Strain
Murine_JX169866
(Region: USA; Strain: Murine coronavirus strain JHM-WU-Dns2, complete genome.; Date: 14-Aug-47)
Gene
polyprotein ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCCTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCCGCCATAATCCGTGATATTTTTGTTGACGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCGACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGGTCAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTGTTCAGGCATGGGCTAAGTTGGGTGTGCTGCCTAAAACTCCGGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCTTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCGTTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCAACTTTTTACGGTCCAGCCCGATGGTGTATGCCTGGGTAACGGCCGTTTTATAGGCTGGKTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCATTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAGGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAGGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTCGAAGACTATGGCGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTCCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTAGATAATGAAGTTGTTGTGGCTTGGCATGTTGATCGTGACCCTCGAGCTGTGATGCGCCTGCAGACTCTGGCTACTGTACGTAGCATTGAGTATGTGGGCCAACCGATCGAGGATATGGTTGATGGGGATGTGGTGATGCGTGAACCCGCTCACCTCCTCGCGCCCAATGCCATTGTTAAAAGGCTTCCCCGTCTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCTTCCGTTACAGAGTTTTGTTATAAAACTAAGTTGTGTGATTGTGGTTTTATCACACAGTTTGGCTATGTTGATTGCTGTGGTGACACCTGTGGTTTTCGTGGGTGGGTTCCTGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGCCCTGGGTGTTGTAAAAGTTACATGCCTTGGGAGTTGGAAGCTCAATCATCGGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTTACGCAGAGCACTGACACAGTGAATCGTGAGTCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTGGTGCTGCGTATTGGAGTCCATATCCTGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATATTCCTATTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTCCAGGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTACATGGACTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGGGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTTAACAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAAAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGCCTTGTACCCCTTCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGTCAAGCTTTTACCTCATTGATGGTTAACTTTAGCCGAGAGGTAGTTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTAGCAGTGCGCTTTAAAGCGTTAGGCATTGCTGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGACTTAGCCGTGGACACTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGACATTTTTCAAGGTCTTGATCGACTCTATGTCGGTCTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTATGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTCTGCCTGCATATATTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTCTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCGTTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCTCTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCTGTGGTGGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTCCCCTGCGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTTAAGGAGGTACCCTCCACGCGGAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCATGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGGTGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTCTACTTGAAAGGGTGGTGGACGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGAAGAAGTTATTGCCTCCCGTATGTATTGTTCCTTCTCTGCTCCTGATGAAGACTGCGTTGCAACAGATGTTGTATATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGATCCTGTAGTCCTTGTCGCCGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGATTCGGCTGATTCGGAAATTTGTGTTGCGCACACTGGTGGTCAAGAAATGACTGAGCATGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGTGAGGCATGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGTCAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGATATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTAAGTGAGCTTCAAACCGAACTTAATGCGCCCGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCATATACTCAGAGACGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCAGCTATAGAGCGTACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGGGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGCGCCCAAGTCTATTATTCTTCCACAAGGTGGCTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTTTTCCTAAGCCAGTGTAGCTTCAAAGTTCATGCTAACTGGCGTTGTCTAAAGTGTGGCATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGACATACCTTACACATTGCATTTTGGAGTGCGAGATGACAAATTTTGTGCTTTTTACACGCCGAGAAAAGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTTGATGTTAATGATTGCCACTCTATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTTGTTACCAAATTTAATGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGTATGACATTTAGTATGTCTCCCTTTGAGATCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTTTGCGCAGAGTTGGTGCTGAAGTCATCGTCAACCCTGCTAATGGGCGCATGGCTCATGGTGCGGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAAGCAGCGGGCAAAGCTTTTATTAATGAGACTGCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGGATGCTATGAGTCTACCGGTGGTAAATTATGTAAGAAAGTGCTTAACATTGTAGGACCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACCACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTAACTTATCTACTTGGTGTAGTGACGAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAATAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCATTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTCTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTCAATAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGTCCGGGCGAGGTTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTGCTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTTGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTTTTTTGTGATGGTATAAATGTAACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTATAGTGGTCTGTC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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGKTLVNHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVEASTMMALQFGSAVLVKPSKRLSVQAWAKLGVLPKTPAMGLFKRFCLCNTRECVCDAHVAFQLFTVQPDGVCLGNGRFIGWXVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPRGKYSCKAYALLRGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELSPVWRDSLDNEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATVRSIEYVGQPIEDMVDGDVVMREPAHLLAPNAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCDCGFITQFGYVDCCGDTCGFRGWVPGNMMDGFPCPGCCKSYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNRESFKLYGHAVVPFGGAAYWSPYPGMWLPVIWSSVKSYSYLTYTGVVGCKAIVQETDAICRSLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSLMVNFSREVVDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKLAVRFKALGIAVVRKITEWFDLAVDTAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEVPELVKNFVDKFKTFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLPAYIMPVGCSEATCLVGEIEPAVFEDDVVDVVKAPLTYQGCCKPPSSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHGVIGTKVCALLERVVDDYVYLFDEGGEEVIASRMYCSFSAPDEDCVATDVVYADENQDDDADDPVVLVADTQEEDGVAKEQVDSADSEICVAHTGGQEMTEHDAVGSQTPIASAEETEVGEACDREGIAEVKATVCADALDACPDQVEAFDIEKVEDSILSELQTELNAPADKTYEDVLAFDAIYSETLSAFYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLGMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSAPKSIILPQGGYVADFAYFFLSQCSFKVHANWRCLKCGMELKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGKQIDGKVVTKFNGDKFDFMVGHGMTFSMSPFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVLRRVGAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKAFINETADMVKAQGVCQVGGCYESTGGKLCKKVLNIVGPDARGHGKQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSFQLAKNLCRDVKFVTNACSSLFSESCFVSSYDVLQEVEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGEVFVSSQGKKFGYVQNGSFKEASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSGLSAADLAAVKDAFGFDEPQLLQYYSMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLSLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSTDFIRVVLREADLSGATCDLEFICKCGVKQEQRKGVDAVMHFGTLDKSGLVKGYNIACTCGDKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGKKLPDDVVAANIFTGGSVGHYTHVKCKPKYQLYDACNVSKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTYYLDDVKCVAYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVEGVYTNFKLVGHDIAEKLNAKLGFDCNSPFMEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYSGGCVTFGKPVIWRGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDRRPVPSAVLVTGAASGADASAISTEPGTAKEQKACASDSVEDQIVMEAQKRSSVTTVAVKEVKLNGVKKPVKVEDSVVVNDPTSETKVVKSLSIVDVYDMFLTGCRYVVWTANELSRLINSPTVREYVKWGMSNLIIPANLLLLRDEKQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWFLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGPLPMFVGQIVAWVKTTFGVLTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDNYDAINVVQHVVDRRVSFDYISLFKLVVELVIGYSLYTVCFYPLFVLVGMQLLTTWLPEFFMLGTMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCNSWKPGNTFITHEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVIEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLNAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSRTMFDLYVDSLLSVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFVGCARRKCAIDSDVETKSITKSVMAAVNAGVEVTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQSNVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACVKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRVLQWLFVANLICFIVLWALMPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLVYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRYGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTEGVMHNASLYSSLVPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNSSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVQPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCITYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTDVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSDRMSLTVMSYQMQGSLLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVVMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAILNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLVCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLVAMVFVTMRSINHDVFSTMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDIPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPPLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVISANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNGFGVQV
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
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3D Structure
Ontologies
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4473
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
354.28717
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00055
outside
1 - 2227
TMhelix
2228 - 2246
inside
2247 - 2284
TMhelix
2285 - 2307
outside
2308 - 2321
TMhelix
2322 - 2344
inside
2345 - 2403
TMhelix
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outside
2427 - 2440
TMhelix
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inside
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TMhelix
2849 - 2871
outside
2872 - 3118
TMhelix
3119 - 3141
inside
3142 - 3152
TMhelix
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outside
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TMhelix
3211 - 3233
inside
3234 - 3649
TMhelix
3650 - 3672
outside
3673 - 3675
TMhelix
3676 - 3698
inside
3699 - 3702
TMhelix
3703 - 3725
outside
3726 - 3744
TMhelix
3745 - 3767
inside
3768 - 3773
TMhelix
3774 - 3795
outside
3796 - 3809
TMhelix
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inside
3833 - 3844
TMhelix
3845 - 3867
outside
3868 - 4473
