Strain
Porcine_JN547228
(Region: China; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain CH/S, complete genome.; Date: 1986)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCATTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACATTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCAATACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGTCCCAGAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTAACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGGATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTATTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACCGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATCAGGAAGACTGTTGTTTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTTCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACCTGCTGTGGCTTTAAGTGCAAGCCAGTCCTTGTGGCCTCATGTTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACACGCGCTGGTGCTGGCATTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGACCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCCTTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCGCTTGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAACCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAATCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTTATCGCCGAAGTGCCAGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAGACCTTTAACAAGGTTGGCTCCTATGTTCTTTTTGATAATGCATTGGTTAAGCTTGTTAAGGCAAAAGTTCGCGTCCCACGTCAGGCAGGTATTTGTGAAGTTCGTTACGCAAGCCTGGTTATTGGGAGTACTACCAATGTTGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGATGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACATTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGATCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTGGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACATTTCACAGCACCAAGTTATGTGGAGGATGCTGTTAATTTTGTAGACCTTTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGAGTTCGTAACCAATTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATTCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTGGATGGCATTCTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTTTTGGCAGAAATGTATAATACTTATCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGTTACTGGCCGGTGTTAGTTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCGGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGCCTTCCAGATTCCTGTCCAGTCAGGCATTGAGAAGTTTAAAGTCTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTCGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCTACCGATGGCCATTGTGTTGTGCCTATCTGTTTTATAAAGAAAGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGATGATGTTGTTGAGTATATCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAGGATCATATTGAAGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAACCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAGTGATGACACGCTCTCACAGGACCTGCTTGATGTGGAAGTTGTTACGGATGCACCAATTGATTCCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGAACCTGAGAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAACCTGAGGATGATGGTCTTAATGTGGCTCCTGAAATAAATGTAGGGTCTGAGGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACATCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGTAAGCTATGGAGGACTTAAAGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATTTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTTTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAATCGTTTCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGCATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGCCGAGATACTACTGCTATCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACCAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACCATTTGTGTTAAAGACGTGAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCTGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCGTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCATGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCAAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTTCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGAGGCGCTTGTTGATACTATTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCCTTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGAAAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTCACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACAC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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAISGFMQCRFVSFDLADIVEGLLPEDYVMVVVGNTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFANSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIRKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGIGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSLATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRVPRQAGICEVRYASLVIGSTTNVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADIVIEHPVYKSACDLKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHFTAPSYVEDAVNFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQEFVTNCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHLKVSFGLDGILVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLLLAGVSFKYYATSVPKIVLGGCFHSVKSVLASAFQIPVQSGIEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGHCVVPICFIKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIEVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLSDDTLSQDLLDVEVVTDAPIDSEGDEVDSSEPEKVADVANSEPEDDGLNVAPEINVGSEVEEVAATLSFIKDTSSTVTKDPFAFDFVSYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLESFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTAISLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLSCVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKEALVDTIPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDANYEKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDATLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWHTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGFNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHDTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGVILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGSPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNILGVFLGLQQSIWFLQFVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFFGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNANQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAAFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTISTKAMTYCRVGQCVQSAQGVCFGANRFFVYNAKSGSDFVCGTRFFTLLMNVISVFSKTGPVTVLSGQILYNCIMAFAAVAVCFLYTMIRRMFGDMSVAAVTVCACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISAEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGAAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVSAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLMMFTLKHKTLFFQVFLIPAMIVTSCINLPFDVEFYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGIYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAVAEHDFFTWKDGRAIYGIVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEDIHRVYALLGTIVARAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGIPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKTALFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKGDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYPIIGKERARTVGGVSLLSTMTTRQFHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKILIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTTVDDQFVVEYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVT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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014822
NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR042515 Nsp15_N
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1163 Identity=59.31%
Cov(Q)=13.78% Cov(P)=97.80%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6780
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
404.946539999994
Exp number, first 60 AAs:
0.02463
Total prob of N-in:
0.00164
outside
1 - 1962
TMhelix
1963 - 1982
inside
1983 - 2019
TMhelix
2020 - 2042
outside
2043 - 2102
TMhelix
2103 - 2125
inside
2126 - 2129
TMhelix
2130 - 2152
outside
2153 - 2164
TMhelix
2165 - 2184
inside
2185 - 2527
TMhelix
2528 - 2550
outside
2551 - 2622
TMhelix
2623 - 2645
inside
2646 - 2757
TMhelix
2758 - 2775
outside
2776 - 2784
TMhelix
2785 - 2807
inside
2808 - 2827
TMhelix
2828 - 2850
outside
2851 - 2864
TMhelix
2865 - 2887
inside
2888 - 3309
TMhelix
3310 - 3327
outside
3328 - 3336
TMhelix
3337 - 3354
inside
3355 - 3360
TMhelix
3361 - 3383
outside
3384 - 3397
TMhelix
3398 - 3420
inside
3421 - 3426
TMhelix
3427 - 3449
outside
3450 - 3463
TMhelix
3464 - 3486
inside
3487 - 3497
TMhelix
3498 - 3520
outside
3521 - 6780
