Strain

Avian_KX219800 (Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain ck/CH/LSD/130611, complete genome.; Date: 13-Jun)

Gene

spike protein

Description

Annotated in NCBI, spike protein

Location

KX219800(+):20371-23868

GenBank Accession

APV46175.1

Sequence

CDS

ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTTTAGTGACCATTTTGTGTGCACTATGTAGTGCAAATTTGTTTGATTCTGCCAATAATTATGTGTACTACTACCAAAGTGCCTTTAGGCCTCCAAATGGATGGCATTTGCAAGGGGGTGCTTATGCAGTAGTGAATTCTACTAATTATACTAGTAATGCCGGTTCTGCAAGTGAGTGCACTGTTGGTGTTATTAAGGACGTCTATAATCAAAGTGCGGCTTCCATAGCTATGACAGCACCTCCTCAGGGTATGGCTTGGTCTAAGTCACAATTTTGTAGTGCACACTGTAACTTTTCTGAAATTACAGTTTTTGTCACACATTGTTATAGTAGTGGTACAGGGTCTTGCCCTATAACAGGCATGATTGCACGTGATCATATTCGTATTTCTGCAATGAAAAATGGTTTTTTATTTTATAACTTAACAGTTAGCGTATCTAAATACTCTAGGTTTAAGTCTTTTCAATGTGTTAACAACCTCACATCTGTTTATTTAAATGGTGATCTTGTTTTTACTTCCAACAAAACTACTGATGTTACGTCAGCAGGTGTGTATTTTAAAGCAGGTGGACCTGTAAATTATAGTGTTATGAAAGAATTTAAGGTTCTTGCTTACTTTGTTAATGGTACAGCACAAGACGTAATTTTGTGTGACAATTCCCCTAAGGGTTTGCTAGCCTGTCAATATAATACTGGCAATTTTTCAGACGGCTTCTATCCTTTTACTAATAGTACTTTAGTTAGGGACAAGTTCATTGTCTATCGTGAAAGTAGTGTTAATACTACTTTGACGTTAACTAATTTCACTTTTACTAATGTAAGTACTGCACAGCCTAATAGTGGTGGTGTTAGTACTTTTCATCTATATCAAACACAAACAGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTGTCATTTCTGAGTCAGTTTGTGTATAAGGCAAGTGATTTTATGTATGGGTCTTATCATCCTAGGTGTTCTTTTAGACCAGAAACCATTAATAGTGGTTTATGGTTTAATTCCTTGTCAGTTTCTCTTACTTATGGACCCCTACAGGGAGGGTGTAAGCAATCTGTTTTTAGTGGTAAGGCAACGTGTTGTTATGCCTACTCTTATAATGGCCCTAGGGCATGTAAAGGTGTTTATTCAGGTGAATTAAGCAAGACTTTTGAATGTGGATTGCTGGTTTATGTTACTAAGAGTGATGGCTCTCGTATACAAACTAGAACGGAGCCCTTAGTATTAATGCAACACAATTATAATAATATTACTTTAGATAAGTGTGTTGACTATAATATATATGGCAGAGTGGGCCAAGGTTTTATTACTAATGTGACTGATTCTGCTGCTAATTTTAGTTATTTAGCAGATGGTGGGTTAGCTATTTTAGATACTTCGGGTGCCATAGATGTTTTTGTTGTACAGGGCAACTATGGTCTTAATTATTACAAGGTTAATCCTTGTGAAGATGTTAACCAACAGTTTGTAGTGTCTGGTGGCAATATAGTTGGCATTCTTACTTCTAGAAATGAAACAGGTTCTGAACAGGTTGAGAACCAGTTTTATGTTAAGTTAACCAATAGCTCACATCGTCGTAGGCGTTCTATTGGCCAAAATGTAACAAGTTGTTCTTATGTTAGTTATGGCAGATTTTGTATTGAACCAGATGGTTCGTTAAAGCTGATAGTGCCAGAAGAATTGAAGCAGTTTGTGGCACCTTTACTTAATATTACTGAAAGTGTACTCATACCTAACAGTTTTAATTTGACTGTTACAGATGAGTACATACAAACACGTATGGATAAGGTCCAAATCAATTGCCTTCAATATGTTTGCGGCAATTCTTTGGAGTGTAGAAAATTGTTTCAACAATATGGTCCGGTTTGTGATAACATATTGTCTGTTGTAAATAGTGTTGGTCAAAAAGAAGATATGGAACTTTTAAGTTTCTATTCTTCTACTAAACCAGCTGGTTATAATGCACCTGTCTTTAGTAATATTAGTACTGGTGATTTTAATATTTCTCTTTTATTAACACCACCTAGCAGTCCTAGCGGTCGTTCTTTTATAGAAGATTTGTTATTTACAAGTGTTGAAACAGTTGGTTTGCCAACTGATGCTGAATATAAAAAATGCACAGCAGGACCTTTAGGTACTCTTAAGGATCTTATCTGTGCTAGGGAATATAATGGTTTATTAGTGTTGCCTCCAATTATTACGGCGGATATGCAAACAATGTATACTGCTTCTTTAGTTGGTGCCATGGCTTTTGGTGGTATTACAGCAGCAGGTGCCATACCATTTGCAACTCAGATACAAGCCAGAATTAATCATTTGGGTATTACACAGTCTCTGTTATTGAAAAATCAAGAGAAAATTGCAGCTTCCTTTAATAAGGCCATTGGTCATATGCAGGAAGGTTTTAGAAGCACTTCGCTAGCATTACAACAGGTTCAAGACGTTGTTAATAAGCAGAGTGCTATTCTTACTGAAACTATGAATTCTCTTAATAAGAATTTTGGTGCTATTTCATCAGTAATTCAAGACATTTATGCGCAACTTGATGCAATTCAAGCAGATGCACAAGTTGACCGTCTTATTACTGGCAGACTCTCTTCTCTCTCAGTGCTAGCTTCTGCTAAGCAGTCTGAGTACATCAGAGTTTCCCAACAACGTGAATTAGCCACTCAAAAAATTAATGAGTGTGTTAAATCACAATCTAATAGGTATGGTTTTTGTGGTAGTGGAAGACATGTTCTTTCGATACCACAAAATGCACCTAATGGTATAGTGTTTATACACTTTAGTTACACTCCAGAGAGTTTTGTTAATGTTACTGCAATAGTAGGTTTTTGTGTACAGCCTGCTAATGCTAGTCAGTATGCAATAGTGCCTGCTAATGGTAGAGGTATTTTTATACAAGTTAATGGTAGTTACTATATCACTGCACGTGATATGTATATGCCCAGAGACATTACTGCAGGAGATATAGTTACTCTTACTTCTTGTCAAGTAAATTATGTTAATGTAAATAAAACCGTCATTACTACATTTGTGGAAGATGACGATTTTGATTTTGATGATGAGTTGTCGAAATGGTGGAACGATACTAAGCATGAGCTACCAGACTTTGACGACTTCAATTATACAGTACCCATACTTAATATTAGTGGTGAAATTGGTCACATTCAAGGTGTTATACAGGGTCTTAATGACTCCCTTATAAACCTTGAAGAACTTTCAATACTTAAAACTTATATTAAGTGGCCTTGGTATGTTTGGCTAGCCATAGGCTTTGCTATTATTATTTTTATCCTTATTTTAGGATGGGTGTTTTTCATGACAGGTTGTTGTGGTTGTTGTTGTGGATGCTTTGGTATCATTCCTCTAATGAGTAAGTGTGGTAAGAAATCATCTTATTACACGACTTTTGATAATGATGTGGTAACTGAACAATACGGACCTAAAAAGTCTGTTTAA

Protein

MLGKSLFLVTILCALCSANLFDSANNYVYYYQSAFRPPNGWHLQGGAYAVVNSTNYTSNAGSASECTVGVIKDVYNQSAASIAMTAPPQGMAWSKSQFCSAHCNFSEITVFVTHCYSSGTGSCPITGMIARDHIRISAMKNGFLFYNLTVSVSKYSRFKSFQCVNNLTSVYLNGDLVFTSNKTTDVTSAGVYFKAGGPVNYSVMKEFKVLAYFVNGTAQDVILCDNSPKGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSTLVRDKFIVYRESSVNTTLTLTNFTFTNVSTAQPNSGGVSTFHLYQTQTAQSGYYNFNLSFLSQFVYKASDFMYGSYHPRCSFRPETINSGLWFNSLSVSLTYGPLQGGCKQSVFSGKATCCYAYSYNGPRACKGVYSGELSKTFECGLLVYVTKSDGSRIQTRTEPLVLMQHNYNNITLDKCVDYNIYGRVGQGFITNVTDSAANFSYLADGGLAILDTSGAIDVFVVQGNYGLNYYKVNPCEDVNQQFVVSGGNIVGILTSRNETGSEQVENQFYVKLTNSSHRRRRSIGQNVTSCSYVSYGRFCIEPDGSLKLIVPEELKQFVAPLLNITESVLIPNSFNLTVTDEYIQTRMDKVQINCLQYVCGNSLECRKLFQQYGPVCDNILSVVNSVGQKEDMELLSFYSSTKPAGYNAPVFSNISTGDFNISLLLTPPSSPSGRSFIEDLLFTSVETVGLPTDAEYKKCTAGPLGTLKDLICAREYNGLLVLPPIITADMQTMYTASLVGAMAFGGITAAGAIPFATQIQARINHLGITQSLLLKNQEKIAASFNKAIGHMQEGFRSTSLALQQVQDVVNKQSAILTETMNSLNKNFGAISSVIQDIYAQLDAIQADAQVDRLITGRLSSLSVLASAKQSEYIRVSQQRELATQKINECVKSQSNRYGFCGSGRHVLSIPQNAPNGIVFIHFSYTPESFVNVTAIVGFCVQPANASQYAIVPANGRGIFIQVNGSYYITARDMYMPRDITAGDIVTLTSCQVNYVNVNKTVITTFVEDDDFDFDDELSKWWNDTKHELPDFDDFNYTVPILNISGEIGHIQGVIQGLNDSLINLEELSILKTYIKWPWYVWLAIGFAIIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCGKKSSYYTTFDNDVVTEQYGPKKSV

Summary

Uniprot

A0A0K1RMX2

EMBL

KR902510 AKV63205.1

Proteomes

UP000151562

Pfam

PF01600 Corona_S1
PF01601 Corona_S2

Interpro

IPR002552 Corona_S2
IPR002551 Corona_S1

ProteinModelPortal

A0A0K1RMX2

PDB

6CV0 E-value=0.0 Score=1724 Identity=82.04% Cov(Q)=89.87% Cov(P)=94.75%

3D Structure

View Sequence and Structure Alignments

Ontologies

GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0019031  C:viral envelope
GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP

Host nucleus > host nucleolus. Host cytoplasm. Secreted.

Topology

Length:

1165

Number of predicted TMHs:

Exp number of AAs in TMHs:

44.17019

Exp number, first 60 AAs:

1.54803

Total prob of N-in:

0.06928

outside

1 - 1096

TMhelix

1097 - 1119

inside

1120 - 1165