CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Canine_KC175339 (Region: Germany;  Strain: Canine coronavirus strain 171, complete genome.;  Date: 1971)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,  spike protein
Location
KC175339(+):20411-24769
GenBank Accession
AFX81091.1
 

Sequence

CDS
ATGATTGTGCTCGTAACTTGCCTCTTGTTGTTATGTTCATACCACACAGTTTTGAGTACAACAAATAATGAATGCATACAAGTTAACGTAACACAATTGGCTGGCAATGAAAACCTTATCAGAGATTTTCTGTTTAGTAACTTTAAAGAAGAAGGAAGTGTAGTTGTTGGTGGTTATTACCCTACAGAGGTGTGGTACAACTGCTCTAGAACAGCTCGAACTACTGCCTTTCAGTATTTTAATAATATACATGCCTTTTATTTTGTTATGGAAGCCATGGAAAATAGCACTGGTAATGCACGTGGTAAACCATTATTATTTCATGTGCATGGTGAGCCTGTTAGTGTTATTATATCGGCTTATAGGGATGATGTGCAACAAAGGCCCCTTTTAAAACATGGGTTAGTGTGCATAACTAAAAATCGCCATATTAACTATGAACAATTCACCTCCAACCAGTGGAATTCCACATGTACGGGTGCTGACAGAAAAATTCCTTTCTCTGTCATACCCACGGACAATGGAACAAAAATCTATGGTCTTGAGTGGAATGATGACTTTGTTACAGCTTATATTAGTGGTCGTTCTTATCACTTGAACATCAATACTAATTGGTTTAACAATGTCACACTTTTGTATTCACGCTCAAGCACTGCTACCTGGGAATACAGTGCTGCATATGCTTACCAAGGTGTTTCTAACTTCACTTATTACAAGTTAAATAACACCAATGGTCTAAAAACCTATGAATTATGTGAAGATTATGAACATTGCACTGGCTATGCTACCAATGTATTTGCTCCGACATCAGGTGGTTACATACCTGATGGATTTAGTTTTAACAATTGGTTCTTGCTTACAAATAGTTCCACTTTTGTTAGTGGCAGGTTTGTAACAAATCAACCATTATTGATTAATTGCTTGTGGCCAGTGCCCAGTTTTGGTGTAGCAGCACAAGAATTTTGTTTTGAAGGTGCACAGTTTAGCCAATGTAATGGTGTGTCTTTAAATAACACAGTGGATGTTATTAGATTCAACCTTAATTTCACTGCAGATGTACAATCTGGTATGGGTGCTACAGTATTTTCACTGAATACAACAGGTGGTGTCATTCTTGAAATTTCATGTTATAGTGACACAGTGAGTGAGTCTAGTTCTTACAGTTATGGTGAAATCCCGTTCGGCATAACTGACGGACCACGATACTGTTATGTACTTTACAATGGCACAGCTCTTAAATATTTAGGAACATTACCACCCAGTGTAAAGGAAATTGCTATTAGTAAGTGGGGCCATTTTTATATTAATGGTTACAATTTCTTTAGCACATTTCCTATTGGTTGTATATCTTTTAATTTAACCACTGGTGTTAGTGGAGCTTTTTGGACAATTGCTTACACATCGTATACTGAAGCATTAGTACAAGTTGAAAACACAGCTATTAAAAATGTGACGTATTGTAACAGTCACATTAATAACATTAAATGTTCTCAACTTACTGCTAATTTGAATAATGGATTTTATCCTGTTGCTTCAAGTGAAGTAGGTTTCGTTAATAAGAGTGTTGTGTTATTACCTAGCTTTTTCACATACACCGCTGTCAATATAACCATTGATCTTGGTATGAAGCTTAGTGGTTATGGTCAACCCATAGCCTCGACACTAAGTAACATCACACTACCAATGCAGGATAACAATACTGATGTGTACTGTATTCGTTCTAACCAATTCTCAGTTTATGTTCATTCCACTTGCAAAAGTTCTTTATGGGACAATATTTTTAATCAAGACTGCACGGATGTTTTAGAGGCTACAGCTGTTATAAAAACTGGTACTTGTCCTTTCTCATTTGATAAATTGAACAATTACTTGACTTTTAACAAGTTCTGTTTGTCGTTGAGTCCTGTTGGTGCTAATTGCAAGTTTGATGTTGCTGCACGTACAAGAACCAATGAGCAGGTTGTTAGAAGTCTATATGTAATATATGAAGAAGGAGACAACATAGTGGGTGTACCGTCTGATAATAGCGGTCTGCACGATTTGTCTGTGCTACACCTAGACTCCTGTACAGATTACAATATATATGGTAGAACTGGTGTTGGTATTATTAGACGAACTAACAGTACGCTACTTAGTGGCTTATATTACACATCACTATCAGGTGATTTGTTAGGCTTTAAAAATGTTAGTGATGGTGTCATTTATTCTGTGACGCCATGTGATGTAAGCGCACAAGCGGCTGTTATTGATGGTGCCATAGTTGGAGCTATGACTTCCATTAACAGTGAACTGTTAGGTCTAACACATTGGACAACGACACCTAATTTTTATTACTACTCTATATATAATTACACAAGTGAGAGGACTCGTGGCACTGCAATTGACAGTAACGATGTTGATTGTGAACCTGTCATAACCTATTCTAATATAGGTGTTTGTAAAAATGGTGCTTTGGTTTTTATTAACGTCACACATTCTGACGGAGACGTGCAACCAATTAGCACTGGTAATGTCACGATACCTACAAATTTTACTATATCTGTGCAAGTTGAATACATGCAGGTTTACACTACACCAGTATCAATAGATTGTGCAAGATACGTTTGTAATGGTAACCCTAGATGTAACAAATTGTTAACACAATATGTGTCTGCATGTCAAACTATTGAACAAGCACTTGCAATGGGTGCCAGACTTGAAAACATGGAGGTTGATTCCATGTTGTTTGTCTCGGAAAATGCCCTTAAATTGGCATCTGTTGAGGCGTTCAATAGTACAGAAAATTTAGATCCTATTTACAAAGAATGGCCTAGCATAGGTGGTTCTTGGCTAGGAGGTCTAAAAGATATACTACCGTCCCATAATAGCAAACGTAAGTATGGTTCTGCTATAGAAGATTTGCTTTTTGATAAAGTTGTAACATCTGGTTTAGGTACAGTTGATGAAGATTATAAACGTTGTACTGGTGGTTACGACATAGCAGACTTGGTGTGTGCTCAATATTACAATGGCATCATGGTTCTACCAGGTGTAGCTAATGCTGACAAGATGACTATGTACACAGCATCACTTGCAGGTGGTATAACATTAGGTGCACTTGGTGGTGGCGCCGTGGCTATACCTTTTGCAGTAGCAGTACAGGCTAGACTTAATTATGTTGCTCTACAAACTGATGTATTGAATAAAAACCAACAGATCCTGGCTAATGCTTTCAATCAAGCTATTGGTAACATTACACAGGCTTTTGGTAAGGTTAATGATGCTATACATCAAACATCACAAGGTCTTGCCACTGTTGCTAAAGCGTTGGCAAAAGTGCAAGATGTTGTCAACACACAAGGGCAAGCTTTAAGTCACCTTACAGTACAATTGCAAAATAATTTTCAAGCCATTAGTAGTTCTATTAGTGATATTTATAACAGGCTTGACGAACTGAGTGCTGATGCACAAGTTGATAGGCTGATTACAGGTAGACTTACAGCACTTAATGCATTTGTGTCTCAGACTCTAACCAGACAAGCAGAGGTTAGGGCTAGTAGACAACTTGCCAAAGACAAGGTTAATGAATGTGTTAGGTCTCAGTCTCAGAGATTCGGATTCTGTGGTAATGGTACACATTTGTTTTCACTAGCAAATGCAGCACCAAATGGCATGATTTTCTTTCATACAGTACTATTACCAACAGCTTATGAAACTGTAACAGCTTGGTCAGGTATTTGTGCTTCAGATGGCGATCGCACTTTCGGACTTGTCGTTAAAGATGTGCAGTTGACGTTGTTTCGTAATCTAGATGACAAGTTCTATTTGACCCCCAGAACTATGTATCAGCCTAGAGTTGCAACTAGTTCTGATTTTGTTCAAATTGAAGGGTGTGATGTGTTGTTTGTCAACGCGACTGTAATTGATTTGCCTAGTATTATACCTGACTATATTGACATTAATCAAACTGTTCAAGACATATTAGAAAATTACAGACCAAACTGGACTGTACCTGAATTTACACTTGATATTTTCAACGCAACCTATTTAAATCTGACTGGTGAAATTGATGACTTAGAGTTTAGGTCAGAAAAGCTACATAACACTACAGTAGAACTTGCCATTCTCATTGATAACATTAATAATACATTAGTCAATCTTGAATGGCTCAATAGAATTGAAACTTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTGTGGCTACTGATAGGTTTAGTAGTAGTATTTTGCATACCATTACTGCTATTTTGCTGTTTTAGCACAGGTTGTTGTGGATGCATAGGTTGTTTAGGAAGTTGTTGTCACTCTATATGTAGTAGAAGACAATTTGAAAATTATGAACCAATTGAAAAAGTGCATGTCCACTAA
Protein
MIVLVTCLLLLCSYHTVLSTTNNECIQVNVTQLAGNENLIRDFLFSNFKEEGSVVVGGYYPTEVWYNCSRTARTTAFQYFNNIHAFYFVMEAMENSTGNARGKPLLFHVHGEPVSVIISAYRDDVQQRPLLKHGLVCITKNRHINYEQFTSNQWNSTCTGADRKIPFSVIPTDNGTKIYGLEWNDDFVTAYISGRSYHLNINTNWFNNVTLLYSRSSTATWEYSAAYAYQGVSNFTYYKLNNTNGLKTYELCEDYEHCTGYATNVFAPTSGGYIPDGFSFNNWFLLTNSSTFVSGRFVTNQPLLINCLWPVPSFGVAAQEFCFEGAQFSQCNGVSLNNTVDVIRFNLNFTADVQSGMGATVFSLNTTGGVILEISCYSDTVSESSSYSYGEIPFGITDGPRYCYVLYNGTALKYLGTLPPSVKEIAISKWGHFYINGYNFFSTFPIGCISFNLTTGVSGAFWTIAYTSYTEALVQVENTAIKNVTYCNSHINNIKCSQLTANLNNGFYPVASSEVGFVNKSVVLLPSFFTYTAVNITIDLGMKLSGYGQPIASTLSNITLPMQDNNTDVYCIRSNQFSVYVHSTCKSSLWDNIFNQDCTDVLEATAVIKTGTCPFSFDKLNNYLTFNKFCLSLSPVGANCKFDVAARTRTNEQVVRSLYVIYEEGDNIVGVPSDNSGLHDLSVLHLDSCTDYNIYGRTGVGIIRRTNSTLLSGLYYTSLSGDLLGFKNVSDGVIYSVTPCDVSAQAAVIDGAIVGAMTSINSELLGLTHWTTTPNFYYYSIYNYTSERTRGTAIDSNDVDCEPVITYSNIGVCKNGALVFINVTHSDGDVQPISTGNVTIPTNFTISVQVEYMQVYTTPVSIDCARYVCNGNPRCNKLLTQYVSACQTIEQALAMGARLENMEVDSMLFVSENALKLASVEAFNSTENLDPIYKEWPSIGGSWLGGLKDILPSHNSKRKYGSAIEDLLFDKVVTSGLGTVDEDYKRCTGGYDIADLVCAQYYNGIMVLPGVANADKMTMYTASLAGGITLGALGGGAVAIPFAVAVQARLNYVALQTDVLNKNQQILANAFNQAIGNITQAFGKVNDAIHQTSQGLATVAKALAKVQDVVNTQGQALSHLTVQLQNNFQAISSSISDIYNRLDELSADAQVDRLITGRLTALNAFVSQTLTRQAEVRASRQLAKDKVNECVRSQSQRFGFCGNGTHLFSLANAAPNGMIFFHTVLLPTAYETVTAWSGICASDGDRTFGLVVKDVQLTLFRNLDDKFYLTPRTMYQPRVATSSDFVQIEGCDVLFVNATVIDLPSIIPDYIDINQTVQDILENYRPNWTVPEFTLDIFNATYLNLTGEIDDLEFRSEKLHNTTVELAILIDNINNTLVNLEWLNRIETYVKWPWYVWLLIGLVVVFCIPLLLFCCFSTGCCGCIGCLGSCCHSICSRRQFENYEPIEKVHVH

Summary

Uniprot
D3XGI6  
Pubmed
20079778   
EMBL
GU338456    ADD49350.1   
Pfam
PF01600   Corona_S1
PF01601   Corona_S2
Interpro
IPR002551   Corona_S1
IPR002552   Corona_S2
ProteinModelPortal
D3XGI6  
PDB
6JX7     E-value=0.0     Score= 981     Identity=43.39%     Cov(Q)=96.97%     Cov(P)=95.91%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP
Host nucleus. Host cytoplasm.

Topology

Length:
1452
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
47.355
Exp number, first 60 AAs:
0.08275
Total prob of N-in:
0.00563
outside
1  -  1393
TMhelix
1394  -  1416
inside
1417  -  1452
 
 
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