Strain
Avian_JQ065049
(Region: China: Hong Kong; Strain: Common-moorhen coronavirus HKU21 strain HKU21-8295, complete genome.; Date: 2007)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCAGCGATTTGTATTAACTATTTTATTTGTTAACTGTGTTTATGCAAGTTTTGCAGACACAATATTAGATACTTTGACTTTTCCTGGATTTTCCAGTAAAGTTTTTAAGAGACCTAAAAGGCTTGCACGTGTTGCTAGACAAATGCAAGAACTTACGGATCAGATTATTTTAGATAATAATTTAACCCGTAATTTTCACGTTACTAATCAGGGCAATATATATGGTGGTTCGTATCTATTGTCCTATATTACTAATAATTCATATCCTATTTTTGGGGTTTACCGTTCATATCAACCTTTGTTGGTTAGATGTGTTTTTTCCTTTTCTATGAATGGTAATATTACAGGCAATGGTAAAGATTGGGTTTACACTTTTAACCCGTCTACTACCAATGGTAACTGTAATTCCCCTTTACAGAATAAATATAATGGCACAGTTGATGCCATTAGGTTTGTTACTAATTTTTCAGCTTTTTCTTCTGAAATTACATCTTTTATTTTTAGAGGTGAACATGAAGTTTCTTTTTCATGTAGTAACACCTCTAATGTAACTGCACATGAACATTTACTTATTGTAAATGCAACAACTTTTAAGTCTAATAGTAATATTTTATATTGTTATTTTACTTCCAATTTTAATGGTACATTATCTTCTTTTTATGTAGGTCCATTTCCACCTAATATTGCGGATGTTACGATTTTTAGATCAGGCAACATTTATGTTAATGGTTATTACCTAGGTTATATAGGAATGTCCATACATAATTTTTCAACACATCATGTAGGTTTAACTTATATGTCATCGTTGAGAGGTATTTTTACAGACCAAGTTGATGTACTTGTTAATATTAGTAATTCAGTAATTACCAATATAGTTTATTGTAATCATTCTTTGGTAAACCAAATTAAATGTCAAAGACATTTATTTGATTTACCAGATGGTTTTTATTCTTATTCATCAGTGTCGGATGTTTCGGTGCCTGAAACAGTTATATTATTACCTAAGGAAGTTACTTACTCTCGTGTTAAGTTAACAGCATTTGCTGAGGGTAATATTTTTGATGGTGTTAGTTTGTCTAGTCTTATACTCTCTGAGAATAAAACTAATTCTAACACCACTTTTAACGATACTATATGTGTTGACACCACCTATTTTAATTTTTATTTAAAATTTGCCTGTGGTGGTGGTTCTTTTCGATGTTCTTTATCTTGCAGATCAGCTGGTTGTCCCTTTGATCTACAAGGTTTAAACAACTATCTTTCTTTTGATCACATATGTTTTTCATTACTTAATAATGGTGGTTGCCCAATTCAGCTTTTAGCTTATTGGGGATCATCTTTTTCTCGTGTATTAGCTACAATTTATGTTAGCTATTCTCCTGGTACCAGAATTACTGGTTCTAAAGACTATCGTTCTGGTTTTATAGATCAATCTATAGTCACTTATAATGAGTGTACTAATTATAATATATATGGTATTACAGGCCAAGGTGTTATTACACAATCTGACCTTAGTTTACCATTTGGTTTATATTATACTTCTTATAATGGCGATTTAGTCGCTTTTAAGAATCTTACTAATTCTGTTATATACACTGTTATGCCTTGTCATCTTTCTAGACAAATAGTAGTGTATAATAATACGTATATTGGTACTATTGCTTCTCAAAACCATTCATCTAAGTTTGGTTTTGAAAGCTTGATATCTACTCCAACTTTTTATTATTATTCTAACAATACTAATTGTTCTAATCCTGTTCTCACTTATGGTGAGTTAGGTATCTGTTCAGATGGTGGTATCAAGCAAGTTTTATTGGAAACTGATGCACCACCATCTATTACACCAATGTTTGTTGGTAATATTAGTGTACCTACAAATTTTACTTTATCTGTTCAGAATGAATATTTTCAAATTCAGTCTGAGCAAGTTGTTATTGATTGTGGAAAGTACGTTTGCAATGGTAATTATCGTTGTTTACAGTTACTTTCTCAGTATACTTCAGCATGTTCTAACATTGAATCCACTCTTCATGGTGCTATTCAATTAGATAGTGTTGAAGTTTCTAATTTAATAACTACTTCAAAATCTGGCTTTAATTTAGCTAATATTTCTAATTTTCAGTCAGATTTTAATTTTACTATGTTATTAGCTGATCAACCTCGTACTTTTTCAGCTATAGAAGATTTACTTTTTAATAAAGTAGTAACTAATGGATTGGGTACAGTAGATCAAGATTATAAGAAATGTTCTAAGGGTCTTGCTGTTGCAGACCTTGCCTGTGCCCAATATTATAATGGTATTATGGTTTTACCTGGTGTTGTTGATGCCCAGAAATTAGCCATGTATACTGCTTCACTTACAGGTGGCATGGTTTTTGGTGGTGTAACAGCTGCTGCGGCCGTACCATTTTCTACAGCTGTTCAAGCTAGACTTAATTATGTGGCGCTACAAACAAATGTTTTGCAGGAGAATCAAAAGATCCTTGCAGAATCTTTTAATAGTGCTATATCTAATATTTCATTAGCATTAACTGGCATTACTAATGCTATTGAACAAACTTCTGAGTCTATTGTTACTATGGCTAATGCCATTAACAAAATTCAGACAGTTGTTAATGAACAAGGCGAGGCCCTTTCTCATTTAACAATTCAATTGTCTAATAATTTTCAAGCTATATCGAGTTCTATTCAAGATATTTATAATAGACTTAGTATAGTTGAAGCAGATCAACAAGTTGATAGACTTATTACTGGTCGATTGGCTGCTCTTAACGCTTATGTTACTCAGTTAATAAACCAGTTGTCTGTTATTAGGCAATCTCGTGAGCTTGCTAATCAGAAAATAAATGAGTGTGTTAAGTCACAGAGCCAGCGTTATGGTTTTTGTGGAAATGGTACACATTTATTTTCTATTACAACAGCTGCACCTAATGGTATTATGTTTATGCATGCAGTTTTAGTTCCTACTGCTTATCAAGAGGTTGAAGCTATAGCTGGTATTTGTGTAAATGGTACTAAAGCCTTTACTCTTCGTGAGCCTATGCTTGCTCTCTATAAATATGGAGGTGAGTATAGAATTACATCTAGACGTATGTATGAGCCTAGGCTTCCTACAATGTCTGATTTTATACCTATACAATCTTGTATAGTTCAGTATATTAATGTTACGCAGGAAGATTTACCCAGCATAATCCCTGATTATGTTGATGTAAATTCTACAGTAGATAGCATTATTAATAGTATTCCTAATGTTACTTATCCTGATTTAGATATTAGTATTTATAACCAAACAATACTAAACTTAACTCAGGAAATAACTGATTTACAGGGTAAAGCTAATAATTTATCAGAAATTGCTAAAGAATTGCAGCAATATATTGATAATTTAAATAATACTCTAGTAGACCTTGAGTGGCTTAATAGAGTTGAGACATATATTAAGTGGCCATGGTATATTTGGCTACTTATATTTTTATCCCTAGCAACCTTTGTTTGTATAGTTGTTACTATATTTTTATGCACTGGTTGCTGTGGTGGATGTTTTGGTTGTTTTGGTGGCTGTTGTGGCTTATTTCGTAAACATAAGTTTTATGAAGAAGATACAAAACAGACACCAGTCTTTTTCAAAGTTAAGGAATGGTAG
Protein
MQRFVLTILFVNCVYASFADTILDTLTFPGFSSKVFKRPKRLARVARQMQELTDQIILDNNLTRNFHVTNQGNIYGGSYLLSYITNNSYPIFGVYRSYQPLLVRCVFSFSMNGNITGNGKDWVYTFNPSTTNGNCNSPLQNKYNGTVDAIRFVTNFSAFSSEITSFIFRGEHEVSFSCSNTSNVTAHEHLLIVNATTFKSNSNILYCYFTSNFNGTLSSFYVGPFPPNIADVTIFRSGNIYVNGYYLGYIGMSIHNFSTHHVGLTYMSSLRGIFTDQVDVLVNISNSVITNIVYCNHSLVNQIKCQRHLFDLPDGFYSYSSVSDVSVPETVILLPKEVTYSRVKLTAFAEGNIFDGVSLSSLILSENKTNSNTTFNDTICVDTTYFNFYLKFACGGGSFRCSLSCRSAGCPFDLQGLNNYLSFDHICFSLLNNGGCPIQLLAYWGSSFSRVLATIYVSYSPGTRITGSKDYRSGFIDQSIVTYNECTNYNIYGITGQGVITQSDLSLPFGLYYTSYNGDLVAFKNLTNSVIYTVMPCHLSRQIVVYNNTYIGTIASQNHSSKFGFESLISTPTFYYYSNNTNCSNPVLTYGELGICSDGGIKQVLLETDAPPSITPMFVGNISVPTNFTLSVQNEYFQIQSEQVVIDCGKYVCNGNYRCLQLLSQYTSACSNIESTLHGAIQLDSVEVSNLITTSKSGFNLANISNFQSDFNFTMLLADQPRTFSAIEDLLFNKVVTNGLGTVDQDYKKCSKGLAVADLACAQYYNGIMVLPGVVDAQKLAMYTASLTGGMVFGGVTAAAAVPFSTAVQARLNYVALQTNVLQENQKILAESFNSAISNISLALTGITNAIEQTSESIVTMANAINKIQTVVNEQGEALSHLTIQLSNNFQAISSSIQDIYNRLSIVEADQQVDRLITGRLAALNAYVTQLINQLSVIRQSRELANQKINECVKSQSQRYGFCGNGTHLFSITTAAPNGIMFMHAVLVPTAYQEVEAIAGICVNGTKAFTLREPMLALYKYGGEYRITSRRMYEPRLPTMSDFIPIQSCIVQYINVTQEDLPSIIPDYVDVNSTVDSIINSIPNVTYPDLDISIYNQTILNLTQEITDLQGKANNLSEIAKELQQYIDNLNNTLVDLEWLNRVETYIKWPWYIWLLIFLSLATFVCIVVTIFLCTGCCGGCFGCFGGCCGLFRKHKFYEEDTKQTPVFFKVKEW
Summary
Uniprot
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
6B7N
E-value=0.0 Score= 953 Identity=47.76%
Cov(Q)=93.82% Cov(P)=102.89%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
1214
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
44.2239
Exp number, first 60 AAs:
5.53125
Total prob of N-in:
0.26329
outside
1 - 1150
TMhelix
1151 - 1173
inside
1174 - 1214
