKVCFRALKDGGNILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNQLNELEDVKDTKIQTIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDTSALSNVKIMLGNGVKVVCDGCHSLANRLTVNYSRLCDTARKDVEIGGIPFTTFKTPSNSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVTNDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYRDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFADSVNVKEIQPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDSISEELDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAADEQSDSDSSVDNISLPSDNEDVEQIEGNESSTAEEETVSVIDVENLVEQVSLVEENSVADPDDQTLSVEEKVEVTAKNDPWAAAVDEQEAEQHKPSLTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKEDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCDCGIKEIVLERTVFKLTPLKIEFKYGICGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQMPESKFIVKPIMHAVYTGTTQSGHYMIEDCINDYCVDGMGLKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAESKTMVETSMPSKDKCVEDCQSPKELILPFYTAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKAIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRIEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGLFKVKLEVSLQCLLKTVTDRELNVFVYTDQERVTIENFFNGTIPVKVTEDNVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKALDVDWNAYYGFPNAAAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNATCLALQRLKPTWKFPGVKSLWDAFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMLSDSTVTITHTTVCDKCAKTETFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKHLLQVTTAIASNFCSNIPKTDISPKNQVKEQSTTRVFSEVEETPKTIVREPKMLAIESGVDYTITTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHAFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLVCSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFTFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKLKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSSLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFNVLKQLKQIFWCIVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFATWFKAKYGFAPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGKSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFNSACTTLAGIGGTIVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSAIGFLKNVFALFNSNMSVIATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIANDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLDGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGCSVERLLECIARLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQGGKVKSLFYPVMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVGVVLAITTLISVLLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDLTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKIRQENNVHYAGAIWSIIEVKDANGSQVHLKEITAANELNITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEVPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKKGVQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVEANTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRYKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQNYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 613 Identity=97.02%
Cov(Q)=7.50% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4025
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
429.060049999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00033
Total prob of N-in:
0.00032
outside
1 - 1896
TMhelix
1897 - 1919
inside
1920 - 1999
TMhelix
2000 - 2022
outside
2023 - 2036
TMhelix
2037 - 2059
inside
2060 - 2408
TMhelix
2409 - 2431
outside
2432 - 2503
TMhelix
2504 - 2526
inside
2527 - 2546
TMhelix
2547 - 2566
outside
2567 - 2669
TMhelix
2670 - 2692
inside
2693 - 2704
TMhelix
2705 - 2739
outside
2740 - 2753
TMhelix
2754 - 2776
inside
2777 - 3193
TMhelix
3194 - 3216
outside
3217 - 3220
TMhelix
3221 - 3243
inside
3244 - 3249
TMhelix
3250 - 3272
outside
3273 - 3291
TMhelix
3292 - 3314
inside
3315 - 3320
TMhelix
3321 - 3343
outside
3344 - 3369
TMhelix
3370 - 3388
inside
3389 - 3400
TMhelix
3401 - 3423
outside
3424 - 4025
