Strain
Avian_KX302862
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain ck/CH/LJS/101111, complete genome.; Date: 10-Nov)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,
spike protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTTTAGTGACCATTTTGTGTGCACTATGTAGTGCAAATTTATTCGATCCTGCTAATACTTATGTGTACTACTACCAAAGTGCCTTTAGGCCTCCAAATGGATGGCACCTACAAGGGGGTGCTTATGCAGTAGTCAATTCCACTAATTATACTAATAATGCCGGTTCTGCAGAACATTGCACTGTTGGTGTTATTAAGGACGTCTATAATCAAAGTGCGGCTTCCATAGCTATGACAGCACCTCTTCAGGGTATGGCTTGGTCTAAGTCACAATTTTGTAGTGCACACTGTAACTTTTCTGAAATTACAGTTTTTGTCACACATTGTTATAGTAGTGGTAGCGGGTCTTGTCCTATAACAGGCATGATTGCACGTGATCATATTCGTATTTCTGCAATGAAAAATGGTACTTTATTTTATAATTTAACAGTTAGCGTATCTAAATACCCTAATTTTAAATCTTTTCAATGCGTTAATAATCTCACATCTGTTTATCTAAATGGTAATCTTGTTTTTACTTCCAACAAAACTACTGATGTTACGTCAGCAGGTGTGTATTTTAAAGCAGGTGGACCTGTAAATTATAGTATTATGAAAGAATTTAAGGTTCTTGCTTACTTTGTTAATGGTACAGCACAAGATGTAATTTTGTGCGACAATTCCCCCAAGGGTTTGCTAGCTTGTCAATATAACACTGGCAATTTTTCAGATGGCTTTTATCCTTTTACTAATAGTACTTTAGTTAGGGAAAAGTTCATCGTATATCGCGAAAGTAGTGTTAATACTACTCTGGCGTTAACTAATTTCACTTTTACTAATGTAAGTAATGCACAGCCTAATAGTGGTGGTGTTAATACTTTTCATCTATATCAAACACAAACAGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTGTCATTTCTGAGTCAGTTTGTGTATAAGGCAAGTGATTTTATGTATGGGTCCTACCACCCTAGTTGTTCTTTTAGACCAGAAACCATTAATAGTGGTTTGTGGTTTAATTCTTTGTCAGTTTCTCTAGCTTACGGACCACTTCAAGGTGGGTGTAAGCAGTCAGTTTTTAGTGGTAGGGCAACGTGTTGCTATGCCTACTCTTACAATGGCCCGATAGCCTGTAAAGGTGTTTATTCAGGCGAATTACGGACTAATTTTGAATGTGGATTGCTGATTTATGTTACTAAGAGTGATGGCTCTCGTATACAGACTAGAACAGAGCCCTTAGTATTAACGCAACACAATTATAATAATATTACTTTAGATAAGTGTGTTGACTATAATATATATGGCAGAGTAGGCCAAGGTTTTATTACTAATGTGACTGATTCTGCTGCTAATTTTAGTTATTTAGCAGATGGTGGGTTAGCTATTTTAGATACTTCGGGTGCCATAGATGTCTTTGTTGTACAGGGCAGCTATGGTCTTAATTATTACAAGGTCAATCCTTGTGAAGATGTTAACCAACAGTTTGTAGTGTCTGGTGGCAATATAGTTGGCATTCTTACTTCTAGAAATGAAACAGGTTCTGAACAGGTTGAGAACCAGTTTTATGTTAAGTTAACCAATAGCTCACATCGTCGCAGGCGTTCTATTGGCCAAAATGTAACAAGTTGTTCTTATGTTAGTTATGGCAGATTTTGTATTGAACCAGATGGTTCGTTAAAGATGATAGTGCCAGAAGAATTGAAGCAGTTTGTGGCACCTTTACCTAATATTACTGAAAGTGTACTCATACCTAACAGTTTTAGTTTGACTGTTACAGATGAGTACATACAAACACGTATGGATAAGGTCCAAATCAATTGCCTTCAATATGTTTGCGGCAATTCTTTGGAGTGTAGAAAATTGTTTCAACAATATGGTCCGGTTTGTGATAACATATTGTCTGTTGTAAATAGTGTTGGTCAAAAAGAAGATATGGAACTTTTAAGTTTCTATTCTTCTACTAAACCAGCTGGTTATAATGCACCTGTTTTTAGTAATATTAGTACTGGTGATTTTAATATTTCTCTTTTATTAACACCACCTAGTAGTCCTAGAGGTCGTTCTTTTATAGAAGATTTGTTATTTACAAGTGTTGAAACAGTTGGTTTGCCAACTGATGCTGAATATAAAAAATGCACAGCAGGACCTTTAGGTACTCTTAAGGATCTTATCTGTGCTAGGGAATATAATGGTTTATTAGTGTTGCCTCCAATTATTACGGCGGATATGCAAACAATGTATACTGCTTCTTTAGTTGGTGCCATGGCTTTTGGTGGTATTACAGCAGCAGGTGCCATACCATTTGCAACTCAGATACAAGCCAGAATTAATCATTTGGGTATTACACAGTCTCTGTTATTGAAAAATCAAGAGAAAATTGCAGCTTCCTTTAATAAGGCCATTGGTCATATGCAGGAAGGTTTTAGAAGCACTTCGTTAGCATTACAACAGGTTCAAGACGTTGTTAATAAGCAGAGTGCTATTCTTACTGAAACTATGAATTCTCTTAATAAGAATTTTGGTGCTATTTCATCAGTAATTCAAGACATTTATGCGCAACTTGATGCAATTCAAGCAGATGCACAAGTTGACCGTCTTATTACTGGCAGACTCTCTTCTCTCTCAGTGCTAGCCTCTGCTAAGCAGTCTGAGTACATCAGAGTTTCCCAACAACGTGAATTAGCCACTCAAAAAATTAATGAGTGTGTTAAATCACAATCTAATAGGTATGGTTTTTGTGGTAGTGGAAGACATGTTCTTTCGATACCACAAAATGCACCTAATGGCATAGTGTTTATACACTTTAGTTACACTCCAGAGAGTTTTGTTAATGTTACTGCAATAGTAGGTTTTTGTGTACAGCCTGCTAATGCTAGTCAGTATGCAATAGTGCCTGTTAATGGTAGAGGTATTTTTATACAAGTTAATGGTAGTTACTATATCACTGCACGTGATATGTATATGCCTAGAGACATTACTGCAGGAGATATAGTTACTCTTACTTCTTGTCAAGCAAATTATGTTAATGTAAATAAAACCGTCATTACTACATTTGTGGAAGATGACGATTTTGATTTTGATGATGAGTTGTCGAAATGGTGGAATGATACTAAGCATGAGTTACCAGACTTTGACGACTTTAATTATACAGTACCCATACTTAATATTAGTGGTGAAATTGATCATATTCAAGGTGTTATACAGGGTCTTAATGACTCCCTTATAAACCTTGAAGAACTTTCAATACTTAAAACTTATATTAAGTGGCCCTGGTATGTTTGGCTAGCCATAGGCTTTGCTATTATTATTTTTATCCTTATTCTAGGATGGGTGTTTTTCATGACAGGTTGTTGTGGTTGTTGTTGTGGATGCTTTGGTATCATTCCTCTAATGAGTAAGTGTGGTAAGAAATCATCTTATTACACGACTTTTGATAATGATGTGGTGACTGAACAATACAGACCTAAAAAGTCTGTTTAA
Protein
MLGKSLFLVTILCALCSANLFDPANTYVYYYQSAFRPPNGWHLQGGAYAVVNSTNYTNNAGSAEHCTVGVIKDVYNQSAASIAMTAPLQGMAWSKSQFCSAHCNFSEITVFVTHCYSSGSGSCPITGMIARDHIRISAMKNGTLFYNLTVSVSKYPNFKSFQCVNNLTSVYLNGNLVFTSNKTTDVTSAGVYFKAGGPVNYSIMKEFKVLAYFVNGTAQDVILCDNSPKGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSTLVREKFIVYRESSVNTTLALTNFTFTNVSNAQPNSGGVNTFHLYQTQTAQSGYYNFNLSFLSQFVYKASDFMYGSYHPSCSFRPETINSGLWFNSLSVSLAYGPLQGGCKQSVFSGRATCCYAYSYNGPIACKGVYSGELRTNFECGLLIYVTKSDGSRIQTRTEPLVLTQHNYNNITLDKCVDYNIYGRVGQGFITNVTDSAANFSYLADGGLAILDTSGAIDVFVVQGSYGLNYYKVNPCEDVNQQFVVSGGNIVGILTSRNETGSEQVENQFYVKLTNSSHRRRRSIGQNVTSCSYVSYGRFCIEPDGSLKMIVPEELKQFVAPLPNITESVLIPNSFSLTVTDEYIQTRMDKVQINCLQYVCGNSLECRKLFQQYGPVCDNILSVVNSVGQKEDMELLSFYSSTKPAGYNAPVFSNISTGDFNISLLLTPPSSPRGRSFIEDLLFTSVETVGLPTDAEYKKCTAGPLGTLKDLICAREYNGLLVLPPIITADMQTMYTASLVGAMAFGGITAAGAIPFATQIQARINHLGITQSLLLKNQEKIAASFNKAIGHMQEGFRSTSLALQQVQDVVNKQSAILTETMNSLNKNFGAISSVIQDIYAQLDAIQADAQVDRLITGRLSSLSVLASAKQSEYIRVSQQRELATQKINECVKSQSNRYGFCGSGRHVLSIPQNAPNGIVFIHFSYTPESFVNVTAIVGFCVQPANASQYAIVPVNGRGIFIQVNGSYYITARDMYMPRDITAGDIVTLTSCQANYVNVNKTVITTFVEDDDFDFDDELSKWWNDTKHELPDFDDFNYTVPILNISGEIDHIQGVIQGLNDSLINLEELSILKTYIKWPWYVWLAIGFAIIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCGKKSSYYTTFDNDVVTEQYRPKKSV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score=1761 Identity=82.33%
Cov(Q)=89.87% Cov(P)=94.75%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Host nucleus > host nucleolus. Host cytoplasm. Secreted.
Topology
Length:
1165
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
45.41398
Exp number, first 60 AAs:
2.8111
Total prob of N-in:
0.12587
outside
1 - 1096
TMhelix
1097 - 1119
inside
1120 - 1165
