Strain
Hedgehog_KC545383
(Region: Germany; Strain: Hedgehog coronavirus 1; Date: 2012)
Gene
ORF 1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGCGACTGGTGAGGGTTCTCAAGGTGCGAGGGCCACGTATAGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTCATGACCATGTTGCCCTAACTGTGCCATGCTGTGGTACAGAGGCTAAGGTTACAGCTCTTTCACCTTGGTTCATGGATGGCATGTTAGCCTATGAAACCGTGAAGGAAATGCTTTTAAAAGGAGAACAACTCCTGTTCGCTCCAAGTAATTTGAGTGGCTATATTAAGTTTCTCCCAGGCCCACGTGTATACCTGGTTGAGAGACTCACTGGAGGTACTTACTCCGAACCATTTATTGTTAACCAATTGGCTTTTTCCGATGAGCAGGATGGTCCTATGATGGGTACTACTCTGCAGGGCAAACCTATTGGATTTTTCTTTCCTTTTGATGAAGAGCTTGTTACAGGTACTTATACCTTCAAGCTACGTAAGAATGGACTTGGTGGACAATTGTTCCGCGAGGTTCCTTGGTTTGAGAACCATGATTTTCATGGTATTGAAGGCTTTTCGCAGATTGTTGAAGACTTACAGGAGGATCCTAAAGGAAAGTTTTCTAACAAGCTGTATAAGAAGTTGTGTGGTGGTGATGTCATACCTGTGGATCAATATATGTGTGGTTTTGATGGGTCGCCTATCAAACCATATTTGGATCTAGCCAACAAAGAAGGTTTAACAAAGTTGGCAGATGTTGAAGCTGATGTTTGTTCACGTGTGGATAAACAAGGTTTCCTCATTTTTAAAGGAACAACATATAGAGTTGTTTGGTTTACTGAGCGCAAGGACGTTGATTATAGTAAACAAACACTCTTTACAGTGATCTGTGTGATGCAACGTAATGGTGTCCATGATATACCAGCACACCCGTTCACTCTAGGAAGCAAAGTGGAACAACTTAAACCACATGTTGCTAAAGGCAATCTGGTGGGCCTTACATTGAAAGCAAAAATCCTTTACACAATGTATGGCGAGGATGCTGTTGAAGAACCGTCTTATATTTACCACTCTGCGTTTGTAGATTGTGTTAAGTGTAATGAAGGTAAATGGTGTACCGGTAATGCTGTGGCTGGGTTTGCATGTGAATGTGGAGCTGCGTATACTGCTAAACAAGTGCTCCTACAATCATCAGGATTAGTAAAATCTAATGCTTTGTTCTGTGCTACGTGTCCCTTTGCACAAGGAGATCGTTGCTCTTTAGATTGCAAACACACCGTCCCACAGGTAGTTAGTTATCTGAGTGAGAAGTGTGTTGTCTTCCCATCAGGTAAGAGCTTTGTGCTAGCATTTGGTGGTGCATTGTATACATATATGGGTTGTGCAGAGGGTACTATGTATTTTGTACCTAGAGCAAAATCCGTTGTTTCAAGAATTGGCACAGCTTGTTTTACGGGATGTGTTGGTGCTTGGGATAAAGTGCAACAAGTGGCAAATCTGTTTACACAGAAAGCACAGCAGCAGTTGAACTTCGTTAATGAATTTGTTGTCAGTGATGTGGTGTTAGCTATTTTAACTGGCACCACATCTACATTGGATGAGTTACGCAGTCTTTTGCAGGGCATTACCTTTGAAAAGATGCGTGATTATTGTGTCAAACATGGTATTAAGGTTACCATGGGAGATTATGTGGATAGTGCTATTAATGTAGGAGGCGCTAGTGTGAGGTCTGCTGCTATTAATGCACCTTTTGTAGTCTTATCAGCACTTGGTGAGTCCTTTAAGAAAATTGCCGCCGTACCGTTTAAAGTTGGCAGTTCATTTTTAAAGACATGGGAGTATTTGTCAGACTGTATTGTCTATAGAGTACTCCCTTATGAGTTGGAAGATGTGTCTGACTTTGTACAGTTGCTGTTTAATTGTGTTGAAATTTCAGCAGCATCAATGTATTTTGCATCGGTTGTTATTAGAGAAAAAGTTAACACGATGTTTAATGCATTACCCTTGTCTGTTCAAACAGCTGCAAAGAATTTTATTGATGTTTGTTTGCGTGCTACATTATGCACTGTAAAATTCTTAAATGATCTGTTGAGCCTTGTTAAATTAGTTGTTTATAAGGCTTTTGTGTATACCAGTGCAGGATTTGTATCAACACTGGAGAAAACTTCACCTGCAGCTCAAAAGTTGCTTGATGTTTTATCTAAAGCATTTAAATTGCTGCATAAGAAAGTTTCATGGGCTGGTTCGAAAGTCCATGCTGTTATTTATGAAGGTAAAGATGCCTTAGTGTTTTCTTCGGGAACATATCATTGTGTAACAGCACCTGGAAGTGTTGTGGGTGCACATCTTGAAGCCACAATACCAGGTGAGGTTGTTAAGAAGCAGCTTTCTATGTTAACTGCTACAAATTACTCAACAACTGTTGATGTTAGGCCTAAAACTAGAAATGTGGAATTAGTTTATGGCCAATTGGAAACAACTAATATGCATAGTCCAGATGTCGTCGTTGGAGATTATGTTATTGTTAGTGATAAGGTTTTTGTACGTAGTGAGGAAGATGGGCGATTAGCATTCTATCCTATGTGCACAAATGGAAAGGCGGTACCATGTATGTTTACACTTAAAGGTGGTGCACCTATTAAGAAAGTCTCTTTTGGTAATGATGAAATTCATGAAATTGACGCTGTTAGAACCGTTACAGTTGAGTATAACATACATCCTGTTTTGGATACTCTTCTTAGTAACACAGAACTTAAGACTTTTGTTGTAGATAAAGATCTTACAGTATCAGAATTTGCACTTGTCGTACAAGAGGCTGTTGCTGATCTGTTAGCTAAGCTTCTTCGCGGCATAGCGTTAGATGATTTTGATTTGGAAGATTTTATAGATACCAAAGTTTATGTTTTTAATTTAGATGGTGATGAAGTTTGGAAATCTACTATGATTTTCTCCGTTCATCCAGTTGATTGTGATGATGAGGAAATAGATGATGCCCTGGAAGAGGACGATTCTTTCAATGAGGAAGAAGAACCAGATTCTTGGGCTGAAATGGTTGATGCTATATTCCCCTTGAGTGATGAAGCAGAGGGTGATGTAGTTGTAGAAGAACAATCTCTAGTTGATGATGCAGGTGTAGTCTCACCGTCTGCGGCGGCGGAAAAAATAGTGCCAATGCATGATGTAAGTGATGACTCTGCTTCAAACAATGAAGAGAGTTTGTCTGCAGATGTTGAGCCGAAAGGAGTTGCACCGCCAGTGGAGGAAGTAATTGTAGAGACTAAAGTACCTACAACGCTAATATTGGAAGAAAGTGACAACCCAGTGCTTGCTGATGCAGACAGTTCACAACAGTCAGATTGTGTAAAACATGTTGTATTAGGAACCACAAACACATCAGAGGTTTGTGTTGATGTAGAACATTGTGTGGTTGATCAAATTAGTGAAGAAGTGCCGAAAGGAGCTGCACCGCCTGTCATGGAAGAGGAAAAGCCAAGTCAGGAAGTAAGTGGAAGCCCAGAGCCATCACTTAAAGAAGATAAACCGCATAAGGATTGCCAAAAACAGTTGGCTGGTAATGATGATCAAATAGATCCTCTTAAAAATTATAAACATAAAGTTTTGAGTGGCAATGTCACTATTGTATTAGCAGATGCTATTAAATTGGCGAGGTGTTTTTCTTCTAGTGTGTTGGTGAATGCTGCTAACAGTCATTTAAAACATGCTGGTGGTATAGCACATGCAATTGATAGTGCATCTAAAGGTGCTGTTCAAAGAGAGTCTGATGACTATATTAAGAATAATGGTGCATTACAAGTTGGTGATACTGTTTTACTTAAAGGGCATGGCTTAGCGAAGCATATTTTACATGTGGTGGGCCCTGATGCAAGGCAAGGACAGGATGTAACACTGCTTTCTAAATGTTATAAGGCTATGAATGCGCATCCTTTAGTTGTTACACCATTAGTGTCAGCCGGCATCTTTGGTGTTGACCCTAAAGTTTCCTTGCAAATGTTACAGCAGGTTGCAAAGACTAGAGTCTTGGTTTGTGTAAATTCTGCTAATATATATGAAGCGTTGACAGAAGTGGTGGTACCACAAGGTTTAACTTTTTCATTTGAAGGCATGAAGAGTGCAGTTGCTAAGGCTAAGGAATATGGGTTTACCATGTTCATTTGTGTTGATAATAAACAGAATGTTAAGCTGTTGAAAACATTAGGTGTTAAAGCTGATAAGAAACAGTCCACTGTGAATGGTGTTAGGTATTATTGTTATACATCTGAAGACACCGTTCCTAATTTAGTGGCTGTAGCTAATAAACAAAAAGGTATTGTAGCCTTACCTTTGGGTTATGTTACTCATGGGTTTGATTTAATGCAAGCAGCTGCGATAGTTAAAATGGTAACAGTGCCATATGTGTGTCTGCTTGCTAATAAAGAACAATTGGCTATACTTCAAGGTGATGTGTTGAAGAGTACGCCATTTGAAGAATTTGTCACTGGTATTAAAAAGAATGGTTATGCGCATTGGCAATTAGTCCAAGGTGAAATATTGGTTAATGGTGTTTCATATAGTAAGTTGTTACAATGGTCTGATCAAACTGTTGTGTACAGTAGTAATAAATTGTTTGTTTTAAAGAATGGCAATTTATTGCCCTTCACAAGTGTAGAGCAGTGTCGTTCATATTTGAATTCTAGAACGACGCAACAGTTAAATGTCGAAGTGCTTGCCACTGTCGATGGTGTTAATTTTAGAACTGTTATTCTAAATAATAAGAACACCTTTAGAAGTCAACTGGGTACAGTATTTCTAGATGGTGTAGATGTGTCTGATACCATACCAAGTGTGGATAAGAATGGTGCCAGTGTGTATATTGCAGATAATTTTTCCAAGGAAGAATTAGCTGCAGTTAAAGAAATGTATGGCGTTGAGGATCCAACGTTTTTATATAAGTATTATTCCATCCGTGCTAAAGTTGTAAAATGGAAAATGGCTATGTGTGAAGATGCACCTTCTCTCTGTCTTAACAGTAATAACTGCTATTTGAATGCGGCGGT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Protein
MSSATGEGSQGARATYRAALNNEKRHDHVALTVPCCGTEAKVTALSPWFMDGMLAYETVKEMLLKGEQLLFAPSNLSGYIKFLPGPRVYLVERLTGGTYSEPFIVNQLAFSDEQDGPMMGTTLQGKPIGFFFPFDEELVTGTYTFKLRKNGLGGQLFREVPWFENHDFHGIEGFSQIVEDLQEDPKGKFSNKLYKKLCGGDVIPVDQYMCGFDGSPIKPYLDLANKEGLTKLADVEADVCSRVDKQGFLIFKGTTYRVVWFTERKDVDYSKQTLFTVICVMQRNGVHDIPAHPFTLGSKVEQLKPHVAKGNLVGLTLKAKILYTMYGEDAVEEPSYIYHSAFVDCVKCNEGKWCTGNAVAGFACECGAAYTAKQVLLQSSGLVKSNALFCATCPFAQGDRCSLDCKHTVPQVVSYLSEKCVVFPSGKSFVLAFGGALYTYMGCAEGTMYFVPRAKSVVSRIGTACFTGCVGAWDKVQQVANLFTQKAQQQLNFVNEFVVSDVVLAILTGTTSTLDELRSLLQGITFEKMRDYCVKHGIKVTMGDYVDSAINVGGASVRSAAINAPFVVLSALGESFKKIAAVPFKVGSSFLKTWEYLSDCIVYRVLPYELEDVSDFVQLLFNCVEISAASMYFASVVIREKVNTMFNALPLSVQTAAKNFIDVCLRATLCTVKFLNDLLSLVKLVVYKAFVYTSAGFVSTLEKTSPAAQKLLDVLSKAFKLLHKKVSWAGSKVHAVIYEGKDALVFSSGTYHCVTAPGSVVGAHLEATIPGEVVKKQLSMLTATNYSTTVDVRPKTRNVELVYGQLETTNMHSPDVVVGDYVIVSDKVFVRSEEDGRLAFYPMCTNGKAVPCMFTLKGGAPIKKVSFGNDEIHEIDAVRTVTVEYNIHPVLDTLLSNTELKTFVVDKDLTVSEFALVVQEAVADLLAKLLRGIALDDFDLEDFIDTKVYVFNLDGDEVWKSTMIFSVHPVDCDDEEIDDALEEDDSFNEEEEPDSWAEMVDAIFPLSDEAEGDVVVEEQSLVDDAGVVSPSAAAEKIVPMHDVSDDSASNNEESLSADVEPKGVAPPVEEVIVETKVPTTLILEESDNPVLADADSSQQSDCVKHVVLGTTNTSEVCVDVEHCVVDQISEEVPKGAAPPVMEEEKPSQEVSGSPEPSLKEDKPHKDCQKQLAGNDDQIDPLKNYKHKVLSGNVTIVLADAIKLARCFSSSVLVNAANSHLKHAGGIAHAIDSASKGAVQRESDDYIKNNGALQVGDTVLLKGHGLAKHILHVVGPDARQGQDVTLLSKCYKAMNAHPLVVTPLVSAGIFGVDPKVSLQMLQQVAKTRVLVCVNSANIYEALTEVVVPQGLTFSFEGMKSAVAKAKEYGFTMFICVDNKQNVKLLKTLGVKADKKQSTVNGVRYYCYTSEDTVPNLVAVANKQKGIVALPLGYVTHGFDLMQAAAIVKMVTVPYVCLLANKEQLAILQGDVLKSTPFEEFVTGIKKNGYAHWQLVQGEILVNGVSYSKLLQWSDQTVVYSSNKLFVLKNGNLLPFTSVEQCRSYLNSRTTQQLNVEVLATVDGVNFRTVILNNKNTFRSQLGTVFLDGVDVSDTIPSVDKNGASVYIADNFSKEELAAVKEMYGVEDPTFLYKYYSIRAKVVKWKMAMCEDAPSLCLNSNNCYLNAAVMMLDCLRDIKFNIPALQAAYMKFKGGDFGDFISLLMAYGNCTYGQPDDASMLLHTALSKAELLVSARMVWREWCDHCGVKDVVITGIKACVYVGVQSLDELRECNHHICQCGGVRFRQLVECVTPWLLLSGPPNEELVANPDFVAFNVFIGHEAGVGHFVHARVKKGLLYKYDSGTLTKASDWKCKVTDKLYPGQKYTAECEIVVYSLDGNQKAEKQPNFSAYYVKDGKYYTNKPSLEFTPATVSSGVVYTNSCFIVNDGDAIGSAFNKLLGFDKNKPASKQLTYSLLPNEDGDVLLAEFKSYDPMYKNGAAYKGKPILWVNNGLYDSKLNKYNRASLRQIFDIQPVETNNRFAPLKVEEVDERPTSHVQEETLVSEKSELKVVKCKGLSKPFVKNGFSFISDDKGILTVEYLTKEDMHTLYVNPKSQIIVLKDNWLSGLFQMHTVQSGDLNVVASSGSLTKKVKLLFKTSSMCKEFLSRTFVATKCVNSVVSATVRKLCCNKDVFVKLFSFIKMLCFIPLRHFNKQKECVNVDVKTLSIAGVVTGNVIKQCCSTGFYLFKQKLRRIDWKSSLRWLLFMLTTVLMLLSLYHLYVFNAVLTSDVIKEVNTGIKGVYYRISSYLGVTSVCDGFSNNYRNVSFNRDDYCEKFGYVCHWCLMGQDSLTHYSAIQIVQTNLSHYVLSIDWMWFWIELSVAYLMYTPAFNWVLLVCTLQYFFSQTNHIINWRSYNFVMSGVYLLTTYIPLCGLLRVYNVLATLWYLRRFYNHVINGCKDTACMLCYKRNRLTRVEASTVVCGVKRTFYITANGGISFCSRHNWNCVDCDTTGLGHTFICEEVANDLTTSLRRLVKPTDRSHYYVESVEVKNSVVQLNYTRDGQLCYERVPLCNFSNIDKFKFKEVCKSTTGIPEFNFVIYDSTDRGQENLARSACVYYSQVLCKSILLVDSNLMNTVGDSSAIAIRLLDSFINSFASLYNVSRDKLEKLISTAKDCVKRGEDLQSVLKTFIQAARVHANVESDVETASIVDGIQYAHKNDIELVTDSFNNYIPSYVKPDSIATVDLGCLIDLKAASVNPASMRNANGACVWNIDAYLKLSDSLKRQIRVACRKCSLNFKLTTSKLRAQDNILSVKFSVTKFVGGSLNSKLGSFLFKMYAGFTICLVILAILMYCILPTFNMAKVDFNNDRILGYKVLDNGIVRDIGIDDKCFVNKYNTFDAWYQQEFGNSYDNDYNCPVVVAVIAGISGERVPGVPTSLIWAGNQILFFVSRVFATNNNICYTPHMEIAYERFSDSGCVLSAECTLFKDAVGSMVPYCYDANVLPGAVPYDTMLPHVRYDLYDSNMFIKFPEVIVEGTLRVVKTLKTQYCRLGSCEWSEAGICVSTNGSWMLNNEHYASKPGVYCGSDYLDMVRRSFMSVFQPITYFQLTTSLFMGLCLCLGIVVIFYYVNKFKRAFADYTQCVLIAVMATGLNGLCLCFVASNPFLIVPYSAFYYYSTFYVTNEPAVVMHASWLIMFLPVASVWVVCSYLAAICFRHCFWVLAYFSRKKVDVFTDGKLNCTFQEAAANIFVVNRDTYVALRNAISQDAYNKYLGMFNKYKYFSGVMDTAAYREASAAHLAKALQVFSENGSDLLYQPPNCSLASSVLQSGLVKMAHPSGAVEQCIVQVTCGSMTLNGLWLDNIVYCPRHVMCPQDQLVDPNYDALLNSMTNHSFTIQRHGRSTANLRCTGHAMHGTLLKLTVDSANPETPAYTFTTIKQGSSFSVLACYNGRPSGTYTVVMRPNSTIKGSFLCGSCGSVGYVKEGNVINFCYMHQMELSNGTHTGSSFDGNMYGNFQDRQIYQAQLSDKHCTINVVAWLYAAVLNGCNWFVKPNKTGVAAFNEWALSNQFTEFVSTQALELLAVKTGVQIEQLLYSIQQLNNGFQGNVILGSAMLEDEYTPEDVNMQMMGVVMQSSVRKITYGLTHWLLATCVLTYVVILQLTKFTIWNFLFNVIPLQLTPIMFVVLALAMLCVKHKHAFLTTFLLPGALCLTYANLVYEPNTPVSSFLIMCVNWLNPDGTYMRTTHMDLGVYVSLCLALLVVVRRLYKPSVTNCAFALTSLVMWFYSYSIGDASSPIVYLQFVTAATSDYMVTVFLAVNVAKCLTYLTSMYFTTLSVVVPEVKIVLLMYICIGFICTMYFGVFSFLNLKMRAPMGVYSYEVSTQEFRYMNANGLRAPRNSWDAMVLNFKLLGVGGVPCIKIASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWSHCVKLHNDILSTSDPSEAFEKFVALLATLMSFSGSVDLEALASELLDNISVLQSTLTEFSHLASYAELETAQKSYQEAVASGDASPQMLKALQKAVNVAKNTYEKDKSIARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSIIPLCASNKLRVVIPDMQIWKQVVTYPVLSYAGALWDITLINNVDGEVVRPSDVIDTNEGLTWPLLLECTRAVASAVKLQNNEIKPTGLKTMVVAAGQEQNSCTVKSVAYYEPVQGRKMLMGILSEDAHLKWARVEGQDGFITIELQPPCKFLIAGSKGPEVRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVRLQAGSNTEYASNSSVLSLVNFAVDPAKAYTDYVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNLDQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLANVQCNVCQYWVGYGCNCDSLRENTMLHSKDTNFLNESGVLL
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014827 Viral_protease
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Gene 3D
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PDB
5C3N
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4454
Number of predicted TMHs:
14
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
2361 - 2383
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
2818 - 2840
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
3652 - 3674
inside
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
3850 - 4454
