Strain
Human_OC43_KF530092
(Region: USA: Nashville, TN; Strain: Human coronavirus OC43 strain OC43/human/USA/008-5/2000, complete genome.; Date: 8-Aug-00)
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCAGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAGGAGAAGTTGGACAACCCTAGTAGTTCAGAGGTGGATATGATTTGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGACGGAATTTGTCCTGAAAATCATGTGATGGTGGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAGTGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATACGTGAAATTGTTATGAATGCAAGTCCATATCATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGTGAAGCAGTTTTGGTTACAACCCCCTTAGGTATGTCCTTAGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAAAGGATGGACCATGGGTTTGTTTCGGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGTTGCACTGTTAATAAGCATGTGGCCTATCAGTTATATATGATTGATCCTGCGGGTGTCTGTCTTGGTGCAGGTCAATTCGTGGGTTGGGTCATACCCTTAGCCTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTATTGTTCCATGGGTTATGTACTTGCGTAAGCGTGGCGAAAAGGGTGCTTACAATAAAGATCATGGATGTGGCGGTTTTGGACATGTTTATGATTTTAAAGTTGAAGATGCTTATGACCAGGTGCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTATGCTTTAATTAGAGGGTATCGTGGTGTTAAACCACTTCTCTATGTAGACCAGTATGGTTGTGATTATACTGGTAGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTATTTCCTACTTGGAGTCAGGAACTCCTTTTTGATGTAATTGTGGCATGGCATGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGATTGCAGAGTGCTGCTACTATACGTAGTGTTGCATATGTTGCTAATCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTATAAAAGAACCTGTGCATGTTTATGCAGATGACTCTATTATTTTACGTCAATATAATTTAGTTGACATTATGAGTCATTTTTATATGGAGGCAGATACAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGCTTTGAAAGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTACATTGATTGCGAACAAGACTCGTGTGATTTTAAAGGTTGGATTCCTGGTAACATGATAGATGGTTTTGCTTGCACCACTTGTGGTCATGTTTATGAAGTAGGTGATTTGATAGCACAATCTTCAGGTGTTTTGCCTGTTAATCCTGTATTGCATACTAAGAGTGCAGCAGGTTATGGTGGTTTTGGTTGTAAAGATTCTTTTACTCTGTATGGCCAAACTGTAGTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATATGGATTCCTATATTAAAATCCTCTGTTAAGTCATATGACAGTTTGGTTTATACTGGAGTTTTAGGTTGCAAGGCTATTGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCTCTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACATCAACGGGAGTTGCTAGGTGTTTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGCTATTAAATAGAGGTGTTTATAAACCTCTGTTAGAGAATATTGATTATTTTAATATGCGACGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGCTTTATGCCTTTTCTTTTAGATGATTTAGTTCCACGCGCATATTATTTGGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGATTATGCAGATAAACTTTGCCATGCTGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTGGCTCTGGATTCTTTAGGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAGATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGGAACAAGTTTCGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTAAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTATTTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTGGAGAGTGATATATATTTTGTTAAAAACATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCAGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTTTATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTTTCAGGCAGAAAAATTTATGAAGTTGAGCGTGGCTTGTTACATTCATCCCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAACCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCGGATAGTGTAGTTGAAGTTGTTACAACTTCACTTACACCATGTGGTTATTCTGAACCACCTAAAGTTGCAGATAAAATTTGCATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGATAAATATTACCCTGTTGTGGTTGATGATCATGTTGGACTCTTGGATCAAGCATGGAGAGTTCCTTGTGCTGGACGGCGTGTTACATTTAAGGAACAGCCTACAGTAAAGGAGATTATAAGCATGCCTAAGATTATTAAGGTTTTTTATGAGCTTGACAACGATTTTAATACTATTTTAAATACTGCGTGTGGAGTGTTTGAAGTGGATGATACTGTTGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAGGTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATCCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAAGAAGTTTTTGCTCCTAAATTGTATTGTGCCTTTACAGCTCCTGAAGATGATGACTTTCTTGAGGAAAGTGATGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGTGAGGAAACTGATTTAACTGTCACAAGTGCTGGACAGCCTTGTGTTGCTAGTGAACAGGAGGAATCTTCTGAAGTCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCAAGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTAGAAATGTCGGATTTTGTTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAGCCAGAATTTGTTAAAGTTTTGGGTCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGATGCAGAAATTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATACAAGCAACAGTATAGTCAGTTGTTTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTACTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCTGATTTTGCATATTGGTTTTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATATTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTTGGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTCTCACATATATGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATGTGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTATTGTGTATAAAGCAGCTTGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGTAAACAAATTGATGATCATCGTATCACTAGTATTACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTTGAAATTGCCCAATTGTATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTGTCTAAGCTTGTTAAAGCAGAAGTTGTTGTAAACCCCGCTAATGGCCATATGGCACATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTTTGTTAAAGAGACTACCGATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGATTGTTATGTCTCTACGGGGGGCAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGTATTGTTAGAGCGTGTTTATAAACATCTTAATAATTATGACTGTGTTGTTACAACTTTGATCTCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCTTCTGATGTGTCTTTAACATATCTACTTGGTACTGCTAAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGAGGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGTCAGATAACTGCTGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGCGCGTCTTTCTTTTAATGTTGGACGTTCCATTGTTTACGAAACAGATGCTAATAAGTTGATTTTAATCAATGACGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTTTTACAGGATGTTTTATCCTTAAGACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTCGTTCAGAGCAATGTTGATGTTCTACCTGAGGGTTGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTATTTTGAGTGTACTGGAGGCATAGATATATGCAGCCAGGATAAAGTTTTTGGTTATGTACAGCAGGGTATTTTTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTTGGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTGATGGTGTTAATTTCACTAATAGGTTTGTGCCTGTTGGTGAAAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTTTGTGATGGAGTTAATGTCACGAAGCATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTTCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGATTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCCTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTATTACAACATGCTTGTTAATTGTTTTAAGTGGCAGGTTGTTGTTAATGGTAAGTATTTCACTTTTAAGCAAGC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Protein
MSKINKYGLELHWAPEFPWMFEDAEEKLDNPSSSEVDMICSTTAQKLETDGICPENHVMVDCRRLLKQECCVQSSLIREIVMNASPYHLEVLLQDALQSREAVLVTTPLGMSLEACYVRGCNPKGWTMGLFRRRSVCNTGRCTVNKHVAYQLYMIDPAGVCLGAGQFVGWVIPLAFMPVQSRKFIVPWVMYLRKRGEKGAYNKDHGCGGFGHVYDFKVEDAYDQVHDEPKGKFSKKAYALIRGYRGVKPLLYVDQYGCDYTGSLADGLEAYADKTLQEMKALFPTWSQELLFDVIVAWHVVRDPRYVMRLQSAATIRSVAYVANPTEDLCDGSVVIKEPVHVYADDSIILRQYNLVDIMSHFYMEADTVVNAFYGVALKDCGFVMQFGYIDCEQDSCDFKGWIPGNMIDGFACTTCGHVYEVGDLIAQSSGVLPVNPVLHTKSAAGYGGFGCKDSFTLYGQTVVYFGGCVYWSPARNIWIPILKSSVKSYDSLVYTGVLGCKAIVKETNLICKALYLDYVQHKCGNLHQRELLGVSDVWHKQLLLNRGVYKPLLENIDYFNMRRAKFSLETFTVCADGFMPFLLDDLVPRAYYLAVSGQAFCDYADKLCHAVVSKSKELLDVALDSLGAAIHYLNSKIVDLAQHFSDFGTSFVSKIVHFFKTFTTSTALAFAWVLFHVLHGAYIVVESDIYFVKNIPRYASAVAQAFQSVAKVVLDSLRVTFIDGLSCFKIGRRRICLSGRKIYEVERGLLHSSQLPLDVYDLTMPSQVQKAKQKPIYLKGSGSDFSLADSVVEVVTTSLTPCGYSEPPKVADKICIVDNVYMAKAGDKYYPVVVDDHVGLLDQAWRVPCAGRRVTFKEQPTVKEIISMPKIIKVFYELDNDFNTILNTACGVFEVDDTVDMEEFYAVVIDAIEEKLSPCKELEGVGAKVSAFLQKLEDNPLFLFDEAGEEVFAPKLYCAFTAPEDDDFLEESDVEEDDVEGEETDLTVTSAGQPCVASEQEESSEVLEDTLDDGPSVETSDSQVEEDVEMSDFVDLESVIQDYENVCFEFYTTEPEFVKVLGLYVPKATRNNCWLRSVLAVMQKLPCQFKDKNLQDLWVLYKQQYSQLFVDTLVNKIPANIVLPQGGYVADFAYWFLTLCDWQCVAYWKCIKCDLALKLKGLDAMFFYGDVVSHICKCGESMVLIDVDVPFTAHFALKDKLFCAFITKRIVYKAACVVDVNDSHSMAVVDGKQIDDHRITSITSDKFDFIIGHGMSFSMTTFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDIIKVSKLVKAEVVVNPANGHMAHGGGVAKAIAVAAGQQFVKETTDMVKSKGVCATGDCYVSTGGKLCKTVLNVVGPDARTQGKQSYVLLERVYKHLNNYDCVVTTLISAGIFSVPSDVSLTYLLGTAKKQVVLVSNNQEDFDLISKCQITAVEGTKKLAARLSFNVGRSIVYETDANKLILINDVAFVSTFNVLQDVLSLRHDIALDDDARTFVQSNVDVLPEGWRVVNKFYQINGVRTVKYFECTGGIDICSQDKVFGYVQQGIFNKATVAQIKALFLDKVDILLTVDGVNFTNRFVPVGESFGKSLGNVFCDGVNVTKHKCDINYKGKVFFQFDNLSSEDLKAVRSSFNFDQKELLAYYNMLVNCFKWQVVVNGKYFTFKQANNNCFVNVSCLMLQSLHLTFKIVQWQEAWLEFRSGRPARFVALVLAKGGFKFGDPADSRDFLRVVFSQVDLTGAICDFEIACKCGVKQEQRIGLDAVMHFGTLSREDLEIGYTVDCSCGKKLIHCVRFDVPFLICSNTPASVKLPKGVGSANIFIGDKVGHYVHVKCEQSYQLYDASNVKKVTDVTGKLSDCLYLKNLKQTFKSVLTTYYLDDVKKIEYKPDLSQYYCDGGKYYTQRIIKAQFKTFEKVDGVYTNFKLIGHTVCDSLNAKLGFDSSKEFVEYKITEWPTATGDVVLANDDLYVKRYERGCITFGKPVIWLSHEKASLNSLTYFNRPSLVDDNKFDGLKVDDVDDSGDSSESGAKETKEINIIKLSGVKKPFKVEDSVIVNDDTSETKYVKSLSIVDVYDMWLTGCKYVVRTANALSRAVNVPTIRKFIKFGMTLVSIPIDLLNLREIKPAVNVVKAVRNKTSACFNFIKWLFVLLFGWIKISADNKVIYTTEIASKLTCKLVALAFKNAFLTFKWSMVARGACIIATIFLLWFNFIYANVIFSDFYLPKIGFLPTFVGKIAQWIKNTFSLVTICDLYSIQDVGFKNQYCNGSIACQFCLAGFDMLDNYKAIDVVQYEADRRAFVDYTGVLKIVIELIVSYALYTAWFYPLFALISIQILTTWLPELFMLSTLHWSFRLLVALANMLPAHVFMRFYIIIASFIKLFSLFKHVAYGCSKSGCLFCYKRNRSLRVKCSTIVGGMIRYYDVMANGGTGFCSKHQWNCIDCDSYKPGNTFITVEAALDLSKELKRPIQPTDVAYHTVTDVKQVGCSMRLFYDRDGQRTYDDVNASLFVDYSNLLHSKVKSVPNMHVVVVENDADKANFLNAAVFYAQSLFRPILMVDKNLITTANTGTSVTETMFDVYVDTFLSMFDVDKKSLNALIATAHSSIKQGTQIYKVLDTFLSCARKSCSIDSDVDTKCLADSVMSAVSAGLELTDESCNNLVPTYLKSDNIVAADLGVLIQNSAKHVQGNVAKIAGVSCIWSVDAFNQFSSDFQHKLKKACCKTGLKLKLTYNKQMANVSVLTTPFSLKGGAVFSYFVYVCFVLSLVCFIGLWCLMPTYTVHKSDFQLPVYASYKVLDNGVIRDVSVEDVCFANKFEQFDQWYESTFGLSYYSNSMACPIVVAVIDQDFGSTVFNVPTKVLRYGYHVLHFITHALSADGVQCYTPHSQISYSNFYASGCVLSSACTMFTMADGSPQPYCYTDGLMQNASLYSSLVPHVRYNLANAKGFIRFPEVLREGLVRIVRTRSMSYCRVGLCEEADEGICFNFNGSWVLNNDYYRSLPGTFCGRDVFDLIYQLFKGLAQPVDFLALTASSIAGAILAVIVVLVFYYLIKLKRAFGDYTSVVFVNVIVWCVNFMMLFVFQVYPTLSCVYAICYFYATLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPLWFCLLYIAVVVSNHAFWVFSYCRKLGSSVRSDGTFEEMALTTFMITKDSYCKLKNSLSDVAFNRYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKAMDTFTNNNGSDVLYQPPTASVSTSFLQSGIVKMVNPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSASDMTNPDYTNLLCRVTSSDFTVLFDRLSLTVMSYQMRGCMLVLTVTLQNSRTPKYTFGVVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSYTIKGSFLCGSCGSVGYVIMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGDFYGPYKDAQVVQLPIQDYIQSVNFLAWLYAAILNNCNWFIQSDKCSVEDFNVWALSNGFSQVKSDLVIDALASMTGVSLETLLAAIKRLKNGFQGRQIMGSCSFEDELTPSDVYQQLAGIKLQSKRTRLFKGTVCWIMASTFLFSCIITAFVKWTMFMYVTTNMFSITFCALCVISLAMLLVKHKHLYLTMYITPVLFTLLYNNYLVVYKHTFRGYVYAWLSYYVPSVEYTYTDEVIYGMLLLVGMVFVTLRSINHDLFSFIMFVGRLISVFSLWYKGSNLEEEILLMLASLFGTYTWTTVLSMAVAKVIAKWVAVNVLYFTDIPQIKIVLLCYLFIGYIISCYWGLFSLMNSLFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPKNSFEALMLNFKLLGIGGVPIIEVSQFQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWHYCSTLHNEILATSDLSVAFEKLAQLLIVLFANPAAVDSKCLTSIEEVCDDYAKDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEVAKKNLDEARFSGSANQQQLKQLEKACNIAKSAYERDRAVAKKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLAANTLNIIVPDKSVYDQVVDNVYVTYAGNVWQIQTIQDSDGTNKQLNEISDDCNWPLVIIANRYNEVSATVLQNNELMPAKLKIQVVNSGPDQTCNTPTQCYYNNSNNGKIVYAILSDVDGLKYTKILKDDGNFVVLELDPPCKFTVQDAKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGTATEYASNSSILSLCAFSVDPKKTYLDFIQQGGTPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTSQDSYGGASVCIYCRARVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPVGIKDPVSYVLTHDVCRVCGFWRDGSCSCVSTDTTVQSKDTNFLNRVRGASVDARLVPCASGLSTDVQLRAFDIYNASVAGIGLHLKVNCCRFQRVDENGDKLDQFFVVKRTDLTIYNREMKCYERVKDCKFVAEHDFFTFDVEGSRVPHIVRKDLTKYTMLDLCYALRHFDRNDCMLLCDILSIYAGCEQSYFTKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALVSATEFADKLVEVGLVGVLTLDNQDLNGKWYDFGDYVIAAPGCGVAIADSYYSYIMPMLTMCHALDCELYVNNAYRLFDLVQYDFTDYKLELFNKYFKHWSMPYHPNTVDCQDDRCIIHCANFNILFSMVLPNTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALYDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYDFVLSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVYKYFEIYDGGCIPASQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDNPVLMGWDYPKCDRAMPNLLRIVSS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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002705
Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466 NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR032592 NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1274 Identity=66.49%
Cov(Q)=13.08% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0016021 C:integral component of membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7095
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
387.871929999995
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.33719
outside
1 - 2192
TMhelix
2193 - 2215
inside
2216 - 2221
TMhelix
2222 - 2241
outside
2242 - 2308
TMhelix
2309 - 2331
inside
2332 - 2351
TMhelix
2352 - 2374
outside
2375 - 2751
TMhelix
2752 - 2774
inside
2775 - 3028
TMhelix
3029 - 3051
outside
3052 - 3060
TMhelix
3061 - 3083
inside
3084 - 3089
TMhelix
3090 - 3112
outside
3113 - 3121
TMhelix
3122 - 3144
inside
3145 - 3559
TMhelix
3560 - 3582
outside
3583 - 3585
TMhelix
3586 - 3608
inside
3609 - 3612
TMhelix
3613 - 3635
outside
3636 - 3654
TMhelix
3655 - 3677
inside
3678 - 3683
TMhelix
3684 - 3701
outside
3702 - 3710
TMhelix
3711 - 3733
inside
3734 - 3752
TMhelix
3753 - 3775
outside
3776 - 7095
