Strain
Avian_JX897900
(Region: China; Strain: UNVERIFIED: Infectious bronchitis virus isolate GX-NN09032, complete genome.; Date: 2009)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,
spike protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTTTAGTGACCATTTTGTGTGCACTATGTAGTGCAAATTTGTTTGATGCTGATAATAGTTATGTGTACTACTACCAGAGTGGATTTAGACCTCCTTTAGGTTGGCACCTTTATGGTGGTGCGTATGCAGTAGAACGGTTTTTTAATGAAACCAGCAATGCAGGCTCTGGTGACTGTACTGCTGGAGCCATTGTACATAGTTTAAATGTTAGTGCAAGTGCAGTTGCGATTACTACACCTGTTAATGGCATGCATTGGTCATCTAGTAATGGAGTGTGTTCAACACATTGCAATTTTAGTACAATTGTTGTTTTTGTTACACATTGTTTTAAAAATGGACAAGGAATATGTCCCTTGACAGGTAAATTAAAGAAGGGTGATATTCGTATTGGTGTTCTAGATAGTAGTGGTAATTCTATTTTTAATAAAACAGTTACCACTTCTAGTTATAGTAAATTTAAATCATTACATTGCGTTAACAATTTCACTTCTGTGTATTTAAATGGTGATCTTGTTTACACGTCTAATGAAACTTCTGATATTACTGGTTTTGGTGTACATTTTAAGACAGGAGGACCTGTTACTTATAAAATTATGAAAGAACATAAGGTTCTAGCATATTTTGAAAATGGTACTGCACATGACATTATTTTATGTGATGACAGTCCCCGTGGTAGGTTAGCTTGTCAGTATAATACAGGCAATTTTTCTGACGGTTTGTACCCTTTTAGTGTAAGCAGTGAAGTTAATGAAACTTTTATAGTTTTTGAAAAGAATACAGAAACTACTATGCTTACATTAAATAATTTCACTTTTTTTAATCAGAGTGGGGCTCAACCTAATCAAAAGGAACCTTCACCGGGTGTTTCAAATTTTGTATATTATCAACAGATTAGTGCTGTTCCTGGTTATAATAATTTTAATTTTTCCTTTTTGCGTTCTTTTACTTATTTAAGTAGTGATTATACGAGGGGTTCTTTTCACCCAAGTTGTACTTTTAGGCCTGAAGATATTAATAAAAATCGCAGGTTTAATCATTTGTCTATATCCTTATCTTACGGTCCTCGTAATGGAGGCTGTAAGCAAGCATGCTTTAATACTAGGAGTTCATGTTGTTGTTTCATGTACTCTTATAATGGTCAACCTCTTTGTAAAGGTGTGTATAGTGGTGATTTAAACCAAGATTTTGAGTGCGTATTGCTTGTGTTTATTAAACATAGCCCAGGCAGTCGTATATTTACTTCTGAAACAGTACCTACTGTCACTGCTAATTTTGTAAATAATGTGGTTTTAGATAGGTGTGTTGATTATAATATCTATGGTAGAGTAGGTCAAGGTTTTATTTCTAGTATAACTGACTCTGTGAAGGATTCAAATTATTTGGATTCTTCTGGTTTAGCTATATTGGGTCAATCGGGTGCTGTTGACACTTTCATGATAAAAGGTCAATTAGGACCTAATTATTATAAAGTTAATCCATGTAAAGATGTTAATCAACAATATGTTGTTTCAGGCGGCAATATAGTCGGCCTTCTAACATCTATAAATAGTAGTGGTTCCCAGTTATTAGAGGACCAGTACTATGTTAGATTAACCAATACCTCACATAGGCGTAAGCGTTCTGTTAATCAAACAGTTACACACTGCCCCTATGTAAGTTATGGTAAATTTTGTATTAAACCAGATGGTGATTTATCTGTTATAGTACCAGAAGGGGTTGTATCTTATTCAGCTCCTTTATTAAATGTTACTACAAATGTGCGCATTCCTATTAGTTTTAATTTAACTGTTACTGATGAGTATATTCAAACGCAAATGATTAAGGTTCAAATTAATTGCGCTCAGTATGTCTGTGGCAATTCTTTTGAGTGTAAGAAATTATTTATTCAGTATGGTCCAGTTTGTGATAACATACTGAATATTGTAAATAGTTTAGCTCAGCAGGATAACATGGAAATGTTAAGTTTCTATGCATCCACTAAGCCTATAGGTTTTGATTCACCTGTATTAGATAATTTTACTACTGGTGATTTCAATTTGTCATCTTTGTTTAGACCGAGTAGTAAGCCTACTCGCCGTTCTTCTGTAGAAGATTTACTATTCACAAAGGTGGAGTCACTAGGATTACCTGGTGATACTGCTTATCAGAAATGCACTGCTGGACCGCTTGGGTTTTTTAAAGACTTAGTTTGTGCACAACATTATAATGGTTTGCTTGTTTTGCCACCCATTATTACAGCTGAAATGCAGACAATGTACACGGCATCTTTAATAGCCTCTATGGCTTTTGGAGGAATTACATCAGCAGGTGCGATACCTTTCGCTACTCAAATTCAAGCACGCATTAATCATTTGGGTATTACCCAGACGGTTTTGCAGAAGAATCAAGAGCAAATTGCAAAGTCCTTTAATAGGGCAATGACGCATATGCAGGATGGTTTTAGAGCAACATCTTCAGCTTTAAGAGAGATTCAAGATGTTGTTAATAAACATAGTGAGGTTATTAACCAGGCCATGTCGTCTCTTAATAAGAATTTTGGTGCCATCACATCTGTAATTCAGGATATTTATAGTAGGCTCGATACAATTGAAGCAAATGCACAAGTAGATAGGCTTATTAGTGGTAGGCTTTCATCTCTTTCTGTACTAGCAGCTGCTAAACAAGCAGAATATGCTAAAGTTTCACAACAAAGAGAGTTGGCTAAGCAAAAGATTAATGAGTGTGTTAAATCACAGTCTGACAGGTATGGGTTCTGTGGCGCAGGTAGACATGTTATTACCATACCACAGAGTGCACCTAATGAAATTGTTTTATTACATTTTACTTATACACCAGATACTTTTAAGAATGTAACTGCAGTGGTTGGCTTTTGTGTAAGACCAGAAAATGGTACTGAATATGCACTTGTACCAGTTAGTGGTAGGGGTATTTTTATAAGTGAAAATGGCATGTATTTCATTACGTCTCGTGATGTGTACATGCCAAGAGCTATTACTGGTGGTGACGTAGTTAGACTCACATCTTGTCAAACTAACTACGAAACTGTTAATAAAACTGTCGTCACTACTTTTGTAGAAAATGACGACTTTGATTTTACTGATGAATTATCTAAATGGTGGAATGGAACTAAGTATGAGTTGCCAGACTTTGACCAAATTAATTACACCGTTCCAGTATTAAATTTAACTTATGATATTGCTAAGATTGAGGAAGTAATCAAGGGTCTTAATGACTCTTTGATTGACCTTGAAACACTGTCAATACTTAAGACTTATATTAAGTGGCCTTGGTATGTGTGGTTAGCCATAGCATTTCTCACTATTATTTTTATCCTTATTTTAGGATGGGTGTTTTTCATGACCGGTTGTTGCGGTTGTTGTTGCGGATGCTTTGGTATCATCCCTTTAATGAGCAAGTGTAGTAAGAAATCTTCTTATTACACTACTTTTGATAACGATGTGGTAACTGAACAATACAGACCTAAAAAGTCTGTTTAA
Protein
MLGKSLFLVTILCALCSANLFDADNSYVYYYQSGFRPPLGWHLYGGAYAVERFFNETSNAGSGDCTAGAIVHSLNVSASAVAITTPVNGMHWSSSNGVCSTHCNFSTIVVFVTHCFKNGQGICPLTGKLKKGDIRIGVLDSSGNSIFNKTVTTSSYSKFKSLHCVNNFTSVYLNGDLVYTSNETSDITGFGVHFKTGGPVTYKIMKEHKVLAYFENGTAHDIILCDDSPRGRLACQYNTGNFSDGLYPFSVSSEVNETFIVFEKNTETTMLTLNNFTFFNQSGAQPNQKEPSPGVSNFVYYQQISAVPGYNNFNFSFLRSFTYLSSDYTRGSFHPSCTFRPEDINKNRRFNHLSISLSYGPRNGGCKQACFNTRSSCCCFMYSYNGQPLCKGVYSGDLNQDFECVLLVFIKHSPGSRIFTSETVPTVTANFVNNVVLDRCVDYNIYGRVGQGFISSITDSVKDSNYLDSSGLAILGQSGAVDTFMIKGQLGPNYYKVNPCKDVNQQYVVSGGNIVGLLTSINSSGSQLLEDQYYVRLTNTSHRRKRSVNQTVTHCPYVSYGKFCIKPDGDLSVIVPEGVVSYSAPLLNVTTNVRIPISFNLTVTDEYIQTQMIKVQINCAQYVCGNSFECKKLFIQYGPVCDNILNIVNSLAQQDNMEMLSFYASTKPIGFDSPVLDNFTTGDFNLSSLFRPSSKPTRRSSVEDLLFTKVESLGLPGDTAYQKCTAGPLGFFKDLVCAQHYNGLLVLPPIITAEMQTMYTASLIASMAFGGITSAGAIPFATQIQARINHLGITQTVLQKNQEQIAKSFNRAMTHMQDGFRATSSALREIQDVVNKHSEVINQAMSSLNKNFGAITSVIQDIYSRLDTIEANAQVDRLISGRLSSLSVLAAAKQAEYAKVSQQRELAKQKINECVKSQSDRYGFCGAGRHVITIPQSAPNEIVLLHFTYTPDTFKNVTAVVGFCVRPENGTEYALVPVSGRGIFISENGMYFITSRDVYMPRAITGGDVVRLTSCQTNYETVNKTVVTTFVENDDFDFTDELSKWWNGTKYELPDFDQINYTVPVLNLTYDIAKIEEVIKGLNDSLIDLETLSILKTYIKWPWYVWLAIAFLTIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCSKKSSYYTTFDNDVVTEQYRPKKSV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score=1371 Identity=63.81%
Cov(Q)=90.61% Cov(P)=96.02%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Host nucleus > host nucleolus. Host cytoplasm. Secreted.
Topology
Length:
1171
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
34.05131
Exp number, first 60 AAs:
0.70388
Total prob of N-in:
0.03351
outside
1 - 1102
TMhelix
1103 - 1125
inside
1126 - 1171
