CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Human_TGEV_KX900400 (Region: USA: Iowa;  Strain: Transmissible gastroenteritis virus strain TGEV/USA/Iowa143/2008, complete genome.;  Date: 6-Mar-08)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,  spike protein
Location
KX900400(+):20353-24702
GenBank Accession
ASV64340.1
 

Sequence

CDS
ATGAAAATACTATTTGTGGTTTCGGTTATAATGCCATTGATTTATGGAGATAATTTTCCTTGTTCTAAATTGACTAATAGAACTATAGGTAAACATTGGAATCTTATTGATACCTTTCTTATAAATTATAGTAGCAGGTTACCACCTAATTCAGATGTGGTGTTAGGTGATTATTTTCCTACTGTACAACCTTGGTTTAATTGTATTCGCAATGATAGTAATGACCTTTATGTTACATTGGAAAATCTTAAAGCATTGTATTGGGATTATGCTACAGAAAATATCACTTGGAATCACAGACAACGGTTAAACGTAGTCGTTAATGGATACCCATACTCCATCACAGTCACAACAACCCGCAATTTTAATTCTGCTGAAGGTGCTATTATATGCATTTGTAAGGGCTCACCACCTACTACCACCACCGAGTCTAGTCTGACTTGCAATTGGGGTAGTGAGTGCAGGTTAAACCATAAGTTCCCTATATGTCCTTCTAATTCAGAGGCAAATTGTGGTAATATGTTATATGGCTTACAATGGTCTGCAGATGCGGTTGTTGCTTATTTACATGGTGCCAGTTACCGTATTAGTTTTGAAAATCAATGGTCTGGCACTGTTACACTTGGTGATATGCGTGCGACTACGTCACAAACCGCTGGCACGCTTGTAGATCTTTGGTGGTTTAATCCTGTTTATGATGTTAGTTATTATAGAGTTAATAATAAAAATGGTACTACCGTAGTTTCCAATTGCACTGATCAGTGTGCTAGTTATGTGGCTAATGTTTTTGTTACACAGCCAGGAGGCTTTATACCATCAGATTTTAGTTTTAATAATTGGTTCCTTCTAACTAATAGTTCCACGTTGGTTAGTGGTAAATTAGTTACCAAACAGCCATTATTGGTTAATTGTTTATGGCCAGTTCCTAGCTTTGAAGAAGCAGCTGCTACATTTTGTTTTGAAGGTGCTGACTTTGATCAATGTAATGGTGCCGTCTTAAATAATACTGTAGATGTCATCAGGTTTAACCTTAATTTTACTACAAATGTACAATCAGGTAAGGGTGCCACAGTGTTTTCATTGAACACAACGGGTGGTGTCACTCTTGAAATCTCATGTTATAATGATACAGTGAGTGACTCCAGCTTTTCCAGTTACGGTGAAATTCCGTTCGGTGTGACTGATGGACCACGGTACTGTTACGTACTCTATAATGGCACAGCTCTTAAGTATTTAGGAACATTACCACCTAGTGTCAAGGAGATTGCTATTAGTAAGTGGGGCCATTTTTATATTAATGGTTACAATTTCTTTAGCACATTTCCTATTGATTGTATATCTTTCAACTTGACCACTGGCGATAGTGACGTTTTCTGGACAATAGCTTACACATCGTACACTGAAGCGTTAGTACAAGTTGAAAACACAGCTATTACAAAGGTGACGTATTGTAATAGTTACGTTAATAACATTAAATGCTCTCAACTTACTGCTAATTTGAATAATGGATTTTACCCTGTTTCTTCAAGTGAAGTTGGTCTTGTCAATAAGAGTGTTGTGTTACTACCTAGTTTTTACACGCATACCATTGTTAACATAACCATTGATCTTGGTATGAAGCGTAGTGGTTATGGTCAACCCATAGCCTCACCTCTAAGTAACATTACACTACCAATGCAGGATAACAACACCGATGTGTACTGTATTCGTTCTGATCAATTTTCAGTTTATGTTCATTCTACTTGTAAAAGTGCTTTATGGGACAATGTTTTTAAGCGAAACTGCACGGACGTTTTAGATGCCACAGCTGTTATAAAAACTGGTACTTGTCCTTTCTCATTTGATAAACTGAATAATTACTTAACTTTTAACAAGCTCTGTTTTTCGTTGAGTCCTGTTGGTGCTAATTGTAAGTTTGATGTAGTTGCCCGTACAAGAACCAATGATCAGGTTGTTAGAAGTTTGTATGTAATATATGAAGAAGGAGACAACATAGTAGGTGTACCGTCTGACAATAGTGGTTTGCACGATTTGTCAGTGCTACACCTAGATTCATGCACAGATTACAATATATATGGTAGAACTGGTGTTGGTATTATTAGACAAACTAACAGGACACTACTTAGTGGCTTATATTACACATCACTATCTGGTGATTTGTTAGGTTTCAAAAATGTTAGTGATGGCGTTATCTACTCTGTAACGCCGTGTGATGTAAGCGCACAAGCAGCTGTTATTGATGGTACCATAGTTGGGGCTATCACTTCTATTAACAGTGAATTGTTAGGTCTAACGCATTGGACGACAACACCTAATTTTTATTACTACTCTATATATAATTACACAAATGATAGGATTCGTGGCACTGCAATTGACAGCAACGACGTTGATTGTGAACCTGTCATAACCTATTCTAACATAGGTGTTTGTAAAAACGGTGCTTTGGTTTTTATCAACGTCACACATTCTGATGGAGACGTTCAACCAATTAGCACTGGTAACGTCACGATACCTACAAATTTTACTATATCCGTGCAAGTTGAATACATTCAGGTTTACACTACACCAGTGTCAATAGACTGTTCAAGATATGTTTGTAATGGCAACCCTAGGTGTAACAAACTATTAACACAATATGTTTCTGCATGTCAAACTATTGAGCAAGCACTTGCAATGGGTGCCAGACTTGAAAATATGGAAGTTGATTCCATGTTATTTGTTTCTGAAAATGCCCTTAAATTGGCTTCTGTTGAAGCATTCAATAGTTCAGAAGCTTTAGATCCTATTTACAAAGACTGGCCTAGTATAGGTGGCTCTTGGTTAGAAGGTCTAAAATATATACTGCCGTCCGATAATAGCAAACGTCAGTATCGTTCAGCTATAGAGGACTTGCTTTTTTCTAAGGTTGTAACTTCTGGTTTAGGTACAGTTGATGAAGATTATAAACGTTGTACTGGTGGTTATGATATAGCTGACTTAGTGTGTGCTCAATATTATAATGGTATCATGGTGCTACCTGGTGTGGCTAATGCTGACAAAATGACTATGTACACGGCATCCCTCGCAGGTGGTATAACATTAGGTGCACTTGGTGGAGGTGCCGTGGCTATACCTTTTGCATTAGCAGTTCAGGCTAGACTTAATTATGTAGCTCTACAAACTGATGTATTAAACAAAAACCAGCAGATCCTGGCTAGTGCTTTTAATCAAGCTATTGGTAACATTACACAGTCATTTGGTAAGGTTAATGATGCTATACATCAAACGTCACGAGGTCTTGCAACTGTTGCTAAAGCATTGGCTAAAGTGCAAGATGTTGTTAATACACAAGGACAAGCTTTAAGCCACCTAACAGTACAATTGCAAAATAACTTCCAAGCCATTAGTAGCTCTATTAGTGACATTTATAATAGGCTTGATGAATTGAGTGCTGATGCACAAGTTGACAGGCTGATCACAGGAAGACTTACAGCACTTAATGCATTTGTATCTCAGACTCTAACTAGACAAGCTGAGGTTAGGGCTAGTAGACAACTTGCCAAAGACAAGGTTAATGAATGCGTTAGGTCTCAGTCTCAGAGATTCGGCTTCTGTGGTAATGGTACACATTTGTTTTCACTCGCAAATGCAGCACCAAATGGCATGATCTTTTTTCACACAGTGTTATTACCAACGGCCTATGAAACTGTGACTGCTTGGGCAGGCATTTGTGCTTTAGATGGTGATCGCACTTTTGGACTTGTCGTCAAAGATGTCCAGTTGACTTTGTTTCGTAATCTAGATGACAAGTTTTATTTGACCCCCAGAACTATGTATCAGCCTAGAGTGGCAACTAGTTCTGATTTTGTTCAAATTGAAGGGTGCGATGTGCTGTTTGTTAATGCAACTGTAAGTGATTTGCCTAGTATTATACCCGATTATATTGATATTAATCAAACTGTTCAAGACATACTAGAAAATTTCAGACCAAATTGGACTGTACCTGATTTGACATTTGACATTTTTAATGCAACCTATTTAAATCTGACTGTTGAAATTGATGACTTAGAATTTAGGTCAGAAAAGCTACATAACACTACTGTAGAACTTGCCATTCTTATTGGTAACATTAACAATACACTAGTCAATCTTGAATGGCTTAATAGAATTGAAACTTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTGTGGCTACTAATAGGTTTAGTAGTAATATTTTGTATACCATTATTGCTATTTTGCTGTTGTAGCACAGGTTGCTGTGGATGCATAGGTTGTTTAGGAAGTTGTTGTCATTCTATATTCAGTAGAAGACAATTTGAAAATTATGAACCTATTGAAAAAGTGCACGTCCATTAA
Protein
MKILFVVSVIMPLIYGDNFPCSKLTNRTIGKHWNLIDTFLINYSSRLPPNSDVVLGDYFPTVQPWFNCIRNDSNDLYVTLENLKALYWDYATENITWNHRQRLNVVVNGYPYSITVTTTRNFNSAEGAIICICKGSPPTTTTESSLTCNWGSECRLNHKFPICPSNSEANCGNMLYGLQWSADAVVAYLHGASYRISFENQWSGTVTLGDMRATTSQTAGTLVDLWWFNPVYDVSYYRVNNKNGTTVVSNCTDQCASYVANVFVTQPGGFIPSDFSFNNWFLLTNSSTLVSGKLVTKQPLLVNCLWPVPSFEEAAATFCFEGADFDQCNGAVLNNTVDVIRFNLNFTTNVQSGKGATVFSLNTTGGVTLEISCYNDTVSDSSFSSYGEIPFGVTDGPRYCYVLYNGTALKYLGTLPPSVKEIAISKWGHFYINGYNFFSTFPIDCISFNLTTGDSDVFWTIAYTSYTEALVQVENTAITKVTYCNSYVNNIKCSQLTANLNNGFYPVSSSEVGLVNKSVVLLPSFYTHTIVNITIDLGMKRSGYGQPIASPLSNITLPMQDNNTDVYCIRSDQFSVYVHSTCKSALWDNVFKRNCTDVLDATAVIKTGTCPFSFDKLNNYLTFNKLCFSLSPVGANCKFDVVARTRTNDQVVRSLYVIYEEGDNIVGVPSDNSGLHDLSVLHLDSCTDYNIYGRTGVGIIRQTNRTLLSGLYYTSLSGDLLGFKNVSDGVIYSVTPCDVSAQAAVIDGTIVGAITSINSELLGLTHWTTTPNFYYYSIYNYTNDRIRGTAIDSNDVDCEPVITYSNIGVCKNGALVFINVTHSDGDVQPISTGNVTIPTNFTISVQVEYIQVYTTPVSIDCSRYVCNGNPRCNKLLTQYVSACQTIEQALAMGARLENMEVDSMLFVSENALKLASVEAFNSSEALDPIYKDWPSIGGSWLEGLKYILPSDNSKRQYRSAIEDLLFSKVVTSGLGTVDEDYKRCTGGYDIADLVCAQYYNGIMVLPGVANADKMTMYTASLAGGITLGALGGGAVAIPFALAVQARLNYVALQTDVLNKNQQILASAFNQAIGNITQSFGKVNDAIHQTSRGLATVAKALAKVQDVVNTQGQALSHLTVQLQNNFQAISSSISDIYNRLDELSADAQVDRLITGRLTALNAFVSQTLTRQAEVRASRQLAKDKVNECVRSQSQRFGFCGNGTHLFSLANAAPNGMIFFHTVLLPTAYETVTAWAGICALDGDRTFGLVVKDVQLTLFRNLDDKFYLTPRTMYQPRVATSSDFVQIEGCDVLFVNATVSDLPSIIPDYIDINQTVQDILENFRPNWTVPDLTFDIFNATYLNLTVEIDDLEFRSEKLHNTTVELAILIGNINNTLVNLEWLNRIETYVKWPWYVWLLIGLVVIFCIPLLLFCCCSTGCCGCIGCLGSCCHSIFSRRQFENYEPIEKVHVH

Summary

Uniprot
A0A222UC54  
EMBL
KX512809    ASR18938.1   
Pfam
PF01601   Corona_S2
PF01600   Corona_S1
Interpro
IPR002552   Corona_S2
IPR002551   Corona_S1
ProteinModelPortal
A0A222UC54  
PDB
6JX7     E-value=0.0     Score= 988     Identity=42.99%     Cov(Q)=97.93%     Cov(P)=96.66%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell
 GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope

Subcellular Location

From MSLVP
Host nucleus. Host cytoplasm.

Topology

Length:
1449
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
48.77126
Exp number, first 60 AAs:
0.07846
Total prob of N-in:
0.00453
outside
1  -  1388
TMhelix
1389  -  1411
inside
1412  -  1449
 
 
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